genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25188795--25188836	20	2.0	22	86	9	61	26	30	0	42	1.55
25190009--25190041	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
25191132--25191312	54	3.3	55	73	13	176	33	3	6	56	1.42
25191131--25191345	107	2.0	108	92	1	360	33	4	5	56	1.42
25191174--25191339	54	3.1	54	73	17	182	33	3	5	57	1.39
25191173--25191345	53	3.2	52	75	14	181	32	3	5	58	1.37
25191417--25191501	39	2.2	38	79	6	91	42	5	5	45	1.52
25191240--25191481	128	1.9	126	86	5	317	37	3	4	54	1.40
25191443--25191724	140	2.0	140	99	0	555	42	7	8	41	1.64
25193247--25193278	15	2.1	15	94	0	55	0	15	0	84	0.63
25197677--25197753	38	2.0	38	100	0	154	25	20	23	29	1.99
25198003--25198028	12	2.2	12	100	0	52	19	15	15	50	1.79
25201750--25201816	29	2.2	30	86	5	91	55	7	10	26	1.60
25202693--25202729	17	2.2	17	95	0	65	45	16	10	27	1.80
25203668--25203864	104	1.9	106	81	2	245	37	13	11	37	1.81
25205953--25206013	29	2.1	30	87	3	88	54	4	3	37	1.39
25210147--25210186	20	2.0	21	85	5	55	52	2	0	45	1.14
25212680--25212721	20	2.1	20	95	0	75	28	7	23	40	1.81
25212844--25212881	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29
25215784--25215869	34	2.4	36	79	11	97	66	6	0	26	1.17
25216203--25216236	17	2.0	17	88	0	50	23	0	5	70	1.09
25216182--25216246	28	2.3	28	83	0	76	24	1	6	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25234681--25234859	89	2.0	90	93	1	306	24	25	12	37	1.90
25235762--25235919	46	3.4	47	88	3	232	19	22	13	44	1.86
25235752--25235932	46	3.9	46	86	2	222	20	21	13	43	1.87
25238016--25238063	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
25246968--25247522	149	3.7	150	89	3	805	38	17	6	36	1.77
25247274--25247756	258	1.9	258	86	4	697	38	17	6	37	1.75
25251260--25251309	26	1.9	26	84	8	66	56	4	8	32	1.47
25256251--25256353	49	2.1	49	98	1	199	43	11	9	34	1.74
25266964--25266993	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
25270956--25271078	61	2.0	60	85	6	167	34	15	17	32	1.92
25271086--25271145	23	2.6	23	89	0	93	36	16	13	33	1.88
25271351--25271429	17	4.9	17	69	20	71	24	12	20	43	1.86
25271344--25271485	46	3.1	46	92	2	232	26	13	18	41	1.87
25273557--25273600	23	1.9	23	85	0	61	11	27	20	40	1.86
25275336--25275387	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
25275340--25275393	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61
25276391--25276420	6	4.8	6	95	4	51	16	30	0	53	1.44
25278119--25278205	41	2.1	41	86	0	129	35	17	28	18	1.93
25280059--25280212	77	2.0	77	94	0	272	51	13	13	20	1.75
25280387--25280474	30	2.9	30	91	0	131	14	30	34	20	1.93
25292124--25292243	26	4.6	25	77	6	87	22	18	22	36	1.95
25292150--25292261	52	2.2	52	85	3	145	21	16	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25292173--25292291	26	4.6	26	80	0	130	19	15	29	36	1.92
25292150--25292291	52	2.7	52	81	4	144	21	16	26	35	1.94
25299983--25300067	26	3.3	26	70	9	84	23	11	24	40	1.88
25300031--25300107	26	2.9	28	81	12	76	19	12	27	40	1.88
25299963--25300090	51	2.5	50	78	3	139	22	14	26	35	1.93
25304619--25304861	124	2.0	124	89	3	373	29	15	23	31	1.95
25308083--25308707	51	11.8	57	76	15	288	29	0	24	45	1.59
25308137--25308894	23	29.5	28	78	16	558	28	0	23	47	1.57
25308212--25308889	126	5.4	126	76	16	599	27	0	23	48	1.55
25308275--25308873	149	4.0	149	90	4	915	28	0	22	49	1.54
25311032--25311065	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
25311262--25311303	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
25311275--25311333	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
25311305--25311396	22	4.2	21	84	8	121	39	0	28	32	1.57
25311253--25311355	52	2.0	51	83	9	129	33	0	33	33	1.58
25315266--25315465	40	5.0	40	85	4	269	20	30	15	34	1.93
25315267--25315475	80	2.6	80	87	3	296	21	30	15	33	1.94
25320015--25320097	31	2.6	33	83	7	100	33	4	1	60	1.26
25331715--25331748	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
25331929--25331966	20	1.9	19	89	5	58	47	0	0	52	1.00
25335690--25335743	25	2.2	24	87	9	74	59	1	0	38	1.08
25336159--25336209	25	2.0	25	84	0	66	49	9	7	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25343118--25343182	6	10.8	6	100	0	130	16	0	15	67	1.23
25350588--25350614	5	5.4	5	100	0	54	40	37	22	0	1.54
25351030--25351065	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
25351214--25351499	153	1.9	152	93	0	491	44	4	3	47	1.41
25351434--25351483	15	3.5	15	81	8	50	50	2	0	48	1.12
25351432--25351727	120	2.5	121	91	4	476	48	5	2	43	1.39
25351552--25351603	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25355224--25355250	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
25362948--25362999	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
25364372--25364568	67	2.9	67	99	0	385	38	7	9	45	1.63
25367756--25367791	17	2.0	19	89	10	58	66	11	2	19	1.35
25367861--25367912	22	2.4	21	84	6	61	67	9	15	7	1.41
25378519--25378547	13	2.2	13	100	0	58	37	6	20	34	1.80
25385314--25385394	36	2.2	36	82	0	90	48	18	6	27	1.72
25392325--25392358	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
25399909--25399954	5	8.0	6	81	13	53	82	2	15	0	0.76
25400725--25401034	153	2.0	153	94	0	539	24	20	10	45	1.81
25413004--25413055	25	2.1	25	96	0	95	32	17	21	28	1.96
25419798--25420103	27	11.4	27	80	5	264	46	18	16	18	1.84
25419798--25420086	107	2.7	108	79	6	309	47	18	15	18	1.83
25419810--25420103	81	3.6	81	83	3	317	46	19	15	18	1.84
25423603--25423672	35	2.0	35	83	5	88	22	18	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25423610--25423740	70	1.9	70	85	0	181	24	19	23	32	1.98
25423613--25423724	35	3.2	34	71	18	86	24	20	22	33	1.97
25437164--25437210	17	2.8	16	76	20	51	36	29	19	14	1.92
25439679--25439712	17	2.1	16	94	5	59	61	17	8	11	1.54
25444378--25444438	30	2.0	30	100	0	122	59	21	6	13	1.57
25446448--25446489	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
25451559--25451617	20	2.8	20	73	14	57	62	0	0	37	0.95
25451909--25451939	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
25452100--25452150	26	2.0	26	88	0	75	33	3	1	60	1.26
25452078--25452171	45	2.1	43	80	9	100	37	2	2	58	1.22
25458121--25458236	59	2.0	59	92	0	196	19	18	28	33	1.95
25459738--25459811	22	3.3	22	71	14	78	20	10	6	62	1.50
25459731--25459824	46	2.0	46	100	0	188	19	10	7	62	1.50
25459731--25459801	24	3.0	24	68	15	76	16	12	8	61	1.54
25459752--25459823	22	3.2	22	70	14	74	20	8	6	63	1.45
25461939--25461994	29	1.9	29	85	7	78	30	17	16	35	1.92
25471834--25471887	28	1.9	28	100	0	108	42	25	7	24	1.80
25475974--25476013	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
25479442--25479578	46	3.0	45	82	4	150	31	21	9	37	1.86
25483978--25484064	43	2.0	43	91	4	140	40	24	6	28	1.81
25484608--25484682	37	2.0	37	84	0	96	37	28	14	20	1.92
25487001--25487053	26	2.0	28	92	7	92	62	9	1	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25495314--25495356	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
25501166--25501208	22	2.0	22	90	0	68	11	16	27	44	1.82
25501324--25501486	43	3.8	42	90	4	220	29	28	20	22	1.98
25501302--25501486	86	2.2	85	83	5	221	31	28	20	20	1.97
25501350--25501509	43	3.7	43	89	3	223	28	28	21	21	1.99
25501350--25501578	86	2.7	86	78	6	196	28	28	20	22	1.98
25501302--25501597	43	6.9	44	79	4	135	29	27	19	23	1.98
25501718--25501749	10	3.3	10	95	4	57	62	6	0	31	1.20
25501718--25501756	19	2.1	19	85	9	53	66	5	0	28	1.12
25501940--25502107	66	2.5	66	84	3	205	14	27	17	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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