genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23182208--23182673	217	2.2	216	85	3	618	29	22	19	28	1.98
23182347--23182758	173	2.4	170	85	9	482	30	24	17	27	1.97
23182430--23182844	44	9.7	43	68	13	189	30	23	18	27	1.98
23182792--23183086	132	2.2	132	86	3	371	26	24	18	29	1.98
23182831--23183107	132	2.1	131	91	2	446	25	24	20	29	1.99
23184361--23184419	22	2.9	21	85	9	77	5	18	0	76	0.97
23184373--23184419	22	2.2	22	92	3	78	4	17	0	78	0.90
23199496--23199540	21	2.1	21	87	0	63	20	35	13	31	1.91
23200898--23201088	72	2.7	71	85	3	251	54	13	4	26	1.58
23201519--23201565	18	2.6	18	86	0	67	42	8	12	36	1.74
23203536--23203749	110	1.9	115	83	8	289	43	16	9	30	1.80
23206084--23206145	28	2.2	28	100	0	124	61	6	12	19	1.53
23206424--23206503	41	1.9	42	89	2	126	25	15	1	58	1.44
23209413--23209459	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
23211693--23211736	22	2.0	21	86	4	61	11	15	27	45	1.81
23211829--23212056	43	5.3	43	85	2	289	30	30	16	22	1.96
23211829--23212056	86	2.6	87	89	2	327	30	30	16	22	1.96
23212327--23212417	43	2.1	43	84	9	116	43	9	9	36	1.71
23216907--23216976	21	3.3	20	76	9	68	34	42	0	22	1.54
23216925--23216976	7	7.4	7	82	0	59	34	44	0	21	1.52
23216925--23216976	14	3.7	14	84	0	68	34	44	0	21	1.52
23216966--23217104	74	1.9	74	88	5	210	43	28	1	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23217087--23217111	7	3.6	7	100	0	50	44	40	0	16	1.47
23217650--23217769	40	3.0	41	91	2	206	27	30	24	17	1.97
23217812--23217938	40	3.2	39	84	5	166	22	19	22	36	1.95
23217829--23217955	40	3.2	39	80	5	141	19	22	23	33	1.97
23228491--23228542	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
23228413--23228678	103	2.6	103	90	1	417	19	20	29	29	1.97
23231076--23231130	21	2.6	21	88	0	83	10	27	34	27	1.90
23233040--23233084	14	3.1	15	81	15	58	62	0	2	35	1.08
23233367--23233487	61	2.0	61	98	0	233	38	10	15	34	1.82
23234680--23234797	40	3.0	40	88	0	164	27	19	24	28	1.99
23234694--23235054	154	2.3	154	87	2	492	28	17	22	31	1.97
23234848--23234957	40	2.8	40	85	0	157	27	21	22	28	1.99
23235513--23235697	7	25.9	7	75	10	79	20	1	34	43	1.62
23235508--23235696	14	13.2	14	71	8	94	21	1	33	43	1.62
23235508--23235697	21	8.9	21	72	11	89	21	1	33	43	1.62
23241967--23242077	25	4.4	25	79	3	98	18	27	20	32	1.97
23246914--23247027	59	1.9	59	91	3	185	20	23	13	42	1.87
23254861--23254894	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
23257982--23258021	20	1.9	22	90	10	66	37	5	15	42	1.68
23258184--23258246	20	3.1	20	79	2	72	33	9	12	44	1.75
23259676--23259732	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
23260383--23260507	62	2.0	62	98	0	241	29	11	10	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23267115--23267200	24	3.5	23	71	15	66	53	6	6	32	1.55
23267619--23267652	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
23267752--23267781	9	3.3	9	100	0	60	76	0	13	10	1.01
23268160--23268191	5	6.4	5	100	0	64	0	0	62	37	0.95
23268275--23268303	14	2.1	14	100	0	58	37	0	62	0	0.96
23269017--23269043	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
23272494--23272768	51	5.3	53	82	8	257	2	46	5	45	1.41
23272489--23272762	27	10.6	27	74	9	203	2	45	6	44	1.43
23272521--23272819	78	3.8	78	76	11	242	2	44	6	47	1.39
23272725--23272801	30	2.5	31	79	12	79	0	41	7	50	1.31
23272632--23272786	51	3.0	49	84	5	141	1	42	7	48	1.40
23272755--23272879	51	2.4	53	81	9	143	0	42	6	50	1.33
23272494--23272880	27	14.7	27	69	13	121	2	45	6	46	1.40
23272587--23272872	132	2.2	132	81	7	314	1	43	6	48	1.39
23279204--23279234	3	10.0	3	93	6	53	67	0	32	0	0.91
23279205--23279238	10	3.5	10	96	4	61	70	0	29	0	0.87
23282115--23282640	263	2.0	263	98	0	1016	36	19	15	27	1.93
23288059--23288147	41	2.2	41	89	0	133	28	19	29	23	1.98
23297816--23297982	21	8.2	21	75	7	148	43	15	22	18	1.87
23297827--23297983	42	3.8	42	85	5	205	43	15	21	19	1.87
23301056--23301089	16	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
23301574--23301598	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23301886--23301947	13	4.9	13	74	21	60	33	1	0	64	1.03
23301885--23301947	25	2.5	25	92	0	99	34	1	0	63	1.04
23303130--23303173	24	1.9	22	81	9	52	40	2	4	52	1.34
23304457--23304541	33	2.7	29	74	22	73	64	0	0	35	0.94
23308039--23308124	43	2.0	43	93	2	147	66	13	8	11	1.45
23308040--23308107	20	3.2	22	64	24	56	70	10	7	11	1.33
23314982--23315029	24	2.0	24	95	0	87	27	20	31	20	1.98
23320752--23321002	27	9.3	27	77	10	203	46	19	17	16	1.85
23320752--23321004	54	4.7	54	80	4	240	45	19	18	16	1.85
23320752--23320947	81	2.4	82	85	3	254	46	19	17	15	1.83
23320761--23320998	81	2.9	79	79	7	246	46	19	18	15	1.85
23321335--23321414	28	2.9	28	90	0	115	20	23	27	28	1.99
23326917--23326941	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
23327481--23327655	40	4.4	40	78	1	163	33	26	20	20	1.97
23327470--23327653	80	2.3	80	81	1	208	32	27	20	20	1.97
23328337--23328371	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
23330064--23330124	30	2.0	30	100	0	122	29	13	13	44	1.81
23334848--23334968	57	2.1	59	86	6	167	26	19	6	47	1.74
23338020--23338066	22	2.1	22	84	0	58	46	17	14	21	1.83
23338058--23338188	32	4.1	31	71	10	95	39	19	20	20	1.92
23338368--23338473	24	4.4	24	89	0	131	45	23	8	22	1.80
23338494--23338721	27	8.5	27	82	2	167	22	22	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23338521--23338800	27	10.4	27	80	8	225	22	19	20	38	1.94
23338909--23339161	27	9.4	27	85	2	321	43	19	16	20	1.88
23338909--23339161	81	3.1	81	87	2	357	43	19	16	20	1.88
23343651--23343717	34	2.0	34	96	0	125	58	8	13	19	1.61
23347235--23347285	23	2.2	23	92	0	84	31	25	17	25	1.97
23352399--23352583	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
23352380--23352583	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
23373465--23373499	18	1.9	18	94	0	61	42	2	37	17	1.64
23373456--23373510	24	2.3	24	83	0	65	41	3	36	18	1.68
23379217--23379464	43	5.9	43	82	7	294	38	22	17	20	1.93
23379261--23379413	81	1.9	81	90	2	245	35	24	17	21	1.95
23379231--23379456	124	1.8	124	87	3	339	38	23	17	20	1.93
23382700--23382766	34	2.0	34	88	2	100	23	22	17	35	1.95
23384131--23384179	19	2.5	20	78	15	59	20	51	0	28	1.48
23391509--23391637	50	2.6	49	75	3	125	29	23	24	22	1.99
23402281--23402409	50	2.6	49	75	3	125	29	23	24	22	1.99
23409778--23409914	50	2.7	50	91	4	206	23	21	33	21	1.97
23409890--23410012	49	2.5	49	81	6	142	30	19	26	24	1.98
23410224--23410262	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
23416050--23416118	20	3.4	20	67	11	50	43	4	13	39	1.63
23431128--23431190	22	2.9	21	71	15	56	11	19	22	47	1.80
23431292--23431374	37	2.2	37	97	0	157	13	16	32	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23434671--23434963	117	2.5	118	82	5	333	24	6	18	50	1.69
23442579--23442637	28	2.1	27	93	3	100	13	15	6	64	1.48
23443619--23443643	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
23446040--23446075	9	4.0	9	88	0	54	33	11	44	11	1.75
23446594--23446655	22	3.0	21	81	6	72	35	1	0	62	1.05
23446600--23446655	15	3.9	15	75	6	55	37	1	0	60	1.07
23451635--23451698	29	2.2	29	81	10	69	15	40	20	23	1.90
23458824--23458853	15	2.0	15	93	0	51	23	10	0	66	1.21
23463519--23463547	15	2.0	15	93	6	51	44	6	0	48	1.29
23486341--23486639	102	3.0	102	97	1	550	34	18	25	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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