genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14659957--14660189	46	5.3	46	83	9	315	33	15	21	29	1.94
14660047--14660169	38	3.0	38	87	9	156	34	16	20	29	1.94
14659999--14660169	84	2.0	84	94	2	299	33	17	20	28	1.95
14662008--14662074	20	3.3	20	76	17	68	34	2	4	58	1.34
14679254--14679298	23	2.0	23	90	0	72	31	6	20	42	1.77
14685505--14685574	27	2.6	27	93	0	113	35	27	12	24	1.92
14685910--14685959	21	2.3	20	80	12	55	62	14	2	22	1.42
14688888--14689033	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
14688997--14689265	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
14689040--14689259	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
14688997--14689265	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
14695133--14695185	21	2.5	21	84	6	63	43	3	16	35	1.67
14697495--14697554	29	2.1	28	84	12	77	55	3	0	41	1.16
14704127--14704168	12	3.5	12	75	12	50	9	11	0	78	0.96
14705006--14705033	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
14705911--14705963	25	2.1	25	83	13	65	28	35	0	35	1.58
14725126--14725170	10	4.4	10	80	2	54	33	2	0	64	1.06
14725135--14725175	20	2.0	20	95	0	73	39	2	0	58	1.11
14725200--14725249	20	2.6	19	84	6	73	38	0	10	52	1.35
14725180--14725249	20	3.5	20	80	7	72	37	0	8	54	1.31
14727392--14727459	33	2.1	33	100	0	136	17	29	17	35	1.93
14732473--14732579	30	3.3	30	72	18	97	42	14	2	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14733618--14733663	10	4.6	10	84	10	67	10	13	0	76	1.03
14736208--14736325	36	3.3	36	93	0	200	20	46	5	27	1.73
14736277--14736464	45	4.2	45	91	0	259	17	50	9	23	1.74
14745141--14745175	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
14745437--14745478	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
14749602--14749672	9	7.4	9	76	20	65	73	0	1	25	0.92
14749608--14749674	11	5.6	11	73	16	53	74	0	1	23	0.90
14749552--14749663	40	2.7	41	82	13	133	66	0	1	32	1.03
14749611--14749718	40	2.7	39	76	9	92	67	0	3	28	1.07
14749629--14749722	42	2.3	42	77	7	102	65	0	3	30	1.08
14749671--14749695	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
14757448--14757476	12	2.3	13	94	5	51	68	13	0	17	1.20
14757671--14757783	3	38.7	3	81	7	108	61	0	7	30	1.28
14759331--14760035	99	7.1	97	84	5	813	24	20	21	32	1.98
14759345--14760023	50	13.7	50	67	6	333	24	21	22	31	1.98
14759331--14760035	199	3.6	198	85	2	912	24	20	21	32	1.98
14772369--14772573	3	69.0	3	89	2	308	64	0	3	31	1.10
14772523--14772585	25	2.5	25	87	7	83	65	1	7	25	1.29
14773808--14773852	23	2.0	23	82	4	56	64	6	0	28	1.19
14777146--14777440	109	2.7	108	85	6	411	42	12	14	30	1.83
14777146--14777440	107	2.7	109	88	5	440	42	12	14	30	1.83
14778266--14778919	217	3.0	214	87	5	875	38	13	15	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14778847--14778996	83	1.8	79	84	8	203	44	16	10	29	1.79
14779077--14779301	108	2.1	107	91	3	360	28	16	13	41	1.85
14779294--14779325	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
14779887--14779975	44	2.0	45	93	2	153	24	21	16	37	1.94
14780834--14781219	109	3.6	105	80	12	428	39	11	15	33	1.83
14780848--14781219	108	3.5	107	80	10	427	39	11	15	33	1.84
14784952--14784990	18	2.2	18	85	0	51	46	0	2	51	1.14
14791743--14791777	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69
14792380--14792412	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
14796611--14796663	18	2.9	18	80	2	61	43	45	0	11	1.40
14796784--14796833	9	5.6	9	87	0	73	22	12	26	40	1.88
14796784--14796833	18	2.8	18	93	0	82	22	12	26	40	1.88
14796782--14796833	27	1.9	27	92	0	86	21	11	26	40	1.87
14796875--14796917	14	3.1	14	90	3	61	51	18	6	23	1.70
14801830--14801974	11	13.9	11	75	20	125	40	1	0	57	1.07
14801780--14801974	82	2.4	81	85	7	252	38	2	0	59	1.09
14806033--14806102	33	2.1	33	86	0	95	24	4	24	47	1.70
14816114--14816142	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
14818486--14818524	15	2.8	14	88	7	53	43	7	0	48	1.31
14835895--14835927	11	3.0	11	90	0	57	78	0	21	0	0.75
14837936--14838118	48	3.7	47	81	10	199	36	26	14	21	1.93
14838669--14838707	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14839486--14839674	96	2.0	95	89	1	288	42	7	17	32	1.77
14839905--14839959	19	2.9	19	81	2	67	14	23	29	32	1.94
14840947--14841040	44	2.1	45	86	4	136	32	15	10	40	1.82
14845186--14845218	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
14845255--14845395	46	3.1	46	95	0	246	24	23	13	39	1.90
14847525--14847593	30	2.3	30	85	5	86	27	20	5	46	1.73
14852406--14852521	27	4.3	26	83	5	124	38	21	21	18	1.93
14852406--14852521	54	2.1	54	85	3	153	38	21	21	18	1.93
14857812--14857868	27	2.1	28	86	3	80	49	10	1	38	1.48
14862316--14862351	8	4.5	8	89	0	54	0	0	13	86	0.58
14862320--14862348	14	2.0	15	93	6	51	0	0	10	89	0.48
14866861--14866905	24	1.9	23	81	4	54	13	11	13	62	1.55
14876186--14876244	30	2.0	30	96	0	109	38	27	8	25	1.84
14880129--14880247	51	2.3	51	84	7	143	14	14	21	50	1.77
14880129--14880267	51	2.7	51	80	9	133	13	16	21	48	1.81
14887527--14887553	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
14889225--14889409	50	3.7	50	99	0	361	16	32	23	26	1.96
14889504--14889535	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
14889747--14889804	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
14896755--14897003	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
14896754--14897003	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
14897098--14897129	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897879--14897918	18	2.2	19	86	4	55	2	17	2	77	0.99
14897922--14897994	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
14897923--14897965	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
14897929--14897993	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
14898495--14898534	21	1.9	21	94	0	71	30	15	25	30	1.95
14900940--14900992	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
14903320--14903379	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
14903329--14903362	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
14904763--14904822	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
14905757--14905823	29	2.3	30	82	14	86	49	5	11	32	1.64
14906276--14906329	4	13.5	4	100	0	108	50	24	0	25	1.50
14906853--14906890	16	2.5	16	87	8	53	63	2	0	34	1.09
14907635--14907723	29	3.2	28	80	12	87	40	1	2	56	1.19
14907840--14907882	12	3.5	12	77	3	50	58	0	0	41	0.98
14910738--14910835	49	2.0	49	100	0	196	16	6	30	46	1.71
14911177--14911242	20	3.3	20	71	12	73	21	13	13	51	1.75
14911172--14911251	39	2.1	39	100	0	160	20	15	17	47	1.83
14914605--14914752	39	3.8	38	82	3	170	28	27	20	23	1.99
14915716--14915824	39	2.8	38	90	2	128	27	27	21	23	1.99
14919210--14919456	118	2.1	118	95	0	440	38	15	7	38	1.76
14925123--14925187	23	2.7	25	69	23	59	23	6	6	64	1.39
14925132--14925260	15	8.9	14	73	17	70	24	6	2	65	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14925132--14925239	29	3.8	28	69	18	78	25	7	2	64	1.33
14925216--14925286	21	3.2	24	77	20	82	29	8	0	61	1.25
14925249--14925597	152	2.3	149	93	4	479	26	9	3	61	1.43
14930462--14930508	19	2.5	20	86	6	62	40	10	23	25	1.87
14933993--14934031	17	2.4	17	87	12	55	56	7	20	15	1.63
14934411--14934533	3	41.0	3	69	9	72	65	2	5	26	1.27
14935731--14935808	36	2.2	37	79	6	88	34	5	6	53	1.48
14937986--14938034	21	2.2	22	79	17	57	38	0	0	61	0.96
14965242--14965288	16	2.9	16	78	6	51	61	12	21	4	1.48
14969048--14969094	16	2.9	16	78	6	51	61	12	21	4	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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