genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887958--7887998	19	2.1	20	86	4	57	73	2	7	17	1.17
7888592--7888844	138	1.8	138	88	1	391	39	7	5	47	1.56
7905132--7905175	16	2.8	15	86	10	61	47	22	0	29	1.51
7905132--7905174	15	2.7	16	89	7	61	48	23	0	27	1.51
7906840--7906868	15	1.9	15	100	0	58	48	10	13	27	1.75
7914918--7914957	17	2.3	18	83	12	57	22	20	20	37	1.94
7918274--7918323	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7922912--7922961	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7925168--7925225	29	2.0	29	86	6	82	36	22	10	31	1.88
7925753--7925804	17	3.1	16	78	8	59	28	1	19	50	1.58
7944864--7944904	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
7944942--7945023	41	2.0	41	90	0	128	31	7	10	50	1.65
7950533--7950893	178	2.0	174	87	7	510	51	14	16	16	1.76
7962808--7962843	16	2.2	17	90	9	58	16	22	0	61	1.35
7965306--7965403	46	2.2	46	98	1	189	33	6	20	39	1.77
7965944--7966465	191	2.7	193	89	3	764	41	1	19	37	1.62
7965944--7966465	97	5.4	97	88	3	766	41	1	19	37	1.62
7966497--7966915	126	3.3	125	91	2	653	35	16	20	27	1.94
7970160--7970205	21	2.2	21	81	14	51	6	19	36	36	1.78
7973466--7973828	105	3.5	105	82	4	432	34	16	19	30	1.94
7975459--7975545	34	2.6	34	81	3	95	42	14	10	32	1.80
7976452--7976485	11	3.1	11	86	0	50	73	0	17	8	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7978843--7978955	46	2.5	46	92	4	187	33	15	23	27	1.95
7981422--7981469	25	2.0	24	87	4	69	6	8	10	75	1.20
7983911--7983950	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7983899--7983965	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
7984180--7984227	16	3.0	16	93	0	78	60	8	0	31	1.26
7984199--7984237	16	2.4	16	86	0	51	61	10	2	25	1.41
7984176--7984239	32	2.0	33	84	9	87	59	9	1	29	1.38
7985926--7985981	29	1.9	29	88	0	85	37	7	17	37	1.78
7989000--7989066	25	2.8	23	75	8	62	38	17	2	40	1.65
7994948--7994973	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8006668--8006710	22	2.0	22	100	0	86	32	13	0	53	1.41
8012236--8012276	7	6.1	7	86	11	50	63	0	0	36	0.95
8014197--8014242	20	2.3	19	82	10	56	47	2	0	50	1.13
8015844--8015884	21	2.0	21	85	0	55	43	19	9	26	1.82
8017315--8017383	25	2.8	25	79	0	75	24	24	18	31	1.98
8023094--8023223	40	3.3	40	80	8	153	32	20	25	21	1.98
8025037--8025065	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
8025133--8025194	19	3.2	19	80	8	54	46	16	19	17	1.84
8025152--8025194	20	2.2	20	87	8	61	48	18	18	13	1.80
8025820--8025919	31	3.3	31	73	8	114	37	2	8	53	1.42
8030925--8031050	63	2.0	63	88	0	189	34	19	12	34	1.89
8033213--8033258	22	2.1	20	84	15	56	54	0	10	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8038790--8038860	28	2.6	28	80	8	83	35	23	21	19	1.96
8051860--8051909	24	2.1	24	81	7	57	20	18	0	62	1.34
8053045--8053088	22	2.0	22	81	4	52	47	0	18	34	1.49
8054341--8054416	9	8.4	9	86	0	98	42	23	7	26	1.81
8057425--8057516	25	3.7	25	76	2	78	35	19	26	18	1.95
8057481--8057553	25	2.9	26	73	8	78	30	16	27	26	1.97
8061090--8061159	24	2.9	24	84	2	86	17	25	0	57	1.40
8069538--8069570	16	2.1	16	100	0	66	24	27	18	30	1.98
8073793--8073860	22	2.8	24	76	12	68	54	2	0	42	1.15
8076976--8077052	9	8.4	9	79	2	73	24	9	23	42	1.83
8080884--8081044	53	3.0	52	68	16	139	29	14	22	32	1.94
8081520--8081553	3	11.3	3	100	0	68	32	0	32	35	1.58
8086141--8086190	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
8090778--8090827	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
8098432--8098483	15	3.5	15	70	19	54	15	34	26	23	1.94
8098422--8098488	30	2.2	30	100	0	134	19	37	25	17	1.94
8102479--8102599	43	2.8	42	85	7	120	31	25	17	25	1.97
8103783--8103865	40	2.1	40	97	0	157	33	28	10	26	1.90
8115847--8115905	8	7.6	8	74	12	52	59	1	1	37	1.18
8115892--8115938	19	2.4	19	79	10	51	61	0	4	34	1.15
8115892--8115945	20	2.7	20	80	11	56	62	0	3	33	1.12
8115994--8116033	19	2.1	19	86	9	55	25	7	0	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116133--8116180	19	2.5	19	79	0	51	25	4	0	70	1.04
8120155--8120193	19	2.1	19	100	0	78	30	15	10	43	1.80
8122232--8122273	22	2.0	21	85	4	57	69	0	7	23	1.13
8133777--8133819	19	2.3	19	83	0	50	30	20	25	23	1.99
8138044--8138113	34	2.1	33	91	2	113	32	24	14	28	1.94
8138687--8138750	3	20.3	3	78	15	67	60	3	1	34	1.22
8140659--8140710	24	2.2	24	85	0	68	44	9	7	38	1.66
8142784--8142847	28	2.4	28	89	5	105	42	7	1	48	1.41
8142905--8142981	27	2.9	27	92	0	127	25	22	31	20	1.98
8143285--8143350	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
8143576--8143634	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
8150242--8150397	26	6.1	26	68	14	92	43	1	5	50	1.32
8150238--8150576	102	3.1	102	87	9	428	43	2	5	49	1.37
8150340--8150616	120	2.3	120	89	3	432	43	2	4	49	1.37
8150753--8150850	45	2.2	45	85	5	128	33	28	5	32	1.79
8156853--8157141	97	3.0	96	87	3	395	40	17	1	40	1.58
8162779--8162811	16	2.1	16	94	0	57	30	9	6	54	1.56
8169454--8169492	21	1.9	21	84	5	53	48	7	0	43	1.31
8181956--8183007	211	5.0	213	78	6	1070	33	21	16	28	1.94
8181956--8182984	420	2.4	423	80	6	1176	34	21	16	28	1.95
8188744--8188817	34	2.2	34	82	4	87	32	21	17	28	1.96
8189307--8189602	108	2.7	107	81	6	328	20	14	20	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189280--8189598	27	11.9	27	78	4	288	21	15	19	43	1.87
8193095--8193152	28	2.0	30	83	6	75	32	5	15	46	1.68
8193998--8194041	22	2.0	22	86	8	63	47	4	0	47	1.22
8199810--8199852	11	3.7	11	79	11	50	44	2	0	53	1.13
8203454--8203569	43	2.7	43	74	15	121	22	18	28	31	1.97
8210560--8210714	41	3.8	41	93	0	274	20	21	29	29	1.98
8210992--8211024	7	4.7	7	100	0	66	0	0	30	69	0.88
8211083--8211133	14	3.5	15	86	7	70	27	0	35	37	1.57
8211093--8211148	21	2.7	21	80	8	60	26	0	33	39	1.57
8211420--8211492	14	5.1	14	73	14	60	21	0	39	38	1.54
8211422--8211500	15	5.5	15	76	10	67	22	1	39	36	1.63
8211749--8211921	50	3.3	50	83	12	247	54	0	4	40	1.21
8211766--8211844	23	3.3	23	76	13	95	55	0	6	37	1.25
8211895--8211983	35	2.6	36	80	7	121	52	0	3	43	1.17
8211801--8211962	58	2.8	58	95	1	290	53	0	4	41	1.22
8211996--8212236	118	2.0	119	86	5	337	38	16	13	31	1.87
8214337--8214432	27	3.5	27	70	14	72	67	3	2	27	1.16
8216415--8216547	42	3.1	42	84	4	151	22	16	25	35	1.95
8216931--8217006	19	3.7	19	73	22	64	53	0	1	44	1.08
8216944--8217011	28	2.5	25	76	21	66	54	0	1	44	1.09
8217026--8217050	12	2.1	12	100	0	50	24	0	32	44	1.54
8217333--8217372	9	4.4	9	87	9	55	67	0	30	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8217742--8217775	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
8219104--8219155	26	2.0	26	96	0	95	32	3	32	30	1.76
8223450--8223491	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8226125--8226159	17	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
8226139--8226163	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8228095--8228166	22	3.3	22	70	14	58	13	26	15	44	1.84
8228081--8228212	44	3.0	44	80	0	138	15	25	15	44	1.84
8228112--8228179	22	3.0	23	67	16	61	13	26	14	45	1.82
8229831--8229877	20	2.4	20	85	3	69	34	6	8	51	1.58
8230451--8230553	40	2.6	41	80	10	106	34	22	23	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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