genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  82  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052594--25052785	95	2.1	92	83	14	256	32	30	7	29	1.84
25056357--25056434	41	1.9	42	92	5	133	24	25	21	28	1.99
25056357--25056467	41	2.7	41	81	13	115	25	25	21	27	1.99
25058990--25059289	47	6.3	49	85	11	405	31	28	8	31	1.86
25058949--25059289	142	2.4	142	86	7	460	30	30	8	30	1.88
25060612--25060695	38	2.2	39	80	10	100	22	28	22	26	1.99
25060729--25060777	24	2.0	25	92	4	82	30	30	18	20	1.96
25060754--25060830	39	2.0	39	84	5	102	29	29	15	24	1.96
25068553--25068810	78	3.3	79	81	7	224	27	27	20	24	1.99
25068593--25068810	39	5.5	39	83	9	239	27	27	20	23	1.99
25068594--25068810	79	2.8	78	81	12	230	27	28	20	23	1.99
25070470--25070670	61	3.3	61	80	8	180	37	13	21	27	1.91
25070575--25070683	29	3.7	29	67	16	80	34	16	22	25	1.95
25073254--25073280	14	1.9	14	100	0	54	40	29	0	29	1.57
25080225--25080421	51	4.0	48	78	8	200	24	17	27	29	1.97
25080439--25080515	27	2.9	27	90	1	120	15	22	32	29	1.95
25088955--25088996	21	2.0	21	95	0	75	30	9	14	45	1.77
25092453--25092507	26	2.4	22	79	14	58	47	0	0	52	1.00
25093192--25093236	18	2.5	18	82	13	65	37	2	0	60	1.09
25135602--25135685	43	1.9	44	88	7	127	33	14	14	38	1.86
25142325--25142387	21	3.0	21	85	2	72	31	31	6	30	1.83
25142701--25142734	12	2.8	12	100	0	68	79	0	8	11	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25143506--25143539	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
25147201--25147242	21	2.0	21	85	0	57	30	28	4	35	1.78
25164133--25164162	11	2.7	11	100	0	60	63	10	0	26	1.26
25166102--25166195	41	2.3	41	85	9	129	24	30	13	30	1.94
25172666--25172957	49	5.8	50	85	4	274	24	26	21	27	1.99
25172683--25172961	99	2.8	99	80	6	276	24	25	21	28	1.99
25180243--25180527	50	5.6	50	81	4	279	21	28	22	27	1.99
25180338--25180554	106	2.1	99	78	9	211	21	30	21	26	1.98
25183365--25183624	40	6.5	40	81	0	288	33	15	29	22	1.94
25187396--25187716	40	8.1	40	80	6	314	33	15	29	20	1.94
25187396--25187716	80	4.0	80	84	3	398	33	15	29	20	1.94
25187399--25187703	120	2.6	119	83	3	382	35	15	30	19	1.92
25189679--25189778	50	2.0	50	94	0	173	32	9	20	39	1.83
25189752--25189882	62	2.1	62	95	1	235	35	6	19	38	1.77
25200141--25200191	27	1.9	27	88	4	77	52	1	35	9	1.46
25200921--25201073	73	2.1	73	98	0	297	34	20	5	39	1.75
25203012--25203036	11	2.3	11	100	0	50	0	28	0	72	0.86
25203767--25203840	27	2.7	27	84	12	98	41	21	14	21	1.89
25204247--25204360	30	3.9	30	80	8	121	24	26	22	26	2.00
25205161--25205252	42	2.2	42	92	0	157	46	10	9	32	1.72
25211268--25211366	27	3.7	27	86	1	119	40	20	15	24	1.90
25211798--25211911	30	3.9	28	77	8	120	20	25	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25220387--25220581	18	10.8	18	77	0	147	29	14	15	40	1.87
25220386--25220581	36	5.4	36	79	0	185	29	14	15	40	1.87
25220386--25220581	54	3.6	54	83	0	212	29	14	15	40	1.87
25224579--25224631	25	2.2	24	86	3	70	52	16	7	22	1.69
25229306--25229779	44	10.9	43	72	13	319	29	22	19	28	1.98
25229230--25229511	84	3.3	84	70	12	248	30	22	19	26	1.98
25229234--25229611	173	2.2	173	92	0	641	30	21	19	27	1.98
25229407--25229819	220	1.9	220	90	1	666	30	22	19	27	1.98
25229805--25229834	15	2.0	15	93	0	51	36	20	23	20	1.95
25240630--25240657	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
25243012--25243139	63	2.0	63	100	0	256	38	21	10	29	1.87
25245882--25245923	17	2.4	17	81	14	50	21	0	33	45	1.52
25246946--25246980	13	2.7	13	81	0	52	14	11	45	28	1.79
25247724--25247803	20	4.0	20	73	12	74	41	17	28	12	1.86
25249887--25250347	230	2.0	230	94	0	814	28	20	11	38	1.88
25250501--25250546	24	1.9	24	95	0	83	15	32	10	41	1.82
25260643--25261179	46	12.6	45	81	15	655	34	15	21	28	1.94
25260643--25261134	82	5.9	82	93	3	795	35	15	21	28	1.93
25263727--25263779	27	2.0	27	92	0	88	32	20	28	18	1.97
25267654--25267739	42	2.1	41	87	10	122	33	0	3	62	1.12
25267659--25267756	42	2.3	43	82	5	119	34	1	3	61	1.18
25268480--25268508	14	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25270451--25270505	25	2.2	25	90	0	83	32	5	1	60	1.30
25273956--25273988	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
25278674--25278728	16	3.4	16	84	0	74	32	5	30	30	1.80
25278883--25278933	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
25278927--25279063	58	2.4	56	78	12	143	52	4	2	40	1.33
25281925--25281979	27	2.0	27	100	0	110	29	12	29	29	1.93
25283133--25283169	16	2.2	17	85	4	58	45	0	0	54	1.00
25283139--25283196	21	2.6	22	71	13	57	51	0	1	46	1.11
25283214--25283241	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25283468--25283512	17	2.7	17	83	16	51	26	2	0	71	0.98
25285304--25285350	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
25287413--25287440	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
25291276--25291373	39	2.6	39	85	3	128	38	5	7	48	1.53
25293026--25293198	75	2.3	75	80	5	206	24	15	23	35	1.94
25293026--25293210	25	7.4	25	76	8	162	25	15	23	35	1.94
25311191--25311388	99	2.0	99	97	0	378	25	22	19	33	1.97
25316507--25316563	4	14.2	4	96	0	105	49	24	1	24	1.60
25317423--25317448	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25324521--25324649	39	3.3	39	84	2	150	32	12	18	36	1.88
25327038--25327095	13	4.5	13	82	0	71	31	24	5	39	1.77
25331597--25331658	29	2.1	29	96	0	115	32	32	3	32	1.74
25337021--25337098	41	1.9	41	94	0	138	43	6	15	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25342308--25342408	51	2.0	51	90	3	159	27	23	19	28	1.99
25342319--25342427	51	2.1	51	86	0	146	28	24	20	26	1.99
25347034--25347091	24	2.4	24	91	0	89	44	17	17	20	1.86
25347034--25347093	12	5.0	12	85	4	77	43	16	16	23	1.87
25350271--25350313	21	2.0	23	81	9	54	27	6	9	55	1.57
25353052--25353762	352	2.0	352	100	0	1422	40	17	9	32	1.82
25354042--25354129	40	2.2	40	89	4	133	44	20	25	10	1.83
25354052--25354129	20	3.9	20	81	9	97	43	21	24	10	1.83
25355574--25355642	26	2.7	26	90	0	102	24	30	21	23	1.99
25357314--25357349	15	2.4	15	95	0	63	19	33	30	16	1.94
25366883--25367070	45	4.2	45	87	4	238	20	16	27	35	1.94
25370475--25370506	13	2.5	13	95	5	57	50	0	0	50	1.00
25370769--25370836	27	2.5	27	92	0	109	42	5	0	51	1.26
25371168--25371205	20	1.9	20	89	10	60	44	5	7	42	1.56
25371463--25371521	19	3.2	19	80	4	75	38	11	1	47	1.50
25371515--25371570	18	3.0	19	76	5	69	48	0	12	39	1.41
25371994--25372045	27	1.9	27	88	0	77	17	32	19	30	1.95
25371996--25372054	27	2.2	27	81	0	64	16	28	23	30	1.97
25372095--25372162	27	2.5	27	95	0	118	51	0	8	39	1.33
25372311--25372357	24	2.0	23	87	4	67	25	29	2	42	1.67
25377747--25378205	29	15.8	29	79	1	373	36	13	25	23	1.92
25377738--25378205	87	5.4	87	80	5	471	37	14	25	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25377747--25378205	58	7.9	58	75	3	431	36	13	25	23	1.92
25384517--25384667	53	2.8	53	84	2	196	35	11	22	29	1.90
25384521--25384694	53	3.3	52	78	3	186	33	12	24	29	1.92
25384882--25384973	29	3.2	29	71	9	80	28	19	21	30	1.98
25384875--25384955	28	2.9	28	74	9	83	30	19	20	28	1.97
25385016--25385089	29	2.6	28	80	6	78	32	17	22	27	1.97
25389350--25389389	21	1.9	21	84	0	53	35	0	10	55	1.34
25391809--25391878	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
25391809--25391906	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25392353--25392379	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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