genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27210880--27210942	26	2.5	24	71	19	56	68	3	0	28	1.05
27212523--27212563	8	5.0	8	87	3	55	60	4	0	34	1.18
27212528--27212563	16	2.2	16	100	0	72	66	5	0	27	1.13
27214672--27214714	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
27219541--27219594	24	2.2	24	90	0	81	50	7	25	16	1.71
27226821--27226849	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
27226931--27226977	9	5.2	9	81	0	58	29	6	21	42	1.77
27230666--27231317	46	14.5	45	70	8	257	31	21	18	28	1.97
27230661--27231379	179	4.0	179	91	0	1150	31	21	18	28	1.97
27230661--27231379	44	16.1	44	71	7	336	31	21	18	28	1.97
27232944--27232995	12	4.2	12	80	2	59	19	0	11	69	1.18
27234119--27234208	40	2.3	40	82	5	103	34	15	26	23	1.95
27234315--27234344	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
27235560--27235621	19	3.4	18	78	8	63	67	0	3	29	1.06
27235569--27235627	19	3.1	19	80	9	66	67	0	5	27	1.11
27235560--27235656	18	5.2	18	72	16	65	64	1	4	29	1.18
27235576--27235656	19	4.2	19	76	13	67	65	1	4	28	1.21
27235549--27235638	38	2.4	35	75	12	83	63	0	3	33	1.11
27235602--27235682	29	2.8	29	86	3	101	58	2	6	33	1.36
27235908--27235953	18	2.4	19	82	17	60	43	2	0	54	1.12
27236022--27236322	88	3.4	87	87	4	426	30	9	22	37	1.87
27242975--27243009	13	2.8	13	86	4	54	25	5	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27243762--27243828	31	2.2	31	83	5	82	46	8	13	31	1.74
27257562--27257864	69	4.4	69	75	7	186	37	18	20	22	1.94
27259164--27259221	25	2.3	25	85	5	73	31	27	18	22	1.97
27263304--27263342	20	1.9	20	85	15	53	33	0	12	53	1.39
27263646--27263693	25	1.9	25	83	8	62	18	27	22	31	1.97
27263841--27263898	25	2.3	24	80	11	64	24	27	20	27	1.99
27266469--27266566	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
27266476--27266564	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
27268757--27268809	25	2.1	25	85	0	70	24	24	30	20	1.99
27270316--27270349	17	1.9	18	88	5	52	32	11	0	55	1.36
27271331--27271357	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27276845--27276885	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
27277958--27278035	11	7.3	10	69	18	50	35	0	1	62	1.03
27277947--27278053	55	2.0	54	83	5	135	41	0	0	57	1.12
27277971--27278042	36	2.1	34	82	10	83	43	0	1	55	1.08
27278030--27278067	20	1.9	20	88	0	58	50	2	2	44	1.30
27278764--27278860	29	3.2	29	66	16	70	39	2	9	49	1.47
27284037--27284089	25	2.1	25	100	0	106	32	11	11	45	1.76
27284259--27284284	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
27288967--27289081	41	2.8	41	83	0	131	30	17	22	29	1.97
27304002--27304034	17	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
27304906--27304943	17	2.2	17	86	9	51	34	2	5	57	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27306057--27306160	54	1.9	54	86	0	145	52	9	7	29	1.62
27307323--27307378	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
27309997--27310048	23	2.4	22	81	12	63	71	3	1	23	1.13
27311310--27311367	9	6.1	9	75	11	53	70	1	0	27	0.97
27311310--27311374	19	3.3	19	82	8	78	69	1	1	27	1.07
27311300--27311393	38	2.5	36	75	14	93	60	1	1	37	1.11
27315195--27315234	6	6.7	6	97	0	53	67	7	0	25	1.16
27315195--27315234	12	3.3	12	92	0	62	67	7	0	25	1.16
27317466--27317508	22	1.9	23	90	4	70	30	23	4	41	1.74
27318159--27318364	14	14.8	13	68	19	62	46	32	1	20	1.60
27318159--27318364	21	10.5	20	66	19	96	46	32	1	20	1.60
27318209--27318364	7	22.6	7	73	17	69	47	30	0	21	1.55
27318537--27318580	14	3.2	13	83	6	52	52	31	0	15	1.44
27318758--27318867	40	2.7	39	81	6	130	23	23	21	30	1.99
27318689--27319145	154	3.0	155	87	3	613	26	22	19	32	1.97
27319078--27319272	39	4.9	40	79	8	168	22	21	23	32	1.98
27319189--27319270	41	2.0	41	85	2	110	21	23	21	32	1.98
27322392--27322430	21	1.9	21	85	15	55	28	17	15	38	1.91
27328632--27328726	33	2.9	31	78	10	91	20	37	16	25	1.93
27329161--27330049	443	2.0	443	98	0	1706	29	24	19	26	1.98
27331285--27331356	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
27331314--27331356	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27331366--27331399	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
27331366--27331399	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
27335023--27335090	27	2.5	27	87	0	91	29	29	20	20	1.98
27335485--27335546	9	6.8	9	88	3	88	24	9	29	37	1.87
27335485--27335546	28	2.3	27	88	8	90	24	9	29	37	1.87
27335743--27335803	27	2.3	27	94	5	106	21	19	34	24	1.96
27348523--27348548	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
27348607--27348969	114	3.2	114	90	1	552	24	21	26	27	1.99
27349498--27349548	21	2.4	21	86	0	66	37	17	43	1	1.61
27349932--27350092	42	3.8	43	77	5	141	30	19	22	26	1.98
27360979--27361025	23	2.0	23	95	0	85	27	29	14	27	1.96
27365966--27366122	43	3.7	43	76	5	140	26	16	26	30	1.97
27367691--27367749	28	2.0	31	83	9	79	44	0	5	50	1.24
27368745--27368814	2	35.5	2	76	2	61	51	0	4	44	1.21
27369473--27369514	21	2.0	21	100	0	84	33	14	28	23	1.94
27369494--27369663	41	4.1	41	91	1	279	30	20	28	20	1.97
27372907--27372945	14	2.8	14	92	7	62	38	7	20	33	1.81
27376245--27376281	19	1.9	19	89	10	58	32	0	5	62	1.18
27393079--27393112	18	2.0	16	88	11	50	11	5	20	61	1.50
27396086--27396127	15	2.8	15	81	0	57	16	38	2	42	1.61
27400883--27401065	49	3.8	49	78	2	145	28	26	13	31	1.93
27401660--27402076	41	10.1	41	80	6	439	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27403061--27403101	7	5.9	7	82	0	55	19	0	48	31	1.49
27403040--27403103	14	4.6	14	79	12	71	18	0	45	35	1.50
27403574--27403601	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
27407706--27407824	43	2.8	43	83	8	147	26	19	26	27	1.99
27416587--27416629	21	2.0	21	82	8	52	34	0	2	62	1.08
27417937--27418045	43	2.5	43	82	2	121	33	32	14	20	1.93
27420657--27420710	19	2.9	18	83	10	65	59	0	1	38	1.08
27422295--27422342	19	2.5	19	89	0	69	18	2	2	77	0.97
27422295--27422347	25	2.1	26	82	3	63	18	3	1	75	1.05
27422804--27422840	15	2.5	15	91	4	58	35	37	0	27	1.57
27423090--27423136	15	3.3	15	79	8	53	40	29	0	29	1.57
27423362--27423708	41	8.4	41	86	0	451	30	26	21	21	1.98
27446178--27446229	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
27446210--27446304	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
27446466--27446500	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27446424--27446496	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
27447215--27447241	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
27448728--27448762	15	2.2	16	90	5	54	5	25	2	65	1.28
27448770--27448865	5	18.8	5	72	24	60	56	2	1	40	1.18
27448773--27448827	24	2.2	24	96	3	101	58	0	0	41	0.98
27448791--27448826	19	1.9	18	94	5	63	58	0	0	41	0.98
27449280--27449733	227	2.0	227	100	0	908	39	13	11	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27457081--27457233	78	2.0	78	97	0	288	11	24	26	38	1.88
27457582--27457624	19	2.3	18	84	8	50	44	13	4	37	1.65
27458329--27458378	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
27458538--27458569	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
27458781--27458806	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
27458792--27458915	61	2.0	61	98	0	239	53	2	8	36	1.44
27462651--27463148	47	10.5	47	94	1	798	32	9	30	27	1.89
27463267--27463345	37	2.1	37	86	4	106	25	20	30	24	1.98
27464079--27464122	22	2.0	22	100	0	88	22	9	40	27	1.84
27472400--27472556	38	4.0	38	84	5	172	31	25	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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