genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19025487--19025579	25	3.7	25	91	0	150	47	0	12	39	1.42
19025581--19025953	23	16.7	23	85	7	466	45	20	6	26	1.76
19025581--19025953	46	8.3	46	85	5	523	45	20	6	26	1.76
19025578--19025953	69	5.6	69	86	5	520	46	20	6	26	1.76
19025761--19025837	37	2.1	37	100	0	154	49	18	7	24	1.74
19025741--19025928	60	3.0	60	77	13	198	46	19	7	26	1.76
19028133--19028449	162	2.0	162	100	0	634	32	24	19	23	1.97
19030187--19030246	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
19030903--19031134	124	1.9	125	92	2	396	33	22	17	26	1.96
19031782--19031821	16	2.4	17	91	4	64	87	7	2	2	0.71
19031864--19031930	27	2.5	27	92	0	107	23	28	31	16	1.96
19031978--19032059	28	2.7	31	80	16	100	69	0	30	0	0.89
19031991--19032098	38	2.7	39	83	8	130	68	0	31	0	0.90
19031985--19032061	34	2.6	28	71	24	77	70	0	29	0	0.88
19031979--19032050	10	6.6	10	77	17	72	70	0	29	0	0.87
19031985--19032054	4	17.5	4	72	16	56	71	0	28	0	0.86
19031988--19032092	14	7.5	14	67	13	56	67	0	32	0	0.91
19032293--19032331	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
19032305--19032333	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
19034579--19034647	28	2.5	29	93	6	117	49	0	10	40	1.37
19043332--19043400	28	2.5	29	93	6	117	49	0	10	40	1.37
19043453--19043477	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19044200--19044258	18	3.4	17	77	13	59	0	25	0	74	0.82
19044168--19044334	38	4.4	37	80	11	151	1	31	0	67	0.99
19044264--19044346	28	3.0	28	77	16	82	2	31	0	66	1.05
19044395--19044461	27	2.5	27	90	0	98	16	29	28	25	1.97
19044414--19044471	27	2.1	27	90	0	89	8	36	24	31	1.85
19048210--19048279	36	1.9	36	88	0	104	28	4	31	35	1.77
19078485--19078521	18	2.0	19	89	5	58	70	0	5	24	1.08
19080711--19081087	129	2.9	128	84	2	441	29	16	23	31	1.96
19080730--19081064	43	7.8	42	79	4	346	27	16	24	31	1.97
19084250--19084292	21	2.0	22	82	8	54	39	0	2	58	1.11
19085112--19085174	30	2.0	31	84	6	83	38	0	1	60	1.07
19090589--19090823	117	2.0	117	94	0	407	40	19	13	27	1.88
19094313--19094463	77	2.0	77	84	2	196	23	23	18	35	1.96
19094323--19094483	77	2.1	77	81	2	180	24	21	18	34	1.96
19100937--19100983	22	2.1	22	88	0	67	53	2	6	38	1.39
19104646--19104719	27	2.7	27	77	8	78	22	17	5	54	1.64
19105028--19105111	33	2.5	33	81	7	100	29	11	15	42	1.83
19106926--19106966	20	2.0	20	85	0	55	34	9	7	48	1.64
19106931--19106974	20	2.2	20	83	0	52	34	9	11	45	1.72
19115295--19115364	27	2.7	26	84	6	97	57	0	2	40	1.14
19117018--19117160	48	3.0	48	87	0	196	13	39	13	32	1.85
19121978--19122011	16	2.2	15	89	5	50	64	2	5	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19123565--19123621	26	2.2	26	81	9	62	45	3	5	45	1.43
19123613--19123657	21	2.1	21	83	0	54	51	0	2	46	1.13
19127147--19127183	17	2.2	17	100	0	74	32	43	13	10	1.79
19133859--19133898	3	13.7	3	94	5	73	0	30	0	70	0.88
19134686--19134716	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
19134953--19135085	70	1.9	67	80	4	149	33	12	12	42	1.80
19135150--19135228	39	2.0	39	95	0	140	30	10	12	46	1.75
19141711--19141744	16	2.1	16	88	0	50	32	0	0	67	0.91
19141744--19141781	20	1.9	20	89	10	60	36	0	2	60	1.11
19143698--19143756	9	6.6	9	86	0	82	23	8	25	42	1.82
19143690--19143756	18	3.7	18	95	0	116	23	7	25	43	1.80
19143698--19143766	27	2.6	27	85	0	75	24	7	23	44	1.78
19146031--19146065	18	1.9	18	100	0	70	8	0	51	40	1.33
19146032--19146091	23	2.5	24	89	2	86	8	1	48	41	1.43
19149649--19149678	15	1.9	15	93	6	51	0	33	3	63	1.11
19155758--19155842	20	4.1	20	77	13	75	36	0	7	56	1.27
19156093--19156122	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
19160444--19160482	19	2.1	19	85	0	51	15	28	35	20	1.93
19160463--19160930	199	2.3	200	92	1	787	27	18	20	33	1.96
19168793--19168914	48	2.6	47	88	3	167	18	22	15	44	1.87
19168886--19169008	45	2.7	45	92	2	194	23	21	18	36	1.95
19172507--19172635	43	3.0	42	81	13	172	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19174869--19174912	23	1.9	23	95	0	79	50	13	0	36	1.42
19179314--19179406	48	1.9	48	95	4	170	35	3	12	48	1.58
19180719--19180775	21	2.7	21	91	0	87	22	33	7	36	1.81
19188709--19188791	21	4.0	21	91	0	130	15	26	19	38	1.91
19191845--19191977	38	3.5	38	76	11	130	24	16	26	32	1.96
19193733--19193886	42	3.7	42	79	3	148	40	18	23	18	1.91
19203577--19203648	36	1.9	36	83	8	90	33	6	5	54	1.51
19205900--19205937	12	3.2	12	85	7	51	31	0	26	42	1.56
19206472--19206876	110	3.7	110	92	1	627	33	19	16	31	1.93
19207349--19207378	13	2.3	13	94	0	51	60	3	3	33	1.30
19208889--19208950	30	2.0	32	81	12	76	54	8	8	29	1.58
19212473--19212514	20	2.1	20	90	0	66	38	33	21	7	1.81
19216369--19216403	17	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
19217344--19217387	11	3.8	12	80	19	58	25	31	0	43	1.55
19219142--19219179	18	2.1	18	90	0	58	21	28	7	42	1.81
19219776--19219983	22	9.5	22	74	13	151	55	24	0	18	1.48
19219776--19219983	44	4.7	44	81	4	233	55	24	0	18	1.48
19219776--19220059	66	4.4	65	74	13	230	53	26	0	19	1.49
19219788--19219979	88	2.2	89	85	6	266	54	25	1	19	1.50
19219981--19220059	22	3.6	22	89	0	131	50	30	0	18	1.47
19219960--19220053	44	2.1	45	84	5	129	51	28	1	19	1.54
19220026--19220092	29	2.3	28	80	7	71	43	29	1	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19219871--19220068	102	1.9	104	85	4	276	51	27	1	20	1.56
19229745--19229779	11	3.1	11	91	4	52	0	17	0	82	0.66
19233925--19233991	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
19245940--19245973	15	2.2	16	89	5	52	58	0	5	35	1.22
19246147--19246184	18	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
19247546--19247570	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
19248030--19248097	30	2.3	30	84	5	93	41	13	8	36	1.75
19248609--19248746	43	3.2	42	84	6	170	28	26	17	27	1.97
19249046--19249181	66	2.1	66	92	0	227	13	27	18	40	1.89
19253383--19253578	41	4.8	40	89	5	293	38	26	17	17	1.91
19257066--19257093	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
19262439--19262506	32	2.1	32	86	5	93	23	0	55	20	1.43
19263379--19263414	15	2.4	15	95	0	63	30	8	0	61	1.26
19276015--19276207	95	2.0	97	84	8	257	22	17	25	34	1.95
19280275--19280338	31	2.1	31	100	0	128	39	12	18	29	1.88
19282596--19282625	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
19282957--19282995	6	6.5	6	100	0	78	66	15	17	0	1.25
19291191--19291218	12	2.3	12	100	0	56	39	0	25	35	1.56
19291652--19291682	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
19294245--19294400	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
19297143--19297169	6	4.5	6	100	0	54	51	29	0	18	1.46
19297181--19297218	6	6.3	6	100	0	76	31	52	0	15	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19301561--19301611	18	2.8	18	81	0	57	13	56	7	21	1.62
19307099--19307132	17	2.0	17	100	0	68	35	0	35	29	1.58
19309611--19309669	29	2.1	29	84	12	79	45	10	1	42	1.48
19321157--19321240	27	3.1	27	84	0	96	34	20	26	19	1.96
19321218--19321309	27	3.4	27	74	5	78	40	13	23	22	1.89
19330044--19330075	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
19332937--19332978	6	7.0	6	94	0	75	33	2	16	47	1.60
19333050--19333218	78	2.2	77	86	5	252	23	25	21	29	1.99
19352355--19352413	25	2.3	27	80	11	79	55	0	0	44	0.99
19357634--19357669	18	2.0	19	89	10	58	77	2	0	19	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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