genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  65  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19264408--19264495	3	30.3	3	74	11	67	0	38	2	59	1.10
19264408--19264494	24	3.5	26	74	12	92	0	39	2	58	1.11
19264456--19264494	19	2.1	19	90	9	62	0	33	0	66	0.92
19264454--19264496	11	3.9	11	84	9	61	0	32	0	67	0.91
19264668--19264705	11	3.8	10	82	10	51	26	0	2	71	1.00
19264874--19264982	39	2.8	39	84	5	139	36	24	22	15	1.93
19265046--19265196	41	3.7	41	84	1	214	21	21	27	29	1.99
19265739--19265798	7	8.7	7	74	3	50	10	0	50	40	1.36
19265717--19265805	21	4.2	21	75	13	67	14	0	44	40	1.45
19266404--19266460	27	2.1	27	96	0	105	56	3	19	21	1.57
19268652--19268693	5	8.4	5	100	0	84	61	0	0	38	0.96
19272512--19272822	43	7.3	42	85	2	354	25	16	29	28	1.97
19275529--19275624	44	2.2	44	96	0	174	42	7	20	29	1.79
19283490--19283643	61	2.6	59	81	9	188	54	3	0	40	1.23
19285730--19285759	11	2.7	11	100	0	60	80	6	0	13	0.91
19286970--19287021	16	3.2	15	74	15	50	57	7	25	9	1.57
19288110--19288825	239	3.0	239	98	0	1360	24	16	18	41	1.90
19299985--19300042	28	2.1	27	81	9	64	29	3	3	63	1.27
19303859--19303915	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
19304176--19304244	23	3.0	23	89	4	104	36	17	24	21	1.95
19309228--19309280	7	7.7	7	95	4	99	86	0	13	0	0.56
19309228--19309298	14	5.4	13	86	6	90	84	4	11	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19309228--19309298	21	3.5	20	88	5	99	84	4	11	0	0.75
19309578--19309634	27	2.1	27	83	6	71	14	14	0	71	1.14
19309563--19309618	22	2.5	22	79	2	58	16	10	1	71	1.22
19312437--19312478	18	2.3	18	83	4	57	71	2	2	23	1.10
19314236--19314291	20	2.8	20	78	10	51	33	21	10	33	1.88
19316663--19316818	71	2.2	72	90	2	244	28	26	17	27	1.98
19316778--19316830	27	2.0	27	88	0	79	24	26	20	28	1.99
19327021--19327136	44	2.6	44	98	0	223	31	4	20	43	1.71
19330030--19330181	68	2.2	68	86	0	214	21	23	20	34	1.96
19332248--19332452	27	7.6	27	82	3	214	26	14	29	29	1.95
19332249--19332452	54	3.8	54	83	3	239	25	14	29	29	1.95
19340308--19340509	27	7.6	27	81	6	196	26	14	29	29	1.95
19340330--19340483	53	2.9	53	81	7	177	27	14	29	28	1.95
19344205--19344291	38	2.3	38	82	4	95	22	21	24	31	1.99
19344232--19344343	38	2.9	38	80	2	118	23	16	26	33	1.95
19345316--19345431	61	1.9	58	81	11	137	50	4	5	40	1.44
19348719--19348747	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
19357115--19357462	50	7.0	50	88	1	493	22	31	21	25	1.98
19357480--19357575	44	2.2	44	92	1	156	26	22	11	39	1.88
19358033--19358078	22	2.1	21	81	18	51	32	19	8	39	1.82
19360110--19360148	19	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
19360660--19360715	18	3.4	18	64	31	52	26	21	1	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19360815--19360880	22	3.0	22	88	0	96	39	18	27	15	1.90
19361913--19361948	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19362220--19362306	25	3.5	25	91	0	129	36	16	25	21	1.94
19363308--19363354	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
19374136--19374806	49	13.9	49	91	3	1055	33	8	28	29	1.86
19374136--19374806	96	7.0	95	92	3	1051	33	8	28	29	1.86
19387857--19387898	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
19393850--19393905	29	1.9	29	85	7	78	32	10	12	44	1.77
19394112--19394153	21	2.0	21	86	4	59	9	30	2	57	1.44
19399422--19399495	29	2.5	29	76	14	71	44	12	16	27	1.82
19402708--19402745	3	12.7	3	83	10	51	68	2	2	26	1.16
19404042--19404073	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
19410174--19410214	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19412127--19412156	14	2.1	14	93	0	51	53	10	13	23	1.69
19414660--19414730	19	3.7	19	76	10	65	35	7	2	54	1.42
19418313--19418388	33	2.3	33	84	2	91	50	17	6	26	1.70
19418379--19418445	34	1.9	34	82	8	82	46	11	7	34	1.69
19418937--19418973	15	2.5	15	91	8	58	72	0	0	27	0.84
19419006--19419040	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
19423542--19423899	194	1.8	196	86	3	517	42	14	12	30	1.82
19427490--19427547	26	2.3	25	75	3	62	32	8	20	37	1.83
19427494--19427546	13	4.2	12	78	7	52	35	7	20	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19427829--19427890	30	2.1	30	96	0	115	41	4	6	46	1.51
19431422--19431500	30	2.7	28	81	14	81	31	2	0	65	1.06
19431437--19431558	39	3.0	40	89	7	174	34	2	0	62	1.14
19444484--19444529	24	1.9	24	100	0	92	26	23	19	30	1.98
19444570--19444811	102	2.4	103	91	1	396	31	26	19	21	1.97
19452000--19452124	33	3.7	34	76	15	114	32	24	21	21	1.98
19452034--19452232	33	5.8	35	72	23	165	31	28	19	20	1.97
19451997--19452130	69	1.9	70	90	1	216	30	26	20	23	1.98
19452036--19452260	102	2.3	96	93	4	378	31	28	20	20	1.97
19457655--19457758	43	2.4	43	84	4	122	27	21	25	25	1.99
19457655--19457773	42	2.8	42	80	3	123	27	21	25	26	1.99
19459994--19460155	68	2.4	68	85	4	236	35	18	23	22	1.95
19464388--19464471	41	2.0	41	100	0	168	38	14	17	29	1.90
19470202--19470616	217	1.9	217	84	2	557	27	20	19	31	1.97
19470177--19470471	44	6.8	44	68	14	137	27	23	19	29	1.98
19470746--19471078	44	7.6	44	71	6	264	25	23	22	28	1.99
19470793--19471121	43	7.6	43	71	6	250	24	22	24	27	2.00
19470739--19471125	87	4.4	87	96	0	684	25	22	22	28	1.99
19490268--19490426	68	2.3	68	80	4	194	36	18	20	24	1.95
19490495--19490554	27	2.2	26	80	8	66	35	16	30	18	1.93
19491367--19491425	27	2.2	27	87	0	82	35	16	27	20	1.94
19490333--19492124	871	2.0	889	92	5	2990	33	13	25	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19492202--19492453	67	3.8	67	78	8	223	32	17	25	23	1.97
19492356--19492496	66	2.1	66	82	0	165	34	15	23	26	1.95
19494154--19494314	71	2.3	70	81	4	198	42	15	9	32	1.79
19494297--19494376	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
19494765--19494952	41	4.6	41	91	2	315	32	23	19	23	1.98
19504043--19504088	20	2.3	20	92	0	74	67	0	23	8	1.18
19507306--19507663	76	4.7	76	84	3	371	29	22	23	25	1.99
19507363--19507663	76	4.0	76	87	2	408	30	22	22	24	1.99
19508417--19508512	40	2.4	40	80	0	102	39	17	21	20	1.92
19508598--19508867	41	6.5	41	79	9	264	18	15	29	36	1.91
19508963--19509009	25	2.0	25	83	8	62	61	8	8	21	1.51
19509928--19509977	23	2.2	23	100	0	100	54	0	4	42	1.19
19510286--19510332	25	1.9	24	82	4	58	42	0	10	46	1.38
19511706--19511763	24	2.5	24	88	2	91	29	41	0	29	1.56
19512141--19512165	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
19512737--19512794	25	2.3	26	90	3	91	39	15	1	43	1.57
19513560--19513599	21	1.9	21	84	0	53	45	10	0	45	1.37
19513522--19513731	69	3.1	69	94	0	359	44	6	2	46	1.44
19514004--19514385	25	13.2	28	68	22	106	47	17	1	33	1.58
19514019--19514413	9	45.4	9	69	20	186	47	17	1	33	1.58
19514030--19514119	21	4.3	21	69	21	64	47	14	3	34	1.61
19514129--19514207	34	2.4	34	80	2	88	50	17	1	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19514163--19514411	25	10.0	24	77	13	165	47	16	0	34	1.53
19514107--19514370	16	15.9	16	69	18	150	48	18	1	32	1.56
19514129--19514382	75	3.4	72	76	15	232	48	18	1	32	1.56
19514639--19514688	21	2.4	21	90	6	75	38	18	44	0	1.50
19515011--19515263	43	5.9	43	88	0	344	24	18	31	25	1.98
19517557--19517749	65	2.9	67	80	9	232	44	9	6	39	1.63
19523134--19523205	27	2.7	27	82	2	74	38	19	5	36	1.75
19523154--19523207	27	2.0	27	88	0	81	33	16	7	42	1.76
19529146--19529181	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68
19536023--19536058	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204