genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28043232--28043519	54	5.4	54	74	8	246	19	17	19	43	1.89
28043217--28043511	81	3.7	81	76	7	233	21	16	18	43	1.89
28043491--28043559	35	2.0	35	91	0	111	17	17	20	44	1.86
28043464--28043587	62	2.0	62	85	0	167	17	16	20	45	1.86
28064709--28064769	4	15.2	4	96	0	113	26	0	22	50	1.49
28065726--28065902	42	4.2	42	86	3	234	30	19	19	29	1.97
28072317--28072382	4	16.5	4	96	0	123	24	0	24	51	1.48
28073313--28073471	84	1.9	83	89	1	246	30	18	22	29	1.97
28073329--28073482	42	3.7	41	86	4	211	27	19	23	29	1.98
28086127--28086296	50	3.4	49	81	4	171	22	27	20	29	1.98
28086223--28086351	50	2.4	54	84	7	158	24	30	20	25	1.98
28104612--28104723	25	4.5	25	75	12	86	25	22	21	31	1.98
28104612--28104723	50	2.2	50	87	3	154	25	22	21	31	1.98
28104654--28104727	25	3.0	25	78	7	87	27	21	20	31	1.98
28106255--28106424	51	3.4	51	80	8	186	24	14	28	31	1.95
28106281--28106420	51	2.8	51	82	9	187	23	15	28	32	1.95
28106625--28106697	37	1.9	37	88	2	110	43	1	23	31	1.62
28109986--28110218	50	4.7	50	86	0	270	23	27	20	28	1.99
28127713--28127779	25	2.7	25	71	13	66	20	22	23	32	1.98
28127713--28127826	50	2.3	51	86	3	151	25	20	21	33	1.97
28142788--28142830	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
28142829--28142862	3	11.3	3	93	0	50	67	26	0	5	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28142788--28142862	15	5.0	15	88	0	60	66	12	0	21	1.23
28143915--28143950	18	2.0	18	100	0	72	22	11	27	38	1.88
28148006--28148059	20	2.7	20	82	0	54	50	11	7	31	1.66
28153680--28153821	50	2.8	50	93	0	230	21	33	22	22	1.98
28158237--28158290	24	2.2	24	96	0	99	24	27	12	35	1.92
28162973--28163010	19	2.0	19	94	0	67	73	7	0	18	1.06
28165669--28165738	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
28165669--28165766	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
28166177--28166206	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
28166173--28166203	14	2.2	14	100	0	62	41	0	6	51	1.27
28173590--28173659	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
28173590--28173687	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
28174134--28174160	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
28185729--28185757	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
28186898--28187022	43	2.9	42	79	10	146	22	19	28	29	1.98
28187864--28187936	23	3.1	23	75	11	85	23	20	15	41	1.90
28187967--28188010	23	1.9	23	85	0	61	29	15	13	40	1.86
28187997--28188058	23	2.5	24	77	15	65	29	11	19	40	1.86
28187982--28188068	23	3.7	23	70	17	61	32	9	18	40	1.82
28189546--28189696	75	2.0	75	97	0	284	37	13	25	22	1.92
28193451--28193499	17	3.0	16	80	13	64	20	0	28	51	1.48
28198767--28199007	50	4.9	50	80	4	240	21	27	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28206112--28206136	12	2.1	12	100	0	50	16	44	16	24	1.86
28209206--28209336	41	3.2	41	85	4	140	29	23	19	28	1.98
28210946--28210994	25	2.0	25	88	8	73	51	2	0	46	1.12
28213479--28213518	19	2.1	19	85	0	53	32	22	22	22	1.98
28225947--28225987	22	1.9	21	85	14	57	73	2	7	17	1.17
28229410--28229605	99	2.0	99	89	2	304	32	18	19	29	1.96
28235133--28235237	37	2.8	37	81	4	104	30	12	17	40	1.86
28256331--28256589	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	25	1.99
28256331--28256556	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
28265763--28265793	16	1.9	16	100	0	62	38	22	12	25	1.90
28267027--28267292	133	2.0	132	99	0	523	35	15	18	30	1.92
28270108--28270149	22	1.9	22	85	0	57	28	0	23	47	1.52
28285830--28286027	50	3.8	50	77	6	164	30	21	26	21	1.99
28298114--28298162	21	2.2	20	80	16	53	32	0	46	20	1.51
28309485--28309669	101	1.8	102	85	3	266	25	17	24	31	1.97
28309479--28309667	51	3.7	50	75	2	191	25	16	25	31	1.97
28312679--28312707	11	2.7	11	94	5	51	17	17	6	58	1.59
28323261--28323315	23	2.4	23	78	0	56	14	9	16	60	1.59
28324920--28324995	26	2.9	26	84	0	107	40	9	15	34	1.79
28326420--28326464	22	2.0	22	100	0	90	53	13	4	28	1.59
28329547--28329613	25	2.7	25	83	2	82	28	25	20	25	1.99
28334977--28335001	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28337178--28337237	30	2.0	30	84	12	79	26	23	31	18	1.97
28337613--28337654	18	2.3	18	80	8	50	35	0	4	59	1.19
28343130--28343183	20	2.6	20	85	5	63	62	0	1	35	1.06
28343305--28343352	19	2.5	19	76	6	53	62	2	0	35	1.07
28343639--28343692	22	2.7	19	82	8	63	31	3	3	61	1.31
28343661--28343695	19	1.9	18	88	11	54	28	2	0	68	1.04
28344694--28344724	6	5.2	6	96	0	53	0	77	0	22	0.77
28345268--28345297	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28345547--28345628	19	4.0	19	75	17	74	2	26	21	48	1.63
28345565--28345618	25	2.2	25	89	0	81	3	25	24	46	1.69
28348521--28348568	18	2.7	18	93	0	78	33	12	12	41	1.80
28350758--28350808	20	2.5	20	75	12	52	27	0	11	60	1.31
28351635--28351678	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
28351778--28351805	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28351748--28351889	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
28351878--28351919	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
28351893--28351954	23	2.8	23	80	4	65	46	1	1	50	1.20
28351748--28351911	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
28356356--28356564	92	2.3	91	85	7	271	45	3	3	46	1.39
28356492--28356539	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
28356581--28356614	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
28356580--28356876	120	2.5	120	91	4	485	42	2	4	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28356807--28356854	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
28356807--28356874	16	4.2	16	74	20	54	44	0	1	54	1.09
28356824--28356865	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28356856--28357092	76	3.1	76	61	17	166	47	5	3	43	1.43
28356808--28357118	151	2.0	154	90	3	493	46	5	3	44	1.42
28362876--28362955	41	2.0	41	92	0	133	26	18	22	32	1.97
28362876--28362980	41	2.6	41	84	3	113	29	16	20	34	1.94
28363087--28363128	21	2.0	21	86	9	59	45	2	11	40	1.54
28368007--28368058	16	3.2	16	81	5	52	71	5	0	23	1.07
28374702--28374740	18	2.2	18	86	9	53	61	5	2	30	1.31
28375942--28376064	50	2.4	52	86	2	169	33	14	13	39	1.85
28378776--28378833	30	1.9	30	85	0	80	41	5	6	46	1.53
28381777--28381856	41	2.0	40	82	2	97	42	10	10	37	1.72
28383485--28383571	40	2.2	40	85	4	122	59	5	4	29	1.41
28387553--28387593	18	2.4	17	84	8	55	36	9	4	48	1.58
28388454--28388521	28	2.4	28	80	2	64	35	10	16	38	1.82
28398494--28398559	33	1.9	35	85	11	93	56	7	3	33	1.43
28399019--28399066	25	1.9	25	91	0	78	58	2	8	31	1.39
28399018--28399094	25	3.5	21	73	16	75	55	1	7	35	1.37
28400774--28400879	44	2.4	43	81	7	124	30	20	21	27	1.98
28400897--28401349	51	8.9	51	90	0	647	28	25	16	29	1.97
28400897--28401350	203	2.2	204	86	0	658	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28408595--28408623	12	2.3	13	94	5	51	62	0	24	13	1.32
28408764--28408840	26	3.0	25	84	5	100	41	10	15	32	1.81
28409885--28410806	461	2.0	461	98	0	1772	38	16	10	34	1.82
28411630--28411654	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
28411289--28412018	365	2.0	364	99	0	1435	26	16	13	43	1.86
28411994--28412056	5	12.6	5	100	0	126	58	0	0	41	0.98
28418950--28418998	5	9.4	5	91	8	80	59	0	0	40	0.98
28426198--28426291	49	1.9	48	85	6	127	43	10	20	25	1.84
28426865--28426913	17	2.8	17	84	6	53	55	2	0	42	1.11
28426860--28426911	19	2.7	19	79	5	61	51	1	0	46	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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