genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  81  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698608--24698640	14	2.4	14	94	0	57	45	6	15	33	1.70
24701684--24701710	11	2.5	11	100	0	54	29	0	25	44	1.54
24702342--24702485	47	3.1	47	96	0	270	45	14	10	29	1.78
24707762--24707825	28	2.3	28	83	0	92	32	17	15	34	1.91
24714053--24714081	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
24719866--24719902	18	2.1	18	89	0	56	32	27	5	35	1.79
24726241--24726341	40	2.6	38	80	12	116	49	8	2	38	1.49
24728591--24728616	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
24731330--24731371	17	2.4	18	84	11	52	57	2	26	14	1.50
24731919--24731953	15	2.3	15	95	0	61	31	20	0	48	1.50
24746154--24746455	102	3.0	102	93	0	498	31	28	20	20	1.97
24751634--24751880	50	4.8	50	81	6	230	29	21	26	22	1.99
24751646--24751831	100	1.8	105	84	6	265	27	20	28	23	1.99
24758434--24758484	26	2.0	26	84	0	66	47	7	1	43	1.43
24758448--24758488	21	2.0	21	85	4	57	46	7	0	46	1.30
24762479--24762504	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
24762531--24762556	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
24763181--24763435	127	2.0	127	99	0	501	35	10	22	30	1.89
24765483--24765513	16	1.9	16	93	0	53	58	9	9	22	1.59
24768696--24768903	91	2.3	91	88	2	292	45	3	3	47	1.39
24768919--24769333	120	3.4	120	92	3	674	42	3	5	48	1.42
24769050--24769097	15	3.3	15	83	11	57	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24769166--24769217	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
24769295--24769336	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24769286--24769327	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24780011--24780149	42	3.2	42	80	7	138	32	25	15	25	1.96
24779992--24780161	86	2.0	85	82	12	206	34	26	15	24	1.95
24787637--24787801	86	1.9	85	82	10	203	33	27	15	23	1.95
24794786--24794814	15	1.9	15	100	0	58	20	0	6	72	1.07
24799293--24799367	11	6.7	11	82	1	69	22	25	2	49	1.63
24803028--24803464	125	3.5	125	91	0	671	31	21	16	30	1.95
24803582--24803627	22	2.1	22	84	4	58	47	36	2	13	1.54
24805414--24805688	74	3.7	76	78	10	273	40	10	5	43	1.63
24805715--24805744	4	7.5	4	92	0	51	3	0	23	73	0.98
24809293--24809365	26	2.9	25	75	4	74	38	17	4	39	1.69
24811814--24811875	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
24813903--24814028	28	4.5	28	88	2	173	33	26	12	26	1.93
24817479--24817540	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
24821550--24821609	27	2.2	28	79	8	70	30	23	16	30	1.96
24823319--24823358	21	1.9	21	100	0	80	40	22	5	32	1.76
24832995--24833034	21	1.9	21	100	0	80	20	5	30	45	1.72
24835653--24835857	27	7.6	27	84	5	198	29	28	15	26	1.96
24835653--24835856	54	3.8	53	83	4	239	29	28	15	26	1.96
24835653--24835856	81	2.5	81	80	5	223	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24843807--24844011	27	7.6	27	84	5	198	29	28	15	26	1.96
24843807--24844010	54	3.8	53	83	4	239	29	28	15	26	1.96
24843807--24844010	81	2.5	81	80	5	223	29	28	15	26	1.96
24850604--24850707	54	1.9	54	86	0	145	26	21	10	41	1.85
24853007--24853031	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
24866523--24866575	21	2.5	21	84	0	70	22	35	20	20	1.96
24868690--24868912	51	4.4	50	79	8	236	29	14	26	29	1.95
24868673--24868912	102	2.4	102	87	1	365	28	14	26	30	1.95
24868677--24868949	51	5.4	51	74	6	162	30	13	27	29	1.94
24868673--24868942	102	2.6	100	81	6	321	30	14	26	29	1.95
24868666--24868949	153	1.9	154	79	5	333	30	13	27	28	1.94
24870667--24870695	13	2.2	13	100	0	58	44	0	6	48	1.29
24872384--24872440	25	2.3	25	90	0	87	29	24	17	28	1.97
24872397--24872477	25	3.2	25	78	5	74	34	20	22	22	1.97
24872434--24872485	25	2.1	25	89	3	79	34	19	25	21	1.96
24876623--24876664	17	2.4	18	84	7	52	47	16	0	35	1.47
24877827--24877923	38	2.6	38	83	8	110	30	17	13	38	1.88
24878019--24878098	40	2.0	40	90	0	124	32	17	21	28	1.96
24882139--24882295	29	5.4	29	83	3	208	36	12	26	24	1.91
24882139--24882324	58	3.2	58	86	3	223	37	12	25	23	1.91
24882139--24882415	29	9.6	28	76	8	184	36	13	27	22	1.91
24882139--24882424	87	3.3	86	80	5	247	37	14	26	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24884990--24885238	50	4.9	50	74	9	184	24	28	20	26	1.99
24892242--24892374	50	2.6	51	80	8	148	21	28	22	27	1.99
24898008--24898397	29	13.4	29	74	11	180	37	14	25	22	1.92
24898127--24898368	87	2.8	85	87	5	299	38	14	25	21	1.91
24898030--24898397	116	3.2	114	83	6	409	37	14	25	22	1.92
24898088--24898410	29	11.1	29	76	9	241	38	15	25	21	1.92
24901748--24901840	46	2.0	46	95	0	168	30	25	13	30	1.94
24905793--24905871	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
24905990--24906429	47	9.4	47	93	0	727	29	29	8	32	1.87
24913517--24913582	30	2.2	30	76	7	73	39	7	15	37	1.75
24913997--24914045	19	2.6	19	75	12	55	57	0	4	38	1.18
24914032--24914074	22	1.9	23	85	4	61	65	0	2	32	1.06
24914032--24914081	22	2.3	22	82	6	57	62	0	2	36	1.07
24922265--24922297	16	2.1	16	94	0	57	69	3	0	27	1.03
24922246--24922303	30	2.0	30	86	6	84	65	3	0	31	1.09
24922287--24922328	23	1.9	21	90	9	66	64	4	0	30	1.14
24922861--24922927	9	7.4	9	80	12	84	41	22	8	26	1.83
24922860--24922927	27	2.5	27	88	4	102	42	22	8	26	1.82
24922935--24922995	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
24922926--24923000	37	2.0	37	100	0	150	45	16	5	33	1.69
24922926--24923017	37	2.5	37	91	7	134	46	15	5	32	1.68
24931307--24931357	25	2.0	26	92	3	86	39	17	5	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24934285--24934354	36	1.9	36	88	0	104	21	18	18	41	1.91
24938408--24938436	13	2.2	13	100	0	58	72	0	6	20	1.07
24938400--24938454	19	2.9	18	82	12	67	69	1	3	25	1.15
24940488--24940730	118	2.1	118	96	0	450	27	15	20	37	1.93
24955216--24955399	40	4.6	39	80	8	183	28	27	20	24	1.99
24955179--24955399	80	2.8	80	82	6	218	27	27	20	24	1.99
24955219--24955399	80	2.3	80	84	7	226	27	27	20	24	1.99
24963142--24963324	40	4.6	39	80	8	183	28	27	20	24	1.99
24963105--24963324	79	2.8	79	81	6	207	27	27	20	24	1.99
24966109--24966200	26	3.6	26	85	4	107	22	13	23	40	1.89
24971782--24971834	26	2.0	26	92	0	88	37	11	22	28	1.89
24979569--24979621	27	2.0	27	96	0	97	35	1	9	52	1.45
24985239--24985371	62	2.2	58	86	5	176	50	3	2	43	1.32
24990260--24990386	24	5.2	24	80	9	107	29	18	24	26	1.98
24990328--24990407	25	3.2	25	82	10	76	30	17	26	26	1.97
25017425--25017540	46	2.5	46	80	2	135	20	20	9	49	1.77
25017516--25017716	45	4.5	46	80	3	205	21	19	17	40	1.92
25017520--25017716	90	2.2	90	82	7	240	21	20	17	40	1.91
25021851--25022341	47	10.4	47	94	0	829	32	8	29	29	1.87
25021855--25022341	237	2.1	237	94	0	852	32	8	29	29	1.87
25022460--25022538	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
25024388--25024489	43	2.4	43	96	0	186	22	15	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25024472--25024545	29	2.6	29	89	4	105	27	14	32	25	1.95
25024849--25025022	40	4.6	40	80	13	190	24	23	27	25	2.00
25028546--25028680	47	2.9	47	100	0	270	31	8	29	29	1.88
25031589--25031668	37	2.1	38	86	6	110	26	30	18	25	1.98
25031782--25032278	49	10.3	47	85	8	637	29	29	8	32	1.86
25031838--25032278	197	2.3	190	89	6	667	31	28	7	32	1.85
25032182--25032274	46	2.3	39	73	25	100	30	29	8	32	1.87
25038546--25038991	48	9.3	47	88	8	645	31	28	7	32	1.85
25038494--25038991	95	5.2	95	86	8	656	29	28	8	32	1.87
25052289--25052785	47	10.4	47	81	14	538	29	30	8	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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