genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22643881--22643907	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22643942--22643978	20	1.9	20	88	5	58	24	2	2	70	1.14
22644093--22644144	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
22644153--22644208	23	2.4	23	75	21	55	26	8	1	62	1.35
22644383--22644445	24	2.5	24	82	12	74	39	7	1	50	1.41
22647080--22647324	50	4.9	50	83	1	269	21	28	22	27	1.99
22652235--22652273	17	2.2	17	90	4	60	53	0	0	46	1.00
22653491--22653519	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
22653507--22653565	19	3.1	19	90	4	91	38	1	8	50	1.43
22656980--22657006	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
22658719--22658950	40	5.8	40	91	2	315	26	30	21	21	1.98
22661050--22661147	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
22661078--22661160	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22667053--22667083	6	5.2	6	92	0	53	0	12	0	87	0.55
22667053--22667086	12	2.8	12	95	0	59	0	11	0	88	0.52
22667803--22667843	5	8.2	5	80	20	50	36	2	0	60	1.10
22667773--22667843	25	2.9	24	82	12	81	35	1	2	60	1.20
22667901--22667963	31	2.0	31	87	0	90	30	9	22	38	1.86
22667920--22668053	62	2.2	61	81	6	155	39	11	17	31	1.85
22669620--22669663	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
22669760--22669787	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
22669730--22669929	59	3.1	67	85	13	303	45	8	5	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22669918--22669959	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22669941--22670001	30	2.0	31	83	6	79	50	1	1	45	1.21
22674489--22674762	29	9.5	29	73	8	184	28	16	19	36	1.93
22674489--22674771	57	4.9	56	76	6	210	28	15	19	35	1.93
22674489--22674824	29	11.8	28	70	7	149	28	15	19	36	1.93
22674537--22674771	115	2.1	114	81	5	269	28	16	20	34	1.94
22687125--22687149	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22687738--22687770	16	2.0	17	88	5	50	60	9	0	30	1.27
22689667--22689815	48	2.8	53	81	12	191	45	15	5	33	1.69
22693607--22693648	18	2.3	18	100	0	84	21	23	16	38	1.93
22694357--22694460	43	2.4	43	91	0	172	40	14	8	36	1.77
22702733--22702799	34	1.9	35	84	3	91	32	8	10	47	1.69
22702748--22702787	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
22702767--22702806	15	2.7	15	84	3	55	37	5	7	50	1.53
22703628--22703966	178	1.9	172	79	10	375	34	7	23	35	1.82
22704182--22704224	21	2.0	21	95	0	77	13	16	27	41	1.86
22705582--22705639	18	3.0	21	71	19	63	56	0	3	39	1.16
22705707--22705783	14	5.0	15	72	20	61	44	15	7	32	1.75
22705723--22705762	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22705711--22705777	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
22705746--22705785	14	2.9	14	88	0	62	45	17	5	32	1.70
22708136--22708206	36	2.0	36	91	0	115	46	15	12	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22712200--22712263	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
22712218--22712271	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
22712201--22712271	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
22717166--22717202	18	2.0	20	89	10	60	54	0	0	45	1.00
22718352--22718503	62	2.5	62	80	12	181	55	4	1	38	1.29
22720246--22720302	29	2.0	29	96	0	105	40	8	21	29	1.83
22720667--22720719	11	4.7	11	79	11	54	20	0	3	75	0.96
22720703--22720751	25	1.9	26	84	12	66	28	4	6	61	1.38
22726861--22726917	4	15.0	4	79	17	52	0	28	0	71	0.86
22726868--22726916	14	3.6	14	78	13	57	0	28	0	71	0.86
22726864--22726927	23	2.9	23	80	13	71	0	29	0	70	0.88
22727279--22727335	29	2.0	29	89	0	87	28	19	10	42	1.84
22728725--22728779	21	2.7	21	85	2	76	36	9	12	41	1.75
22729001--22729043	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
22735113--22735165	18	2.8	19	75	13	56	41	0	7	50	1.30
22735115--22735161	18	2.6	18	83	6	60	40	0	6	53	1.27
22737364--22737422	30	2.0	30	89	0	91	32	6	6	54	1.53
22738690--22738769	28	2.8	27	73	14	72	42	1	0	56	1.07
22740207--22740393	25	7.5	24	78	10	121	33	19	24	22	1.97
22740253--22740390	50	2.8	50	89	0	204	36	18	23	21	1.95
22740207--22740394	75	2.5	76	84	2	229	33	19	23	22	1.97
22747685--22747772	25	3.6	24	76	11	79	34	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22750433--22750465	8	4.0	8	96	4	57	24	3	0	72	0.98
22750436--22750493	30	2.1	26	81	15	64	24	1	1	72	1.03
22753365--22753435	26	2.8	26	82	4	83	36	22	21	19	1.95
22753534--22753591	24	2.4	24	82	5	73	29	20	31	18	1.97
22756648--22756710	32	2.0	31	84	9	83	38	26	12	22	1.90
22762624--22762709	25	3.5	24	68	16	68	33	24	24	17	1.96
22764620--22764725	25	4.4	25	72	20	91	11	11	26	50	1.71
22764608--22764806	70	2.8	69	79	6	204	14	14	24	46	1.81
22764718--22764777	23	2.7	23	86	2	77	16	16	25	41	1.89
22764608--22764798	25	8.1	25	70	18	83	14	13	25	47	1.79
22769656--22769762	45	2.4	45	80	3	126	45	18	14	20	1.85
22769962--22770046	42	2.0	43	81	6	102	40	18	8	32	1.81
22771130--22771173	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
22777131--22777237	45	2.4	45	83	0	142	42	19	17	20	1.90
22777437--22777523	39	2.2	41	83	4	106	41	18	6	33	1.77
22778592--22778635	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
22783569--22783593	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22786459--22786492	18	1.9	17	88	5	50	20	5	0	73	1.04
22792155--22792227	1	73.0	1	75	0	65	87	5	2	4	0.73
22792168--22792228	32	1.9	32	86	6	88	85	8	3	3	0.82
22793616--22793866	45	5.6	45	81	8	296	29	17	22	31	1.96
22793616--22793886	90	3.0	90	89	1	400	29	16	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22793624--22793875	135	1.9	134	83	8	332	28	17	23	30	1.97
22793977--22794132	49	3.2	49	67	8	136	32	23	18	25	1.97
22793907--22794465	99	5.7	100	82	3	605	30	21	21	25	1.98
22794175--22794319	50	2.9	49	71	5	139	31	21	21	25	1.98
22793907--22794491	199	3.0	197	82	2	703	30	22	21	25	1.99
22794558--22794758	41	4.8	41	72	9	143	26	21	21	29	1.99
22794518--22794709	84	2.2	87	79	5	203	27	20	21	30	1.98
22794513--22794709	44	4.6	43	72	11	145	27	20	20	30	1.98
22794513--22794811	129	2.3	127	86	1	418	30	22	20	27	1.98
22798776--22798929	56	2.7	56	88	1	227	46	14	9	30	1.75
22801902--22802023	42	2.8	43	83	3	138	22	16	27	33	1.95
22801891--22802032	43	3.3	42	79	7	142	23	14	26	35	1.93
22804098--22804169	34	2.1	34	97	0	135	36	20	9	33	1.86
22807192--22807318	50	2.5	50	79	2	130	37	18	15	27	1.92
22807234--22807328	25	3.8	25	82	0	100	42	17	13	26	1.87
22809394--22809456	30	2.1	30	87	0	90	25	3	12	58	1.49
22811631--22811669	16	2.4	16	91	4	60	58	0	2	38	1.12
22815213--22815247	16	2.1	17	89	5	54	8	11	25	54	1.64
22815580--22815640	11	5.6	11	75	9	63	55	0	3	40	1.16
22815583--22815649	31	2.2	31	94	0	116	61	0	2	35	1.12
22816829--22816866	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
22817947--22818377	103	4.2	103	88	1	639	36	14	21	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818251--22818300	22	2.3	22	85	0	64	34	16	24	26	1.95
22820844--22820902	31	1.9	31	96	0	109	40	10	13	35	1.78
22821023--22821060	18	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98
22823431--22823497	2	33.5	2	96	0	125	49	1	49	0	1.10
22829087--22829143	12	5.0	12	74	23	52	49	0	1	49	1.11
22829089--22829143	17	3.2	18	75	12	62	49	0	1	49	1.11
22835950--22835996	14	3.4	14	85	8	60	78	0	21	0	0.75
22850373--22850434	30	2.1	30	84	6	81	50	9	8	32	1.65
22864146--22864328	34	5.4	34	84	5	264	36	7	12	43	1.71
22864139--22864361	66	3.4	65	90	3	329	34	9	13	43	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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