genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  61  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18012264--18012305	16	2.5	17	81	18	52	42	0	33	23	1.55
18017006--18017259	39	6.6	39	81	6	270	25	28	20	25	1.99
18017008--18017259	77	3.3	75	85	8	269	25	28	21	25	1.99
18025071--18025260	40	4.8	40	86	3	262	24	28	21	25	1.99
18025073--18025260	79	2.4	79	91	3	299	24	28	21	25	1.99
18025174--18025347	94	1.8	95	84	6	237	24	27	21	27	1.99
18026501--18026535	15	2.2	16	90	5	54	0	14	2	82	0.77
18031038--18031064	6	4.5	6	100	0	54	70	14	0	14	1.17
18031390--18031430	18	2.3	18	95	0	73	29	34	4	31	1.79
18037658--18037719	33	1.9	32	86	3	88	53	4	0	41	1.22
18037932--18037984	21	2.5	21	82	11	72	32	32	7	28	1.85
18041584--18041610	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
18049276--18049338	22	2.8	22	73	17	58	15	3	33	47	1.62
18049402--18049489	34	2.7	32	80	13	108	40	1	14	43	1.53
18049377--18049439	27	2.4	27	81	7	76	41	3	14	41	1.61
18049410--18049475	34	1.9	34	93	3	114	42	1	10	45	1.48
18049583--18049967	126	3.1	126	89	1	576	37	15	18	28	1.91
18054135--18054209	26	2.9	25	80	7	87	20	22	20	37	1.94
18059430--18059486	29	2.0	29	82	0	69	42	15	14	28	1.86
18062389--18062430	14	3.0	14	92	0	75	28	26	2	42	1.67
18065261--18065913	328	2.0	328	90	0	1038	27	24	12	35	1.92
18077037--18077116	35	2.3	35	97	0	151	27	25	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18077088--18077279	76	2.5	76	84	1	215	31	21	21	25	1.98
18077152--18077293	76	1.9	76	92	0	239	30	23	21	23	1.99
18077315--18077352	15	2.4	16	82	4	51	39	15	0	44	1.47
18081944--18082063	57	2.1	58	84	1	152	27	19	5	47	1.72
18083157--18083228	36	2.0	36	100	0	144	41	33	13	11	1.80
18087584--18087635	17	2.9	18	77	13	54	25	5	1	67	1.23
18094384--18094643	133	2.0	133	92	3	434	37	21	9	31	1.85
18103323--18103387	32	2.0	32	96	0	121	47	20	18	13	1.82
18113242--18113271	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
18118729--18118803	39	1.9	39	89	5	116	25	2	26	45	1.67
18120977--18121038	29	2.1	29	93	0	106	14	40	22	22	1.90
18122907--18123187	146	1.9	146	94	0	490	29	11	18	40	1.86
18125208--18125425	51	4.3	51	73	10	151	26	16	27	29	1.97
18125237--18125421	101	1.8	102	85	3	266	24	17	26	30	1.97
18125601--18125632	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
18142911--18142951	20	2.0	21	85	4	57	7	7	4	80	1.02
18142919--18142976	28	1.9	32	83	13	79	12	8	5	74	1.21
18142969--18142993	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
18143035--18143137	21	5.1	20	74	20	81	37	0	0	60	1.10
18143034--18143117	37	2.2	38	83	10	102	35	1	1	61	1.11
18143072--18143137	22	3.1	20	85	12	87	37	0	1	60	1.06
18143077--18143132	23	2.4	23	85	8	78	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18148750--18148790	18	2.3	18	91	4	66	43	7	0	48	1.30
18149120--18149193	22	3.1	22	72	16	60	56	4	2	36	1.32
18149317--18149398	21	4.0	21	81	10	73	53	0	2	43	1.13
18149313--18149403	41	2.1	41	84	6	110	53	0	2	43	1.12
18151434--18151483	23	2.2	23	88	0	73	42	24	10	24	1.85
18154675--18154715	19	2.2	19	86	0	55	26	2	7	63	1.33
18159643--18159702	27	2.2	27	90	0	93	75	13	5	6	1.18
18161516--18161613	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
18161523--18161611	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
18163813--18163922	55	2.0	55	98	0	211	37	10	26	25	1.89
18164519--18164656	42	3.2	43	66	17	113	24	21	26	27	1.99
18164502--18164946	87	5.1	87	86	1	586	28	23	24	23	1.99
18165082--18165203	44	2.8	44	82	2	138	29	16	21	32	1.95
18165471--18165502	12	2.7	12	95	0	55	78	0	0	21	0.76
18166562--18166602	19	2.2	19	86	0	55	26	2	7	63	1.33
18168790--18168822	16	2.0	17	88	5	50	48	0	6	45	1.27
18173833--18173875	22	2.0	23	86	9	63	62	6	13	16	1.51
18176094--18176332	125	1.9	124	88	3	363	27	14	24	33	1.94
18176069--18176350	125	2.3	124	83	4	361	27	14	24	33	1.94
18176259--18176462	84	2.4	85	97	0	383	23	20	24	32	1.98
18179605--18180767	28	44.5	28	79	14	1012	28	0	23	47	1.53
18179597--18180777	51	22.7	51	76	18	808	28	0	23	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18179643--18179685	23	2.0	21	86	13	61	25	0	25	48	1.51
18179726--18179884	23	6.9	21	78	13	104	27	0	22	49	1.54
18179913--18179961	23	2.4	18	72	27	53	26	0	22	51	1.49
18180753--18180787	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
18183087--18183130	22	2.0	22	90	0	70	34	0	34	31	1.58
18183080--18183130	22	2.4	23	81	15	65	33	0	33	33	1.58
18183081--18183182	52	2.0	50	81	14	120	34	0	33	32	1.58
18183132--18183223	44	2.1	44	83	4	114	42	0	26	31	1.56
18183139--18183225	22	3.9	22	84	1	93	43	0	24	32	1.54
18185331--18185410	37	2.2	38	82	8	94	40	0	18	41	1.51
18185372--18185443	28	2.4	29	79	6	74	31	0	19	48	1.49
18189017--18189146	59	2.2	59	82	4	156	49	9	6	34	1.62
18192242--18192293	21	2.4	21	83	3	59	17	1	30	50	1.57
18195139--18195239	41	2.5	41	87	4	150	30	15	11	41	1.84
18203929--18203964	17	2.2	16	90	5	54	75	11	11	2	1.16
18205101--18205148	24	2.0	24	100	0	96	29	29	4	37	1.76
18207066--18207107	22	1.9	22	90	0	66	30	26	14	28	1.95
18208186--18208234	16	3.1	16	90	0	80	38	4	30	26	1.75
18208189--18208241	16	3.3	16	82	10	63	39	3	30	26	1.74
18208471--18208506	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
18208453--18208929	120	4.0	120	95	2	840	52	4	0	42	1.28
18208608--18208915	61	5.2	59	69	25	220	52	4	0	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18208681--18208721	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
18208737--18208766	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
18208830--18208878	20	2.5	19	87	9	71	57	2	0	40	1.10
18210324--18210427	49	2.1	49	94	0	181	50	9	7	31	1.63
18212773--18212806	16	2.1	16	100	0	68	76	0	0	23	0.79
18215063--18215346	50	5.7	50	84	1	329	27	20	29	22	1.98
18215010--18215346	150	2.2	152	80	4	367	27	19	28	23	1.98
18216805--18216961	78	2.0	78	85	2	208	26	14	24	34	1.94
18217863--18217910	20	2.5	19	83	9	62	70	4	18	6	1.25
18223686--18223746	14	3.9	15	75	21	63	45	16	0	37	1.47
18223688--18223753	33	2.0	33	100	0	132	48	15	0	36	1.45
18229977--18230072	30	3.2	30	83	5	131	29	9	17	43	1.80
18229976--18230066	31	3.0	30	85	4	112	29	10	16	42	1.82
18230196--18230312	43	2.8	41	80	5	126	30	16	25	27	1.96
18243862--18243912	7	7.3	7	95	0	93	41	27	0	31	1.56
18248310--18248352	16	2.8	16	92	3	70	46	0	11	41	1.40
18248351--18248385	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18248344--18248525	59	3.0	61	68	15	178	44	0	4	50	1.28
18248662--18248758	45	2.2	45	81	9	119	34	26	5	34	1.79
18248738--18248770	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
18248914--18248992	26	3.1	25	80	7	95	44	3	1	50	1.28
18248914--18249014	52	2.0	52	86	7	145	46	3	2	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18250796--18250833	18	2.1	18	85	9	51	34	15	5	44	1.69
18251350--18251394	23	1.9	24	86	4	65	26	53	2	17	1.56
18260251--18260572	41	7.9	41	81	2	333	22	20	27	30	1.98
18260257--18260572	123	2.6	122	83	2	371	22	20	26	30	1.98
18260889--18260930	21	2.0	21	90	4	66	30	0	21	47	1.51
18260889--18260936	24	2.1	21	88	11	69	29	0	22	47	1.51
18260985--18261017	14	2.3	15	89	5	50	30	3	30	36	1.73
18261019--18261045	14	1.9	14	100	0	54	22	0	33	44	1.53
18261037--18261089	14	3.8	14	85	5	63	24	0	41	33	1.55
18261042--18261081	21	1.9	21	94	0	71	20	0	45	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204