genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7346908--7346950	10	4.3	10	75	0	50	65	2	6	25	1.30
7347217--7347253	18	2.1	18	100	0	74	45	16	16	21	1.84
7349054--7349101	18	2.7	18	86	0	60	64	2	6	27	1.28
7354095--7354148	18	3.0	18	78	5	65	29	9	35	25	1.87
7355097--7355411	121	2.6	121	97	0	596	43	0	4	51	1.28
7355374--7355444	23	3.1	22	80	11	65	39	0	5	54	1.24
7355616--7355713	45	2.2	45	85	8	130	34	27	5	32	1.79
7361853--7361915	32	2.1	31	82	14	78	46	1	12	39	1.52
7362002--7362669	126	5.4	125	80	6	682	40	15	15	29	1.87
7362003--7362669	251	2.7	249	81	5	746	40	15	15	29	1.88
7362552--7362589	14	2.7	14	83	0	58	55	0	13	31	1.38
7362740--7362811	25	2.9	25	87	4	101	50	2	26	20	1.62
7362849--7362873	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
7367970--7368004	18	2.0	18	88	5	54	14	28	45	11	1.79
7368387--7368431	23	1.9	24	82	13	58	24	6	42	26	1.79
7368958--7369019	18	3.3	18	77	4	61	41	6	17	33	1.75
7370010--7370048	17	2.2	17	86	4	51	15	25	12	46	1.81
7372973--7373026	12	4.8	12	73	13	51	33	24	1	40	1.66
7372943--7372990	22	2.2	22	82	14	55	27	20	0	52	1.47
7373002--7373042	21	2.0	21	85	0	55	29	24	2	43	1.67
7374719--7374801	25	3.3	25	81	11	98	32	22	24	20	1.98
7381146--7381185	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7393749--7393799	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
7393858--7393908	10	4.9	11	76	11	54	31	0	0	68	0.90
7393845--7393908	30	2.1	31	94	2	112	34	0	0	65	0.93
7394015--7394057	22	2.0	22	81	9	52	27	0	6	65	1.18
7394237--7394307	37	1.9	37	100	0	142	21	26	22	29	1.99
7396470--7396805	122	2.7	125	90	2	509	33	19	14	32	1.92
7397313--7397413	7	13.7	7	71	14	55	16	3	3	75	1.11
7397313--7397413	4	26.2	4	71	18	54	16	3	3	75	1.11
7397382--7397431	17	2.9	17	79	8	57	24	0	2	74	0.93
7397364--7397410	13	3.4	14	85	8	60	14	0	4	80	0.85
7397313--7397440	53	2.4	53	81	8	129	19	3	4	72	1.16
7399486--7399538	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
7399727--7399824	41	2.4	41	87	1	135	32	21	17	28	1.96
7400697--7400768	25	2.8	24	80	12	81	1	22	2	73	1.04
7402568--7402621	27	2.1	26	82	6	65	55	1	1	40	1.21
7407259--7407293	17	2.0	18	88	5	54	45	11	8	34	1.71
7407616--7407725	40	2.8	41	84	5	138	34	23	17	24	1.96
7420393--7420451	23	2.6	22	73	7	64	55	3	3	37	1.33
7429999--7430036	16	2.4	17	82	13	53	55	0	0	44	0.99
7429995--7430046	15	3.6	15	80	12	56	53	0	0	46	1.00
7429986--7430185	59	3.3	59	66	18	151	52	3	2	42	1.30
7430212--7430283	28	2.6	28	84	8	85	51	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7430453--7430495	22	2.0	22	100	0	86	37	13	0	48	1.43
7433422--7433518	48	2.0	48	95	0	176	29	7	41	21	1.80
7438895--7438919	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
7445246--7445288	18	2.4	18	88	0	59	20	30	9	39	1.84
7448795--7449301	125	4.1	125	83	3	594	29	16	14	38	1.89
7449261--7449326	28	2.4	28	89	0	105	34	13	3	48	1.58
7449273--7449323	14	3.6	14	86	0	75	35	11	0	52	1.38
7451615--7451662	20	2.3	22	86	10	66	43	31	0	25	1.55
7451710--7451748	7	5.4	7	84	3	51	15	41	28	15	1.87
7458378--7458426	21	2.3	23	76	20	61	55	0	0	44	0.99
7460084--7460364	124	2.3	124	88	0	427	33	18	18	29	1.95
7461331--7461360	14	2.1	14	93	0	51	36	23	16	23	1.94
7465214--7465572	100	3.6	101	81	8	455	26	0	12	59	1.39
7465797--7465874	14	5.5	14	70	11	52	29	1	7	61	1.32
7465791--7465832	17	2.4	18	84	11	61	30	0	4	64	1.14
7469765--7469792	8	3.5	8	100	0	56	67	10	0	21	1.20
7471689--7471741	24	2.2	24	93	0	88	30	13	5	50	1.64
7472336--7472380	17	2.8	17	76	10	58	40	6	2	51	1.41
7472595--7472627	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
7472836--7473012	95	1.9	95	98	0	345	46	3	1	48	1.28
7472915--7472965	26	2.0	26	100	0	102	47	1	0	50	1.12
7473072--7473106	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7473190--7473226	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7473310--7473346	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7472927--7473347	120	3.5	121	96	2	748	48	4	2	43	1.36
7473287--7473568	91	3.0	93	88	6	349	46	2	3	46	1.35
7473285--7473436	54	2.9	55	74	16	171	49	1	3	46	1.26
7473395--7473538	47	3.1	46	65	18	111	47	2	4	45	1.36
7473354--7473568	91	2.4	91	92	0	358	45	3	4	46	1.40
7473388--7473530	44	3.2	43	65	16	110	46	2	4	46	1.33
7473410--7473554	47	3.2	46	68	16	129	47	3	4	44	1.39
7476708--7476935	100	2.3	100	100	0	456	41	14	4	39	1.65
7476701--7476861	48	3.3	48	69	19	159	42	13	4	39	1.64
7477038--7477087	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
7488458--7488540	40	2.1	40	86	4	114	27	21	10	39	1.87
7496001--7496130	65	2.0	65	92	0	215	41	23	11	23	1.87
7496997--7497068	35	2.1	35	100	0	144	23	11	23	41	1.86
7502782--7502811	6	4.8	6	95	4	51	36	0	0	63	0.95
7507505--7507554	23	2.2	23	85	7	66	48	0	2	50	1.12
7507651--7507716	16	4.1	16	75	11	64	46	0	1	51	1.10
7509398--7509449	21	2.4	22	83	6	70	34	3	11	50	1.57
7509411--7509453	21	2.0	21	100	0	86	30	4	9	55	1.52
7510078--7510230	45	3.4	45	74	0	137	37	18	18	24	1.93
7510294--7510403	34	3.2	33	80	2	121	40	11	12	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7510285--7510435	68	2.2	69	76	8	157	39	13	13	33	1.84
7512039--7512079	17	2.4	17	95	0	73	26	39	12	21	1.89
7513908--7513952	24	2.0	22	86	8	63	26	22	6	44	1.77
7515548--7515673	55	2.3	55	81	2	146	10	22	22	45	1.82
7515573--7515677	28	3.8	28	71	2	86	9	21	22	45	1.81
7515666--7515738	30	2.5	30	88	2	112	16	20	12	50	1.77
7515805--7515883	41	1.9	42	92	2	133	13	20	29	36	1.91
7517186--7517219	17	2.0	17	100	0	68	17	5	29	47	1.71
7520895--7521107	111	1.9	111	84	1	284	33	3	13	48	1.60
7527170--7527263	31	3.0	32	66	12	95	46	15	5	31	1.69
7527147--7527263	62	1.9	62	100	0	234	46	15	6	31	1.72
7527779--7527803	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7543897--7543938	9	4.6	9	82	14	50	50	0	4	45	1.23
7546870--7546965	37	2.6	36	81	6	111	38	15	18	27	1.91
7553130--7553227	7	14.3	7	83	12	105	38	0	46	14	1.44
7557291--7557322	14	2.4	13	90	10	55	68	6	0	25	1.12
7565168--7565233	35	1.9	33	90	6	105	19	12	13	54	1.70
7566445--7566508	25	2.6	25	77	5	67	34	20	32	12	1.90
7566688--7566822	39	3.4	40	83	3	146	14	21	17	45	1.84
7567824--7567856	15	2.2	15	89	10	50	21	9	9	60	1.54
7572566--7572623	22	2.7	21	76	10	53	41	17	3	37	1.66
7573099--7573421	131	2.5	132	89	2	515	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7573470--7573808	44	7.6	44	72	8	197	28	21	19	30	1.98
7573515--7573623	41	2.6	43	83	4	132	30	18	21	30	1.97
7573730--7574016	152	1.9	152	86	1	405	27	22	17	32	1.96
7573947--7574052	45	2.3	46	77	4	117	27	21	19	31	1.98
7573878--7574182	44	6.9	43	76	7	227	28	20	17	33	1.96
7578814--7578857	19	2.3	19	84	7	54	38	11	25	25	1.89
7581457--7581514	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
7585239--7585295	22	2.6	22	94	0	96	35	29	19	15	1.93
7585261--7585357	38	2.6	38	86	3	142	38	29	17	14	1.89
7587756--7587848	49	1.9	49	93	2	161	30	25	5	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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