genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525505--2525577	28	2.6	27	87	8	94	21	13	6	57	1.60
2526041--2526068	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2526527--2526575	20	2.5	20	82	0	53	55	6	8	30	1.54
2544513--2544731	46	4.8	46	93	1	341	29	23	9	36	1.87
2555081--2555105	13	1.9	13	100	0	50	16	16	40	28	1.89
2555267--2555324	29	2.0	30	89	3	91	41	0	0	58	0.98
2560890--2561290	200	2.0	200	99	0	793	32	16	15	35	1.90
2567935--2568064	65	2.0	65	100	0	260	30	7	18	43	1.78
2582969--2583032	30	2.1	30	97	0	119	28	29	3	39	1.72
2584170--2584201	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
2584243--2584287	14	3.2	14	90	0	72	42	6	11	40	1.67
2584399--2584436	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
2586038--2586088	17	3.2	17	73	21	65	54	19	11	13	1.69
2587557--2587602	25	1.9	24	86	8	67	39	0	2	58	1.10
2591293--2591396	42	2.5	42	82	0	109	42	18	21	18	1.90
2591333--2591397	21	3.1	21	70	0	67	40	20	20	20	1.92
2591333--2591468	42	3.2	42	85	2	166	43	17	18	20	1.88
2591350--2591470	21	5.8	21	74	3	109	44	16	16	22	1.86
2593533--2594051	125	4.1	125	87	1	682	29	16	16	37	1.91
2593533--2594051	251	2.1	250	86	2	720	29	16	16	37	1.91
2594119--2594217	34	2.9	33	77	4	108	44	17	3	35	1.64
2594264--2594329	21	3.1	21	65	8	62	46	27	0	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596053--2596115	32	2.0	32	100	0	126	19	9	17	53	1.70
2597152--2597311	27	6.3	27	72	20	123	61	0	14	24	1.33
2597175--2597248	29	2.7	27	85	8	103	66	0	12	21	1.24
2597152--2597428	77	3.8	76	72	16	260	60	0	14	24	1.37
2597202--2597610	48	8.5	48	76	10	329	61	0	13	24	1.36
2597221--2597594	21	16.0	21	66	24	73	60	0	13	25	1.36
2597206--2597608	140	2.8	144	80	10	404	61	0	13	24	1.36
2597500--2597595	21	4.3	21	73	17	77	64	0	13	21	1.28
2597444--2597587	69	2.1	71	86	3	204	63	0	12	24	1.29
2597624--2597704	22	3.6	22	78	5	74	60	3	13	22	1.49
2597676--2597713	12	3.3	12	92	7	62	65	0	18	15	1.27
2597590--2597713	17	7.5	16	68	19	67	60	2	16	20	1.47
2597590--2597713	6	22.6	5	76	14	54	60	2	16	20	1.47
2597972--2598011	19	2.2	18	86	4	53	62	0	12	25	1.30
2598059--2598098	19	2.2	18	86	4	53	70	0	7	22	1.12
2598087--2598208	5	22.4	5	72	18	59	53	0	16	29	1.49
2598071--2598130	30	2.0	31	87	9	88	58	1	15	25	1.46
2598112--2598187	28	2.7	28	85	4	91	53	0	14	31	1.41
2600519--2600577	29	2.0	29	100	0	118	23	38	20	16	1.92
2601080--2601399	90	3.6	90	94	1	527	57	13	4	25	1.54
2601135--2601281	48	3.2	48	65	21	141	57	12	4	25	1.53
2603227--2603267	20	2.0	20	85	0	55	24	39	9	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612634--2612666	11	2.9	11	95	4	57	21	0	0	78	0.75
2615396--2615420	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2621739--2621882	40	3.7	39	78	17	158	36	2	0	61	1.13
2621739--2621864	39	3.2	40	81	11	161	35	2	0	61	1.09
2622631--2622665	18	1.9	18	88	0	52	80	0	2	17	0.84
2623019--2623052	16	2.0	18	88	11	54	17	0	14	67	1.23
2623019--2623065	22	2.1	22	88	0	67	12	0	21	65	1.25
2623533--2623949	127	3.3	126	88	2	577	25	19	21	33	1.97
2623584--2623908	40	7.8	40	70	13	224	26	19	21	32	1.97
2623945--2624304	44	8.2	44	70	11	179	28	20	19	31	1.97
2623900--2624304	88	4.6	88	71	9	290	28	20	19	31	1.97
2624437--2624709	88	3.1	88	89	3	417	23	25	23	27	2.00
2626757--2626806	13	3.8	13	82	10	57	4	20	0	76	0.95
2626797--2626864	25	2.7	25	76	0	64	13	8	5	72	1.28
2626821--2626871	25	2.0	25	85	7	68	9	3	3	82	0.93
2631450--2631484	18	1.9	18	88	0	52	80	0	2	17	0.84
2632319--2632355	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
2632683--2632729	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
2632567--2632983	120	3.5	121	93	1	689	50	5	2	41	1.38
2632828--2632862	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2632854--2632883	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
2633979--2634189	43	4.9	43	82	0	233	27	31	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2633979--2634190	86	2.5	86	86	0	280	28	31	16	24	1.96
2633965--2634199	129	1.8	129	81	1	292	28	30	17	23	1.97
2634029--2634229	86	2.3	86	79	0	204	30	28	14	26	1.95
2634538--2634609	21	3.4	21	84	0	99	8	44	15	31	1.76
2635772--2636060	9	29.8	9	67	25	87	38	0	12	48	1.46
2635762--2636071	31	10.2	31	79	14	326	39	0	11	48	1.45
2635831--2635863	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
2636884--2636972	18	4.8	18	79	14	101	41	1	12	44	1.49
2636857--2636959	39	2.5	43	85	9	160	43	0	10	44	1.45
2639535--2639610	30	2.5	30	77	8	75	35	44	1	18	1.58
2640344--2640411	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
2640347--2640384	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
2640897--2641135	41	5.8	41	79	4	223	34	23	25	17	1.95
2640897--2641135	82	2.9	82	83	2	257	34	23	25	17	1.95
2640897--2641136	123	2.0	123	83	3	304	34	22	25	17	1.95
2641182--2641308	40	3.2	40	78	1	130	19	25	22	33	1.97
2645188--2645223	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
2645459--2645493	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2645683--2645724	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2645692--2645733	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2645718--2645905	61	3.1	61	69	17	201	48	6	1	43	1.38
2645681--2645978	120	2.5	121	93	4	514	50	4	2	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645802--2645853	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2646019--2646066	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
2645974--2646202	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
2651403--2651428	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
2654259--2654300	18	2.3	18	87	0	57	23	54	4	16	1.61
2654259--2654301	12	3.6	12	83	0	50	23	55	4	16	1.59
2656427--2657942	758	2.0	758	100	0	3032	24	26	24	24	2.00
2660808--2660893	24	3.5	24	75	9	84	16	25	19	38	1.92
2662705--2662743	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2666881--2667075	51	3.8	51	75	4	189	25	16	28	29	1.97
2687855--2687882	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
2693676--2693739	27	2.4	27	94	0	110	42	9	0	48	1.35
2694249--2694278	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
2694284--2694369	45	1.9	45	97	0	163	45	1	15	38	1.53
2694348--2694410	19	3.3	19	67	8	56	44	3	7	44	1.49
2694341--2694413	38	1.9	38	94	0	128	43	4	8	43	1.53
2694976--2695052	27	2.9	27	86	0	109	11	33	22	32	1.90
2695090--2695153	27	2.4	27	97	0	119	46	0	10	42	1.39
2696826--2696874	19	2.7	19	82	17	68	57	0	6	36	1.24
2698133--2698158	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2698126--2698259	33	3.9	37	76	16	123	35	2	0	62	1.08
2698144--2698233	27	3.1	28	85	10	112	33	2	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698155--2698215	17	3.5	17	72	12	52	32	0	0	67	0.91
2698225--2698258	12	2.8	12	90	0	50	35	0	0	64	0.94
2700896--2700946	14	3.7	14	92	2	77	82	0	0	17	0.67
2700896--2700941	21	2.2	21	96	0	83	80	0	0	19	0.71
2700896--2700946	7	7.4	7	91	2	68	82	0	0	17	0.67
2701183--2701231	9	5.4	9	87	0	71	42	24	8	24	1.81
2701183--2701231	18	2.7	18	96	0	89	42	24	8	24	1.81
2702304--2702342	19	2.1	19	85	0	51	53	7	0	38	1.30
2707738--2707790	28	1.9	27	84	3	70	67	20	7	3	1.31
2712643--2712699	26	2.2	27	84	12	75	50	0	3	45	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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