genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12575713--12575744	14	2.3	14	94	0	55	50	9	18	21	1.75
12588638--12588763	28	4.5	28	85	2	164	32	12	23	30	1.92
12589444--12590116	23	29.0	23	77	10	584	28	13	17	40	1.88
12589438--12590138	93	7.5	93	94	1	1194	28	13	17	39	1.88
12595251--12595284	16	2.2	15	89	5	50	38	2	0	58	1.13
12599957--12599993	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
12603227--12603739	44	11.8	44	68	14	201	27	24	19	28	1.99
12603235--12603739	218	2.3	217	89	0	776	27	24	19	28	1.99
12603725--12604604	129	6.8	129	92	1	1418	24	23	19	31	1.98
12605855--12605911	7	8.3	7	78	18	66	14	15	1	68	1.29
12606718--12606770	20	2.6	20	81	3	52	9	11	7	71	1.30
12606747--12606802	6	9.7	6	82	7	62	10	5	12	71	1.29
12606745--12606790	22	2.1	22	83	0	56	8	6	10	73	1.23
12606724--12606790	20	3.2	21	78	6	64	8	10	7	73	1.26
12606747--12606813	34	1.9	35	90	3	109	8	8	10	71	1.31
12606754--12606812	28	2.1	28	84	6	75	8	8	10	72	1.27
12611095--12611587	227	2.2	229	91	3	791	25	23	25	25	2.00
12611095--12611587	114	4.3	115	91	3	786	25	23	25	25	2.00
12611816--12611874	21	2.7	22	82	10	68	20	0	40	38	1.53
12611834--12611899	22	3.1	22	76	8	57	22	1	43	31	1.62
12612448--12612681	101	2.3	101	93	1	400	43	12	13	30	1.82
12612571--12612807	124	1.9	120	91	5	386	44	11	13	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12616982--12617121	43	3.2	42	83	7	147	27	20	26	26	1.99
12617440--12617533	24	4.0	24	74	13	70	55	8	7	28	1.57
12619971--12620154	63	2.9	64	79	3	203	25	6	33	35	1.82
12622031--12622176	40	3.7	40	75	2	143	41	3	19	35	1.68
12622112--12622177	27	2.5	27	87	4	91	39	0	19	40	1.52
12623512--12623549	7	5.4	7	100	0	76	55	0	13	31	1.38
12624385--12624592	104	2.0	105	90	0	328	28	8	7	55	1.56
12624946--12624980	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
12627345--12627448	52	2.0	52	100	0	208	38	15	17	28	1.90
12631593--12631673	30	2.6	31	82	3	101	40	9	13	35	1.78
12633308--12633338	15	2.1	15	93	0	53	48	16	12	22	1.80
12633452--12633482	12	2.6	12	94	0	53	74	9	3	12	1.19
12633430--12633477	16	3.0	15	82	11	60	75	4	2	18	1.07
12635518--12635568	24	2.1	24	92	0	84	23	27	17	31	1.97
12635552--12635890	44	7.8	42	76	11	242	28	22	19	30	1.98
12635889--12635937	24	2.0	24	92	0	80	22	24	20	32	1.98
12635921--12636827	44	20.8	43	70	12	380	28	21	19	30	1.98
12635759--12636041	152	1.9	152	91	0	467	29	20	19	30	1.97
12635492--12636258	369	2.1	369	93	1	1304	28	22	20	29	1.98
12635911--12636346	217	2.0	217	92	0	728	27	22	19	29	1.98
12636151--12636522	177	2.1	177	88	0	555	29	21	19	29	1.97
12636327--12636827	217	2.3	217	92	0	833	29	20	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12635934--12636740	394	2.0	394	92	0	1335	28	21	19	29	1.98
12648131--12648187	20	2.6	21	72	13	53	33	12	8	45	1.72
12648203--12648246	20	2.0	22	87	12	65	59	0	4	36	1.18
12648203--12648245	22	2.0	21	91	8	70	60	0	4	34	1.17
12648213--12648277	21	3.0	21	84	6	69	63	0	4	32	1.15
12649684--12649724	22	2.0	21	85	9	57	65	2	7	24	1.30
12651915--12651991	29	2.5	31	87	4	104	25	14	12	46	1.80
12652139--12652195	27	2.2	25	81	12	62	7	28	1	63	1.30
12652335--12652375	21	2.0	21	100	0	82	31	9	14	43	1.78
12653186--12653230	10	4.5	10	83	10	65	77	2	11	8	1.07
12653186--12653230	21	2.2	20	88	7	65	77	2	11	8	1.07
12653186--12653233	15	3.2	15	74	11	53	77	2	12	8	1.08
12654464--12654554	40	2.3	40	80	1	112	38	2	16	42	1.60
12654952--12654992	21	2.0	21	95	0	73	63	2	4	29	1.28
12654996--12655046	22	2.4	21	81	9	59	58	1	1	37	1.20
12655052--12655097	23	2.0	23	91	8	76	39	6	4	50	1.48
12656063--12656261	99	2.0	99	92	0	326	23	19	20	37	1.94
12656458--12656507	26	2.0	25	84	4	64	24	0	16	60	1.36
12658684--12658728	14	2.9	16	77	16	58	44	2	6	46	1.42
12658768--12658895	65	2.0	65	92	4	213	53	3	8	35	1.48
12661096--12661123	8	3.5	8	100	0	56	50	0	21	28	1.49
12662462--12662498	17	2.1	18	90	5	58	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12674859--12674904	10	4.5	10	83	5	65	8	10	2	78	1.05
12674859--12674904	21	2.2	20	88	3	65	8	10	2	78	1.05
12674871--12674913	21	2.0	21	82	8	52	9	13	0	76	1.01
12675713--12675756	21	2.1	21	100	0	88	45	13	9	31	1.75
12676092--12676168	29	2.5	31	87	4	104	46	12	14	25	1.80
12681421--12681627	40	5.2	40	83	1	245	21	28	16	32	1.95
12681432--12681497	20	3.3	20	64	8	53	19	34	18	27	1.95
12681382--12681625	79	3.1	79	82	4	287	22	27	16	34	1.95
12696121--12696157	17	2.2	17	95	0	65	21	18	8	51	1.72
12701829--12701932	55	1.9	55	91	0	172	36	5	18	39	1.75
12708957--12709019	32	2.0	32	96	0	117	20	11	26	41	1.86
12710548--12710578	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
12717067--12717183	38	3.1	37	66	26	100	44	16	6	32	1.74
12717067--12717221	76	2.0	76	96	0	283	44	16	6	32	1.73
12718606--12718639	8	4.2	8	88	11	52	85	0	14	0	0.60
12721039--12721071	16	2.1	16	100	0	66	18	18	33	30	1.94
12726330--12726441	56	2.0	56	98	0	215	25	25	7	41	1.80
12735835--12736033	29	6.8	29	82	10	201	19	27	13	39	1.89
12735835--12736033	58	3.4	58	86	4	249	19	27	13	39	1.89
12735835--12736045	87	2.4	87	84	4	273	19	26	14	39	1.90
12754094--12754153	25	2.4	25	83	5	77	46	28	15	10	1.77
12763678--12763801	54	2.3	54	84	2	151	26	25	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12769253--12769303	23	2.2	23	92	0	84	31	35	13	19	1.91
12771316--12771388	34	2.1	34	87	0	101	43	15	16	24	1.86
12774403--12774469	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
12778482--12778541	26	2.4	24	76	20	68	40	1	3	55	1.27
12778571--12778634	32	2.0	32	84	3	85	31	18	14	35	1.91
12779983--12780029	24	2.0	24	91	0	76	29	27	14	27	1.96
12780413--12780458	24	2.0	23	82	4	56	34	4	19	41	1.71
12782023--12782232	106	2.0	106	90	0	330	30	17	12	39	1.87
12783073--12783141	35	2.0	35	94	0	120	15	13	30	40	1.86
12783082--12783169	35	2.5	35	86	0	113	19	14	27	38	1.91
12790578--12790708	49	2.7	49	95	0	226	30	19	20	29	1.97
12792475--12792553	30	2.6	30	82	5	97	39	10	2	48	1.51
12792749--12792816	34	2.0	32	83	13	84	39	8	1	50	1.43
12792803--12792863	27	2.2	28	83	11	74	31	3	0	65	1.09
12795142--12795303	43	3.8	43	85	5	186	31	21	16	30	1.96
12799519--12799653	69	2.0	69	100	0	270	40	14	6	38	1.73
12800149--12800340	7	26.9	7	68	15	54	43	32	1	22	1.61
12800243--12800291	15	3.4	15	83	8	66	46	34	0	18	1.49
12800243--12800346	22	4.9	21	73	9	84	47	28	0	23	1.58
12800149--12800345	14	13.8	14	68	13	71	43	31	1	23	1.61
12800780--12800917	40	3.5	40	83	4	179	26	20	19	34	1.96
12801055--12801122	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12801055--12801122	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
12801252--12801561	157	2.0	157	93	0	530	44	3	4	47	1.41
12811450--12811528	39	2.0	40	85	2	106	44	21	1	32	1.60
12812014--12812275	85	3.1	85	93	2	438	36	19	15	27	1.93
12818298--12818331	16	2.1	17	94	5	61	50	17	0	32	1.47
12819682--12819719	15	2.4	16	86	8	51	2	28	2	65	1.19
12819693--12819726	12	2.7	13	86	9	52	0	29	0	70	0.87
12822085--12822148	30	2.1	30	94	0	110	34	15	20	29	1.94
12822096--12822155	30	2.0	30	96	0	111	31	20	18	30	1.96
12823801--12823873	35	2.1	35	84	5	94	47	15	13	23	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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