genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7214509--7214691	93	2.0	93	90	2	287	44	13	12	30	1.80
7216929--7216962	17	1.9	17	88	5	50	50	2	5	41	1.42
7218698--7218761	27	2.3	27	94	5	110	40	29	6	23	1.79
7218695--7218747	4	13.2	4	84	7	63	45	26	3	24	1.70
7231882--7231927	23	1.9	24	86	8	67	69	2	4	23	1.17
7234123--7234158	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
7234889--7234920	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
7234875--7235164	120	2.4	120	91	3	485	43	2	4	50	1.34
7235005--7235060	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
7234935--7235122	61	3.1	61	68	19	185	40	3	6	49	1.44
7235116--7235150	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7235104--7235378	147	1.9	149	95	1	500	46	2	3	46	1.35
7235263--7235297	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7235459--7235551	45	2.1	44	85	2	123	33	25	5	35	1.79
7235534--7235601	16	4.2	16	90	0	100	36	33	0	29	1.58
7240750--7240875	61	2.1	61	100	0	252	46	11	7	33	1.70
7240756--7240856	28	3.4	28	68	17	87	50	11	5	31	1.63
7247511--7247642	67	2.0	67	92	0	219	21	18	30	29	1.97
7248490--7248532	19	2.3	18	84	15	52	44	6	16	32	1.74
7249367--7249394	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
7254151--7254284	71	1.9	71	79	3	153	15	15	22	46	1.84
7255189--7255268	21	3.8	21	79	0	88	10	8	56	25	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7256417--7256472	26	2.2	26	81	12	62	35	0	3	60	1.14
7259121--7259150	12	2.5	12	100	0	60	93	0	6	0	0.35
7265542--7265689	74	2.0	74	95	0	269	44	16	13	25	1.84
7270808--7270848	14	2.8	15	82	14	50	41	4	0	53	1.22
7272074--7272301	56	4.1	56	100	0	456	37	7	8	46	1.63
7274255--7274413	25	6.6	25	82	8	174	38	20	24	16	1.93
7275469--7275505	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
7275468--7275499	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
7277137--7277188	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
7281644--7281674	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
7282039--7282066	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
7298558--7298589	12	2.4	14	90	10	50	40	0	0	59	0.97
7298561--7298589	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
7305261--7305416	69	2.3	69	100	0	312	41	20	10	27	1.84
7305595--7305699	18	5.7	18	73	22	92	53	6	3	36	1.45
7305593--7305658	32	2.0	33	94	2	116	54	6	1	37	1.34
7305592--7305681	32	3.1	30	83	13	100	53	6	3	36	1.44
7308981--7309027	20	2.4	19	79	17	51	65	2	8	23	1.31
7308980--7309046	21	3.3	19	78	14	55	67	1	5	25	1.22
7309022--7309075	20	2.7	20	77	11	58	64	3	3	27	1.27
7309023--7309065	10	4.4	9	82	11	50	65	2	2	30	1.18
7309576--7309636	19	3.2	19	85	2	68	26	1	3	68	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7309586--7309650	9	6.8	9	75	13	58	26	1	3	69	1.12
7309586--7309650	19	3.3	20	82	4	71	26	1	3	69	1.12
7310889--7310923	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
7313914--7313979	29	2.3	31	76	15	77	54	3	4	37	1.36
7315234--7315267	14	2.4	14	95	0	59	58	14	0	26	1.36
7318485--7318516	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
7325612--7325676	21	3.1	21	84	0	85	24	7	44	23	1.79
7325658--7325938	93	3.0	93	90	0	463	36	15	27	20	1.93
7326577--7326688	54	2.1	54	89	0	170	37	18	19	24	1.94
7328166--7328319	45	3.4	44	80	12	168	18	48	5	28	1.69
7328325--7328457	42	3.2	42	64	12	110	19	43	5	31	1.73
7328309--7328590	84	3.4	84	84	4	356	19	43	5	30	1.74
7328356--7328500	42	3.5	42	67	11	125	19	46	5	28	1.72
7329037--7329168	42	3.2	42	78	10	164	21	52	4	21	1.65
7329003--7329168	81	2.0	81	91	0	269	22	50	5	22	1.69
7329003--7329168	42	4.1	38	74	11	116	22	50	5	22	1.69
7328666--7329451	198	3.9	198	82	5	830	20	45	7	26	1.76
7329239--7329364	42	3.1	42	68	11	116	23	52	4	19	1.65
7329203--7329364	81	2.0	81	87	2	236	23	48	6	22	1.73
7329737--7329821	33	2.6	33	78	0	80	20	44	15	20	1.86
7329780--7329933	33	4.7	33	88	0	218	20	43	24	11	1.84
7330288--7330313	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7334035--7334066	6	5.7	6	92	7	50	0	15	0	84	0.63
7334035--7334065	16	1.9	16	100	0	62	0	16	0	83	0.64
7340512--7340554	22	2.0	22	81	9	52	69	6	11	11	1.35
7345204--7345228	13	1.9	13	100	0	50	20	8	8	64	1.46
7352184--7352232	23	2.0	23	84	7	62	53	2	2	42	1.24
7363792--7363826	15	2.2	17	90	10	56	40	0	2	57	1.14
7364016--7364062	23	2.0	23	95	0	85	63	4	14	17	1.45
7364212--7364422	68	3.1	67	91	4	318	44	9	5	40	1.60
7364411--7364452	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7364426--7364487	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
7366016--7366119	25	4.2	25	71	7	70	22	25	20	32	1.97
7370382--7370445	28	2.3	28	83	0	83	35	29	12	21	1.91
7372503--7372552	22	2.4	21	80	9	66	40	4	4	52	1.39
7376654--7376822	9	19.4	9	79	9	181	32	0	19	47	1.54
7376647--7376822	25	6.8	25	80	8	119	32	0	19	47	1.54
7376618--7376816	34	5.8	34	79	8	199	32	0	19	47	1.53
7380800--7380848	7	6.9	7	84	11	55	36	30	2	30	1.69
7380800--7380855	14	4.0	13	76	21	51	37	32	1	28	1.68
7380806--7380855	21	2.4	21	86	0	73	40	32	0	28	1.57
7381138--7381221	39	2.2	39	89	4	125	51	19	1	28	1.54
7381345--7381569	115	2.0	115	80	5	258	28	23	18	30	1.97
7381343--7381594	115	2.2	115	76	9	253	29	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7381704--7382025	176	1.8	176	86	0	473	25	24	22	27	2.00
7388176--7388225	25	1.9	25	84	8	64	50	6	0	44	1.26
7388310--7388355	22	2.0	24	87	8	69	28	0	0	71	0.86
7388767--7388816	25	2.0	25	84	0	64	18	2	6	74	1.12
7391190--7391547	173	2.1	174	98	1	709	44	17	12	25	1.84
7398648--7398841	63	3.1	63	82	5	243	30	35	15	19	1.92
7398555--7398841	120	2.4	121	81	5	343	29	31	17	20	1.96
7398555--7398841	60	4.7	60	76	9	233	29	31	17	20	1.96
7407367--7407406	21	1.9	21	84	0	53	50	5	7	37	1.53
7410224--7410521	63	4.8	62	74	12	229	30	33	17	18	1.94
7410224--7410521	126	2.4	123	82	5	345	30	33	17	18	1.94
7412136--7412168	6	5.5	6	96	0	57	12	15	36	36	1.84
7412654--7412681	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
7413563--7413696	60	2.3	61	82	11	163	42	13	16	27	1.85
7421339--7421659	110	2.9	110	91	0	527	31	15	16	36	1.91
7424875--7424927	16	3.3	15	92	5	79	39	5	32	22	1.78
7424907--7424996	44	2.0	44	93	2	153	26	4	31	37	1.76
7424907--7425013	45	2.5	43	85	10	141	28	3	32	34	1.75
7425107--7425172	21	3.2	21	77	16	75	56	3	1	39	1.24
7425122--7425159	18	2.2	18	90	4	60	55	2	2	39	1.28
7425108--7425185	41	2.0	40	85	10	106	57	3	1	37	1.25
7427595--7427830	33	6.7	33	69	25	128	32	26	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7427707--7427757	27	1.9	27	96	4	95	29	31	23	15	1.95
7427631--7427871	102	2.4	103	88	1	351	33	25	18	22	1.97
7432454--7432562	46	2.4	46	90	4	170	25	25	13	34	1.93
7432492--7432698	75	2.8	76	93	4	345	28	25	11	35	1.90
7432623--7432672	25	2.0	25	100	0	100	32	24	8	36	1.84
7432769--7432815	19	2.3	21	89	7	71	40	12	0	46	1.42
7434269--7434300	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
7443701--7443773	22	3.6	21	66	25	57	58	0	2	38	1.12
7443704--7443790	40	2.2	40	91	2	140	60	0	2	36	1.09
7443739--7443801	17	3.8	17	68	4	56	65	0	1	33	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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