genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736095--21736150	17	3.6	17	71	24	61	50	0	0	50	1.00
21736982--21737011	14	2.1	15	93	6	53	56	0	13	30	1.37
21741882--21741922	21	2.0	22	90	9	68	56	17	12	14	1.68
21744640--21744685	22	2.1	22	100	0	92	43	26	0	30	1.55
21746049--21746123	17	4.3	18	73	17	61	41	2	22	33	1.68
21749398--21749430	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
21749398--21749431	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
21749687--21749760	22	3.6	21	77	13	64	41	16	6	35	1.74
21749723--21749760	19	2.1	19	95	5	69	36	15	10	36	1.82
21751980--21752105	39	3.2	39	89	0	189	23	20	29	26	1.99
21751980--21752123	39	3.7	39	87	1	128	22	21	29	26	1.99
21751980--21752123	78	1.8	78	82	2	182	22	21	29	26	1.99
21751980--21752143	78	2.1	78	79	5	172	22	21	29	26	1.99
21754326--21754364	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
21754557--21754737	45	4.0	45	86	1	238	24	28	14	32	1.94
21754574--21754737	89	1.8	89	90	0	265	25	29	14	30	1.95
21754690--21754946	78	3.3	78	93	2	421	24	24	19	32	1.97
21754914--21755506	220	2.7	219	88	1	857	27	20	18	34	1.96
21765352--21765388	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
21765678--21765749	19	3.9	19	85	10	114	37	15	11	36	1.83
21765679--21765749	35	1.9	37	91	8	119	38	15	11	35	1.83
21770787--21770838	27	1.9	27	88	0	77	32	21	26	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21775520--21775606	26	3.3	26	80	0	102	35	31	12	20	1.90
21777888--21778237	47	7.4	47	91	2	558	32	8	29	29	1.87
21778356--21778434	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21781081--21781122	21	1.9	23	90	9	70	35	2	0	61	1.09
21781110--21781143	8	4.0	8	85	14	50	35	5	0	58	1.22
21781081--21781137	23	2.5	23	81	16	66	35	5	0	59	1.20
21782328--21782378	25	2.0	26	84	3	68	37	3	21	37	1.72
21786561--21786636	32	2.4	31	93	6	134	57	0	7	34	1.28
21786724--21786777	21	2.5	22	88	5	85	29	31	7	31	1.85
21788036--21788112	31	2.5	31	78	2	84	41	10	7	40	1.68
21789881--21789927	24	2.0	24	83	8	60	55	10	8	25	1.62
21794307--21794335	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
21794470--21794520	17	3.1	17	83	10	54	41	0	3	54	1.19
21797456--21797560	47	2.2	46	83	10	122	32	29	16	21	1.95
21808567--21808652	33	2.6	33	76	7	93	27	22	16	33	1.95
21811125--21811223	23	4.3	23	90	0	162	21	22	24	32	1.98
21811125--21811223	46	2.2	46	96	0	180	21	22	24	32	1.98
21815788--21815843	23	2.4	23	81	3	67	46	1	3	48	1.30
21820116--21820536	210	2.0	211	98	0	808	35	10	20	33	1.87
21824763--21824810	22	2.2	23	85	7	64	35	12	0	52	1.40
21838862--21838894	13	2.5	13	95	0	57	39	0	21	39	1.53
21846198--21846239	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21846337--21846381	21	2.1	21	95	0	81	46	24	8	20	1.78
21846357--21846417	30	2.0	30	93	0	104	49	21	4	24	1.69
21852833--21852877	23	2.0	23	82	8	56	55	0	0	44	0.99
21864885--21864945	31	2.0	31	87	6	88	39	3	4	52	1.39
21873613--21873655	17	2.5	17	88	3	68	13	6	0	79	0.93
21878308--21878513	103	2.0	103	99	0	403	30	21	27	20	1.98
21895920--21895953	15	2.3	15	90	5	52	2	5	23	67	1.26
21897611--21897636	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21901111--21901281	38	4.4	39	71	13	131	43	1	4	50	1.30
21901134--21901181	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
21901134--21901183	16	3.1	16	73	21	50	42	0	0	58	0.98
21901111--21901296	37	4.8	39	70	14	120	43	1	4	51	1.28
21901264--21901298	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21901446--21901550	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21901444--21901564	45	2.8	42	80	9	131	33	29	6	30	1.83
21909222--21909261	18	2.2	19	86	4	55	67	15	7	10	1.41
21910116--21910174	21	2.7	22	77	17	70	38	0	3	57	1.15
21910264--21910334	31	2.3	31	85	0	88	25	15	9	49	1.75
21914535--21914602	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
21917458--21917508	16	3.2	16	75	5	50	62	5	3	27	1.36
21928144--21928339	39	5.0	39	88	3	279	23	14	34	28	1.94
21931423--21931473	23	2.2	23	82	6	59	50	19	11	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21932579--21932616	14	2.7	14	92	8	60	57	0	2	39	1.12
21937132--21937171	21	1.9	21	84	0	53	27	5	22	45	1.73
21939278--21939319	11	3.8	11	87	0	66	71	0	14	14	1.15
21939276--21939319	22	2.0	22	100	0	88	72	0	13	13	1.12
21940328--21940363	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21945631--21945717	32	2.7	33	78	10	90	49	10	5	34	1.61
21947670--21947732	29	2.3	27	83	5	72	39	9	17	33	1.82
21949595--21949712	49	2.3	50	82	8	132	65	8	21	5	1.40
21961926--21962015	47	1.9	47	97	0	171	47	1	11	40	1.46
21964872--21965021	45	3.7	45	69	26	161	17	6	21	55	1.63
21964932--21965058	51	2.6	47	82	9	157	14	5	22	56	1.59
21964860--21965041	74	2.5	72	88	7	273	15	6	21	56	1.61
21965006--21965046	12	3.4	12	89	0	64	7	4	24	63	1.40
21964860--21965070	23	8.9	23	73	13	160	14	6	21	56	1.61
21965897--21966147	116	2.2	115	95	1	450	45	5	2	45	1.41
21966125--21966160	16	2.3	16	95	4	65	27	0	0	72	0.85
21966013--21966308	130	2.3	132	93	1	515	43	4	2	48	1.36
21966262--21966295	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
21966485--21966725	116	2.1	114	92	3	394	46	5	3	44	1.44
21966703--21966742	16	2.6	16	96	4	73	27	0	0	72	0.85
21966485--21966770	116	2.5	116	88	4	393	46	4	3	45	1.40
21966858--21967213	179	2.0	179	98	0	694	43	8	8	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969117--21969220	49	2.1	49	89	0	154	29	10	10	49	1.71
21970685--21970722	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
21970615--21971100	120	4.0	120	95	0	846	42	1	4	51	1.31
21971238--21971333	45	2.2	44	88	5	140	36	28	4	31	1.76
21971319--21971350	16	2.0	16	100	0	64	25	31	6	37	1.81
21980137--21980192	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
22006105--22006150	23	2.0	23	83	8	58	34	0	4	60	1.16
22008984--22009009	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
22009635--22009678	18	2.4	18	88	0	61	18	27	6	47	1.73
22009920--22009966	21	2.2	21	85	7	60	36	38	17	8	1.80
22009933--22009974	21	2.0	21	85	0	57	33	45	19	2	1.63
22012316--22012771	242	1.9	243	90	0	734	24	27	19	28	1.99
22013349--22013764	126	3.3	125	90	0	634	27	19	17	34	1.95
22013841--22014210	97	4.0	97	87	10	524	38	19	1	40	1.60
22015612--22015649	18	2.1	18	85	9	51	44	0	5	50	1.24
22015856--22015888	16	2.1	16	100	0	66	24	18	21	36	1.95
22016507--22016533	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
22016707--22016757	17	2.9	17	75	13	50	50	1	1	45	1.24
22016715--22016759	18	2.5	19	85	7	58	48	2	2	46	1.26
22016707--22016760	19	3.1	17	77	15	56	51	1	1	44	1.22
22017024--22017063	14	2.9	14	88	0	62	40	20	7	32	1.80
22020196--22020331	58	2.3	58	93	0	236	21	25	11	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22021539--22021700	85	1.9	85	85	0	225	30	9	16	43	1.80
22024821--22024852	14	2.1	16	88	11	50	40	3	3	53	1.33
22025431--22025469	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
22033191--22033227	16	2.3	16	90	9	58	64	0	8	27	1.21
22037218--22037242	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
22041475--22041734	51	5.1	51	90	0	396	29	21	15	33	1.94
22047455--22047897	227	1.9	228	90	1	710	23	20	26	29	1.99
22047472--22047897	114	3.7	114	92	1	694	24	21	26	28	1.99
22048140--22048173	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
22048196--22048240	14	3.2	14	90	0	63	20	0	44	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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