genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20852323--20852370	23	2.1	23	96	0	87	18	22	18	39	1.92
20858604--20858893	51	5.7	50	84	5	368	30	28	16	24	1.97
20858604--20858893	102	2.9	102	93	1	476	30	28	16	24	1.97
20858592--20858889	153	2.0	152	87	4	431	30	27	16	25	1.96
20866312--20866344	14	2.5	13	90	9	50	39	27	9	24	1.85
20866249--20866394	51	2.9	51	78	6	170	32	26	14	27	1.95
20875930--20875981	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
20875747--20876013	105	2.6	105	93	2	450	19	20	30	29	1.97
20882486--20882534	22	2.2	22	82	7	55	28	34	6	30	1.82
20884326--20884359	12	2.8	12	95	4	59	8	8	0	82	0.85
20888729--20888765	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
20893381--20893431	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
20893601--20893640	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
20893590--20893655	34	1.9	34	82	11	82	46	9	9	34	1.67
20899576--20899616	20	2.0	20	100	0	82	36	24	19	19	1.95
20899821--20899845	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
20902034--20902113	27	3.0	27	84	0	115	23	27	16	32	1.96
20911810--20911847	17	2.2	17	100	0	76	10	10	31	47	1.72
20913510--20913550	4	10.2	4	100	0	82	0	0	24	75	0.80
20947659--20947722	27	2.3	28	81	7	69	28	10	10	50	1.71
20949041--20949107	33	2.0	33	97	0	125	22	17	19	40	1.92
20950777--20950961	90	2.1	90	84	1	237	39	18	9	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951010--20951057	20	2.4	20	79	6	53	58	0	2	39	1.10
20951346--20951418	30	2.5	30	82	8	87	24	5	2	67	1.26
20957379--20957426	15	3.2	15	81	0	69	50	18	2	29	1.59
20962612--20962694	21	4.0	21	77	12	62	57	28	0	13	1.36
20962613--20962688	19	3.7	20	81	12	73	56	30	0	13	1.37
20965166--20965230	21	3.0	20	77	20	60	63	4	3	29	1.30
20969871--20969925	19	2.9	19	67	20	51	45	9	1	43	1.46
20976760--20976791	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
20979905--20980105	81	2.5	82	92	2	325	24	19	23	32	1.98
20979905--20980125	41	5.4	41	91	1	329	24	19	23	31	1.98
20979906--20980125	122	1.8	122	88	0	341	25	19	24	31	1.98
20981626--20981658	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
20986699--20987190	51	9.7	51	77	4	474	29	15	26	28	1.96
20986699--20987142	102	4.4	102	95	0	789	29	14	27	28	1.95
20987388--20987460	37	1.9	38	88	2	112	43	2	21	31	1.67
20990799--20990835	19	1.9	19	88	0	56	72	5	5	16	1.21
20994228--20994276	22	2.2	22	88	0	71	42	2	10	44	1.49
21007187--21007374	45	4.2	45	83	5	195	21	17	26	34	1.96
21014971--21015002	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
21023042--21023083	19	2.2	19	86	0	57	16	2	57	23	1.51
21036415--21036458	23	1.9	23	86	9	63	56	22	2	18	1.52
21038134--21038194	20	3.0	20	80	7	70	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21038134--21038181	19	2.5	18	83	12	60	64	0	0	35	0.94
21038158--21038196	14	2.7	14	84	4	51	66	0	0	33	0.92
21038315--21038361	22	2.1	22	84	0	58	42	0	2	55	1.12
21038563--21038610	25	1.9	25	83	8	62	37	0	2	60	1.09
21038641--21038692	25	2.0	26	96	3	97	30	3	3	61	1.32
21038638--21038692	26	2.1	27	90	10	87	30	3	3	61	1.30
21038952--21038999	23	2.1	23	100	0	96	25	12	4	58	1.52
21039427--21039486	31	1.9	31	100	0	120	16	30	26	26	1.97
21042835--21043077	116	2.1	115	93	2	407	44	7	9	38	1.65
21043071--21043546	23	21.2	23	79	11	267	26	0	26	47	1.52
21043082--21043546	45	10.4	44	82	8	423	25	0	26	47	1.52
21043072--21043546	66	7.1	69	83	9	458	25	0	26	47	1.52
21043591--21043634	23	1.9	23	100	0	88	43	15	0	40	1.47
21044063--21044102	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
21044753--21044777	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21044947--21044984	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
21045881--21045905	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21045878--21045917	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
21045878--21045917	10	3.9	10	80	6	53	65	0	0	35	0.93
21045923--21045962	11	3.6	11	100	0	80	45	7	27	20	1.78
21045968--21046007	11	3.6	11	93	6	64	42	0	35	22	1.54
21046721--21046770	24	2.1	24	81	7	57	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21048721--21048746	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
21055075--21055248	87	2.0	88	86	3	244	26	21	17	33	1.96
21062870--21062924	26	2.1	26	100	0	110	36	10	10	41	1.75
21070283--21070322	15	2.7	15	96	0	71	20	25	10	45	1.81
21074164--21074197	17	2.1	17	94	5	61	35	5	11	47	1.65
21080040--21080115	38	2.0	38	100	0	152	44	2	28	23	1.67
21083718--21083751	17	2.0	17	88	0	50	17	23	29	29	1.97
21086662--21086810	29	5.1	29	76	3	129	22	27	14	36	1.92
21086763--21086822	29	2.1	29	90	0	93	28	26	11	33	1.91
21092968--21093002	18	1.9	18	94	0	61	20	25	5	48	1.71
21107152--21107190	17	2.1	20	86	13	57	30	12	5	51	1.62
21120774--21120823	20	2.5	20	87	6	75	38	8	30	24	1.84
21127879--21127947	17	4.2	17	71	22	51	37	1	2	57	1.22
21127892--21128025	68	1.9	72	86	6	195	37	2	6	52	1.43
21140965--21141142	66	2.6	66	79	8	196	25	26	19	28	1.98
21154920--21154947	6	4.7	6	100	0	56	50	17	14	17	1.79
21158828--21159106	45	6.5	45	76	10	253	29	18	16	35	1.93
21158829--21159111	43	6.6	43	76	8	254	29	18	16	34	1.94
21172583--21172618	18	2.0	18	94	0	63	36	5	13	44	1.68
21174900--21175137	28	8.5	28	93	0	388	34	26	11	27	1.91
21199336--21199528	50	3.8	50	86	0	233	20	30	22	26	1.98
21224411--21224438	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21237315--21237353	20	1.9	21	89	5	62	2	15	2	79	0.95
21237320--21237371	26	2.0	26	85	7	70	5	11	1	80	0.96
21244187--21244293	41	2.6	41	86	0	133	31	26	22	19	1.98
21249016--21249238	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
21248995--21249238	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	24	2.00
21271405--21271448	14	3.3	14	84	6	56	59	11	6	22	1.55
21271427--21271507	41	2.0	41	100	0	162	54	9	8	27	1.62
21275732--21275777	15	2.7	17	77	19	51	26	6	6	60	1.46
21275747--21275775	15	1.9	15	100	0	58	27	3	6	62	1.37
21275907--21276030	60	2.1	60	84	4	162	28	16	22	32	1.96
21278017--21278056	12	3.3	12	89	0	62	50	0	17	32	1.47
21292671--21292712	14	3.3	13	81	12	52	61	2	0	35	1.09
21292670--21292719	12	4.1	12	80	12	57	56	2	2	40	1.22
21296963--21296998	18	2.0	18	100	0	72	33	5	16	44	1.71
21307590--21307623	11	3.0	12	83	16	54	32	35	0	32	1.58
21308794--21308819	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
21308815--21308853	7	5.6	7	100	0	78	28	0	15	56	1.40
21308794--21308853	14	4.3	15	89	10	76	28	0	15	56	1.39
21309494--21309536	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
21310400--21310682	125	2.3	125	93	0	476	26	21	19	32	1.97
21310860--21311123	41	6.5	41	83	2	309	17	18	25	37	1.93
21312644--21312668	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21315234--21315273	21	1.9	21	94	0	71	37	17	42	2	1.63
21315183--21315356	87	2.0	84	87	5	251	41	17	28	12	1.86
21315682--21315910	43	5.5	43	89	4	335	29	16	26	27	1.97
21316195--21316452	138	1.9	137	82	6	322	41	19	2	36	1.66
21316305--21316400	43	2.2	43	80	10	99	41	19	3	35	1.68
21317432--21317479	8	5.9	8	75	4	51	77	0	0	22	0.78
21317433--21317482	25	2.0	26	96	4	93	72	0	0	28	0.86
21317419--21317482	26	2.4	25	92	7	101	68	0	0	31	0.90
21318004--21318030	13	2.1	13	100	0	54	29	7	18	44	1.77
21320223--21320291	19	3.5	20	79	15	81	27	2	8	60	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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