genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943906--7943935	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
7946818--7946857	21	1.9	21	94	0	71	22	0	32	45	1.53
7947169--7947226	29	1.9	31	86	6	84	56	0	1	41	1.09
7955717--7955776	15	3.8	16	78	12	61	65	5	0	30	1.14
7958312--7958527	86	2.4	87	82	8	260	29	11	23	36	1.89
7967678--7967744	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
7967693--7967731	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
7972471--7972543	24	3.0	24	89	0	119	36	4	46	12	1.61
7975303--7975335	17	1.9	17	93	0	57	39	9	0	51	1.34
7975649--7975718	16	4.3	16	68	10	52	58	2	2	35	1.28
7993587--7993627	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7997814--7997841	13	2.2	13	100	0	56	57	14	7	21	1.61
8002652--8002697	21	2.2	21	84	0	56	28	4	4	63	1.33
8009496--8009539	23	1.9	23	90	0	70	61	6	2	29	1.34
8010064--8010114	15	3.3	15	74	15	50	60	1	5	31	1.31
8014664--8014714	25	2.0	25	100	0	102	41	15	23	19	1.90
8019888--8019927	15	2.8	14	85	7	53	67	2	2	27	1.16
8021241--8021277	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
8021427--8021477	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
8021466--8021499	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
8022199--8022240	9	4.8	9	77	16	52	33	0	7	59	1.25
8022371--8022447	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8022371--8022428	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
8022591--8022686	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
8047189--8047213	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8052588--8052682	48	2.0	48	97	0	181	40	11	12	35	1.80
8053698--8053738	13	3.1	13	82	6	55	2	19	4	73	1.13
8054468--8054528	26	2.4	25	76	15	61	27	1	6	63	1.28
8056339--8056366	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
8057604--8057804	112	1.8	111	82	5	262	36	16	14	31	1.90
8061294--8061358	26	2.5	24	79	13	76	69	3	4	23	1.21
8069725--8069776	26	2.0	26	92	7	88	34	11	19	34	1.88
8072396--8072433	20	1.9	20	84	10	51	18	10	15	55	1.68
8075246--8075285	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
8075231--8075297	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
8076258--8076299	21	2.0	21	95	0	75	33	21	14	30	1.93
8085433--8086273	432	2.0	417	86	4	1153	30	15	26	27	1.96
8097133--8097169	16	2.2	18	86	13	53	59	0	0	40	0.97
8101043--8101083	21	2.0	21	85	9	57	65	7	4	21	1.37
8102345--8102388	21	2.1	21	91	0	70	20	29	20	29	1.98
8108260--8108314	27	2.0	27	92	0	92	38	9	18	34	1.82
8124427--8124499	23	3.1	23	77	13	62	47	0	1	50	1.09
8124435--8124499	22	2.9	23	78	19	66	46	0	1	52	1.10
8124435--8124498	21	3.0	21	78	17	60	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8148209--8148233	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8151915--8151942	13	2.2	13	100	0	56	28	7	25	39	1.82
8152799--8152824	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8154219--8154339	55	2.2	55	82	5	147	22	30	1	45	1.62
8159498--8159554	15	3.6	16	77	17	64	35	8	14	42	1.76
8164874--8164925	20	2.5	20	81	9	61	3	19	61	15	1.48
8165168--8165340	29	5.9	29	83	7	104	42	2	19	35	1.64
8165229--8165339	29	3.8	29	90	2	161	43	1	18	36	1.60
8165167--8165340	59	3.0	57	77	7	156	43	2	18	35	1.63
8165853--8165973	55	2.2	55	83	5	156	22	31	0	45	1.58
8167792--8167816	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8167932--8167980	23	2.2	22	81	3	53	26	10	2	61	1.39
8174134--8174164	6	5.2	6	92	0	53	3	0	32	64	1.09
8174134--8174169	18	2.0	18	94	0	63	5	0	30	63	1.17
8182638--8182677	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
8182624--8182689	35	1.9	34	87	6	98	33	7	12	46	1.69
8186870--8186915	22	2.1	22	87	0	65	23	8	10	56	1.61
8191010--8191044	14	2.4	15	90	4	54	71	2	0	25	1.00
8191040--8191143	30	3.5	30	80	7	113	31	22	2	43	1.68
8215777--8215965	100	1.9	99	93	1	324	53	8	6	31	1.57
8218512--8218625	45	2.5	45	78	2	131	39	12	24	23	1.89
8226962--8226987	7	3.7	7	100	0	52	73	0	11	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8228228--8228274	21	2.2	22	84	3	60	51	2	6	40	1.39
8229362--8229390	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
8229623--8229697	33	2.2	36	79	11	86	50	2	2	44	1.30
8236815--8236934	38	3.2	37	85	3	152	14	7	23	55	1.64
8238608--8238703	40	2.4	40	87	3	131	37	4	4	54	1.39
8238636--8238735	27	3.7	27	80	5	105	37	4	5	54	1.41
8238570--8238703	13	10.2	13	76	10	103	38	3	4	52	1.39
8241148--8241184	9	4.1	9	92	0	65	35	13	40	10	1.80
8241965--8242012	25	1.9	25	100	0	96	39	4	8	47	1.53
8242082--8242115	16	2.1	16	88	0	50	50	2	5	41	1.42
8245102--8245201	52	1.9	52	91	0	164	34	15	23	28	1.94
8245176--8245284	37	3.0	37	91	2	177	36	15	22	25	1.93
8251368--8251426	30	1.9	31	89	3	93	23	5	16	54	1.62
8254662--8254716	26	2.1	26	100	0	110	36	3	23	36	1.73
8254670--8254726	26	2.2	26	84	3	71	40	5	21	33	1.75
8260647--8260694	19	2.5	18	80	12	51	68	10	8	12	1.39
8266704--8266728	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8273779--8273844	33	2.0	32	97	2	123	27	22	15	33	1.94
8300043--8300081	20	2.0	20	85	10	53	58	2	0	38	1.12
8304042--8304083	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
8311012--8311101	42	2.1	42	89	0	135	15	30	28	25	1.96
8315836--8315897	6	10.7	6	75	13	58	14	4	1	79	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8315850--8315897	17	2.7	17	84	9	53	14	4	2	79	0.98
8315836--8315897	23	2.6	24	84	2	72	14	4	1	79	0.98
8317328--8317526	106	1.9	107	88	5	305	26	19	19	34	1.96
8320539--8320721	92	2.0	93	97	2	352	32	12	14	40	1.83
8321785--8321815	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
8321904--8321933	15	2.0	15	93	0	51	13	0	10	76	1.01
8326643--8326667	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
8328673--8328829	25	6.4	25	82	5	124	39	18	22	19	1.92
8328696--8328830	25	5.4	24	85	2	153	38	18	23	19	1.93
8328676--8328829	50	3.1	50	83	4	181	38	18	22	20	1.93
8328676--8328829	75	2.1	72	83	8	186	38	18	22	20	1.93
8331911--8331952	13	3.1	14	83	10	52	73	4	0	21	1.01
8340003--8340059	23	2.3	25	80	16	66	47	8	1	42	1.45
8340178--8340203	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
8340507--8340569	32	2.0	32	87	6	92	52	3	3	41	1.33
8341272--8341297	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
8343555--8343596	13	3.1	14	83	10	52	73	4	0	21	1.01
8345339--8345373	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8355411--8355486	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
8355425--8355468	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
8355448--8355485	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
8355704--8355735	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8356143--8356185	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
8356143--8356185	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
8369030--8369350	162	2.0	162	92	2	538	23	21	19	35	1.96
8374466--8374502	16	2.2	17	86	13	51	8	21	2	67	1.29
8374834--8374865	10	3.2	10	90	0	55	46	0	0	53	1.00
8376573--8376816	46	5.6	45	82	12	296	34	14	22	29	1.93
8376609--8376681	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
8376573--8376816	82	2.8	85	84	11	320	34	14	22	29	1.93
8378789--8378869	3	26.0	3	75	16	67	62	1	3	32	1.20
8379631--8379657	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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