genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28037810--28037858	8	5.8	8	78	21	55	61	0	2	36	1.08
28037840--28037865	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
28038045--28038080	19	1.9	19	94	5	65	47	2	0	50	1.15
28038297--28038329	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28039231--28039259	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
28039931--28039964	15	2.3	15	89	0	50	52	0	14	32	1.42
28041278--28041355	11	6.9	11	77	11	68	20	34	1	43	1.60
28042632--28042681	23	2.2	22	82	10	57	32	4	4	60	1.34
28042706--28042736	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
28042706--28042740	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
28049150--28049180	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
28058281--28058455	50	3.5	50	85	3	235	25	14	26	34	1.94
28058281--28058426	25	5.8	25	65	10	84	24	13	26	36	1.92
28062473--28062569	42	2.3	42	85	0	131	20	26	23	28	1.99
28071812--28071855	22	2.0	22	100	0	88	27	9	13	50	1.72
28075281--28075583	27	11.2	27	91	0	464	42	20	16	20	1.89
28075902--28075979	28	2.9	27	77	7	77	23	24	23	29	1.99
28077501--28077548	25	1.9	25	100	0	96	39	16	8	35	1.79
28088792--28088915	30	4.1	30	97	1	230	26	25	6	41	1.79
28088802--28088908	15	7.1	15	69	12	85	27	23	7	42	1.81
28092096--28092189	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
28092106--28092183	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28106308--28106333	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
28107572--28107621	26	1.9	26	84	8	66	8	14	0	78	0.97
28107605--28107645	14	2.9	14	85	0	55	4	17	0	78	0.93
28111763--28111804	20	2.1	20	100	0	84	35	26	9	28	1.88
28111951--28111980	15	2.1	14	93	6	51	30	13	13	40	1.83
28115254--28115533	41	6.8	41	90	5	381	27	20	24	28	1.99
28116521--28116568	20	2.5	20	86	3	71	35	25	20	18	1.95
28118058--28118956	294	3.1	288	78	7	859	37	11	14	36	1.82
28121642--28121702	24	2.5	24	86	0	77	39	19	21	19	1.93
28121762--28121827	26	2.5	26	80	7	71	40	22	21	15	1.90
28124177--28124279	26	4.0	26	80	2	91	34	20	25	19	1.96
28124426--28124789	27	13.5	26	79	7	347	17	19	18	43	1.88
28124426--28124789	54	6.7	55	83	5	406	17	19	18	43	1.88
28124429--28124789	81	4.5	81	82	2	440	17	19	18	44	1.87
28130481--28130519	17	2.3	17	100	0	78	53	7	5	33	1.51
28132140--28132190	24	2.1	24	92	0	84	33	19	27	19	1.96
28137241--28137325	37	2.3	38	87	2	127	37	22	9	30	1.86
28140881--28140945	25	2.5	26	90	9	98	49	7	16	26	1.73
28141048--28141083	18	1.9	19	94	5	65	41	0	5	52	1.24
28141051--28141093	19	2.3	18	84	11	52	46	0	6	46	1.30
28146212--28146254	23	1.9	23	95	4	79	18	0	6	74	1.04
28146363--28146418	22	2.5	22	88	8	87	39	0	1	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28146321--28146399	35	2.2	36	89	8	119	39	0	1	59	1.06
28146363--28146427	22	3.0	21	86	6	85	43	0	1	55	1.09
28146483--28146556	31	2.4	32	72	21	77	41	1	1	55	1.17
28146512--28146543	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
28150699--28150753	21	2.6	21	82	0	74	32	3	0	63	1.12
28150755--28150816	20	3.0	20	86	11	81	45	8	1	45	1.42
28150916--28150979	18	3.2	18	84	15	65	62	1	0	35	1.05
28150910--28150969	32	1.9	32	82	3	77	65	1	0	33	1.03
28150928--28150980	18	2.5	22	85	14	69	62	1	0	35	1.06
28151039--28151077	20	1.9	20	94	5	69	58	0	2	38	1.12
28151038--28151092	20	2.6	21	80	11	67	60	1	1	36	1.18
28151048--28151127	35	2.4	32	80	14	90	61	1	2	35	1.18
28151083--28151156	21	3.6	21	68	17	55	56	2	1	39	1.22
28151035--28151117	21	4.4	20	68	23	63	62	1	1	34	1.11
28151035--28151124	19	4.8	19	72	20	66	63	1	1	34	1.09
28151190--28151249	23	2.5	23	84	10	77	73	3	5	18	1.16
28154112--28154144	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
28164610--28164722	53	2.1	54	81	4	131	23	29	0	46	1.59
28165896--28165929	12	2.8	12	86	0	50	50	17	17	14	1.79
28170457--28170627	73	2.4	71	89	2	243	25	22	26	26	2.00
28170527--28170950	229	1.9	227	89	1	668	25	20	27	26	1.99
28170527--28170950	114	3.7	114	91	0	652	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28170959--28171037	41	1.9	41	92	0	131	17	17	35	29	1.93
28171285--28171329	15	3.1	15	87	6	65	22	0	42	35	1.54
28171288--28171333	14	3.2	14	90	3	65	26	0	36	36	1.57
28171584--28171615	15	2.1	15	94	0	55	31	0	28	40	1.57
28171654--28171729	22	3.5	22	75	8	68	21	0	42	36	1.53
28171185--28171730	297	1.8	293	86	6	787	28	2	29	39	1.69
28172217--28172253	18	2.1	18	89	0	56	72	0	2	24	0.97
28172227--28172262	18	1.9	18	88	5	54	72	5	2	19	1.17
28174811--28174853	22	2.0	22	90	0	68	27	13	20	37	1.91
28175406--28175443	19	2.0	20	84	5	51	36	0	0	63	0.95
28175414--28175472	17	3.3	18	76	9	59	40	3	0	55	1.16
28175606--28175639	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
28175630--28175836	9	23.7	9	66	20	82	46	20	2	29	1.65
28175648--28175782	63	2.2	63	90	4	193	46	22	3	27	1.68
28175649--28175803	34	4.8	33	75	13	142	46	21	3	28	1.67
28175790--28175862	29	2.4	31	82	13	89	49	17	0	32	1.47
28177641--28177868	43	5.3	43	87	2	341	21	17	33	27	1.96
28180109--28180163	19	2.7	21	80	5	60	29	3	1	65	1.20
28180127--28180174	25	1.9	25	82	0	60	22	6	2	68	1.23
28187892--28187932	8	5.0	8	88	5	64	82	0	2	14	0.76
28187892--28187932	17	2.5	15	85	14	55	82	0	2	14	0.76
28189566--28189597	15	2.1	16	94	5	57	43	9	6	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28192192--28192223	13	2.4	14	85	15	50	71	0	3	25	1.00
28192481--28192518	20	2.1	18	85	14	51	42	0	5	52	1.24
28193135--28193363	20	11.4	20	68	1	127	19	28	16	35	1.93
28193137--28193395	40	6.5	40	87	0	338	19	30	15	35	1.93
28193137--28193403	20	13.4	20	68	7	121	19	29	15	35	1.93
28193214--28193469	20	12.8	20	68	6	81	17	29	17	35	1.93
28193137--28193449	40	7.8	40	84	2	326	18	29	16	35	1.93
28199068--28199118	17	2.8	17	85	11	66	80	3	1	13	0.94
28199068--28199118	6	8.5	6	81	14	61	80	3	1	13	0.94
28205442--28205492	25	2.0	25	84	3	66	5	11	0	82	0.83
28213978--28214031	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
28214074--28214138	32	2.0	32	100	0	130	50	18	0	30	1.47
28215903--28215977	30	2.5	30	80	6	89	58	5	0	36	1.21
28216961--28216998	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
28217295--28217366	31	2.4	29	77	13	74	38	12	12	36	1.81
28217532--28217575	16	2.7	17	82	10	56	22	4	29	43	1.73
28217779--28217803	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
28220634--28220676	20	2.2	20	95	0	77	37	18	20	23	1.94
28221730--28221773	21	2.0	21	86	8	61	75	0	18	6	1.02
28227711--28227743	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28251567--28251626	23	2.5	24	81	5	77	16	28	25	30	1.97
28251546--28251646	24	4.2	24	78	6	98	13	27	24	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253728--28253782	10	5.6	10	72	10	51	30	1	0	67	1.01
28255153--28255229	36	2.2	36	95	2	138	42	25	12	18	1.86
28255367--28255392	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
28257852--28257937	37	2.3	37	100	0	172	25	10	22	41	1.85
28258261--28258319	28	2.1	28	100	0	118	30	15	10	44	1.79
28261203--28261237	18	2.0	17	88	5	52	40	2	22	34	1.69
28261589--28261649	26	2.3	26	85	2	77	37	14	19	27	1.91
28267945--28267970	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
28283688--28283720	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
28283847--28283890	11	4.1	11	88	11	65	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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