genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5772454--5772569	25	4.7	25	83	1	128	17	30	19	32	1.95
5782239--5782403	43	3.9	42	73	6	125	32	24	16	26	1.96
5784314--5784340	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
5784764--5784993	115	2.0	115	100	0	460	33	17	20	27	1.95
5785329--5785386	9	6.4	9	91	0	89	24	6	22	46	1.76
5794325--5794365	21	1.9	22	85	5	57	9	14	2	73	1.19
5801040--5801080	21	1.9	22	85	14	59	60	9	4	24	1.47
5805820--5805853	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
5810538--5810575	6	6.5	6	84	6	51	76	0	23	0	0.79
5810538--5810575	17	2.2	18	95	4	69	76	0	23	0	0.79
5812658--5812966	129	2.4	128	91	2	478	32	19	23	24	1.98
5813065--5813613	44	12.6	44	70	13	215	29	18	24	27	1.98
5813065--5813601	218	2.5	217	88	1	788	29	18	24	27	1.98
5814982--5815024	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
5817681--5817748	29	2.3	29	78	9	84	38	27	11	22	1.89
5823707--5823903	41	4.8	41	98	0	367	29	21	22	26	1.99
5824118--5824181	33	2.0	32	84	9	85	29	9	21	39	1.85
5839253--5839278	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5839292--5839325	18	1.9	18	88	5	52	76	5	11	5	1.14
5847740--5848015	147	1.9	147	88	0	417	28	9	42	19	1.82
5854132--5854178	21	2.3	21	88	3	78	42	0	19	38	1.51
5869113--5869173	32	2.0	30	84	12	79	47	24	4	22	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5870346--5870424	40	2.0	40	94	0	140	36	24	20	18	1.95
5870346--5870444	40	2.5	40	86	3	128	39	23	20	17	1.92
5870540--5870618	41	1.9	41	97	0	149	16	22	34	26	1.95
5870682--5870758	40	1.9	40	83	2	100	33	22	12	31	1.92
5870633--5870927	114	2.6	114	83	4	351	41	19	14	24	1.89
5871250--5871337	14	6.4	13	71	15	52	51	27	2	19	1.59
5871390--5871435	22	2.1	22	88	8	67	54	17	0	28	1.43
5871376--5871442	29	2.3	29	84	5	82	50	20	1	26	1.57
5871425--5871507	14	5.5	15	74	17	57	40	39	1	18	1.58
5871432--5871507	8	9.9	8	76	7	52	40	40	1	17	1.57
5871667--5871721	22	2.5	22	82	8	60	56	20	0	23	1.42
5879224--5879266	20	2.0	21	91	8	70	44	13	18	23	1.86
5886417--5886447	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
5894022--5894065	12	3.8	11	80	11	52	77	6	0	15	0.97
5894022--5894065	18	2.5	17	85	7	61	77	6	0	15	0.97
5896641--5896852	114	1.9	115	83	3	284	28	26	21	23	1.99
5904439--5904471	17	2.0	17	94	5	59	48	24	6	21	1.72
5909524--5909575	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
5912477--5912540	7	8.9	7	77	17	51	35	0	46	17	1.48
5912477--5912545	10	6.9	10	76	11	61	37	0	44	17	1.49
5912488--5912540	17	3.2	17	70	26	51	35	0	47	16	1.48
5915537--5915678	23	6.0	22	70	16	72	54	5	5	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5915752--5915800	20	2.5	20	83	3	55	63	6	2	28	1.30
5922379--5922440	12	5.5	11	79	12	63	17	4	0	77	0.94
5922394--5922435	17	2.5	17	84	0	57	16	7	0	76	1.00
5922733--5922758	9	2.9	9	100	0	52	0	11	42	46	1.40
5923466--5923495	15	1.9	15	93	6	51	86	3	10	0	0.67
5923466--5923496	16	1.9	16	93	0	53	87	3	9	0	0.66
5925270--5925305	14	2.5	15	91	8	58	30	0	0	69	0.89
5926026--5926149	45	2.8	44	82	4	142	27	25	16	30	1.97
5925670--5926107	218	2.0	218	83	5	555	28	25	18	27	1.98
5926088--5926343	44	5.8	44	82	1	291	27	24	17	30	1.97
5926088--5926343	88	2.9	88	86	2	345	27	24	17	30	1.97
5928559--5928640	33	2.5	32	80	9	85	13	10	1	74	1.13
5928599--5928664	27	2.5	26	83	14	73	13	3	4	78	1.02
5933631--5933679	20	2.5	20	83	3	55	63	6	2	28	1.30
5937140--5937175	18	2.0	19	89	10	58	16	22	38	22	1.93
5940018--5940043	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
5942314--5942351	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
5954282--5954329	15	3.2	15	71	11	53	41	8	22	27	1.82
5954276--5954339	30	2.1	31	91	2	103	40	6	26	26	1.79
5958914--5958991	15	5.2	15	70	11	70	42	7	23	26	1.81
5958908--5959001	30	3.1	30	95	1	161	41	6	25	26	1.79
5963210--5963244	15	2.3	15	90	0	52	37	34	5	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5964115--5964142	14	2.0	14	100	0	56	14	14	7	64	1.48
5964719--5964758	19	2.0	20	90	4	64	35	5	5	55	1.44
5964725--5964766	20	2.1	20	86	8	59	38	4	2	54	1.34
5972549--5972590	15	2.7	15	85	3	57	33	35	7	23	1.82
5984495--5984525	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
5984578--5984614	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
5986137--5986169	10	3.0	11	86	13	50	18	6	3	72	1.18
5986901--5986990	3	27.7	3	75	20	58	31	6	2	60	1.35
5986941--5987001	18	3.2	19	75	15	56	27	13	1	57	1.46
5987068--5987102	18	1.9	18	88	0	52	31	8	0	60	1.27
5993770--5994468	143	4.9	143	90	1	1035	30	20	22	27	1.98
5995143--5995191	19	2.7	17	75	25	55	8	12	0	79	0.93
5995990--5996371	26	15.1	25	72	11	185	29	7	3	59	1.42
5996230--5996387	50	3.1	48	77	12	156	25	8	3	62	1.40
5996243--5996382	50	2.7	50	83	3	172	27	8	2	61	1.39
5998322--5998366	5	9.4	5	77	18	51	22	20	13	44	1.85
5998322--5998375	9	5.8	9	80	20	58	24	18	12	44	1.85
5998322--5998375	19	2.9	18	77	22	58	24	18	12	44	1.85
5998328--5998368	19	2.1	19	90	9	64	24	19	12	43	1.85
6001035--6001080	6	8.0	6	86	13	62	84	0	13	2	0.71
6001035--6001080	17	2.7	17	83	9	58	84	0	13	2	0.71
6002651--6002920	36	6.6	46	76	18	201	37	12	21	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6002687--6002877	36	5.0	36	81	12	220	38	13	19	28	1.89
6002655--6002841	82	2.3	82	94	0	320	38	11	20	28	1.88
6010427--6010617	36	5.0	36	82	12	247	37	12	20	29	1.90
6010391--6010581	82	2.3	82	94	0	328	37	11	21	29	1.89
6012544--6013740	143	8.4	143	84	1	1441	30	19	21	28	1.97
6014301--6014352	18	2.8	18	76	2	59	73	3	13	9	1.23
6014386--6014424	17	2.3	17	86	0	51	12	12	0	74	1.08
6014397--6014434	19	2.0	20	85	15	53	13	10	2	73	1.19
6015183--6015288	27	3.9	27	80	10	119	29	8	0	61	1.32
6015167--6015306	25	5.5	25	75	16	85	29	7	2	60	1.36
6015351--6015523	23	7.1	23	65	19	59	29	5	3	61	1.34
6015179--6015578	26	15.8	26	71	13	190	28	7	4	60	1.42
6015355--6015489	49	2.8	48	73	7	137	29	4	4	61	1.35
6015438--6015587	50	2.9	51	74	8	135	28	8	2	60	1.40
6017674--6017948	147	1.9	147	91	1	453	28	9	41	20	1.84
6018366--6018407	20	2.1	20	95	0	75	42	9	21	26	1.83
6048342--6048401	12	4.9	12	74	22	54	46	1	1	50	1.21
6051883--6052146	147	1.8	146	90	0	411	29	10	41	18	1.84
6062524--6062594	22	3.1	23	77	6	81	36	15	15	32	1.89
6067160--6067282	63	2.0	63	85	3	167	30	20	25	23	1.98
6070089--6070128	21	1.9	21	90	10	64	27	5	20	47	1.70
6071949--6071973	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6072291--6072380	21	4.1	21	70	14	65	43	14	12	30	1.82
6072291--6072916	47	13.4	47	92	1	1003	41	14	11	32	1.83
6072291--6072916	187	3.4	187	94	1	1044	41	14	11	32	1.83
6073172--6073206	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
6073862--6073979	43	2.7	43	78	8	114	32	28	18	20	1.96
6078636--6078688	19	3.0	17	78	10	61	35	7	18	37	1.80
6078660--6078704	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
6078670--6078714	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
6078893--6078931	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
6113259--6113343	42	2.0	42	100	0	170	41	28	11	18	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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