genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25730673--25730767	50	1.9	50	93	4	165	49	6	8	35	1.59
25734493--25734825	167	2.0	167	97	0	630	38	16	11	34	1.84
25736270--25736317	20	2.4	20	92	0	87	27	20	8	43	1.80
25736487--25736547	30	2.0	30	87	0	86	31	11	1	55	1.45
25740174--25740207	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
25755343--25755401	7	8.1	7	72	20	50	3	16	3	76	1.06
25755337--25755401	22	3.0	22	76	17	64	4	18	3	73	1.13
25755343--25755400	15	4.1	13	75	25	55	3	17	3	75	1.07
25758457--25758486	9	3.3	9	100	0	60	90	0	10	0	0.47
25772692--25772732	8	5.1	8	96	0	73	48	12	0	39	1.41
25772683--25772737	24	2.2	25	83	9	76	45	18	0	36	1.49
25776081--25776145	30	2.2	30	94	0	112	56	15	3	24	1.53
25776175--25776217	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
25776183--25776221	11	3.5	11	82	0	51	61	7	10	20	1.52
25782143--25782193	23	2.2	23	92	0	84	64	3	1	29	1.22
25784151--25784199	25	1.9	26	84	12	66	42	8	12	36	1.72
25785436--25785460	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
25804070--25804115	18	2.3	21	89	10	71	43	0	56	0	0.99
25805834--25805862	7	4.1	7	100	0	58	0	0	27	72	0.85
25812146--25812252	33	3.2	33	94	0	169	40	30	7	21	1.81
25817457--25817543	33	2.7	32	77	13	97	45	18	9	26	1.79
25817524--25817588	34	1.9	33	84	9	87	41	12	10	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25823776--25823839	12	5.2	12	80	12	67	73	10	0	15	1.09
25823792--25823861	23	3.1	23	82	11	74	77	7	1	14	1.05
25823795--25823853	6	10.0	6	87	3	66	76	6	1	15	1.07
25825287--25825333	15	3.1	15	84	3	58	63	8	4	23	1.40
25829365--25829407	22	2.0	22	86	4	61	67	2	9	20	1.30
25841108--25841152	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
25846691--25847248	279	2.0	280	97	0	1046	42	9	14	33	1.79
25853879--25853931	3	17.7	3	88	0	79	69	0	28	1	0.99
25856078--25856122	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
25860283--25860337	28	1.9	29	85	3	76	70	0	7	21	1.11
25870014--25870080	29	2.3	29	81	0	80	37	14	26	20	1.92
25870097--25870172	30	2.5	30	81	12	93	36	14	23	25	1.93
25870011--25870172	60	2.7	57	74	11	148	37	15	25	22	1.93
25870044--25870260	90	2.4	90	81	6	237	37	14	24	22	1.92
25870151--25870230	30	2.7	30	78	0	97	43	11	25	20	1.84
25872433--25872577	25	5.8	24	79	13	143	30	20	25	24	1.98
25872429--25872577	75	2.0	75	86	2	210	30	20	24	24	1.99
25878794--25878879	41	2.1	41	95	0	154	31	6	18	43	1.77
25886914--25886941	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
25887979--25888094	25	4.6	25	67	16	78	25	17	25	32	1.96
25888006--25888103	50	2.0	50	87	4	144	26	17	23	32	1.96
25890187--25890260	39	1.9	38	86	2	103	52	5	35	6	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25910569--25911230	331	2.0	331	100	0	1324	46	16	12	24	1.82
25914334--25914385	24	2.2	23	80	6	59	44	11	21	23	1.84
25928037--25928061	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
25929345--25929383	13	2.9	13	88	3	51	61	2	5	30	1.31
25929619--25929676	26	2.2	27	78	9	66	46	0	13	39	1.44
25931645--25931684	14	2.9	14	82	17	57	30	0	0	70	0.88
25931721--25931783	29	2.3	26	84	12	83	55	15	4	23	1.59
25931731--25931788	29	2.0	29	100	0	116	55	17	3	24	1.57
25931914--25931955	21	2.0	22	85	4	59	61	21	11	4	1.48
25937687--25937730	5	8.6	5	80	5	52	40	2	18	38	1.63
25948397--25948559	43	3.8	43	75	6	143	34	26	16	22	1.95
25954339--25954366	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
25955551--25955592	16	2.6	16	85	7	50	71	2	14	11	1.24
25955946--25955994	24	2.0	25	88	8	73	44	4	12	38	1.61
25959667--25959725	11	5.5	11	75	20	54	64	1	0	33	1.04
25965590--25965625	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
25969343--25969369	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
25976139--25976171	5	6.6	5	90	10	50	84	0	15	0	0.61
25979851--25979891	19	2.1	20	90	4	66	48	0	0	51	1.00
25988752--25989156	110	3.7	109	90	2	611	34	20	15	30	1.93
25989254--25989286	16	2.2	15	89	10	50	81	0	0	18	0.68
25989254--25989286	5	6.6	5	90	10	50	81	0	0	18	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25989734--25989764	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
25990513--25990545	15	2.1	16	94	5	59	12	15	6	66	1.42
25991286--25991758	219	2.2	218	93	0	802	27	21	20	30	1.98
25991499--25991839	172	2.0	172	88	2	504	28	22	19	29	1.98
25991420--25991835	87	4.8	84	73	6	305	28	21	19	30	1.98
25991286--25991835	44	12.7	43	70	10	255	28	21	19	30	1.98
25991879--25992639	125	6.1	125	97	0	1405	25	19	19	35	1.95
26003529--26003563	16	2.2	16	89	0	52	45	20	17	17	1.85
26005116--26005184	17	3.9	17	70	14	59	50	10	7	31	1.63
26006447--26006516	19	3.7	18	75	11	52	2	22	2	71	1.13
26009794--26010118	110	3.0	109	86	3	395	26	19	22	31	1.97
26010838--26011164	90	3.6	90	84	4	428	25	5	14	53	1.64
26023223--26023400	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26023244--26023399	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26027091--26027134	5	8.2	5	82	12	52	18	20	2	59	1.49
26027115--26027189	19	3.7	20	84	12	100	25	12	1	61	1.38
26027126--26027189	19	3.3	19	87	8	101	25	12	0	62	1.30
26027110--26027189	40	2.1	37	82	15	94	23	13	1	61	1.40
26027233--26027288	17	2.9	19	80	20	64	23	14	0	62	1.31
26027315--26027354	21	1.9	21	94	0	71	30	5	0	65	1.14
26027317--26027362	21	2.2	21	84	7	58	30	6	0	63	1.20
26027576--26027630	6	9.8	6	88	7	73	18	25	0	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26027573--26027630	22	2.6	22	94	2	98	17	24	0	58	1.38
26027623--26027723	21	4.5	21	72	17	78	24	12	0	61	1.38
26027625--26027673	22	2.3	21	82	10	55	24	12	0	63	1.29
26027617--26027706	26	3.6	26	71	18	82	24	14	0	61	1.33
26027621--26027713	48	1.9	48	88	0	141	23	13	1	61	1.39
26027741--26027856	44	2.7	44	89	1	171	34	4	12	49	1.60
26029362--26029387	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
26029598--26029931	109	3.1	107	79	3	346	32	20	18	28	1.96
26030413--26030468	23	2.4	24	82	11	71	33	0	3	62	1.12
26031192--26031246	21	2.7	20	83	10	76	36	1	0	61	1.06
26037075--26037173	33	3.2	33	65	26	88	54	17	0	28	1.43
26037096--26037192	31	3.2	31	63	21	78	58	15	0	25	1.37
26037100--26037198	26	3.5	26	65	21	65	56	14	0	29	1.38
26037077--26037211	60	2.2	60	96	0	243	54	14	0	30	1.41
26037114--26037210	30	3.2	30	65	21	85	55	13	0	30	1.38
26037458--26037493	3	12.3	3	91	5	56	0	27	0	72	0.85
26037467--26037524	20	2.7	21	75	17	57	1	31	0	67	1.01
26038058--26038135	37	2.1	37	97	0	147	44	19	3	32	1.68
26038736--26038785	25	2.0	25	100	0	100	60	24	0	16	1.36
26042270--26042308	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
26042427--26042455	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
26042542--26042640	23	4.3	23	97	0	189	23	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26047745--26048157	132	3.1	131	88	2	603	27	23	18	30	1.98
26048136--26049144	46	22.0	46	90	1	1450	29	26	16	27	1.97
26049893--26049939	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
26050910--26050942	7	4.6	7	92	7	57	0	12	0	87	0.53
26050910--26050942	15	2.3	15	94	5	59	0	12	0	87	0.53
26050958--26051019	8	8.2	8	81	13	62	9	0	8	82	0.85
26050970--26051020	15	3.3	15	86	5	66	7	0	7	84	0.78
26054753--26054798	18	2.6	18	79	3	58	50	2	10	36	1.50
26056284--26056460	72	2.4	73	89	3	259	29	20	16	33	1.95
26056500--26056887	73	5.2	73	87	4	467	33	19	18	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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