genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1447989--1448405	85	4.8	86	71	8	249	28	19	18	33	1.95
1447990--1448402	129	3.2	129	100	0	826	28	19	18	33	1.96
1448391--1448774	64	6.0	64	100	0	768	31	15	20	32	1.94
1448772--1449455	175	3.9	175	98	0	1289	29	20	17	32	1.96
1449286--1451204	219	8.8	219	79	7	1644	29	19	17	33	1.95
1448955--1449905	394	2.4	391	72	10	944	30	19	17	32	1.95
1449305--1450341	438	2.4	438	94	0	1867	29	18	17	33	1.94
1450187--1450470	85	3.3	85	69	13	254	30	20	15	33	1.94
1450182--1450506	175	1.9	175	92	2	546	29	20	16	33	1.94
1449941--1450733	394	2.0	394	88	2	1173	29	19	18	33	1.95
1450665--1450767	44	2.3	44	93	0	170	23	22	21	33	1.98
1451099--1451204	44	2.4	46	80	10	112	29	19	13	37	1.90
1451134--1451222	45	2.0	45	84	8	119	32	16	12	38	1.86
1451214--1451353	44	3.2	44	86	0	199	24	17	22	35	1.96
1451330--1451437	54	2.0	54	89	3	164	24	23	16	36	1.94
1451707--1452008	51	5.9	51	100	0	604	33	19	21	25	1.97
1452224--1452335	44	2.5	44	86	0	179	23	17	22	36	1.95
1452255--1452720	219	2.1	223	86	3	654	28	18	19	33	1.95
1452704--1452737	17	2.0	17	100	0	68	41	5	29	23	1.78
1452721--1452844	44	2.8	44	86	1	149	25	21	20	33	1.97
1452721--1452867	44	3.3	43	81	3	116	26	21	21	31	1.98
1452979--1453065	44	1.9	46	86	4	124	24	22	21	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452480--1454090	263	6.1	262	78	8	1415	27	20	19	32	1.96
1453461--1453633	44	3.9	44	87	2	213	25	20	21	32	1.97
1453461--1453656	44	4.5	43	84	2	187	26	19	21	31	1.98
1453680--1454088	129	3.2	129	100	0	818	28	19	19	32	1.96
1455216--1455578	175	2.1	175	87	2	523	30	19	17	33	1.95
1454997--1455797	394	2.0	394	89	1	1241	29	19	17	33	1.95
1455559--1456345	268	3.0	268	85	6	932	29	20	17	33	1.95
1455391--1456546	487	2.4	478	86	3	1561	29	19	17	33	1.95
1453938--1456210	219	10.4	219	83	6	2333	28	19	17	33	1.95
1456167--1456252	43	2.0	43	95	0	154	32	17	10	39	1.84
1455948--1456471	262	2.0	262	92	1	872	29	19	16	33	1.94
1456594--1456803	58	3.6	58	98	0	393	25	25	17	31	1.97
1457000--1457184	92	2.0	92	92	0	307	30	19	16	34	1.94
1456770--1457403	311	2.0	313	88	5	927	28	20	17	33	1.95
1457364--1457466	44	2.3	44	89	0	161	23	23	21	32	1.98
1456886--1457524	311	2.1	307	82	5	727	28	20	19	32	1.96
1457140--1457959	263	3.1	264	87	1	1142	26	20	20	31	1.98
1457634--1457766	44	3.0	44	89	1	185	24	22	22	30	1.99
1458325--1458467	44	3.2	44	87	1	187	23	22	21	32	1.98
1458104--1458709	263	2.3	262	85	3	790	28	21	19	31	1.97
1457670--1458403	219	3.4	218	82	2	907	28	19	19	33	1.96
1457430--1458703	701	1.8	702	90	1	2077	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1492414--1492475	25	2.4	26	89	5	99	41	9	0	48	1.36
1492529--1492587	27	2.2	27	87	0	82	30	25	28	15	1.96
1493127--1493235	18	5.9	18	75	8	103	39	11	0	47	1.47
1493121--1493248	37	3.5	37	94	0	220	38	13	0	47	1.48
1493121--1493248	18	6.9	18	70	15	91	38	13	0	47	1.48
1495182--1495271	45	2.0	45	100	0	180	40	24	8	26	1.84
1495195--1495265	21	3.2	21	67	18	63	43	23	8	23	1.81
1500508--1500561	24	2.2	24	86	0	72	38	3	7	50	1.48
1505151--1505195	21	2.1	22	88	12	67	60	13	4	22	1.51
1506224--1506325	43	2.4	43	81	3	116	16	29	37	16	1.91
1506843--1506914	29	2.4	31	81	9	87	25	18	16	40	1.91
1507242--1507279	17	2.2	19	81	18	55	68	5	0	26	1.11
1519984--1520057	31	2.4	31	81	2	87	32	12	10	44	1.76
1521562--1521605	22	2.0	23	82	13	56	22	6	2	68	1.25
1523155--1523199	18	2.5	18	88	0	72	22	26	11	40	1.87
1523567--1523609	20	2.1	21	83	12	54	23	6	2	67	1.27
1525163--1525218	18	3.1	18	94	0	94	21	28	7	42	1.79
1528705--1529102	127	3.2	124	84	3	517	29	18	15	36	1.91
1529166--1529262	33	2.8	33	83	7	115	43	10	0	46	1.37
1541084--1541156	23	3.2	23	80	0	83	24	20	15	39	1.91
1542040--1542224	46	4.0	46	85	2	237	29	25	9	35	1.88
1544855--1544956	32	3.2	32	80	6	100	29	7	23	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1545254--1545298	14	3.1	15	70	23	51	44	0	22	33	1.53
1545241--1545297	28	2.0	28	100	0	114	47	0	21	31	1.51
1545471--1545502	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
1552556--1552741	100	1.9	100	91	0	309	27	15	19	37	1.92
1555584--1555643	28	2.1	29	81	9	70	35	1	6	56	1.35
1555814--1555851	14	2.7	14	91	0	58	39	7	5	47	1.55
1557220--1557373	80	1.9	80	87	0	227	47	7	16	28	1.74
1575367--1575454	26	3.5	26	73	8	69	17	22	22	37	1.94
1575531--1575667	25	5.4	25	74	6	98	21	25	21	32	1.98
1581173--1581227	29	1.9	28	85	10	76	32	5	3	58	1.38
1584086--1584154	25	2.7	25	80	6	68	28	23	17	30	1.97
1592124--1592186	26	2.4	27	97	2	119	41	11	0	47	1.39
1592246--1592324	27	2.9	27	88	0	113	29	21	32	16	1.95
1592999--1593084	27	3.2	27	88	0	118	17	30	24	27	1.97
1593105--1593143	20	2.0	20	89	0	60	10	2	5	82	0.93
1593132--1593257	28	4.5	28	98	1	245	50	0	11	38	1.38
1596387--1596466	22	3.5	23	75	14	76	37	17	25	20	1.94
1596389--1596477	47	2.0	47	86	6	130	35	16	24	22	1.95
1596427--1596488	25	2.5	25	86	5	81	37	17	22	22	1.94
1597052--1597165	47	2.4	47	81	8	126	32	27	13	27	1.93
1598884--1598943	29	2.0	30	81	9	70	53	13	5	28	1.60
1600604--1600648	23	2.0	23	82	8	56	31	4	6	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1602167--1602194	6	4.7	6	100	0	56	35	14	0	50	1.43
1611416--1611473	29	2.0	29	89	0	89	31	5	10	53	1.57
1617758--1617782	12	2.1	12	100	0	50	28	16	8	48	1.74
1629672--1629714	22	1.9	23	85	4	61	46	2	4	46	1.36
1629677--1629722	22	2.1	22	83	0	56	50	2	6	41	1.40
1635347--1635384	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
1642452--1642487	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
1642400--1642463	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
1642456--1642569	48	2.4	48	85	5	176	44	11	5	38	1.63
1642740--1642895	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
1644429--1644453	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
1648636--1648750	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
1648636--1648769	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
1654064--1654088	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
1656141--1656856	358	2.0	358	100	0	1432	29	8	18	43	1.80
1657505--1657604	42	2.3	43	86	1	139	29	17	22	32	1.96
1657466--1657624	43	3.7	44	76	15	138	25	16	26	32	1.96
1675344--1675395	27	1.9	27	88	0	77	44	30	1	23	1.64
1676259--1676292	14	2.3	15	85	10	52	58	0	8	32	1.29
1679214--1679252	12	3.0	12	80	20	51	48	0	25	25	1.51
1680240--1680280	10	4.2	10	82	14	50	51	0	7	41	1.30
1683001--1683186	95	2.0	93	95	2	336	47	9	12	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714179--1714241	31	2.0	31	96	0	117	34	9	33	22	1.86
1717799--1717867	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
1717799--1717867	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
1717848--1717938	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
1718103--1718137	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1717974--1718351	188	2.0	190	96	1	706	43	5	5	45	1.50
1718291--1718327	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
1718369--1718554	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
1718271--1718560	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
1721410--1721462	27	2.0	26	88	7	79	50	1	5	41	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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