genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8957343--8957425	29	2.9	28	81	3	94	24	0	26	49	1.51
8957342--8957459	7	16.7	7	75	6	51	22	0	32	45	1.52
8957422--8957459	20	1.9	20	94	0	67	18	0	44	36	1.50
8958181--8958243	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
8959742--8959835	45	2.1	45	89	0	143	29	23	20	26	1.99
8959832--8959968	51	2.7	51	81	3	161	29	28	17	24	1.97
8963355--8963485	47	2.8	47	83	0	154	26	12	9	50	1.72
8963560--8963623	30	2.1	30	88	0	92	26	9	12	51	1.70
8963514--8963665	77	2.0	77	86	2	216	23	10	13	52	1.71
8963590--8963682	47	2.0	47	86	0	132	25	8	12	52	1.68
8963661--8963703	21	2.0	21	90	0	68	25	6	16	51	1.69
8963616--8963750	68	2.0	68	92	0	225	26	8	14	51	1.70
8964983--8965081	43	2.3	43	82	1	128	25	19	22	33	1.97
8971293--8971353	32	1.9	32	90	9	99	34	4	11	49	1.61
8971393--8971431	19	2.0	21	85	10	55	41	10	5	43	1.61
8973142--8973187	14	3.4	14	84	3	58	30	2	10	56	1.46
8977144--8977179	16	2.2	17	90	9	58	66	0	19	13	1.24
8977162--8977200	20	2.0	19	90	5	60	64	0	25	10	1.25
8978472--8980967	132	18.9	132	89	1	3533	29	18	23	28	1.98
8983191--8983236	14	3.4	14	84	3	58	30	2	10	56	1.46
8986626--8986655	14	2.1	14	93	0	51	40	6	6	46	1.56
8987689--8987748	13	4.4	14	70	17	54	20	5	33	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8988557--8988765	95	2.3	92	79	9	228	29	16	14	39	1.88
8989681--8989726	21	2.3	20	85	10	60	36	0	2	60	1.09
8994651--8994693	15	2.7	16	82	7	52	67	2	2	27	1.15
8996407--8996457	21	2.4	22	80	9	61	11	3	11	72	1.25
8996421--8996463	21	2.0	21	81	4	50	13	9	9	67	1.42
9001957--9002013	30	1.9	30	92	7	98	29	12	15	42	1.84
9009662--9009892	44	5.2	44	88	1	322	25	24	21	27	1.99
9020392--9020424	17	1.9	17	93	0	57	18	0	6	75	1.00
9020392--9020424	9	3.8	9	88	8	50	18	0	6	75	1.00
9020502--9020540	6	6.3	6	82	5	51	79	2	15	2	0.95
9024393--9024439	24	2.0	24	91	0	76	14	21	25	38	1.92
9027016--9027053	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
9033151--9033209	31	1.9	31	86	10	86	33	3	8	54	1.48
9037183--9037213	16	1.9	16	93	0	53	16	9	3	70	1.26
9038863--9038915	20	2.8	19	76	18	58	37	1	1	58	1.20
9038891--9039007	62	1.9	59	84	5	153	41	4	2	51	1.35
9040828--9040940	42	2.7	41	80	2	118	43	17	20	18	1.88
9040820--9040953	21	6.4	21	67	10	60	44	16	20	18	1.87
9041025--9041072	24	2.0	24	95	0	87	27	25	6	41	1.79
9047968--9048053	21	4.1	21	72	1	66	47	13	19	18	1.82
9047922--9048053	42	3.2	41	78	5	131	45	15	21	17	1.85
9048125--9048172	24	2.0	24	91	0	78	25	27	4	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9049682--9049719	16	2.4	16	100	0	76	23	15	44	15	1.85
9052571--9052639	26	2.7	26	93	0	120	21	24	26	27	1.99
9052631--9052692	25	2.5	25	84	5	81	24	16	24	35	1.95
9059202--9059262	28	2.1	29	84	3	79	21	19	21	37	1.94
9059202--9059280	29	2.8	29	82	5	81	25	17	18	37	1.93
9072089--9072131	21	2.0	21	86	4	59	41	0	2	55	1.12
9072709--9072827	60	2.0	60	93	0	202	32	0	13	53	1.40
9075184--9075303	33	3.6	33	78	2	98	16	40	11	30	1.84
9078857--9079246	192	2.0	196	89	4	603	41	10	13	34	1.79
9084300--9084353	7	7.7	7	87	0	72	27	12	0	59	1.34
9084378--9084407	15	1.9	16	93	6	53	16	10	6	66	1.41
9086082--9086297	54	3.8	54	74	10	198	30	31	7	31	1.85
9086060--9086324	117	2.3	117	93	0	458	31	32	7	27	1.86
9086131--9086334	63	3.4	62	75	13	210	32	32	7	27	1.85
9087725--9087757	17	2.1	17	88	11	52	30	0	0	69	0.88
9088360--9088417	30	1.9	30	100	0	116	27	15	13	43	1.85
9090406--9090520	37	2.9	40	73	11	112	33	15	20	29	1.94
9091408--9091470	23	2.7	23	72	15	58	4	17	1	76	1.04
9091469--9091517	26	1.9	25	83	4	62	36	6	0	57	1.24
9094537--9094585	24	2.0	24	100	0	98	28	18	12	40	1.86
9095147--9095208	25	2.5	25	81	5	72	32	19	24	24	1.98
9095168--9095228	25	2.4	25	86	5	79	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9095292--9095351	25	2.4	25	83	8	77	23	20	30	26	1.98
9095655--9095694	20	2.1	19	85	4	53	47	17	2	32	1.61
9096322--9096372	27	1.9	27	84	4	68	0	25	0	74	0.82
9096424--9096462	18	2.0	20	90	9	64	43	5	0	51	1.24
9100875--9100980	37	2.8	37	78	5	104	32	24	17	25	1.97
9101853--9101910	14	3.9	14	73	20	55	5	17	1	75	1.06
9107081--9107183	50	2.2	46	82	7	125	47	8	7	35	1.63
9107834--9107919	9	9.6	9	71	16	54	66	1	2	30	1.12
9108155--9108199	23	2.0	23	86	0	63	28	4	2	64	1.25
9111168--9111216	19	2.7	18	81	12	55	55	2	0	42	1.11
9111640--9111689	22	2.4	20	84	12	73	60	2	0	38	1.09
9111645--9111687	22	2.0	22	95	0	77	58	2	0	39	1.11
9115950--9115993	23	1.9	23	90	0	70	40	11	15	31	1.83
9115950--9116001	23	2.3	23	86	0	68	38	11	17	32	1.85
9116024--9116166	23	6.1	23	77	9	146	41	12	18	27	1.86
9115981--9116103	47	2.6	48	80	3	124	40	16	16	26	1.89
9116024--9116166	70	2.0	70	91	0	232	41	12	18	27	1.86
9118204--9118232	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
9121180--9121224	22	2.0	22	100	0	90	17	4	13	64	1.44
9125816--9125873	3	19.7	3	92	3	100	68	0	31	0	0.89
9136085--9136135	24	2.2	23	92	3	84	43	7	17	31	1.78
9142789--9142816	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9142811--9142862	24	2.2	24	85	0	68	51	3	19	25	1.63
9146172--9146197	12	2.2	12	100	0	52	15	7	19	57	1.62
9150753--9150788	4	8.8	4	87	6	54	75	2	0	22	0.94
9150753--9150801	26	1.9	25	87	4	71	73	6	0	20	1.04
9150947--9151003	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
9151037--9151080	23	1.9	23	85	0	61	52	0	6	40	1.28
9151037--9151081	19	2.4	19	82	13	58	53	0	6	40	1.27
9151165--9151208	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
9151118--9151242	60	2.1	56	78	11	135	53	1	9	35	1.43
9151334--9151367	12	2.8	12	90	0	50	61	5	2	29	1.34
9151349--9151408	21	2.9	20	74	16	59	65	6	1	26	1.27
9151668--9151725	22	2.6	22	84	7	73	43	17	5	34	1.71
9151681--9151751	21	3.4	19	84	11	70	40	14	9	35	1.79
9151877--9151906	14	2.1	14	93	0	51	13	0	16	70	1.18
9155784--9155840	29	1.9	29	85	3	78	29	31	24	14	1.94
9163813--9163837	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9164319--9164356	20	1.9	20	84	10	51	52	10	7	28	1.64
9168386--9168570	50	3.8	49	69	16	132	23	26	21	28	1.99
9168435--9168579	50	2.9	49	79	9	150	23	28	20	27	1.99
9177196--9177341	50	2.9	50	83	0	184	22	28	21	27	1.99
9187553--9187619	29	2.3	30	89	5	102	26	14	16	41	1.87
9187876--9187926	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9189075--9189099	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9190187--9190255	25	2.7	25	86	2	102	44	1	11	42	1.49
9190251--9190293	18	2.4	18	92	0	68	51	18	0	30	1.47
9190296--9190363	35	1.9	35	90	0	109	44	26	0	29	1.55
9190276--9190363	35	2.8	29	71	21	70	44	25	1	29	1.61
9190340--9190381	18	2.3	18	95	0	75	47	19	0	33	1.49
9190258--9191658	76	17.9	76	75	17	1028	45	26	0	27	1.57
9190276--9191658	58	25.4	58	75	17	1231	45	26	0	27	1.57
9190416--9190457	18	2.3	18	100	0	84	47	26	0	26	1.52
9190434--9191610	29	42.8	29	73	17	767	45	26	0	27	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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