genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7591289--7591342	25	2.2	24	83	12	65	66	1	1	29	1.12
7592414--7592510	29	3.3	29	72	15	83	27	3	16	52	1.59
7593541--7593642	33	3.1	32	75	24	113	31	4	7	55	1.50
7593641--7593665	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
7594729--7594767	11	3.4	12	82	10	55	20	2	0	76	0.90
7596543--7596727	101	1.8	102	89	3	293	23	18	27	30	1.97
7596539--7596725	51	3.7	51	81	4	218	23	18	27	30	1.97
7600260--7600320	26	2.3	26	91	5	97	18	21	24	36	1.95
7600272--7600326	26	2.1	26	90	6	85	21	20	20	38	1.94
7600374--7600429	25	2.3	25	84	3	69	17	28	23	30	1.97
7600491--7600539	25	2.0	25	83	0	62	24	18	24	32	1.97
7604338--7604474	54	2.5	54	95	0	247	27	18	22	30	1.98
7609338--7609415	26	2.9	26	86	3	111	55	10	10	24	1.64
7609343--7609424	26	3.1	26	77	11	87	56	7	9	26	1.58
7611953--7612025	34	2.1	34	82	2	83	35	9	15	39	1.80
7612142--7612350	43	4.9	42	74	8	163	23	16	28	31	1.96
7617089--7617143	28	2.0	28	100	0	110	41	14	18	25	1.88
7619033--7619245	27	7.9	27	83	0	255	20	17	19	43	1.89
7619030--7619245	81	2.7	81	88	0	297	20	17	18	42	1.89
7627017--7627062	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
7627208--7627266	3	19.7	3	82	0	73	57	0	5	37	1.21
7628010--7628056	24	2.0	24	84	8	62	53	4	0	42	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7628350--7628391	12	3.4	12	81	15	50	59	2	0	38	1.10
7638408--7638604	82	2.4	82	86	4	263	45	13	13	27	1.81
7638458--7638715	82	3.0	86	84	3	292	43	11	12	32	1.79
7638690--7638737	23	2.1	23	96	3	89	25	8	4	62	1.41
7638797--7638872	39	2.0	39	87	7	111	38	2	7	51	1.45
7638713--7638961	124	2.0	125	84	2	331	42	6	11	38	1.67
7638835--7639112	87	3.2	86	77	6	283	43	8	12	35	1.72
7638863--7639132	86	3.1	84	77	5	236	45	8	11	33	1.71
7642033--7642367	183	1.8	184	84	5	464	34	31	8	24	1.86
7644176--7644221	18	2.6	18	80	13	58	43	10	0	45	1.39
7644407--7644473	34	1.9	35	88	8	102	44	11	8	34	1.73
7649155--7649197	20	2.2	20	87	4	61	37	11	9	41	1.74
7649348--7649397	19	2.5	19	78	15	57	40	10	4	46	1.56
7649335--7649401	20	3.4	19	77	8	71	41	8	4	44	1.56
7649797--7649931	65	2.1	65	91	0	216	35	6	21	36	1.80
7649818--7649953	65	2.1	65	80	0	146	38	8	18	34	1.82
7659024--7659075	26	1.9	28	92	7	90	53	3	7	34	1.48
7659093--7659161	31	2.2	33	84	5	88	39	7	15	37	1.76
7676564--7676612	4	12.2	4	95	0	89	51	22	0	26	1.49
7682469--7682550	30	2.7	30	85	7	121	29	13	19	37	1.90
7683389--7683448	23	2.8	21	75	20	70	31	0	28	40	1.57
7684768--7684924	43	3.7	43	87	1	226	26	15	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7686347--7686385	20	2.0	19	90	5	60	33	0	2	64	1.08
7686855--7686885	15	2.1	15	93	0	53	0	22	48	29	1.51
7686893--7686927	5	6.8	5	90	6	52	2	0	22	74	0.95
7691967--7692004	20	1.9	20	84	10	51	13	31	0	55	1.38
7692523--7692555	10	3.3	10	88	12	50	27	33	0	39	1.57
7692519--7692556	11	3.5	11	89	7	60	23	31	0	44	1.54
7694219--7694310	30	3.1	30	75	6	89	34	43	10	10	1.75
7706963--7707001	17	2.3	17	90	0	60	33	5	0	61	1.18
7706983--7707031	16	3.1	16	73	23	50	46	4	0	48	1.20
7711009--7711072	30	2.1	30	97	0	119	59	17	1	21	1.46
7711102--7711149	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
7711103--7711145	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
7711110--7711150	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
7711722--7711827	51	2.1	51	96	0	194	39	10	12	37	1.77
7711806--7711936	63	2.1	63	86	2	183	28	15	16	40	1.88
7718904--7720683	132	13.5	132	86	3	2223	28	23	18	29	1.98
7718985--7719165	44	4.1	44	65	13	111	28	22	19	29	1.98
7718904--7720683	397	4.5	396	87	3	2311	28	23	18	29	1.98
7718872--7720684	529	3.4	530	89	2	2714	28	23	18	29	1.98
7719866--7720048	44	4.2	44	70	8	120	27	24	19	28	1.98
7719931--7720123	44	4.4	44	65	14	112	27	25	18	28	1.98
7722047--7722084	14	2.7	15	84	12	53	13	10	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7722046--7722085	21	2.0	19	90	9	62	15	10	0	75	1.05
7723028--7723067	19	2.1	19	90	0	62	67	7	12	12	1.41
7724940--7724986	19	2.5	19	82	6	60	44	8	19	27	1.79
7735016--7735062	23	2.1	23	84	4	60	36	4	10	48	1.57
7735779--7735836	21	2.9	21	89	5	84	13	24	18	43	1.87
7737633--7737684	24	2.1	26	85	7	72	40	3	1	53	1.30
7741163--7741225	31	2.0	31	93	0	108	20	9	15	53	1.69
7747028--7747053	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
7750016--7750056	19	2.2	19	86	0	55	41	4	0	53	1.22
7751146--7751185	21	1.9	21	84	0	53	35	10	15	40	1.80
7752527--7752568	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
7753188--7753591	110	3.7	110	92	1	661	31	16	19	32	1.94
7755500--7755574	10	7.5	10	78	16	84	54	0	2	42	1.14
7755499--7755573	11	7.4	11	78	17	90	56	0	2	41	1.13
7755508--7755564	28	2.0	28	96	0	105	54	0	1	43	1.10
7755609--7755655	20	2.3	20	96	3	85	27	31	36	4	1.76
7765103--7765159	28	2.0	28	86	6	80	33	12	3	50	1.57
7766890--7766937	20	2.5	19	86	3	60	37	6	2	54	1.38
7768770--7768830	33	1.9	30	83	9	77	62	0	0	37	0.96
7769135--7769177	22	2.0	22	85	0	59	20	11	9	58	1.61
7769488--7769512	13	1.9	13	100	0	50	52	24	8	16	1.70
7779496--7779815	113	2.8	113	82	5	351	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7779616--7779987	200	1.9	200	86	1	541	32	18	23	25	1.97
7779741--7779900	85	1.9	86	85	8	229	33	18	21	26	1.97
7779815--7780079	115	2.3	114	83	5	338	30	18	24	26	1.98
7780129--7780214	7	12.0	7	69	14	50	18	0	32	48	1.48
7782556--7782592	12	3.0	12	96	4	65	8	10	16	64	1.47
7782849--7782875	12	2.2	12	100	0	54	37	7	14	40	1.74
7785333--7785384	21	2.5	20	84	9	68	32	13	46	7	1.72
7785817--7785924	42	2.6	42	84	8	139	32	22	20	25	1.98
7786057--7786100	22	2.0	22	90	0	70	40	31	0	27	1.56
7788709--7788749	21	2.0	21	95	0	73	31	26	9	31	1.89
7789309--7789335	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
7794747--7794771	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
7804812--7804855	23	2.0	22	86	4	61	31	0	0	68	0.90
7808264--7808290	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
7810267--7810363	38	2.6	38	83	6	117	39	3	5	52	1.39
7812428--7812471	23	2.0	23	86	4	63	18	11	18	52	1.74
7820845--7821081	24	10.4	22	69	18	80	54	5	7	33	1.50
7820954--7821080	69	1.9	67	81	6	157	55	3	7	33	1.46
7820982--7821093	24	4.7	24	69	21	74	57	5	6	31	1.46
7830509--7830563	19	2.9	21	76	17	57	54	5	0	40	1.23
7833025--7833060	16	2.3	16	90	4	56	13	0	13	72	1.13
7833024--7833060	15	2.3	17	81	13	51	13	0	13	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7843197--7843268	35	2.1	35	94	0	126	36	16	27	19	1.93
7844549--7844632	44	1.9	44	87	4	125	32	28	21	17	1.96
7844603--7844666	17	3.7	17	85	6	76	29	29	21	18	1.97
7848250--7848617	104	3.6	104	94	2	591	19	20	29	30	1.97
7848535--7848584	26	1.9	26	95	0	91	14	24	32	30	1.94
7855811--7856177	103	3.6	104	93	2	598	19	20	29	30	1.97
7856092--7856144	27	2.0	27	96	0	97	16	24	30	28	1.97
7865660--7865685	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
7866186--7866255	33	2.2	32	81	2	77	30	40	18	11	1.86
7879415--7879498	36	2.3	36	83	2	96	41	16	5	35	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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