genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22048207--22048241	7	5.0	7	96	0	61	17	0	54	28	1.43
22048207--22048257	21	2.4	21	83	0	57	21	0	49	29	1.50
22048343--22048372	14	2.1	14	93	0	51	23	0	43	33	1.54
22048292--22048518	88	2.7	82	73	13	208	31	1	24	42	1.63
22048360--22048514	82	1.9	83	86	4	224	29	1	25	42	1.66
22048566--22048619	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
22048614--22048656	9	4.7	9	83	16	61	58	0	9	32	1.30
22048609--22048653	19	2.6	18	89	10	67	57	0	8	33	1.30
22048609--22048642	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
22048622--22048665	19	2.3	19	88	7	63	63	2	6	27	1.31
22048659--22048705	18	2.6	18	90	10	69	82	2	2	12	0.84
22048694--22048789	46	2.1	47	80	7	117	44	8	1	45	1.40
22048985--22049148	75	2.2	74	83	11	203	28	13	22	35	1.92
22050910--22050968	7	8.3	7	92	3	100	1	13	13	71	1.23
22051538--22051682	13	11.0	13	70	11	89	39	11	4	44	1.61
22051520--22051691	53	3.2	53	86	2	229	38	11	4	45	1.60
22051823--22052142	9	35.8	9	71	15	202	45	20	2	32	1.64
22051889--22052012	34	3.6	33	75	16	85	46	22	2	28	1.64
22051966--22052085	53	2.3	51	82	10	152	45	21	1	30	1.62
22051993--22052150	25	6.2	25	72	12	106	44	19	2	33	1.64
22051889--22052153	52	5.1	50	74	13	162	45	20	2	31	1.65
22057590--22057720	66	2.0	66	90	3	210	41	16	25	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22057593--22057757	66	2.5	66	83	7	176	42	19	24	13	1.88
22058041--22058178	42	3.3	41	85	4	161	35	19	20	24	1.96
22066969--22066998	15	2.0	15	93	0	51	10	43	0	46	1.37
22071428--22071825	131	3.0	130	79	4	469	38	12	14	34	1.83
22079405--22079431	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
22082954--22083026	31	2.4	31	80	13	89	52	12	12	23	1.72
22085441--22085536	36	2.8	33	74	4	93	23	25	17	33	1.96
22088798--22088841	22	2.0	21	86	4	61	25	27	2	45	1.65
22105328--22105365	16	2.4	16	83	12	51	57	5	15	21	1.57
22111875--22111916	6	7.0	6	100	0	84	16	33	0	50	1.46
22120575--22120617	21	2.0	21	100	0	86	23	13	4	58	1.55
22135526--22135595	20	3.3	20	66	11	59	41	17	7	34	1.76
22135512--22135597	43	2.0	43	100	0	172	39	13	9	37	1.78
22137788--22137817	8	3.8	8	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22137856--22137885	8	3.8	8	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22137735--22137937	68	3.0	68	99	0	397	46	6	11	34	1.66
22146901--22146965	17	3.7	17	71	15	60	44	15	10	29	1.80
22151753--22151847	48	2.0	48	93	0	163	41	23	18	16	1.90
22152917--22152992	29	2.6	29	81	8	84	23	25	17	34	1.96
22153131--22153289	53	3.0	53	89	0	237	26	23	12	37	1.91
22172824--22172880	22	2.5	22	80	5	60	15	8	3	71	1.24
22172837--22172879	22	1.9	23	85	4	61	13	9	2	74	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22177763--22178139	133	2.8	132	91	2	565	22	15	9	52	1.72
22178247--22178340	19	4.7	19	75	22	95	26	1	3	69	1.10
22178276--22178329	16	3.1	16	74	23	54	27	1	0	70	0.98
22178247--22178340	40	2.3	40	80	12	113	26	1	3	69	1.10
22178376--22178443	32	2.2	31	84	12	86	67	5	0	26	1.13
22179217--22179271	22	2.7	20	78	10	56	9	9	12	69	1.38
22186215--22186258	15	2.9	15	80	6	52	36	4	6	52	1.49
22190829--22190869	9	4.6	9	81	0	55	48	9	7	34	1.64
22191007--22191051	21	2.2	20	84	11	56	71	2	4	22	1.15
22191268--22191306	5	7.8	5	97	0	60	20	25	20	33	1.97
22195337--22195464	24	5.2	24	69	9	73	32	20	28	18	1.96
22195505--22195562	26	2.3	25	81	3	62	36	18	25	18	1.95
22195567--22195615	25	2.0	25	83	0	62	42	16	24	16	1.87
22202869--22202902	13	2.5	14	85	4	52	0	5	8	85	0.75
22204304--22204332	12	2.3	13	94	5	51	51	0	31	17	1.45
22218852--22218926	23	3.2	23	69	3	60	48	16	10	25	1.78
22220953--22221048	48	2.0	48	93	0	165	28	13	11	46	1.78
22225613--22225642	15	2.0	15	93	0	51	33	30	13	23	1.93
22233340--22233460	40	3.0	40	89	2	163	35	15	30	18	1.92
22233362--22233426	20	3.2	20	72	12	62	29	16	36	16	1.92
22233381--22233446	20	3.3	20	72	8	71	33	18	34	13	1.90
22233461--22233501	21	1.9	22	90	5	66	51	4	2	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239374--22239408	17	2.1	17	100	0	70	57	22	5	14	1.59
22243704--22243786	42	2.0	43	97	2	159	20	30	24	25	1.99
22248683--22248765	41	2.0	42	85	4	114	33	15	2	48	1.58
22257352--22257411	26	2.3	26	88	0	93	40	11	15	33	1.83
22265792--22265831	21	2.0	20	85	5	53	2	5	10	82	0.91
22266262--22266312	6	8.2	6	79	16	50	74	0	3	21	0.98
22268619--22268690	29	2.4	29	81	4	81	25	12	13	48	1.78
22271297--22271385	44	2.0	44	95	0	160	29	14	20	35	1.92
22278334--22278384	16	3.1	17	75	16	54	70	1	9	17	1.24
22282635--22282696	11	5.5	11	86	7	72	22	30	3	43	1.69
22285292--22285355	29	2.3	27	86	5	83	53	0	1	45	1.10
22286339--22286367	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22287595--22287621	8	3.4	8	100	0	54	25	0	11	62	1.28
22290846--22291144	134	2.3	130	84	7	403	26	21	19	32	1.97
22298875--22298911	18	2.1	18	94	0	65	24	21	18	35	1.96
22298902--22299075	46	3.9	45	88	7	255	34	16	21	27	1.95
22301646--22301700	21	2.6	22	88	8	87	25	9	38	27	1.86
22305890--22305928	12	3.0	13	85	11	53	43	0	56	0	0.99
22305890--22305928	7	6.0	7	85	14	57	43	0	56	0	0.99
22305890--22305925	19	1.9	18	94	5	63	44	0	55	0	0.99
22307613--22307678	10	6.1	11	71	25	52	27	33	0	39	1.57
22307621--22307678	22	2.6	22	91	2	98	31	31	0	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22307648--22307763	51	2.3	51	95	0	205	28	25	0	45	1.54
22308908--22308932	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
22310127--22310554	50	8.4	50	80	11	433	44	27	1	26	1.63
22310240--22310369	23	5.6	23	70	22	101	46	25	0	27	1.58
22310337--22310391	29	1.9	28	92	3	92	47	25	0	27	1.52
22310325--22310376	23	2.2	23	89	3	77	48	23	0	28	1.51
22310146--22310395	21	10.2	24	65	26	98	44	26	1	27	1.62
22310462--22310574	21	5.1	20	75	20	91	46	29	0	23	1.52
22310462--22310620	71	2.2	71	92	0	255	47	27	1	23	1.60
22310183--22310608	208	2.1	207	87	6	621	45	27	1	25	1.64
22310533--22310632	50	2.1	46	85	10	132	46	25	2	27	1.64
22310820--22310912	30	3.2	30	86	8	113	36	3	0	60	1.13
22310857--22310960	11	9.9	11	78	17	114	41	1	0	56	1.10
22310857--22310960	52	2.0	53	96	1	192	41	1	0	56	1.10
22310868--22310928	30	2.0	30	90	6	97	42	1	0	55	1.09
22310880--22310959	9	8.1	9	80	10	61	40	1	0	58	1.06
22311210--22311251	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
22316935--22317070	3	45.3	3	100	0	272	66	0	33	0	0.92
22318307--22318369	30	2.1	29	82	11	74	57	0	0	42	0.99
22318503--22318580	29	2.7	29	76	13	79	35	1	2	60	1.19
22318515--22318599	27	3.1	27	80	10	75	30	1	3	64	1.17
22318539--22318625	37	2.3	36	81	14	97	29	0	1	68	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22318542--22318623	44	1.9	42	90	9	130	30	0	1	68	0.98
22318544--22318648	44	2.4	44	81	9	117	32	0	1	64	1.11
22319753--22319858	53	2.0	54	86	1	151	28	8	14	49	1.72
22327258--22327298	19	2.2	18	95	4	73	24	34	4	36	1.77
22330914--22330952	21	1.9	19	85	10	51	61	10	10	17	1.55
22332402--22332460	19	3.1	19	80	4	66	54	0	0	45	0.99
22332413--22332437	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22332669--22332694	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
22332662--22332726	30	2.1	31	91	2	105	33	4	0	61	1.16
22332669--22332793	41	3.0	42	86	3	171	33	4	0	61	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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