genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14156554--14156868	50	6.6	50	72	12	177	27	18	29	24	1.98
14158551--14158580	14	2.1	14	100	0	60	73	0	0	26	0.84
14159415--14159478	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
14159695--14159932	41	5.8	41	98	0	449	26	22	21	29	1.99
14163944--14163996	24	2.2	24	83	6	63	45	9	18	26	1.80
14164293--14164325	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
14168145--14168269	8	15.1	8	65	21	53	57	3	3	36	1.31
14168147--14168209	19	3.5	17	71	14	54	61	4	1	31	1.26
14168233--14168293	21	2.7	21	85	10	68	54	0	3	42	1.17
14177387--14178310	126	6.9	127	77	11	703	31	22	18	27	1.97
14177512--14178334	141	6.0	140	82	7	898	31	22	18	26	1.97
14177387--14178311	266	3.4	267	81	7	1012	31	22	18	27	1.97
14177758--14178334	279	2.1	281	86	1	809	31	23	18	26	1.97
14181126--14181168	17	2.6	16	82	7	59	32	0	2	65	1.06
14181139--14181185	22	2.1	22	84	11	60	36	2	2	59	1.21
14181638--14181677	21	2.0	20	85	5	53	65	2	0	32	1.06
14182262--14182327	14	4.5	15	77	9	73	56	0	0	43	0.99
14182253--14182327	28	2.6	29	83	14	100	56	0	0	44	0.99
14182502--14182560	19	3.2	18	75	17	59	54	1	6	37	1.37
14185708--14185802	46	2.1	46	91	0	154	40	24	14	21	1.90
14188029--14188336	167	1.8	167	90	0	499	34	20	6	38	1.79
14193845--14193928	42	2.0	42	85	0	114	23	39	16	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14197501--14197611	55	2.0	56	85	1	152	45	5	19	29	1.73
14197960--14197984	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
14199497--14200513	307	3.3	301	90	4	1494	52	6	9	31	1.59
14200510--14200737	76	2.9	76	89	8	366	40	10	9	39	1.71
14202622--14203167	272	2.0	271	95	0	984	28	22	18	31	1.97
14203896--14203988	37	2.5	38	83	10	104	53	11	5	29	1.59
14203977--14204021	23	2.0	23	82	8	56	57	15	2	24	1.49
14203999--14204113	42	2.8	40	76	17	119	46	12	4	36	1.61
14204336--14204382	3	16.3	3	82	4	53	0	29	0	70	0.88
14204952--14205019	30	2.3	30	82	12	86	29	8	22	39	1.84
14211355--14211401	17	2.7	17	77	9	51	38	0	4	57	1.18
14211392--14211454	17	3.7	16	79	12	63	60	1	0	38	1.07
14211586--14211645	16	3.2	19	70	18	54	26	3	1	68	1.15
14211583--14211651	37	1.9	34	83	13	86	27	2	1	68	1.13
14214189--14214228	19	2.2	18	90	4	62	55	0	2	42	1.13
14221449--14221496	25	2.0	24	87	4	69	29	6	2	62	1.31
14224670--14224700	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14224754--14224790	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
14225004--14225062	30	2.0	31	86	6	86	20	35	0	44	1.52
14229281--14229336	29	1.9	29	82	7	69	57	10	3	28	1.49
14230011--14230099	45	2.0	46	91	6	148	26	23	17	31	1.97
14230054--14230234	36	5.0	36	89	5	285	28	19	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14230704--14230747	21	2.1	21	95	0	79	29	20	13	36	1.91
14235539--14235567	14	2.1	14	100	0	58	58	0	27	13	1.36
14239370--14239478	57	1.9	57	90	3	175	29	21	27	22	1.99
14245309--14245348	20	1.9	21	85	10	55	22	22	0	55	1.44
14252989--14253053	22	3.0	22	84	10	80	56	4	1	36	1.29
14259033--14259127	27	3.7	27	75	16	103	29	14	15	40	1.88
14259034--14259125	48	1.9	48	90	0	148	29	15	16	39	1.89
14259081--14259134	27	2.0	27	88	0	81	27	18	20	33	1.96
14259869--14259917	22	2.3	22	86	10	66	44	10	12	32	1.75
14261637--14261675	20	2.0	20	90	5	62	61	12	0	25	1.31
14261954--14261980	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
14265219--14265273	28	2.0	28	96	0	101	30	27	20	21	1.98
14266630--14266723	46	2.1	46	95	2	172	32	1	23	42	1.61
14268717--14268801	40	2.0	41	84	6	109	18	35	7	38	1.78
14270629--14270667	20	2.0	20	84	0	51	38	12	25	23	1.90
14271635--14271879	121	2.0	120	90	3	386	31	18	9	40	1.83
14279853--14279909	30	1.9	30	88	0	87	43	1	35	19	1.61
14279933--14279973	21	2.0	21	95	0	73	58	0	19	21	1.39
14283406--14283471	12	4.5	15	73	22	50	74	6	15	4	1.18
14283415--14283476	16	4.3	14	75	18	56	72	6	17	3	1.19
14284291--14284424	37	3.4	38	72	11	119	25	14	25	34	1.94
14290238--14290333	30	3.3	29	66	29	78	25	12	12	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14290250--14290340	27	3.3	27	66	29	73	23	12	12	52	1.71
14290240--14290353	57	2.0	57	98	0	219	26	12	11	50	1.74
14291990--14292047	28	2.3	24	78	21	66	44	22	6	25	1.77
14291999--14292055	28	2.0	28	100	0	114	45	22	7	24	1.77
14292090--14292274	43	4.3	43	80	4	187	24	14	28	32	1.94
14294346--14294370	7	3.6	7	100	0	50	24	0	60	16	1.36
14296333--14296394	28	2.2	28	91	0	97	41	11	37	9	1.74
14297548--14297586	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
14297638--14297686	14	3.6	14	84	13	66	71	0	18	10	1.13
14297637--14297679	19	2.3	19	100	0	86	67	0	20	11	1.22
14297637--14297693	19	2.9	19	89	7	71	70	1	17	10	1.24
14298884--14298956	21	3.5	22	73	17	73	15	21	26	36	1.93
14302006--14302058	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
14302039--14302129	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14302294--14302328	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14302414--14302448	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14302309--14302499	61	3.2	60	68	18	162	48	5	2	44	1.37
14302272--14302555	120	2.4	120	92	2	464	49	4	1	44	1.33
14317805--14317836	6	5.5	6	92	7	57	84	0	0	15	0.63
14333683--14333733	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
14341827--14341866	18	2.1	19	90	9	64	50	2	0	47	1.14
14341815--14341872	20	2.6	23	74	23	61	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14359265--14359330	26	2.6	26	83	4	91	36	9	10	43	1.71
14359380--14359415	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
14359889--14359953	19	3.6	17	71	15	51	26	6	0	67	1.13
14364073--14364111	20	2.0	20	85	5	53	20	2	10	66	1.33
14364104--14364135	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
14369542--14369668	45	2.8	44	80	10	141	28	21	17	33	1.96
14369730--14370225	262	1.9	262	91	0	823	29	18	20	32	1.96
14377610--14377703	41	2.3	41	94	0	134	28	26	18	26	1.98
14381083--14381121	17	2.2	18	90	4	62	69	2	0	28	1.02
14381315--14381372	26	2.3	26	85	5	84	41	3	27	27	1.72
14384017--14384089	29	2.4	30	73	13	78	53	2	2	41	1.29
14387200--14387260	27	2.3	27	86	10	83	14	11	4	68	1.35
14390824--14390884	32	2.0	32	84	12	83	34	8	6	50	1.58
14390892--14390956	14	4.7	14	71	17	64	43	33	3	20	1.67
14391052--14391134	7	12.0	7	71	12	55	44	33	1	20	1.59
14391141--14391204	28	2.3	28	80	0	74	32	3	26	37	1.72
14395575--14395746	42	4.1	42	78	6	145	42	17	20	19	1.89
14395653--14395726	21	3.5	21	69	7	60	45	17	17	18	1.85
14403427--14403615	104	1.8	104	84	5	258	50	8	10	30	1.68
14410833--14410911	40	2.0	40	97	0	149	49	21	10	18	1.77
14414860--14414938	40	2.0	40	94	0	140	18	11	21	48	1.80
14415263--14415328	33	2.0	33	100	0	132	39	0	36	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14415370--14415627	115	2.2	115	85	4	333	32	20	19	27	1.97
14415609--14415686	40	2.0	40	84	5	104	28	20	16	34	1.94
14415570--14415823	141	1.8	140	87	0	382	30	20	19	29	1.97
14415925--14415976	21	2.5	21	84	6	61	23	1	21	53	1.55
14416228--14416301	20	3.6	20	76	8	69	28	0	25	45	1.53
14416345--14416387	22	2.0	22	85	0	59	30	4	30	34	1.78
14416247--14416443	7	27.9	7	72	4	81	21	2	30	45	1.64
14417135--14417181	24	2.0	23	95	4	85	19	4	8	68	1.33
14418607--14418680	28	2.6	28	93	2	121	37	5	10	45	1.62
14418608--14418692	28	3.2	25	79	15	84	36	5	11	45	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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