genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19635375--19635599	49	4.5	49	82	2	252	26	17	26	29	1.97
19635375--19635556	99	1.8	101	86	2	269	26	17	26	29	1.97
19643891--19644299	35	11.6	35	80	3	311	29	12	25	31	1.93
19643891--19644156	105	2.5	105	87	3	354	31	12	25	30	1.92
19648208--19648492	142	2.0	142	95	0	516	36	25	15	22	1.93
19648724--19648756	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
19649222--19649276	19	3.1	17	82	12	65	67	1	0	30	1.01
19649217--19649417	20	10.2	20	69	12	69	55	2	5	35	1.38
19649223--19649394	10	17.3	10	67	13	52	59	3	4	33	1.33
19655759--19656124	47	7.7	47	92	2	563	33	8	29	28	1.86
19655759--19656124	143	2.6	141	91	1	590	33	8	29	28	1.86
19660478--19660511	6	5.8	6	93	3	52	35	0	26	38	1.57
19661201--19661232	12	2.4	14	90	10	50	78	0	9	12	0.97
19662904--19662949	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
19669640--19669695	24	2.4	24	80	17	64	33	12	12	41	1.81
19685392--19685436	21	2.2	20	84	4	54	40	2	17	40	1.62
19688319--19688446	62	2.0	63	89	4	197	43	6	7	42	1.58
19691141--19691727	301	2.0	294	83	4	739	38	8	14	38	1.77
19696392--19696512	46	2.7	43	83	10	136	28	19	28	24	1.98
19699314--19699344	13	2.4	13	94	0	53	58	6	9	25	1.54
19699504--19699545	19	2.2	19	83	8	50	21	4	7	66	1.35
19705417--19705508	46	2.0	46	95	0	166	11	18	40	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19705912--19705949	14	2.7	14	100	0	76	34	7	21	36	1.82
19706801--19706844	6	8.2	6	85	14	53	34	0	18	47	1.49
19706802--19706848	11	4.5	11	87	12	73	34	0	19	46	1.50
19706803--19706848	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
19706809--19706838	15	2.1	14	93	6	51	33	0	20	46	1.51
19709427--19709605	73	2.5	73	89	0	277	23	28	27	20	1.99
19709920--19709952	15	2.3	15	89	5	50	39	24	0	36	1.56
19710617--19710698	26	3.2	25	80	11	96	31	19	28	20	1.97
19710617--19710698	25	3.2	26	83	11	107	31	19	28	20	1.97
19710617--19710711	25	3.7	26	81	4	104	31	21	27	20	1.97
19714054--19714188	57	2.4	57	77	14	145	28	9	22	39	1.85
19723739--19723769	11	2.8	11	95	0	53	25	25	6	41	1.79
19740732--19740834	38	2.8	37	92	2	163	43	3	21	31	1.70
19741688--19741753	32	2.0	33	97	2	125	30	28	12	28	1.93
19746486--19746537	25	2.1	25	100	0	104	30	19	7	42	1.79
19750354--19750507	77	2.0	77	96	0	281	52	16	8	22	1.70
19753341--19753395	24	2.2	25	77	3	58	36	5	0	58	1.21
19756159--19756204	20	2.2	20	84	3	65	26	10	10	52	1.69
19756330--19756354	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19766645--19766676	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
19778461--19778491	6	5.2	6	100	0	62	0	16	0	83	0.64
19778454--19778500	18	2.7	18	83	9	62	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19778589--19778620	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
19785724--19785970	136	1.8	136	92	1	424	50	6	14	29	1.67
19793713--19793775	31	2.0	31	100	0	126	22	17	15	44	1.86
19799265--19799337	25	2.9	25	81	0	74	21	27	15	35	1.93
19805529--19805580	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19805619--19805678	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
19809167--19809200	18	1.9	18	94	5	61	52	5	11	29	1.61
19809918--19809977	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
19811578--19811609	16	1.9	16	93	6	55	84	0	15	0	0.63
19817230--19817268	18	2.2	19	86	9	55	58	2	10	28	1.44
19817985--19818044	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
19818899--19818928	9	3.3	9	90	0	51	46	3	10	40	1.54
19826335--19826364	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
19830823--19830874	26	2.0	27	84	3	70	42	17	3	36	1.67
19831237--19831310	20	3.8	20	74	15	73	43	16	25	14	1.86
19833986--19834046	31	2.0	31	100	0	122	26	13	3	57	1.51
19834083--19834164	13	6.2	13	71	13	51	39	18	1	41	1.58
19836942--19836999	26	2.2	26	87	0	80	25	27	20	25	1.99
19839225--19839400	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
19839363--19839486	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
19846924--19847099	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
19847062--19847185	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19850336--19850379	21	2.1	21	87	4	63	75	4	11	9	1.19
19850929--19850971	17	2.5	17	96	0	77	18	0	6	74	1.04
19854338--19854392	27	2.0	27	85	0	74	21	21	16	40	1.91
19855478--19855561	20	4.2	20	81	6	98	36	20	5	36	1.77
19855729--19855840	23	4.9	23	76	14	106	33	19	22	24	1.97
19855729--19855830	45	2.2	46	81	11	120	34	20	22	22	1.97
19857178--19857232	28	2.0	28	92	3	94	34	10	23	30	1.89
19863711--19863740	15	1.9	16	93	6	53	80	0	13	6	0.91
19875158--19875645	262	1.9	262	90	1	782	49	13	13	23	1.77
19877229--19877268	18	2.2	19	86	4	55	45	2	0	52	1.14
19878093--19878131	6	6.5	6	90	0	51	20	10	15	53	1.70
19878320--19878645	64	5.2	64	91	0	426	25	12	14	47	1.79
19878930--19878974	15	3.0	15	93	0	81	15	6	40	37	1.74
19880618--19880799	43	4.2	43	88	0	274	29	7	18	43	1.78
19880618--19880799	86	2.1	86	100	0	364	29	7	18	43	1.78
19880778--19880837	27	2.3	26	80	11	68	25	6	15	53	1.65
19881460--19881508	21	2.3	21	85	0	62	38	32	20	8	1.82
19882272--19882322	3	17.3	3	80	11	61	0	37	1	60	1.08
19882268--19882318	26	2.0	26	92	7	86	0	39	1	58	1.09
19883883--19883915	7	4.6	7	92	7	57	81	0	0	18	0.68
19884267--19884311	13	3.5	12	82	14	54	71	6	2	20	1.20
19885224--19885272	25	1.9	26	88	12	75	44	0	4	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19895333--19895368	6	6.0	6	100	0	72	0	83	0	16	0.65
19910525--19910609	38	2.2	38	89	6	127	32	20	24	22	1.97
19921253--19921296	18	2.4	18	100	0	88	40	11	22	25	1.87
19920989--19921526	282	1.9	282	94	0	959	32	15	21	30	1.94
19922714--19922835	48	2.5	48	82	0	145	23	29	17	29	1.97
19930303--19930346	18	2.4	18	100	0	88	40	11	22	25	1.87
19930039--19930576	282	1.9	282	94	0	959	32	15	21	30	1.94
19931764--19931885	48	2.5	48	82	0	145	23	29	17	29	1.97
19933783--19933824	18	2.4	19	80	15	54	61	4	11	21	1.48
19933963--19934003	20	2.1	20	90	4	66	41	0	56	2	1.13
19938839--19938874	18	1.9	19	88	5	56	25	25	30	19	1.98
19942705--19942742	20	1.9	20	84	10	51	23	23	26	26	2.00
19947213--19947262	24	2.1	24	96	0	91	30	10	36	24	1.88
19947360--19947438	33	2.4	33	83	10	90	43	5	3	48	1.43
19949805--19949841	6	6.3	6	87	6	58	64	18	0	16	1.29
19950300--19950403	51	2.0	51	98	0	199	48	16	7	27	1.73
19951661--19951694	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19952160--19952202	5	7.8	5	80	19	50	72	0	6	20	1.08
19952244--19952284	21	2.0	21	100	0	82	36	9	4	48	1.58
19956677--19956714	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
19963756--19963797	21	2.0	22	85	4	59	40	0	21	38	1.53
19967211--19967256	18	2.5	18	96	3	83	39	0	41	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19969949--19969999	15	3.3	15	73	15	50	62	3	0	33	1.13
19969980--19970031	24	2.1	24	85	3	68	67	3	1	26	1.18
19969999--19970041	17	2.6	17	81	3	52	60	4	2	32	1.30
19972070--19972111	18	2.3	18	91	0	66	26	7	23	42	1.80
19972070--19972146	9	8.6	9	74	5	57	28	7	20	42	1.80
19974400--19974426	14	1.9	14	100	0	54	25	7	14	51	1.68
19974899--19974928	15	2.0	15	100	0	60	0	20	0	80	0.72
19976055--19976098	21	2.3	19	88	11	63	63	4	4	27	1.33
19984265--19984319	23	2.2	24	84	15	69	20	3	5	70	1.22
19989986--19990146	41	3.9	40	79	9	155	26	25	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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