genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712796--2712863	25	2.6	27	90	9	106	41	10	0	48	1.37
2712936--2713002	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
2713047--2713164	4	29.0	4	75	17	86	70	0	28	0	0.93
2713048--2713184	18	7.2	18	72	15	98	70	0	27	1	0.95
2713046--2713164	29	4.3	27	74	18	104	69	0	29	0	0.94
2713038--2713199	45	3.8	42	77	16	165	69	0	29	1	0.97
2713102--2713209	34	3.1	34	81	8	101	70	0	27	1	0.98
2713051--2713187	12	11.9	11	69	21	68	70	0	27	1	0.95
2713878--2713926	24	2.0	24	96	0	89	38	8	0	53	1.31
2713756--2713906	72	2.1	73	80	9	166	49	5	3	41	1.46
2719257--2719282	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
2719423--2719454	3	10.7	3	93	0	55	65	31	3	0	1.08
2719514--2719552	19	2.0	21	85	10	55	64	10	2	23	1.37
2719676--2719740	27	2.4	26	92	5	103	20	27	24	27	1.99
2719691--2719749	27	2.2	27	90	0	91	18	30	23	27	1.98
2719813--2719879	24	2.6	26	81	6	84	55	1	4	38	1.29
2719824--2719879	27	2.2	25	84	9	69	60	1	1	35	1.17
2721103--2721153	18	2.7	19	77	17	54	72	3	0	23	1.01
2726910--2727072	80	2.0	80	98	0	317	28	20	12	38	1.89
2733538--2733566	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
2734163--2734203	18	2.3	18	91	0	64	51	12	26	9	1.70
2735649--2735753	42	2.5	42	87	0	147	16	24	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738181--2738211	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2738329--2738369	21	2.0	21	85	9	57	24	34	0	41	1.55
2747106--2747198	18	5.2	18	88	0	141	27	23	16	32	1.96
2768790--2768882	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
2768790--2768882	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
2774742--2774777	16	2.2	16	90	0	54	41	0	11	47	1.39
2775325--2775387	28	2.2	28	86	8	83	39	1	0	58	1.07
2778422--2778634	103	2.1	103	89	0	318	26	7	5	61	1.44
2779657--2779694	13	2.9	13	92	0	67	23	10	26	39	1.87
2785234--2785290	4	14.0	4	78	10	53	66	1	7	24	1.26
2786539--2786573	18	1.9	18	94	0	61	11	5	20	62	1.48
2787276--2787344	26	2.6	26	88	2	102	52	10	13	24	1.71
2796775--2796807	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
2804060--2804090	14	2.2	14	100	0	62	29	29	0	41	1.56
2804366--2804473	25	4.3	25	85	0	117	38	20	21	19	1.93
2805328--2805385	27	2.2	26	85	14	75	0	31	6	62	1.22
2807786--2807836	20	2.5	20	78	15	68	43	0	1	54	1.11
2807786--2807838	19	2.6	20	80	19	65	43	0	1	54	1.11
2808038--2808145	15	7.2	15	68	12	78	44	7	21	26	1.78
2808032--2808155	30	4.1	30	92	1	194	43	6	23	26	1.78
2812056--2812133	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
2812052--2812133	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2813083--2813120	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
2817742--2817766	6	4.2	6	100	0	50	32	0	68	0	0.90
2820219--2820246	7	4.0	7	100	0	56	28	28	14	28	1.95
2831571--2831624	6	8.8	6	87	4	81	64	0	20	14	1.28
2831566--2831650	12	6.8	12	75	15	55	72	1	15	10	1.16
2832147--2832197	27	1.9	27	84	11	70	80	1	9	7	0.98
2848650--2848690	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2851746--2851779	13	2.6	13	95	0	59	32	0	5	61	1.20
2866430--2866509	28	2.8	29	83	7	101	22	20	11	46	1.82
2870402--2870453	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2871798--2871849	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2872200--2872266	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
2883549--2883575	13	2.1	13	100	0	54	25	29	14	29	1.95
2884306--2884335	14	2.1	14	100	0	60	60	13	20	6	1.55
2885014--2885062	25	1.9	26	83	4	64	69	0	8	22	1.14
2889555--2889812	98	2.6	98	96	0	471	35	15	20	27	1.93
2889621--2889860	46	5.3	46	82	11	264	37	14	20	27	1.92
2889787--2889895	37	3.0	37	93	2	186	36	16	22	24	1.94
2895678--2895766	29	2.9	30	76	14	76	38	4	4	52	1.42
2899447--2899525	33	2.6	29	73	24	74	36	40	5	17	1.72
2899522--2899597	36	2.1	36	82	4	91	43	35	2	18	1.64
2899714--2900093	93	4.1	93	99	0	742	38	31	13	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2899714--2900139	186	2.3	182	90	5	590	39	32	12	15	1.85
2903164--2903293	60	2.2	59	81	5	154	25	12	9	53	1.68
2903871--2903939	32	2.2	32	84	5	86	52	2	11	33	1.53
2908728--2908763	18	1.9	19	88	5	56	58	13	0	27	1.36
2909142--2909173	6	5.3	6	100	0	64	50	34	0	15	1.45
2911268--2911300	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
2917887--2917916	6	5.0	6	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2918369--2918411	22	2.0	20	86	13	59	46	0	0	53	1.00
2918400--2918446	22	2.3	20	79	20	53	23	2	6	68	1.24
2919023--2919065	22	2.0	22	90	0	68	32	2	0	65	1.06
2921122--2921153	9	3.6	9	100	0	64	78	0	0	21	0.76
2922525--2922561	18	2.1	18	89	0	56	48	10	0	40	1.38
2947256--2947288	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
2954075--2954130	18	3.2	17	73	12	60	67	0	21	10	1.20
2955639--2955690	27	1.9	27	92	0	86	30	25	32	11	1.91
2956227--2956285	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
2963961--2963986	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2967347--2967421	37	2.0	37	100	0	150	32	10	24	33	1.89
2972079--2972127	22	2.2	22	82	7	64	77	2	4	16	1.01
2972707--2972797	36	2.4	38	81	17	102	53	0	1	45	1.07
2972706--2972762	27	2.0	28	86	6	80	52	0	0	47	1.00
2972714--2972773	18	3.2	20	73	17	67	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2972709--2972771	17	3.6	17	74	19	58	57	0	0	42	0.99
2972703--2972772	27	2.6	28	73	13	67	54	0	0	45	0.99
2974638--2975572	472	2.0	472	99	0	1843	25	18	21	34	1.96
2976772--2976911	70	2.0	70	100	0	280	44	7	18	30	1.76
2977164--2977221	25	2.3	26	80	16	70	41	1	0	56	1.09
2977880--2978035	76	2.1	76	100	0	312	36	11	10	41	1.75
2982356--2982396	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2988824--2988871	25	1.9	25	95	0	87	50	0	0	50	1.00
3001112--3001150	16	2.4	17	87	12	55	53	0	2	43	1.14
3005721--3005823	51	2.0	51	88	3	154	25	16	23	34	1.95
3037411--3037532	44	2.8	44	100	0	244	35	9	17	37	1.83
3049306--3049352	24	2.0	24	83	8	60	70	10	8	10	1.35
3051100--3051126	13	2.1	13	100	0	54	0	7	7	85	0.75
3058257--3058386	66	2.0	65	92	1	215	28	17	8	45	1.78
3069215--3069241	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
3080106--3080143	20	1.9	20	89	10	60	0	18	2	78	0.86
3102296--3102336	6	6.8	6	100	0	82	68	0	31	0	0.90
3102837--3102876	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
3111114--3111166	18	3.2	17	85	15	67	47	0	3	49	1.19
3120672--3120745	20	3.7	20	75	18	66	56	4	0	39	1.18
3120677--3120745	19	3.5	19	73	22	63	57	2	0	39	1.13
3120697--3120753	20	2.9	19	78	5	60	56	3	0	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3122506--3122575	29	2.3	30	85	4	88	47	12	15	24	1.81
3122857--3122889	10	3.4	10	87	8	50	66	0	0	33	0.92
3124434--3124464	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
3131448--3131493	23	2.0	24	82	4	58	63	2	0	34	1.07
3132041--3132115	28	2.5	31	82	10	93	50	2	0	46	1.15
3135417--3135508	36	2.6	36	100	0	184	70	0	7	21	1.12
3135427--3135539	36	3.4	30	85	13	127	69	0	7	22	1.13
3135421--3135478	6	9.7	6	77	7	55	75	0	5	18	0.98
3135555--3135600	20	2.2	21	84	3	58	58	2	6	32	1.36
3135608--3135655	18	2.8	17	84	12	62	62	4	6	27	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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