genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24143166--24143303	18	7.3	18	68	13	73	43	0	2	53	1.18
24143461--24143567	45	2.6	40	79	17	128	29	28	6	34	1.83
24143480--24143569	45	2.0	44	91	6	146	32	28	6	32	1.83
24143549--24143597	16	3.1	16	93	0	89	22	36	6	34	1.79
24143772--24143805	17	2.0	17	88	0	50	17	2	2	76	1.04
24149336--24149570	50	4.6	50	82	3	227	22	28	20	28	1.99
24155224--24155357	71	1.9	72	90	1	216	35	7	8	47	1.63
24167456--24167495	17	2.4	17	95	0	71	22	27	37	12	1.90
24167453--24167544	35	2.7	35	75	1	96	22	23	35	17	1.95
24169037--24169081	15	2.9	15	81	15	56	60	24	2	13	1.45
24175428--24175459	11	2.9	11	95	0	55	34	18	0	46	1.49
24184544--24184581	20	1.9	20	88	0	58	57	7	10	23	1.58
24185063--24185087	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24187039--24187116	24	3.2	24	74	3	86	29	20	12	37	1.90
24187027--24187179	48	3.2	47	81	7	166	28	16	15	39	1.90
24187053--24187190	71	2.0	70	80	1	159	28	15	14	40	1.87
24187060--24187186	24	5.3	24	81	1	121	29	17	15	37	1.91
24187101--24187190	47	1.9	47	84	4	119	27	15	15	41	1.88
24188018--24188151	3	44.7	3	98	0	259	32	0	0	67	0.91
24188704--24188795	37	2.4	40	81	12	106	59	3	4	32	1.33
24192802--24192859	26	2.3	26	88	8	84	12	20	24	43	1.86
24192935--24192983	24	2.0	25	88	4	73	20	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24195110--24195181	35	2.1	35	89	0	108	26	16	19	37	1.93
24196502--24196586	42	2.0	43	86	2	118	27	25	32	14	1.94
24205491--24205559	31	2.2	32	82	12	90	43	4	7	44	1.51
24205761--24205836	37	2.1	37	87	5	109	40	13	17	28	1.87
24207113--24207169	28	2.0	28	100	0	114	31	10	3	54	1.51
24208779--24208909	61	2.2	61	89	4	196	41	3	4	49	1.41
24209824--24210072	68	3.7	68	88	0	372	39	18	18	23	1.92
24212744--24212800	20	2.8	21	71	10	55	29	10	22	36	1.88
24216550--24216597	23	2.0	25	84	8	64	35	8	2	54	1.42
24219787--24219835	24	2.0	24	100	0	98	32	18	0	48	1.48
24221423--24221473	21	2.4	21	86	0	66	33	9	9	47	1.70
24224077--24224112	17	2.1	17	89	0	54	41	11	5	41	1.64
24224872--24224928	26	2.2	26	81	6	62	29	31	0	38	1.58
24236968--24237032	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15
24236983--24237079	29	3.5	28	78	8	99	57	1	8	32	1.35
24238780--24238961	50	3.6	50	77	1	204	28	19	21	31	1.97
24238740--24238966	100	2.3	100	85	2	312	29	18	19	32	1.96
24238766--24238983	50	4.4	49	75	3	193	27	20	18	33	1.96
24238993--24239364	132	2.8	132	90	0	573	25	25	20	28	1.99
24239190--24239306	44	2.6	44	81	6	112	27	29	17	26	1.97
24240307--24240361	26	2.1	26	86	0	74	56	12	12	18	1.67
24242733--24242923	50	3.7	49	80	10	186	27	23	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24250218--24250466	50	4.8	50	82	3	273	25	23	29	22	1.99
24260643--24260710	34	2.0	34	94	0	118	25	25	25	25	2.00
24261795--24261887	29	3.2	28	80	10	82	59	0	5	35	1.21
24261810--24261887	19	4.1	19	69	16	54	60	0	5	34	1.19
24261810--24261903	29	3.3	29	82	4	104	60	0	6	32	1.22
24261810--24261875	10	6.9	10	74	10	66	62	0	4	33	1.16
24261810--24261875	19	3.5	20	77	8	66	62	0	4	33	1.16
24281239--24281267	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
24283730--24283774	21	2.1	21	100	0	90	20	31	8	40	1.83
24291595--24291624	13	2.3	13	94	0	51	0	26	16	56	1.40
24291759--24291800	22	1.9	22	85	0	57	21	4	45	28	1.72
24296578--24296626	22	2.2	22	92	0	80	40	8	2	48	1.44
24303297--24303344	24	2.1	22	81	11	53	52	10	12	25	1.71
24303305--24303349	24	1.9	23	90	4	72	53	8	13	24	1.68
24308659--24308691	17	1.9	17	88	11	50	60	9	9	21	1.54
24311437--24311466	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
24312535--24312577	18	2.4	17	77	11	50	2	20	6	69	1.23
24313133--24313412	94	3.0	94	78	8	273	29	19	18	32	1.96
24321927--24322110	40	4.6	40	80	9	198	24	22	28	25	1.99
24321979--24322143	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
24328983--24329049	32	2.2	30	83	5	80	68	5	17	7	1.34
24335561--24335591	12	2.6	12	94	0	53	29	0	48	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24338631--24338656	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24342998--24343046	18	2.7	18	87	0	71	26	6	10	57	1.55
24344854--24344897	22	1.9	24	86	9	65	45	0	13	40	1.44
24365226--24365254	3	10.0	3	92	7	51	34	0	31	34	1.58
24369704--24369755	21	2.3	24	83	9	65	26	0	7	65	1.20
24369707--24369758	24	2.2	23	86	13	70	23	0	7	69	1.14
24369716--24369766	25	2.2	22	86	10	66	19	0	9	70	1.14
24372502--24372563	28	2.2	29	85	2	90	33	17	1	46	1.58
24373412--24373446	18	1.9	18	94	0	61	40	28	2	28	1.71
24373547--24373591	22	2.0	22	95	0	81	28	20	2	48	1.61
24374784--24374910	64	2.0	64	98	0	245	43	6	4	45	1.50
24375732--24375771	21	2.0	21	85	5	55	40	7	2	50	1.44
24376101--24376163	31	2.0	31	82	11	76	47	7	3	41	1.48
24387701--24387889	54	3.3	54	68	18	146	42	1	4	51	1.30
24387846--24387896	16	3.2	16	75	13	52	49	0	1	49	1.12
24388106--24388159	16	3.4	16	89	0	63	35	33	1	29	1.69
24394003--24394125	61	2.0	60	85	6	167	34	15	17	32	1.92
24394133--24394192	23	2.6	23	89	0	93	36	16	13	33	1.88
24394398--24394430	17	1.9	17	93	0	57	21	12	21	45	1.84
24394373--24394478	46	2.3	46	85	6	160	29	13	15	42	1.84
24396558--24396601	23	1.9	23	85	0	61	11	27	20	40	1.86
24398337--24398388	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24398341--24398394	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61
24399392--24399421	6	4.8	6	95	4	51	16	30	0	53	1.44
24401120--24401206	41	2.1	41	86	0	129	35	17	28	18	1.93
24403092--24403245	77	2.0	77	94	0	272	51	13	13	20	1.75
24403420--24403507	30	2.9	30	91	0	131	14	30	34	20	1.93
24415157--24415276	26	4.6	25	77	6	87	22	18	22	36	1.95
24415183--24415294	52	2.2	52	85	3	145	21	16	25	37	1.93
24415206--24415324	26	4.6	26	80	0	130	19	15	29	36	1.92
24415183--24415324	52	2.7	52	81	4	144	21	16	26	35	1.94
24423016--24423100	26	3.3	26	70	9	84	23	11	24	40	1.88
24423064--24423140	26	2.9	28	81	12	76	19	12	27	40	1.88
24422996--24423123	51	2.5	50	78	3	139	22	14	26	35	1.93
24427652--24427894	124	2.0	124	88	3	364	30	15	23	31	1.95
24431112--24431903	23	30.3	29	76	15	492	29	1	22	46	1.59
24431115--24431716	52	11.3	57	76	15	263	29	0	23	46	1.59
24431254--24431882	126	5.0	125	86	8	752	28	0	22	48	1.55
24431191--24431863	149	4.4	151	80	12	602	28	0	23	47	1.57
24434041--24434074	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
24434271--24434312	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24434284--24434342	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
24434314--24434405	22	4.2	21	84	8	121	39	0	28	32	1.57
24434262--24434364	52	2.0	51	83	9	129	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438275--24438474	40	5.0	40	85	4	269	20	30	15	34	1.93
24438276--24438484	80	2.6	80	87	3	296	21	30	15	33	1.94
24445125--24445324	40	5.0	40	85	4	269	20	30	15	34	1.93
24445126--24445334	80	2.6	80	87	3	296	21	30	15	33	1.94
24453052--24453251	40	5.0	40	85	4	269	20	30	15	34	1.93
24453053--24453261	80	2.6	80	87	3	296	21	30	15	33	1.94
24475313--24475495	89	2.1	89	97	1	350	30	13	11	44	1.78
24476631--24476685	21	2.5	23	85	5	69	29	18	1	50	1.57
24487199--24487237	18	2.2	18	95	0	69	46	15	0	38	1.46
24487434--24487476	13	3.3	13	78	12	52	30	20	0	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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