genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25507522--25507611	42	2.1	41	82	8	101	32	4	13	50	1.61
25507577--25507632	9	6.8	9	73	19	59	35	0	16	48	1.46
25507574--25507623	16	3.2	16	94	2	84	36	0	16	48	1.46
25507577--25507683	43	2.7	40	80	12	121	40	0	11	47	1.46
25507603--25507678	24	3.4	24	65	20	65	40	1	10	47	1.46
25508278--25508313	15	2.5	15	95	4	65	63	5	19	11	1.46
25512759--25512851	41	2.3	41	83	3	125	21	23	24	30	1.99
25512822--25513015	41	4.7	40	82	5	219	31	22	24	21	1.98
25513076--25513175	40	2.5	40	87	6	132	18	19	21	42	1.90
25517508--25517553	12	3.8	12	76	0	56	0	32	32	34	1.58
25518572--25518656	35	2.5	33	74	7	80	37	22	17	22	1.94
25519159--25519384	85	2.7	83	85	8	287	31	22	22	24	1.98
25519159--25519429	42	6.4	42	81	7	289	30	21	21	26	1.98
25519159--25519429	85	3.2	83	81	8	280	30	21	21	26	1.98
25519159--25519428	127	2.1	128	82	4	323	31	21	21	25	1.98
25519867--25519935	21	3.3	22	82	8	81	2	40	20	36	1.67
25524901--25525072	95	1.8	93	94	2	308	26	1	18	52	1.55
25524993--25525066	34	2.2	34	82	4	87	25	1	14	58	1.45
25525047--25525106	12	5.7	10	88	9	68	28	0	16	55	1.42
25525063--25525117	12	4.8	12	88	4	78	29	1	16	52	1.54
25525056--25525124	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
25525076--25525130	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25525310--25525390	9	9.0	9	67	15	51	39	2	16	41	1.61
25525318--25525392	34	2.4	33	86	10	104	41	2	16	40	1.62
25525340--25525395	16	3.3	17	80	9	78	42	3	16	37	1.65
25525402--25525492	32	2.7	35	81	11	118	59	2	3	35	1.26
25527069--25527162	44	2.1	44	90	0	143	34	9	32	23	1.87
25527223--25527261	20	2.0	20	94	0	69	17	7	51	23	1.71
25528330--25528400	7	9.9	7	78	4	52	45	43	0	11	1.40
25528328--25528390	21	3.0	21	81	4	72	44	42	0	12	1.42
25528330--25528420	29	3.2	28	75	6	76	45	41	0	13	1.43
25528330--25528390	14	4.3	14	81	4	68	45	42	0	11	1.40
25528713--25529203	115	4.3	113	74	9	363	27	21	19	31	1.97
25528732--25529202	114	4.1	112	75	10	384	27	21	19	31	1.97
25529210--25529411	75	2.7	74	89	1	296	26	20	18	35	1.95
25529421--25529699	113	2.5	113	76	11	275	25	22	16	34	1.95
25531368--25531511	71	2.0	71	98	0	279	44	9	9	36	1.69
25533297--25533351	19	2.6	23	78	21	66	54	1	5	38	1.34
25537524--25537575	25	2.1	24	89	10	79	13	15	51	19	1.75
25537524--25537575	24	2.1	25	89	10	81	13	15	51	19	1.75
25537704--25537764	20	3.1	19	78	19	63	19	1	6	72	1.16
25538157--25538269	41	2.7	41	82	6	111	31	24	17	25	1.97
25538020--25538425	179	2.3	181	83	2	514	29	22	18	29	1.97
25538299--25538411	44	2.5	45	84	5	149	28	20	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25538116--25538411	89	3.3	88	74	14	264	29	22	18	29	1.97
25540108--25540154	12	4.2	12	78	13	55	0	23	0	76	0.78
25541015--25541042	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
25545517--25545576	30	2.0	30	93	6	104	36	23	16	23	1.94
25546853--25546936	22	3.8	23	79	6	86	44	17	26	11	1.84
25546853--25546939	44	2.0	44	88	0	129	43	18	25	12	1.85
25554228--25554267	17	2.4	17	87	4	55	72	7	0	20	1.08
25555744--25555769	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
25555795--25555852	27	2.2	26	84	3	71	60	8	1	29	1.36
25555822--25555865	17	2.7	15	83	10	52	61	9	0	29	1.27
25563322--25563350	15	1.9	15	100	0	58	27	44	0	27	1.54
25571125--25571166	18	2.2	20	83	8	52	52	0	2	45	1.13
25572961--25573734	100	7.9	100	82	6	901	24	21	22	32	1.98
25572961--25573678	50	14.6	50	68	6	349	24	20	22	32	1.98
25573391--25573734	92	3.7	91	83	8	442	24	21	23	30	1.99
25572961--25573734	190	4.0	190	84	5	911	24	21	22	32	1.98
25573480--25573677	98	2.0	101	89	3	303	25	20	21	31	1.98
25573798--25574175	98	4.0	96	81	10	463	28	20	17	33	1.95
25573901--25574251	44	7.8	42	74	14	240	28	20	17	33	1.96
25573846--25574251	185	2.2	186	91	2	647	28	20	18	32	1.96
25575642--25575697	14	4.0	14	79	6	51	17	12	0	69	1.18
25576522--25576567	22	2.0	22	83	4	56	0	26	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25576585--25576657	34	2.1	37	85	10	100	5	10	10	72	1.26
25581372--25581416	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
25585529--25585600	17	4.2	17	74	22	62	65	2	1	30	1.15
25594907--25595469	282	2.0	282	99	0	1108	25	25	20	28	1.99
25596891--25597099	105	2.0	105	98	0	400	24	33	16	25	1.96
25597927--25597985	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
25606178--25606203	12	2.2	12	100	0	52	19	7	7	65	1.43
25629565--25629589	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
25629750--25629875	9	13.6	9	88	6	189	35	32	9	22	1.86
25629751--25629875	29	4.5	28	91	2	191	35	32	9	22	1.87
25629882--25629942	17	3.4	17	68	12	50	52	13	0	34	1.40
25629876--25629988	37	3.1	37	93	1	183	47	15	3	33	1.62
25630029--25630087	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
25633561--25633624	9	7.2	9	92	3	94	39	28	10	21	1.87
25634082--25634286	106	1.9	106	84	8	259	27	0	13	58	1.42
25634542--25634585	22	2.0	21	86	4	61	31	6	2	59	1.36
25636284--25636327	22	2.0	23	86	4	63	45	13	15	25	1.83
25639318--25639376	29	2.0	31	80	12	70	42	22	3	32	1.70
25639373--25639428	4	13.0	4	75	20	51	1	28	1	67	1.10
25639373--25639428	9	6.5	8	75	18	51	1	28	1	67	1.10
25639366--25639423	18	3.2	18	73	21	50	1	32	1	63	1.14
25642723--25642773	25	2.1	25	89	7	79	52	1	13	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25642742--25642786	23	2.0	23	82	4	56	60	0	13	26	1.34
25657315--25657435	60	2.0	60	98	0	233	29	14	16	39	1.88
25659877--25659910	12	2.7	13	86	9	52	5	8	0	85	0.75
25663773--25663816	21	2.0	22	82	4	54	20	22	27	29	1.99
25674025--25674058	10	3.4	10	91	0	50	47	0	8	44	1.34
25677690--25677732	21	2.1	20	87	12	61	25	6	6	60	1.48
25681639--25681724	43	2.0	43	84	4	111	51	1	20	26	1.55
25682675--25682771	49	2.0	49	87	0	140	44	5	23	26	1.74
25689206--25689291	43	2.0	43	86	0	118	47	2	23	26	1.63
25690550--25690646	49	2.0	49	91	0	158	43	5	26	24	1.75
25696609--25696705	49	2.0	49	91	0	158	30	15	7	46	1.73
25698505--25698532	14	2.0	14	100	0	56	14	0	28	57	1.38
25702800--25702889	45	2.0	45	97	0	171	32	11	21	35	1.88
25707024--25707189	82	2.0	83	98	1	325	45	16	6	31	1.72
25710619--25710660	22	1.9	22	90	0	66	40	0	9	50	1.35
25712667--25712750	35	2.4	34	80	5	89	25	1	28	45	1.61
25713105--25713222	59	2.1	55	92	6	191	40	9	13	36	1.77
25715713--25715754	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
25719149--25719179	11	2.7	12	90	10	55	58	6	0	35	1.24
25719813--25719884	3	23.7	3	74	23	53	27	5	1	65	1.23
25719813--25719984	13	13.5	13	66	28	54	26	4	2	67	1.20
25719897--25719941	14	3.1	14	83	3	54	20	0	2	77	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25719901--25719945	22	2.0	22	83	8	56	20	0	2	77	0.87
25719952--25719992	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
25722319--25722365	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
25726693--25726806	45	2.6	45	82	1	140	28	21	23	26	1.99
25726673--25726859	44	4.2	44	72	11	148	32	18	22	26	1.97
25727014--25727605	44	13.0	44	73	12	356	32	18	20	28	1.96
25729086--25729161	3	24.7	3	75	21	52	27	6	1	64	1.26
25729086--25729161	13	5.8	13	73	17	61	27	6	1	64	1.26
25729228--25729268	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
25729380--25729432	22	2.6	20	72	13	54	22	9	1	66	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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