genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20800074--20800106	16	2.1	16	88	11	50	27	6	0	66	1.15
20800308--20800378	35	2.0	35	97	0	133	29	5	29	35	1.80
20804337--20804382	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
20808259--20808865	45	13.7	45	66	10	219	28	19	23	28	1.98
20808257--20808934	133	5.1	133	87	0	962	29	18	22	29	1.98
20811522--20811632	56	2.0	56	90	0	177	28	20	25	25	1.99
20813754--20813809	20	2.7	22	83	10	73	26	17	16	39	1.91
20816017--20816225	67	3.1	67	83	2	251	22	21	19	36	1.95
20816430--20816556	45	2.8	45	85	0	173	21	21	14	43	1.87
20817796--20817915	61	2.0	60	85	1	159	23	25	20	30	1.98
20826412--20826543	61	2.2	61	92	0	228	25	32	18	23	1.97
20826432--20826560	61	2.1	61	84	2	161	26	34	19	20	1.96
20827894--20827951	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
20827999--20828094	10	9.7	10	80	1	95	43	4	5	46	1.45
20828003--20828094	14	6.6	14	78	9	80	43	4	5	46	1.46
20828005--20828094	24	3.5	24	81	14	108	43	4	5	46	1.47
20828003--20828097	28	3.3	28	85	5	118	43	4	6	46	1.48
20828219--20828269	27	1.9	27	84	4	68	45	1	11	41	1.52
20832198--20832257	18	3.4	17	77	9	57	31	30	15	23	1.95
20842098--20842185	21	4.1	21	73	15	56	17	31	23	27	1.97
20842110--20842157	21	2.3	21	92	0	78	20	31	22	25	1.98
20843133--20843172	20	1.9	20	85	10	53	17	7	25	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20847300--20847374	3	25.3	3	91	2	125	68	2	0	29	1.04
20848362--20848443	18	4.6	18	79	7	78	28	28	23	20	1.99
20848362--20848465	35	2.9	35	74	4	93	30	27	21	20	1.98
20866564--20866588	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
20899892--20899958	20	3.3	20	85	4	91	32	11	20	34	1.90
20900008--20900081	27	2.8	27	85	2	96	27	24	22	25	2.00
20900308--20900371	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
20901489--20901543	15	3.7	15	76	11	60	0	30	0	69	0.89
20901488--20901556	10	6.6	10	78	17	61	0	31	0	68	0.90
20901489--20901556	19	3.6	18	75	11	57	0	30	0	69	0.89
20901489--20901556	27	2.4	30	76	20	74	0	30	0	69	0.89
20901844--20901888	22	2.0	22	83	8	56	15	11	2	71	1.24
20904522--20904548	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
20907300--20907549	40	6.3	40	91	0	367	24	20	28	27	1.99
20907247--20907549	80	3.8	80	88	2	378	24	20	27	27	1.99
20907247--20907549	120	2.5	119	84	2	374	24	20	27	27	1.99
20913741--20913857	58	2.0	59	86	5	166	25	17	23	32	1.97
20913815--20914162	72	4.7	72	86	6	437	30	16	21	32	1.95
20913799--20914672	150	5.7	148	81	10	926	30	16	20	32	1.95
20914168--20914672	72	6.6	72	75	13	427	31	17	19	32	1.94
20914337--20914672	72	4.5	72	85	5	447	31	16	20	31	1.95
20917158--20917202	17	2.6	18	89	10	76	31	8	8	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20918809--20918850	19	2.2	20	83	12	52	64	2	0	33	1.07
20919017--20919048	16	2.0	16	93	0	55	21	6	0	71	1.07
20922710--20922763	27	2.0	27	96	0	99	22	27	11	38	1.88
20924724--20924762	20	2.1	19	85	9	53	30	20	12	35	1.90
20924733--20924800	20	3.3	20	78	10	66	23	17	16	42	1.88
20924733--20924858	42	3.0	43	82	7	136	23	18	13	45	1.84
20933756--20933807	16	3.2	16	83	5	70	30	26	3	38	1.74
20933906--20934051	75	1.9	75	95	0	265	33	4	15	46	1.65
20937829--20937867	18	2.0	20	85	9	55	64	10	20	5	1.44
20938034--20938086	23	2.4	22	84	12	72	45	16	3	33	1.66
20938064--20938115	17	3.1	17	85	0	77	38	19	5	36	1.76
20940054--20940100	19	2.5	20	76	20	55	63	0	8	27	1.23
20940291--20940442	10	15.7	9	74	18	69	30	3	1	64	1.20
20940304--20940345	19	2.2	19	83	8	50	33	7	0	59	1.25
20940323--20940360	11	3.5	11	85	10	51	26	10	0	63	1.27
20940626--20940793	90	1.9	89	86	6	241	34	9	18	37	1.83
20940626--20940832	90	2.4	87	80	12	228	33	9	18	38	1.84
20941685--20941736	16	3.2	16	88	0	77	40	3	25	30	1.73
20941718--20941811	44	2.1	46	88	7	140	34	5	25	35	1.79
20942161--20942203	20	2.2	20	91	4	70	27	4	13	53	1.60
20942532--20942566	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
20942589--20942649	30	2.0	30	93	0	104	32	11	16	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20949326--20949357	17	1.9	17	93	6	57	75	3	3	18	1.08
20963247--20963285	19	2.1	19	95	0	69	43	12	15	28	1.83
20978964--20978988	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
20978961--20979033	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
20978968--20979039	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
20980851--20980875	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
20982055--20982168	33	3.5	33	79	7	124	33	10	22	33	1.88
20990405--20990456	25	2.1	25	100	0	104	38	7	17	36	1.78
21005163--21005280	44	2.7	44	79	6	125	37	5	2	55	1.36
21014464--21014488	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21015650--21015772	33	3.8	33	78	7	126	32	12	23	31	1.91
21015650--21015772	32	3.8	32	77	9	115	32	12	23	31	1.91
21017232--21017285	16	3.3	15	75	14	54	33	5	20	40	1.76
21017420--21017461	16	2.6	16	88	7	59	42	14	9	33	1.78
21020685--21020781	33	2.9	34	69	23	87	29	1	8	60	1.32
21025233--21025257	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21029274--21029309	14	2.5	14	90	4	54	8	13	0	77	0.98
21029273--21029309	15	2.5	15	91	8	58	8	13	0	78	0.96
21034747--21034805	30	2.0	30	86	0	82	13	27	37	22	1.91
21035438--21035470	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
21037061--21037100	15	2.6	16	80	11	57	15	10	0	75	1.05
21039626--21039834	43	4.9	43	77	3	181	32	25	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21040543--21040585	14	3.1	14	90	3	70	51	11	2	34	1.51
21046417--21046471	20	2.6	22	72	21	55	36	3	0	60	1.15
21046555--21046597	21	2.0	21	90	0	68	34	2	2	60	1.22
21046569--21046666	14	6.4	14	72	26	58	30	3	1	65	1.15
21046555--21046658	33	3.2	31	75	23	106	29	3	1	64	1.22
21046572--21046660	17	5.5	17	76	20	84	30	3	1	65	1.16
21046631--21046666	7	5.0	7	86	6	54	30	0	0	69	0.89
21046509--21046661	21	7.7	19	64	26	52	28	3	3	64	1.27
21052562--21052600	20	2.0	20	84	0	51	61	2	17	17	1.46
21053184--21053223	20	2.0	20	100	0	80	30	5	20	45	1.72
21057171--21057203	17	1.9	17	100	0	66	42	18	15	24	1.88
21057283--21057473	95	2.0	95	97	0	364	36	6	19	37	1.77
21063751--21063909	79	2.0	79	92	0	264	28	11	23	36	1.90
21068570--21068627	29	2.0	29	83	6	73	12	22	22	43	1.86
21068601--21068650	22	2.2	22	89	10	75	16	24	22	38	1.93
21071836--21071922	21	4.0	23	75	11	83	18	21	21	37	1.94
21072414--21072458	23	2.0	23	90	0	72	17	22	22	37	1.94
21080433--21080506	36	2.0	37	84	2	96	21	17	12	48	1.79
21095626--21095653	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
21105653--21105711	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
21105752--21105864	37	3.1	37	91	6	176	31	5	15	47	1.67
21105865--21106001	9	14.6	9	87	6	175	24	9	29	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21118602--21118632	13	2.4	13	94	0	53	22	3	0	74	0.96
21118929--21119026	52	1.9	49	81	6	115	30	8	7	54	1.57
21118989--21119040	22	2.3	22	83	3	59	30	3	1	63	1.23
21127637--21127684	24	2.0	24	87	0	69	2	29	6	62	1.31
21131422--21131456	11	3.2	11	88	11	54	34	0	0	65	0.93
21137576--21137688	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
21137576--21137688	54	2.1	54	86	3	156	17	23	22	36	1.95
21138558--21138615	13	4.5	13	86	0	80	36	22	6	34	1.81
21140052--21140118	22	3.0	22	82	0	80	40	16	26	16	1.89
21141690--21141739	9	5.2	9	79	11	55	36	0	4	60	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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