genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24490368--24490464	20	4.8	21	75	8	69	40	19	24	15	1.90
24491521--24491563	16	2.4	19	74	25	56	48	13	0	37	1.43
24491529--24491561	16	2.1	16	100	0	66	51	12	0	36	1.39
24491528--24491566	16	2.6	15	88	11	62	51	15	0	33	1.44
24496449--24496484	18	2.0	18	94	0	63	33	8	8	50	1.63
24498206--24498358	76	2.0	76	98	0	297	26	19	19	33	1.96
24500035--24500193	79	2.0	79	98	0	309	33	17	13	34	1.89
24501691--24501747	28	2.0	29	89	3	89	24	26	15	33	1.95
24502975--24503382	204	2.0	204	95	0	726	31	21	7	39	1.82
24503420--24503448	5	5.8	5	100	0	58	37	20	0	41	1.53
24504086--24504132	22	2.2	21	81	11	51	42	21	4	31	1.72
24510989--24511029	21	1.9	22	90	5	66	24	2	2	70	1.11
24511133--24511185	18	3.0	18	83	5	63	39	1	0	58	1.09
24511138--24511186	17	2.8	18	84	6	64	40	0	0	59	0.98
24511149--24511206	17	3.5	15	72	20	53	44	0	1	53	1.10
24511149--24511206	9	7.0	8	81	11	64	44	0	1	53	1.10
24511631--24511680	20	2.5	20	80	9	57	52	12	4	32	1.57
24511928--24511972	20	2.1	22	80	12	58	55	0	2	42	1.12
24513567--24513591	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
24519151--24519175	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
24519248--24519298	22	2.3	22	80	6	59	39	9	7	43	1.67
24519378--24519417	17	2.4	16	88	12	55	45	5	0	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24523797--24523872	25	3.1	25	71	17	68	42	17	17	23	1.89
24528376--24528433	29	2.0	29	96	0	107	41	22	6	29	1.80
24529763--24529798	17	2.1	17	100	0	72	47	16	5	30	1.70
24533154--24533225	3	23.3	3	74	16	58	31	4	2	61	1.29
24538141--24538208	32	2.2	30	89	5	100	79	7	2	10	1.03
24538141--24538215	14	5.0	14	78	13	69	78	6	2	12	1.04
24538285--24538420	70	1.9	70	88	2	202	36	12	30	21	1.90
24538922--24538967	23	2.0	23	100	0	92	47	8	17	26	1.76
24539570--24539732	89	1.8	89	81	2	202	28	22	24	25	1.99
24539962--24540434	50	9.5	49	66	6	234	28	21	24	24	1.99
24539909--24540468	199	2.8	199	86	1	737	29	20	24	24	1.99
24539909--24540468	100	5.6	100	86	1	739	29	20	24	24	1.99
24545300--24545334	17	2.0	18	88	5	54	51	5	0	42	1.25
24551407--24551510	52	2.0	52	100	0	208	44	19	5	30	1.74
24552383--24552420	19	2.0	19	94	0	67	10	50	13	26	1.73
24568289--24568382	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
24593626--24593699	24	3.1	24	80	3	96	33	5	20	40	1.75
24593620--24593722	47	2.2	47	76	8	111	32	5	24	37	1.79
24593535--24593811	137	2.0	138	88	2	414	30	3	24	41	1.72
24593550--24593848	46	6.5	47	72	7	177	31	4	24	40	1.74
24593550--24593848	23	13.1	23	71	8	144	31	4	24	40	1.74
24594582--24594611	12	2.5	12	94	0	51	80	0	3	16	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24601279--24601357	38	2.1	38	97	0	149	15	18	18	46	1.84
24602963--24603053	45	2.0	45	97	0	173	23	20	13	42	1.87
24603798--24603870	31	2.4	31	81	4	76	30	10	10	47	1.73
24604081--24604167	42	2.1	42	93	4	149	33	26	10	29	1.90
24604086--24604159	21	3.5	21	66	14	62	39	25	12	22	1.89
24604586--24604653	30	2.3	30	92	5	111	51	2	13	32	1.56
24614201--24614249	23	2.1	23	96	0	89	38	10	14	36	1.80
24614327--24614358	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
24618685--24618733	23	2.1	23	96	0	89	38	10	14	36	1.80
24618810--24618841	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
24620083--24620144	32	2.0	32	87	3	90	37	14	9	38	1.79
24634789--24634936	77	1.9	77	92	0	251	33	16	14	34	1.90
24634600--24635436	287	2.9	285	88	4	1165	31	16	20	31	1.95
24635147--24635295	74	2.0	74	92	0	244	30	18	21	30	1.97
24634650--24635504	284	3.0	282	89	4	1213	31	16	21	30	1.95
24635221--24635788	210	2.7	210	91	1	899	31	16	22	29	1.96
24647328--24647371	23	1.9	23	85	0	61	54	4	0	40	1.21
24655126--24655163	3	12.7	3	94	0	67	65	2	0	31	1.06
24661372--24661412	21	2.0	21	90	0	64	2	58	0	39	1.11
24661388--24661427	15	2.7	15	88	0	53	5	55	2	37	1.35
24661444--24661477	3	11.3	3	87	0	50	32	35	32	0	1.58
24661442--24661470	15	1.9	15	100	0	58	27	41	31	0	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24676781--24676858	3	25.7	3	73	12	61	65	2	5	26	1.27
24677971--24678017	20	2.3	21	78	10	53	10	4	23	61	1.46
24682889--24682983	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
24683001--24683051	3	19.0	3	74	22	51	60	0	0	39	0.97
24682993--24683054	5	12.2	5	85	14	83	59	0	0	40	0.97
24682993--24683054	24	2.5	23	84	12	70	59	0	0	40	0.97
24684481--24684545	6	10.7	6	83	8	60	69	7	7	15	1.35
24684589--24684632	19	2.2	20	80	15	56	70	0	20	9	1.14
24685536--24685571	6	5.7	6	87	12	54	72	0	13	13	1.13
24685535--24685571	7	5.6	7	87	12	60	72	0	13	13	1.11
24685535--24685571	13	2.8	13	100	0	74	72	0	13	13	1.11
24686821--24687161	43	7.9	43	75	8	289	29	22	23	24	1.99
24686819--24687161	87	4.0	86	75	7	286	29	22	23	24	1.99
24688735--24688800	3	22.0	3	74	11	55	27	3	1	68	1.13
24688735--24688800	23	3.0	21	81	14	71	27	3	1	68	1.13
24689681--24689975	110	2.7	109	90	3	436	30	15	20	33	1.93
24695511--24695589	33	2.4	33	93	0	131	25	17	8	48	1.76
24699515--24699559	22	2.0	24	82	8	58	55	2	2	40	1.24
24700172--24700221	25	2.0	25	100	0	100	48	4	8	40	1.51
24702177--24702219	23	1.9	22	90	4	68	25	0	2	72	0.97
24703456--24703563	54	2.0	53	94	1	189	23	18	9	48	1.76
24707575--24707695	42	2.9	42	85	2	154	29	32	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24707590--24707715	42	3.0	41	83	4	153	29	31	19	19	1.96
24707604--24707735	42	3.1	41	85	8	135	28	32	19	19	1.96
24711571--24711608	20	1.9	20	89	10	60	26	5	0	68	1.11
24721199--24721263	27	2.4	27	92	2	103	32	16	12	38	1.86
24724653--24724747	43	2.2	42	92	1	154	48	3	5	43	1.41
24733257--24733287	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
24733877--24733910	15	2.2	16	89	5	52	26	0	5	67	1.13
24738743--24738841	11	8.6	11	70	8	56	63	5	5	26	1.36
24738826--24738885	30	2.0	30	83	3	77	71	5	10	13	1.28
24743559--24743620	27	2.2	27	82	8	70	22	24	20	32	1.98
24752808--24752837	10	3.0	10	95	0	51	76	3	0	20	0.92
24753786--24753810	11	2.3	11	100	0	50	32	8	32	28	1.86
24759186--24759315	65	2.0	65	96	0	242	10	16	26	47	1.77
24760808--24760913	37	2.9	37	90	2	162	25	22	16	35	1.94
24760876--24761092	52	4.2	52	84	8	293	27	23	14	35	1.93
24760926--24761098	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
24760875--24761098	98	2.3	98	94	0	394	28	23	14	34	1.93
24762531--24762934	201	2.0	200	98	0	781	21	24	10	43	1.84
24764425--24764729	58	5.6	55	92	6	409	31	30	14	23	1.94
24764509--24764743	58	4.0	58	99	0	461	31	31	13	23	1.93
24766073--24767077	46	21.6	46	95	2	1740	28	20	14	36	1.92
24767063--24767462	200	2.0	200	98	0	764	34	21	11	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24769994--24770139	49	3.0	49	88	1	220	32	30	13	23	1.93
24771392--24771870	37	13.0	37	98	0	899	24	19	16	39	1.91
24771906--24772026	61	2.0	61	96	0	224	28	23	14	34	1.93
24775091--24775243	58	2.9	49	80	16	189	31	30	14	24	1.94
24775126--24775244	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
24775135--24775225	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
24776551--24776702	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
24776619--24776789	46	3.6	46	82	9	225	28	21	14	35	1.93
24776662--24776783	52	2.3	52	87	2	163	27	22	13	36	1.92
24779902--24780047	49	3.0	49	88	1	211	32	30	15	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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