genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  9  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786105--2786158	18	3.1	17	76	13	56	57	3	3	35	1.34
2791011--2791063	24	2.2	24	86	0	70	35	3	9	50	1.53
2791018--2791074	24	2.4	24	79	5	62	35	5	10	49	1.60
2804147--2804233	28	3.1	28	79	9	90	56	0	4	39	1.20
2804226--2804261	17	2.0	19	89	10	58	72	2	0	25	0.98
2804156--2804251	28	3.4	29	74	8	92	59	0	3	37	1.13
2804517--2804560	22	2.0	22	86	0	61	29	4	2	63	1.26
2804556--2804594	18	2.3	18	86	8	55	35	2	0	61	1.10
2804537--2804607	27	2.6	27	73	13	72	29	2	1	66	1.15
2804534--2804610	19	4.2	18	67	9	57	29	2	1	66	1.13
2804476--2804616	56	2.4	58	79	18	143	31	4	0	63	1.18
2809744--2809813	36	1.9	36	91	0	113	38	17	24	20	1.93
2813359--2813417	20	3.1	19	73	14	59	42	18	13	25	1.87
2816608--2816670	21	3.2	20	76	8	67	58	1	1	38	1.17
2816608--2816670	20	3.2	19	76	12	65	58	1	1	38	1.17
2816627--2816698	29	2.5	30	79	6	76	55	1	4	38	1.28
2820984--2821047	18	3.9	17	72	11	53	48	4	9	37	1.56
2823655--2823704	20	2.4	20	90	6	73	60	0	4	36	1.16
2826271--2826354	13	6.1	14	67	23	54	44	3	2	50	1.32
2828847--2829095	50	4.8	50	85	5	311	20	28	23	26	1.99
2829434--2829491	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
2835416--2835474	29	2.1	29	84	6	77	55	1	1	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835909--2835943	17	2.1	18	89	10	56	77	0	11	11	1.00
2846976--2847757	156	5.0	156	86	4	1026	29	22	12	34	1.92
2847634--2847885	130	1.9	132	88	4	384	33	23	12	30	1.92
2849009--2849061	22	2.4	22	75	12	54	47	15	7	30	1.73
2849791--2849930	65	2.2	65	82	1	165	37	7	15	39	1.77
2853145--2853244	39	2.5	39	78	10	114	15	14	24	47	1.81
2855139--2855286	74	2.0	74	90	2	235	39	7	11	41	1.69
2858058--2858095	20	2.0	20	90	10	62	34	5	5	55	1.45
2868271--2868309	19	1.9	19	85	10	51	46	10	5	38	1.60
2870214--2870261	24	2.1	22	82	17	55	39	4	0	56	1.19
2870987--2871016	12	2.4	13	94	5	53	76	6	0	16	0.99
2870986--2871017	13	2.4	14	85	15	50	78	6	0	15	0.95
2871532--2871577	11	4.2	11	80	0	56	52	13	17	17	1.75
2882616--2882678	30	2.1	31	90	3	101	49	15	0	34	1.45
2884419--2884473	18	2.9	19	78	10	60	23	1	3	70	1.12
2886917--2887039	59	2.0	61	90	3	196	26	23	6	43	1.77
2886917--2887039	30	4.1	30	91	3	194	26	23	6	43	1.77
2891606--2891729	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
2891616--2891723	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
2893778--2893862	3	28.3	3	100	0	170	67	0	32	0	0.91
2894298--2894337	17	2.4	17	84	15	57	67	0	0	32	0.91
2898578--2899195	302	2.0	306	94	2	1082	31	16	23	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2905336--2905375	12	3.2	12	86	13	55	25	0	0	75	0.81
2905585--2905639	27	2.0	27	89	0	83	41	30	5	21	1.76
2917332--2917461	4	32.5	4	98	0	170	50	25	7	16	1.72
2924950--2925007	26	2.3	25	82	14	66	29	1	1	67	1.11
2924972--2925033	25	2.4	25	81	7	63	30	1	1	66	1.11
2928951--2930210	100	12.6	100	88	1	1602	24	24	21	29	1.99
2928964--2930196	50	24.7	50	66	6	485	23	24	21	29	1.99
2934404--2934443	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
2934476--2934501	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
2940218--2940298	29	2.8	29	74	11	76	61	2	6	29	1.33
2940584--2940630	23	2.0	24	83	4	60	31	2	0	65	1.04
2944425--2944499	37	2.0	37	100	0	150	36	5	21	37	1.76
2945666--2945757	38	2.5	37	82	5	96	28	26	20	25	1.99
2945891--2945944	18	3.1	17	77	17	65	35	20	1	42	1.63
2947168--2947224	29	2.0	29	92	0	96	52	1	0	45	1.11
2952616--2953062	222	2.0	222	100	0	894	23	13	19	43	1.87
2964129--2964166	18	2.1	18	90	0	58	36	10	5	47	1.61
2968060--2968084	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
2972143--2972184	14	3.0	14	73	13	50	33	4	4	57	1.41
2972139--2972209	28	2.5	30	77	13	78	35	7	2	54	1.42
2972950--2972978	15	1.9	15	100	0	58	24	0	20	55	1.44
2973634--2973849	96	2.3	94	86	3	290	37	16	3	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2974328--2974354	9	3.0	9	100	0	54	66	22	11	0	1.22
2982094--2982151	29	2.1	28	87	6	82	20	10	5	63	1.44
2996207--2996243	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
2997152--2997183	16	2.0	16	100	0	64	37	31	12	18	1.88
2999725--2999772	20	2.3	20	89	3	69	50	6	2	41	1.39
3000505--3000538	17	1.9	17	94	5	59	70	0	0	29	0.87
3000505--3000538	9	3.9	9	92	7	61	70	0	0	29	0.87
3000506--3000550	19	2.5	18	82	7	56	64	0	2	33	1.06
3000607--3000657	20	2.6	20	73	14	52	62	5	1	29	1.29
3001165--3001228	20	3.4	19	81	12	62	28	6	4	60	1.41
3003230--3003299	29	2.4	29	79	11	81	54	4	1	40	1.29
3003693--3003724	12	2.4	14	90	10	50	75	0	0	25	0.81
3008309--3008338	7	4.3	7	100	0	60	43	26	0	30	1.55
3013515--3013545	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
3022735--3022784	14	3.6	13	81	10	55	56	2	4	38	1.30
3022762--3022787	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3022990--3023031	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
3023130--3023198	3	23.3	3	71	8	52	60	5	2	30	1.34
3024346--3024379	17	2.0	17	94	0	59	5	0	38	55	1.24
3028491--3028613	65	1.9	64	85	5	167	44	8	14	31	1.76
3030075--3030131	16	3.6	16	77	15	64	75	0	10	14	1.05
3030073--3030119	14	3.2	14	80	11	58	78	0	8	12	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3030073--3030116	21	2.1	21	83	8	54	79	0	9	11	0.93
3031083--3031120	18	2.1	19	85	9	53	44	36	7	10	1.68
3032334--3032394	26	2.2	29	82	8	83	24	9	3	62	1.41
3040473--3040540	3	22.7	3	83	5	84	35	1	32	30	1.67
3040537--3040570	15	2.3	15	89	0	50	44	0	41	14	1.45
3057493--3057649	78	2.0	78	100	0	314	36	17	12	33	1.88
3061340--3061396	26	2.2	26	84	3	71	43	7	17	31	1.76
3066987--3067025	21	1.9	21	89	5	62	33	17	5	43	1.72
3067965--3067991	12	2.2	12	100	0	54	33	11	14	40	1.82
3076219--3076331	55	2.0	59	87	6	171	48	7	16	26	1.74
3079200--3079236	18	2.1	18	94	0	65	51	0	13	35	1.41
3090350--3090385	9	4.0	9	92	0	54	8	0	8	83	0.82
3096851--3096922	39	1.9	36	83	13	92	55	0	2	41	1.14
3096920--3096991	37	1.9	37	85	0	99	61	1	2	34	1.19
3097195--3097220	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
3097155--3097290	57	2.4	56	79	11	150	31	5	1	61	1.29
3097195--3097303	57	1.9	57	84	3	148	32	3	0	63	1.18
3097387--3097608	86	2.5	87	84	9	283	32	9	19	37	1.85
3103679--3103717	18	2.1	19	85	4	53	58	0	2	38	1.12
3110176--3110243	22	3.3	22	67	32	69	35	11	7	45	1.69
3110167--3110242	39	1.9	39	100	0	152	38	10	7	43	1.68
3120021--3120065	21	2.2	20	84	11	56	44	2	2	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3120056--3120110	26	2.2	25	83	3	65	50	0	1	47	1.11
3127810--3127890	42	2.0	40	95	4	144	27	18	12	41	1.86
3133348--3133633	144	2.0	144	91	0	464	24	14	16	44	1.85
3134624--3134652	7	4.1	7	100	0	58	31	0	0	68	0.89
3134783--3134825	22	1.9	23	85	4	61	39	2	2	55	1.25
3134783--3134826	23	2.0	22	83	16	56	40	2	2	54	1.25
3141653--3141864	40	5.3	40	78	2	239	24	21	26	27	1.99
3141657--3141864	80	2.6	79	88	2	299	24	21	27	26	1.99
3145757--3145797	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3149155--3149192	19	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204