genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289008--28289245	118	2.0	118	96	0	440	36	13	11	38	1.81
28289290--28289669	193	2.0	193	94	0	670	33	18	8	38	1.82
28290306--28290404	23	4.3	23	83	5	137	30	29	19	21	1.97
28290306--28290403	46	2.1	46	90	0	151	30	29	19	20	1.97
28290630--28290668	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28294754--28294786	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
28301746--28301812	34	1.9	35	84	3	91	44	13	8	32	1.75
28318621--28318715	49	1.9	49	83	8	122	43	8	16	31	1.78
28324901--28325003	28	3.9	27	71	12	88	40	12	0	45	1.49
28324891--28324994	51	2.0	51	96	0	190	37	10	0	50	1.43
28325241--28325291	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
28335961--28336032	27	2.7	27	91	0	108	30	33	19	16	1.94
28345716--28345757	15	2.6	17	75	17	54	23	7	9	59	1.53
28347390--28347439	15	3.2	15	80	8	64	20	6	4	70	1.25
28356302--28356342	21	1.9	22	85	5	57	51	14	14	19	1.77
28365755--28365793	18	2.1	19	85	4	53	10	10	2	76	1.10
28388235--28388324	29	2.9	31	74	14	80	43	21	13	22	1.87
28399927--28400211	140	2.0	141	93	0	482	37	13	15	33	1.87
28405134--28405255	43	2.9	41	81	4	145	25	18	26	30	1.98
28407057--28407216	59	2.8	57	82	7	189	27	13	20	38	1.90
28407057--28407289	29	8.1	29	75	7	170	25	13	21	39	1.89
28407061--28407327	57	4.6	57	76	6	166	25	13	22	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28412005--28412163	60	2.7	60	80	2	167	44	3	10	42	1.55
28416107--28416170	23	2.8	24	83	7	78	43	0	9	46	1.35
28417014--28417071	22	2.6	23	81	8	66	24	1	1	72	1.03
28417701--28417734	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
28424216--28424267	23	2.3	23	93	0	86	36	1	13	48	1.54
28424226--28424267	13	3.5	13	75	18	54	38	0	14	47	1.44
28426068--28426103	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
28426339--28426373	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28426226--28426542	157	2.0	157	96	0	589	44	3	4	47	1.40
28426476--28426517	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28426485--28426526	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28426296--28426545	76	3.1	82	64	24	215	47	3	3	46	1.34
28426474--28426771	120	2.5	121	93	4	505	49	4	2	42	1.37
28426595--28426646	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
28426812--28426859	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
28426767--28426995	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
28430492--28430662	25	7.1	25	75	15	189	35	8	7	49	1.60
28430496--28430662	23	7.0	24	75	14	175	34	8	7	49	1.60
28430480--28430662	48	3.8	48	99	0	357	36	7	6	49	1.57
28435154--28435204	13	3.9	13	80	10	68	29	5	27	37	1.80
28436865--28436933	32	2.2	32	97	0	129	23	4	31	40	1.74
28444337--28444386	18	2.7	18	93	3	82	46	14	6	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28447629--28447685	17	3.4	17	83	9	64	61	5	1	31	1.28
28449655--28449685	12	2.5	13	94	5	55	16	22	0	61	1.34
28457369--28457404	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
28462321--28462358	6	6.2	6	96	3	67	15	2	0	81	0.80
28467800--28467845	21	2.1	22	84	4	58	39	0	6	54	1.26
28477955--28478024	34	2.1	34	89	5	106	30	10	21	38	1.86
28480742--28480797	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
28492217--28492247	13	2.3	14	94	5	55	12	0	0	87	0.55
28505148--28505213	24	2.7	24	88	2	96	25	21	24	28	1.99
28505152--28505240	25	3.6	24	82	8	99	26	21	24	26	1.99
28509252--28509289	20	2.0	20	94	5	69	26	10	13	50	1.73
28509717--28509755	21	1.9	21	89	5	62	41	25	5	28	1.77
28511694--28511732	19	2.1	19	90	0	60	41	2	5	51	1.38
28512702--28512736	17	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
28515819--28515903	42	2.0	42	100	0	170	16	11	32	38	1.85
28523604--28523686	41	2.0	40	83	4	103	25	16	25	32	1.96
28524282--28524368	25	3.5	25	69	13	81	24	17	13	44	1.85
28524310--28524391	23	3.5	23	68	12	76	26	18	15	39	1.91
28524263--28524491	48	4.7	49	85	2	300	26	16	15	41	1.88
28524263--28524491	99	2.3	97	86	3	316	26	16	15	41	1.88
28531466--28531577	42	2.7	42	78	2	118	28	16	25	29	1.97
28532138--28532224	25	3.5	25	69	13	81	24	17	13	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28532166--28532247	23	3.5	23	66	12	67	26	17	15	40	1.89
28532123--28532346	48	4.6	48	85	5	288	25	15	16	42	1.87
28532123--28532346	99	2.3	96	86	3	306	25	15	16	42	1.87
28533406--28533468	27	2.4	27	74	12	67	50	17	7	23	1.72
28534957--28535270	157	2.0	157	98	0	610	32	31	19	15	1.94
28542615--28542666	25	2.0	27	85	7	72	44	1	0	53	1.11
28547230--28547287	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
28547230--28547355	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
28547462--28547516	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
28547641--28547740	44	2.4	41	79	11	105	32	28	5	35	1.79
28547650--28547747	45	2.2	44	80	8	117	32	26	5	35	1.78
28547728--28547779	16	3.2	16	91	0	77	34	34	0	30	1.58
28552604--28552645	18	2.3	19	88	12	61	47	2	7	42	1.43
28552614--28552656	19	2.3	18	84	8	50	44	2	9	44	1.49
28561215--28561248	17	2.0	17	100	0	68	11	11	35	41	1.78
28575360--28575396	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28583075--28583133	27	2.2	27	96	0	109	52	32	0	15	1.43
28590194--28591430	617	2.0	617	97	0	2339	34	17	13	33	1.89
28604404--28604572	73	2.3	73	88	7	254	59	10	17	13	1.61
28607220--28607277	27	2.1	27	84	6	73	32	25	10	31	1.89
28611822--28611887	28	2.4	28	80	14	75	18	6	1	74	1.10
28615866--28615920	20	2.8	19	86	8	74	27	9	21	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28615886--28616064	93	1.9	92	83	9	231	27	13	16	42	1.85
28623454--28623653	27	7.4	27	76	3	172	42	18	20	18	1.89
28623454--28623653	81	2.5	80	83	9	253	42	18	20	18	1.89
28623826--28623902	26	3.0	26	86	0	109	19	24	19	36	1.95
28630961--28631074	27	4.2	27	83	4	140	47	19	15	17	1.83
28630961--28631074	54	2.1	54	86	0	156	47	19	15	17	1.83
28648303--28649034	167	4.4	171	79	8	654	32	12	10	44	1.76
28648307--28649027	84	8.7	84	77	9	545	33	12	10	44	1.76
28648982--28649093	59	1.9	59	83	3	145	25	11	11	50	1.72
28648991--28649107	59	2.0	59	81	3	137	23	10	12	52	1.70
28652103--28652280	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
28652104--28652259	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
28652100--28652280	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
28657775--28659328	777	2.0	777	98	0	3036	26	16	21	34	1.95
28659571--28659637	34	1.9	35	87	3	100	46	8	8	35	1.67
28660577--28660655	13	6.1	13	85	5	115	37	24	6	31	1.80
28662322--28662773	234	1.9	234	98	0	877	28	19	14	36	1.92
28668744--28668774	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
28669500--28669906	103	3.9	107	86	3	556	31	19	17	31	1.95
28674518--28674625	41	2.6	40	75	2	99	32	25	19	23	1.97
28703052--28703228	46	3.8	46	92	1	284	36	9	24	29	1.86
28706453--28706514	26	2.4	26	91	0	97	35	16	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28716884--28716920	19	1.9	19	88	0	56	56	8	2	32	1.43
28717235--28717667	113	3.9	111	83	6	500	56	16	2	24	1.53
28727213--28727270	30	1.9	30	100	0	116	39	20	13	25	1.90
28728327--28728413	33	2.7	32	77	12	95	47	17	9	26	1.77
28728393--28728459	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
28728441--28728481	14	2.9	14	82	13	57	41	12	12	34	1.80
28728428--28728481	28	1.9	28	88	0	81	42	12	9	35	1.75
28730613--28730670	27	2.1	27	83	0	71	53	3	1	41	1.28
28737218--28737253	17	2.1	17	100	0	72	47	11	5	36	1.63
28738874--28738949	33	2.3	32	80	6	89	35	17	21	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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