genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21423676--21423714	20	2.0	20	85	10	53	58	7	12	20	1.58
21425645--21425678	16	2.1	16	100	0	68	47	26	0	26	1.53
21430724--21430779	29	2.0	28	83	16	71	32	25	0	42	1.55
21435791--21435857	31	2.1	33	86	8	93	37	0	4	58	1.19
21442280--21442313	17	2.0	17	94	0	59	61	0	2	35	1.11
21442289--21442355	33	2.0	33	83	11	84	59	1	1	37	1.16
21446105--21446149	12	3.9	11	82	8	54	46	13	17	22	1.83
21452297--21452724	211	2.0	211	98	0	822	33	18	16	32	1.93
21455630--21455698	34	2.0	34	100	0	138	37	8	8	44	1.66
21460592--21460681	45	2.0	45	95	0	162	36	10	12	41	1.76
21461483--21461585	43	2.4	42	83	3	116	30	12	22	34	1.91
21467573--21467619	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
21472637--21472681	14	3.2	14	93	0	81	48	28	0	22	1.50
21472775--21472815	22	1.9	22	85	5	57	41	26	0	31	1.56
21473244--21473328	21	3.7	21	71	19	71	41	28	3	27	1.72
21473228--21473324	49	2.0	46	90	5	149	40	25	4	29	1.74
21473295--21473334	14	2.9	14	80	0	53	47	27	0	25	1.52
21473496--21473704	41	5.1	40	86	4	267	20	21	22	36	1.95
21473496--21473704	81	2.6	81	86	4	269	20	21	22	36	1.95
21475121--21475186	33	2.0	33	96	0	123	34	15	28	21	1.93
21487030--21487080	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
21487040--21487082	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21493412--21494611	132	9.1	132	95	0	2096	31	17	23	27	1.97
21495102--21495216	36	3.1	36	92	5	185	39	10	15	34	1.82
21495102--21495216	19	6.2	19	88	10	175	39	10	15	34	1.82
21495102--21495194	17	5.5	15	84	13	62	39	10	15	34	1.82
21497580--21497639	23	2.6	23	89	5	86	50	35	6	8	1.59
21498672--21498733	9	6.5	10	79	18	62	58	1	0	40	1.08
21498673--21498727	3	18.7	3	78	17	62	61	1	0	36	1.06
21498673--21498727	16	3.7	15	79	15	62	61	1	0	36	1.06
21498684--21498728	8	5.2	8	87	12	63	60	2	0	37	1.09
21500117--21500156	16	2.5	16	83	0	53	42	15	22	20	1.88
21500306--21500374	17	4.1	16	73	12	57	34	28	18	17	1.94
21503768--21503949	93	2.0	93	88	0	274	41	19	12	26	1.86
21505395--21505448	28	1.9	28	100	0	108	33	24	11	31	1.90
21505725--21505917	69	2.8	68	81	3	215	28	18	26	25	1.98
21505794--21505949	69	2.3	69	86	3	215	28	21	27	23	1.99
21505794--21505978	69	2.7	67	80	7	201	29	20	27	23	1.99
21508068--21508094	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
21516026--21516061	17	2.1	17	94	0	63	19	25	0	55	1.43
21518667--21518778	51	2.2	51	83	4	136	42	11	24	21	1.86
21519002--21519052	26	1.9	27	88	4	77	43	19	21	15	1.88
21520794--21520869	28	2.7	28	83	0	98	38	17	15	28	1.90
21522537--21522629	47	2.0	47	97	0	177	47	11	8	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21528176--21528224	18	2.5	19	87	9	64	77	0	6	16	0.96
21528195--21528228	6	5.8	6	86	6	52	79	0	2	17	0.86
21534732--21534931	100	2.0	100	96	0	364	33	23	17	26	1.96
21541182--21541226	17	2.5	19	85	10	67	26	15	15	42	1.87
21543563--21543587	10	2.5	10	100	0	50	24	0	8	68	1.16
21544398--21544479	23	3.6	23	81	1	103	21	25	18	34	1.96
21546606--21546650	18	2.4	19	85	3	56	44	4	2	48	1.35
21554126--21554180	28	2.0	28	100	0	110	40	9	18	32	1.82
21556107--21556152	14	3.2	14	87	3	65	34	8	17	39	1.80
21556299--21556323	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21556623--21556711	22	4.0	22	73	15	83	44	20	5	29	1.74
21557659--21557719	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
21557659--21557732	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
21559881--21559905	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
21566283--21566409	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
21566368--21566491	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
21566516--21566603	31	2.8	31	85	10	126	29	26	15	28	1.96
21566578--21566706	50	2.5	51	90	5	199	26	23	15	34	1.94
21571216--21571272	21	2.7	21	81	10	62	28	19	21	31	1.97
21571338--21571384	21	2.2	21	88	0	67	36	25	12	25	1.92
21581663--21581836	40	4.3	40	82	1	197	34	24	17	23	1.96
21581665--21581836	80	2.2	80	86	2	229	34	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21585396--21585437	20	2.0	20	82	13	50	45	0	0	54	0.99
21586813--21586847	16	2.2	16	100	0	70	31	11	20	37	1.88
21586817--21586856	16	2.5	16	91	0	62	30	17	17	35	1.93
21588468--21588505	19	2.1	19	85	5	51	39	0	5	55	1.23
21588691--21588737	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
21595453--21595654	46	4.4	46	96	1	361	20	20	29	30	1.97
21598071--21598199	28	4.6	28	75	13	97	65	1	1	31	1.11
21598098--21598174	27	2.7	27	80	11	84	62	1	1	35	1.12
21598069--21598216	56	2.6	52	72	13	116	66	1	2	29	1.14
21600849--21600985	40	3.4	40	86	0	157	29	13	21	35	1.92
21600950--21601101	78	1.9	78	95	0	277	32	15	21	30	1.94
21611956--21611981	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
21627506--21627551	25	1.9	24	82	8	58	36	4	6	52	1.47
21629170--21629203	17	2.0	17	88	0	50	64	0	5	29	1.17
21629182--21629244	17	3.7	17	71	12	58	69	4	4	20	1.25
21631726--21631804	39	2.0	39	97	0	149	48	5	15	31	1.66
21631727--21631814	39	2.3	38	90	3	124	46	4	13	35	1.64
21632509--21632590	31	2.5	33	80	7	96	14	2	19	63	1.41
21632837--21632895	22	2.7	22	100	0	118	45	23	22	8	1.79
21636407--21636468	20	3.2	19	76	15	63	64	3	3	29	1.25
21644223--21644775	87	6.4	87	83	3	634	20	22	22	35	1.96
21644265--21644767	43	11.6	43	64	6	235	20	21	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21644223--21644766	174	3.1	173	86	3	734	20	22	21	35	1.96
21661499--21661556	29	2.0	29	93	0	98	31	6	18	43	1.77
21666331--21666447	60	2.0	60	81	3	137	29	29	17	22	1.97
21667899--21667992	48	2.0	48	95	0	170	35	8	9	46	1.67
21671304--21671441	26	5.3	26	76	5	127	21	13	24	39	1.90
21671313--21671457	52	2.8	52	78	4	141	22	12	25	39	1.89
21678424--21678488	22	3.0	21	77	6	67	58	15	20	6	1.58
21680278--21680383	42	2.5	42	83	7	119	16	26	18	37	1.93
21684408--21684474	30	2.2	30	91	0	107	17	34	26	20	1.96
21685663--21685776	43	2.7	42	82	6	140	32	28	17	21	1.96
21687672--21687704	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
21690137--21690184	24	2.0	24	100	0	96	41	0	25	33	1.55
21690718--21690828	42	2.7	41	76	9	107	17	23	18	41	1.90
21696241--21696279	20	2.0	20	100	0	78	48	0	20	30	1.50
21696866--21696906	13	3.1	13	86	13	57	29	2	7	60	1.36
21697694--21697740	23	2.0	23	88	8	69	42	6	0	51	1.27
21697767--21697811	24	1.9	23	86	4	63	44	4	2	48	1.35
21699640--21699679	5	7.8	5	88	5	62	80	0	20	0	0.72
21702469--21702520	14	3.5	14	75	12	50	28	0	3	67	1.08
21703886--21703933	16	3.2	16	72	27	50	27	18	18	35	1.95
21711685--21712017	131	2.6	130	86	5	435	35	18	18	28	1.94
21713136--21713287	25	6.0	26	73	13	95	33	6	4	55	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713265--21713323	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
21713438--21713472	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
21716108--21716147	16	2.5	16	88	8	55	7	2	10	80	1.00
21723406--21723450	19	2.4	19	100	0	90	37	26	31	4	1.76
21723438--21723559	21	5.9	21	68	3	86	44	18	22	15	1.87
21723442--21723578	42	3.3	41	80	11	136	45	16	21	16	1.85
21731749--21731776	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
21734011--21734068	21	2.7	22	73	21	52	67	5	24	3	1.27
21736096--21736143	16	3.2	16	72	27	59	50	0	0	50	1.00
21736096--21736139	13	3.2	13	76	17	52	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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