genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9539854--9539948	17	5.6	17	68	18	54	41	2	4	52	1.32
9539923--9540038	58	2.0	58	88	6	171	41	1	4	52	1.31
9550420--9550505	43	2.0	43	90	0	136	22	24	2	51	1.60
9551709--9551759	19	2.6	20	84	3	59	43	5	1	49	1.38
9558314--9558464	49	3.0	51	80	2	162	26	14	23	35	1.94
9564303--9564564	27	9.7	27	78	0	166	29	25	20	25	1.99
9564298--9564563	81	3.3	80	81	3	282	28	25	20	25	1.99
9565084--9565199	38	3.0	38	81	3	117	33	29	11	25	1.91
9567106--9567141	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
9567775--9567969	99	2.0	99	96	0	363	40	18	2	38	1.65
9567805--9567957	45	3.2	45	66	21	130	38	18	3	39	1.67
9570173--9570197	11	2.3	11	100	0	50	44	8	12	36	1.71
9583456--9583508	23	2.3	23	86	0	79	43	15	9	32	1.78
9584342--9584443	41	2.5	41	80	4	118	32	28	18	20	1.96
9591523--9591613	40	2.3	40	98	0	173	32	23	17	26	1.96
9591523--9591629	40	2.7	40	89	5	137	34	22	17	25	1.96
9595465--9595667	27	7.4	27	79	2	127	37	12	23	25	1.91
9595467--9595675	54	3.9	54	77	1	186	36	12	23	26	1.91
9599770--9600081	137	2.3	137	89	1	457	45	16	17	20	1.86
9599772--9600080	91	3.4	91	89	3	444	44	16	17	20	1.86
9599772--9600081	46	6.8	45	87	2	433	45	16	17	20	1.86
9599772--9600089	45	7.0	46	86	5	398	44	16	17	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9600442--9600477	13	2.8	13	87	4	56	44	5	11	38	1.63
9600680--9600739	31	1.9	31	100	0	120	33	15	13	38	1.86
9605978--9606026	25	2.0	25	95	0	89	20	10	20	48	1.78
9608163--9608202	19	2.1	19	95	0	71	45	5	5	45	1.47
9610344--9610377	9	3.8	9	88	0	50	35	8	41	14	1.77
9610342--9610377	18	2.0	18	94	0	63	38	8	38	13	1.75
9612385--9612442	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
9612898--9613287	131	3.0	132	88	0	584	25	24	19	30	1.98
9614496--9614534	18	2.2	17	86	13	53	30	0	20	48	1.50
9614760--9614858	23	4.3	23	75	7	103	25	17	24	33	1.96
9614763--9614851	46	1.9	46	88	0	133	24	16	24	33	1.96
9616847--9617078	88	2.6	89	88	4	344	25	25	22	26	2.00
9616850--9617076	44	5.1	45	67	13	137	25	25	22	26	2.00
9617130--9617336	44	4.7	44	80	8	183	30	21	16	30	1.96
9617226--9617388	85	1.9	88	81	8	201	31	19	17	32	1.94
9617393--9617518	45	2.9	43	80	6	139	27	22	17	32	1.96
9624736--9624778	23	1.9	23	90	4	70	41	16	4	37	1.69
9625507--9625602	46	2.0	48	92	4	160	43	9	8	38	1.67
9633432--9633496	30	2.2	30	83	5	78	40	6	10	43	1.65
9636595--9636619	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
9641344--9641476	50	2.7	48	79	6	140	28	23	27	21	1.99
9644464--9644600	38	3.6	38	85	2	150	30	25	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9646536--9646574	20	1.9	21	85	15	55	48	7	12	30	1.69
9650512--9650557	19	2.2	21	77	11	51	45	6	8	39	1.61
9652935--9652988	22	2.5	21	76	8	54	55	5	3	35	1.41
9657856--9658080	110	2.0	111	93	0	380	24	23	14	37	1.92
9662196--9662243	17	2.8	17	72	12	53	66	2	12	18	1.33
9672397--9672515	30	4.0	30	87	5	179	30	22	21	25	1.99
9672618--9672698	26	3.1	26	85	7	119	34	22	20	22	1.97
9672868--9673577	27	26.4	27	80	7	576	20	18	20	40	1.92
9672868--9673199	80	4.1	81	79	7	331	23	18	18	39	1.92
9672872--9673598	107	6.8	106	79	7	580	20	18	20	40	1.92
9676054--9676086	17	1.9	17	93	0	57	30	24	0	45	1.53
9678417--9678477	20	3.3	20	65	25	62	59	1	6	32	1.33
9678412--9678483	34	2.1	34	97	0	135	54	1	6	37	1.36
9678816--9678867	2	26.0	2	96	0	95	0	48	0	51	1.00
9683590--9683640	22	2.3	22	93	0	84	41	17	7	33	1.79
9687258--9687339	31	2.8	29	75	17	87	34	10	13	41	1.79
9687470--9687561	30	3.1	30	75	13	91	55	9	0	34	1.33
9687470--9687538	30	2.3	30	85	9	97	56	8	0	34	1.30
9687485--9687561	29	2.6	29	79	6	82	53	10	0	36	1.35
9688561--9688603	8	5.4	8	77	0	50	46	11	4	37	1.61
9688560--9688611	12	4.3	12	82	0	68	46	11	3	38	1.59
9688560--9688611	24	2.2	24	92	0	86	46	11	3	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9694901--9694942	20	2.1	20	90	0	66	21	2	33	42	1.66
9697543--9697601	25	2.3	27	80	16	72	45	3	23	27	1.68
9700862--9700908	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
9701067--9701204	40	3.5	40	74	6	138	26	18	24	30	1.98
9713892--9713930	11	3.5	11	85	3	51	43	2	2	51	1.29
9724230--9724314	35	2.4	35	84	0	107	28	29	18	23	1.98
9729193--9729248	17	3.2	16	78	12	58	76	5	3	14	1.09
9738523--9738786	131	2.0	131	100	0	528	25	19	28	27	1.99
9746542--9746746	70	2.9	69	83	4	250	32	27	17	22	1.96
9746693--9746801	56	1.9	56	90	0	173	31	23	20	24	1.98
9746623--9746872	126	2.0	126	78	4	263	32	24	18	24	1.97
9749811--9749886	33	2.3	33	81	0	89	27	18	32	21	1.96
9750016--9750053	20	1.9	20	94	0	67	36	15	26	21	1.93
9752504--9752675	86	2.0	86	100	0	344	33	16	16	33	1.91
9759388--9759428	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
9762918--9763011	47	2.0	47	89	0	143	30	14	18	36	1.91
9770218--9770763	268	2.0	268	99	0	1083	38	20	14	26	1.91
9781162--9781502	169	2.0	169	99	0	673	30	14	19	35	1.92
9782286--9782345	26	2.3	27	91	2	95	35	25	15	25	1.94
9782299--9782361	27	2.4	27	86	5	85	38	25	12	23	1.90
9782299--9782385	26	3.3	26	82	3	93	34	24	13	27	1.93
9788195--9788241	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9789316--9789563	27	9.2	27	81	6	245	45	19	14	20	1.84
9789316--9789593	54	5.2	53	77	8	271	45	19	14	21	1.85
9789257--9789564	81	3.8	79	79	11	302	45	18	14	21	1.85
9789941--9790130	28	6.8	28	87	3	267	23	22	24	29	1.99
9793258--9793316	21	2.8	20	79	7	64	55	13	3	27	1.54
9794072--9794131	20	3.0	20	82	0	84	33	6	13	46	1.69
9796244--9796526	141	2.0	142	97	0	532	50	15	6	27	1.69
9797668--9797713	9	5.2	9	92	5	76	34	21	8	34	1.84
9797660--9797713	26	2.1	26	92	0	90	37	22	7	33	1.82
9797659--9797712	17	3.2	17	87	7	74	38	22	7	31	1.82
9797711--9797855	37	4.1	37	86	8	219	46	14	4	33	1.66
9797738--9797801	20	3.3	20	70	12	71	43	17	6	32	1.74
9797721--9797781	17	3.4	17	68	12	50	52	13	3	31	1.56
9797711--9797855	69	2.0	71	90	6	231	46	14	4	33	1.66
9797739--9797889	69	2.2	68	86	3	205	47	13	5	33	1.68
9801794--9801822	13	2.2	13	100	0	58	24	6	13	55	1.63
9801822--9801894	19	3.5	19	70	20	65	20	1	36	41	1.61
9801808--9801897	44	2.0	44	95	4	164	21	2	33	43	1.65
9801881--9801905	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
9803482--9803552	25	2.8	25	84	0	97	28	22	22	26	1.99
9811121--9811184	25	2.5	25	84	5	74	26	25	23	25	2.00
9821066--9821216	75	2.0	75	94	0	266	37	11	19	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9823253--9823288	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
9824050--9824111	31	2.0	31	90	0	97	33	3	24	38	1.71
9826069--9826171	44	2.3	44	96	0	188	31	15	24	29	1.96
9826122--9826248	57	2.2	58	92	1	211	33	11	25	29	1.92
9826212--9826278	7	9.6	7	91	0	107	40	1	28	29	1.66
9828897--9828937	5	7.6	5	89	8	55	39	2	0	58	1.11
9828895--9828937	21	2.0	23	90	9	72	39	2	0	58	1.11
9835135--9835196	1	62.0	1	73	0	52	87	8	3	1	0.72
9835138--9835184	8	5.9	8	82	9	60	87	10	0	2	0.63
9835135--9835196	27	2.3	27	81	13	74	87	8	3	1	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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