genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  126  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38997736--38997811	7	10.9	7	81	5	91	56	0	5	38	1.22
38997815--38997848	7	4.9	7	88	0	50	35	0	32	32	1.58
38997804--38997848	14	3.3	14	90	3	65	33	0	33	33	1.58
38998916--38999017	40	2.5	40	93	0	177	36	23	17	22	1.95
38999556--38999608	27	1.9	28	85	11	74	20	9	15	54	1.68
39000261--39000303	19	2.3	19	83	0	50	32	2	9	55	1.44
39004413--39004459	20	2.3	20	85	0	58	25	4	0	70	1.05
39004411--39004448	10	3.8	10	92	0	67	23	0	0	76	0.79
39008620--39008717	40	2.5	40	96	0	178	27	22	20	29	1.98
39009272--39009368	47	2.1	47	100	0	194	28	10	10	50	1.69
39010889--39010948	24	2.5	23	83	5	66	51	31	1	15	1.53
39010965--39011000	16	2.2	16	100	0	72	5	27	44	22	1.75
39021301--39021336	16	2.2	16	90	0	54	41	2	5	50	1.40
39024669--39024728	30	2.0	30	93	0	102	56	16	3	23	1.55
39026389--39026456	23	3.0	23	73	16	61	42	23	16	17	1.88
39030526--39030584	30	2.0	30	96	3	111	30	20	22	27	1.98
39031448--39031492	12	3.6	12	80	11	54	46	0	0	53	1.00
39031454--39031504	26	2.0	26	84	0	66	45	0	1	52	1.12
39031639--39031731	44	2.1	44	88	6	134	37	24	3	34	1.72
39051769--39051804	18	2.1	18	89	5	56	22	2	5	69	1.22
39056117--39056436	159	2.0	159	96	0	595	39	6	18	35	1.78
39056438--39056468	16	2.0	16	93	6	55	54	6	0	38	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39057352--39057402	17	3.2	15	81	15	50	62	3	1	31	1.24
39057364--39057402	17	2.4	16	86	4	51	66	2	2	28	1.18
39058954--39059008	23	2.4	23	81	6	58	32	16	10	40	1.83
39061863--39061939	26	3.0	26	94	0	127	37	22	23	16	1.94
39062080--39062138	27	2.2	27	84	0	73	23	16	22	37	1.94
39062090--39062149	27	2.2	27	93	0	102	16	16	21	45	1.86
39064575--39064612	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
39065906--39066102	98	2.0	98	93	0	340	37	24	9	27	1.87
39067410--39067522	19	5.8	19	81	4	145	34	15	10	38	1.83
39067410--39067521	40	2.8	40	90	2	165	34	15	10	39	1.82
39067726--39068496	44	17.9	45	68	15	190	27	22	19	30	1.98
39067725--39068597	217	4.1	217	90	2	1314	27	22	19	30	1.98
39067725--39068574	426	2.0	426	90	0	1342	27	22	19	30	1.98
39068590--39069072	132	3.7	132	93	1	806	25	24	18	31	1.98
39070267--39070311	6	7.2	6	82	9	54	2	22	0	75	0.91
39070268--39070323	20	2.9	19	84	7	69	1	19	0	78	0.84
39070275--39070322	12	3.8	12	84	13	53	0	20	0	79	0.74
39074401--39074597	98	2.0	98	95	0	358	37	25	10	27	1.88
39075896--39076008	19	5.8	19	81	4	145	34	15	11	38	1.84
39075896--39076007	40	2.8	40	89	2	165	34	15	11	38	1.83
39076955--39077108	23	6.5	23	79	5	137	22	15	20	40	1.90
39076953--39077403	47	9.4	46	80	7	353	25	13	19	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39076980--39077115	71	1.9	71	96	1	256	22	14	20	42	1.88
39076989--39077235	127	1.9	126	86	3	352	22	14	20	42	1.89
39077119--39077403	70	4.0	70	83	3	320	27	12	18	41	1.87
39077122--39077404	23	12.0	23	77	4	269	27	12	18	40	1.87
39079674--39079699	12	2.2	12	100	0	52	11	7	7	73	1.26
39081679--39081795	37	3.2	37	74	17	111	52	2	2	42	1.29
39085024--39085067	23	2.0	23	86	4	63	22	0	9	68	1.18
39092747--39092811	9	6.9	9	76	10	51	58	1	1	38	1.17
39092804--39092846	10	4.4	9	80	13	50	30	2	2	65	1.18
39095939--39095980	19	2.3	19	80	15	52	50	2	2	45	1.27
39102770--39103014	68	3.6	68	79	2	260	24	21	17	37	1.94
39102936--39103189	122	2.1	122	88	1	375	26	23	16	33	1.95
39103611--39103691	38	2.1	38	97	0	153	45	25	12	16	1.82
39106687--39106715	14	2.1	14	100	0	58	58	27	6	6	1.50
39109395--39109419	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
39111718--39111743	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
39131358--39131395	13	2.9	13	84	0	58	31	7	26	34	1.85
39131582--39131628	24	1.9	25	86	4	69	44	0	2	53	1.12
39133090--39133415	165	2.0	160	84	7	426	38	13	12	35	1.83
39134876--39134931	21	2.9	21	75	21	59	35	23	37	3	1.72
39135569--39135763	98	2.0	96	91	4	311	48	17	7	27	1.73
39136297--39136329	6	5.8	6	86	13	52	0	0	15	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39136292--39136329	16	2.3	17	90	4	60	0	2	13	84	0.73
39136292--39136335	22	2.0	22	86	0	61	2	4	13	79	0.98
39140531--39140590	25	2.4	25	85	0	84	43	18	20	18	1.88
39141490--39141733	50	4.9	50	83	1	249	23	29	20	27	1.99
39148921--39148977	22	2.7	22	82	15	75	33	0	36	29	1.58
39149288--39149341	10	5.0	10	81	18	56	74	0	0	25	0.83
39149305--39149332	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
39158413--39158517	38	2.8	38	86	2	131	15	16	31	37	1.89
39158492--39158544	22	2.4	23	81	15	67	20	15	26	37	1.92
39164163--39164290	50	2.6	50	85	0	166	39	14	14	31	1.86
39169592--39169820	50	4.6	50	86	0	287	27	21	28	22	1.99
39175123--39175158	18	2.0	18	100	0	72	27	5	5	61	1.41
39175267--39175319	20	2.8	20	88	5	74	67	0	1	30	1.01
39175309--39175353	17	2.3	21	75	25	62	51	0	2	46	1.13
39175313--39175352	17	2.2	19	91	8	66	47	0	2	50	1.14
39175349--39175390	10	4.6	9	82	11	50	78	2	2	16	0.96
39175349--39175391	20	2.2	19	88	12	61	79	2	2	16	0.95
39175570--39175672	29	3.7	26	78	15	107	32	4	0	62	1.23
39175595--39175697	19	5.6	18	72	19	70	30	2	0	66	1.13
39175618--39175721	48	2.1	48	86	8	140	34	1	0	62	1.13
39175596--39175721	10	13.2	10	75	12	97	32	2	0	64	1.12
39175798--39175995	90	2.3	87	81	11	210	35	8	18	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39179738--39179769	2	16.0	2	93	0	55	46	50	3	0	1.17
39179729--39179769	10	4.3	10	84	12	50	46	46	4	2	1.37
39180255--39180279	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
39185923--39185987	27	2.4	26	82	12	78	32	35	1	30	1.67
39185802--39185961	52	3.0	53	82	9	189	26	33	1	38	1.67
39186341--39186378	19	2.0	19	94	0	67	26	7	31	34	1.85
39187272--39187308	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
39187357--39187417	30	2.0	31	87	3	88	21	42	0	36	1.53
39187367--39187429	30	2.1	30	85	11	85	20	49	0	30	1.49
39199382--39199458	31	2.5	31	81	8	88	35	15	16	32	1.91
39200522--39200646	30	4.2	30	85	0	151	36	9	25	28	1.87
39215363--39215404	19	2.2	19	95	0	75	35	7	23	33	1.82
39231923--39232007	9	9.4	9	78	0	98	42	21	8	28	1.81
39233343--39233412	29	2.4	29	75	0	77	24	35	18	21	1.95
39235963--39236007	16	2.9	16	80	3	56	28	0	2	68	1.01
39235965--39236001	17	2.2	17	90	9	58	24	0	0	75	0.80
39236414--39236439	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
39237609--39237642	13	2.7	13	86	4	52	47	5	0	47	1.26
39251965--39252105	72	2.0	72	88	2	212	34	13	12	39	1.83
39255176--39255241	20	3.6	19	73	22	68	50	0	0	50	1.00
39261850--39261883	15	2.2	16	94	5	61	44	0	11	44	1.40
39261870--39261923	23	2.4	22	84	3	63	46	1	9	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39261899--39261944	16	2.9	17	84	9	53	54	2	6	36	1.39
39265900--39265957	30	1.9	30	89	0	89	39	5	24	31	1.77
39266169--39266200	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
39266295--39266536	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
39266295--39266544	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
39273494--39273551	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
39273763--39273794	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
39273889--39274124	50	4.6	50	85	4	285	26	24	29	19	1.99
39273889--39274124	100	2.3	103	88	6	345	26	24	29	19	1.99
39278068--39278110	18	2.4	18	77	14	61	6	20	48	23	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204