genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1265730--1265772	7	6.0	7	81	5	50	69	2	9	18	1.26
1268321--1268380	24	2.4	26	78	18	65	48	3	0	48	1.18
1276827--1276867	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1280601--1280635	2	17.5	2	87	0	52	45	0	5	48	1.26
1284815--1284875	30	2.0	30	90	6	97	44	3	11	40	1.57
1291747--1291795	14	3.4	14	86	8	55	32	8	0	59	1.27
1291759--1291801	15	2.9	15	89	3	61	32	13	0	53	1.41
1293715--1293774	31	2.0	30	86	3	84	58	6	3	31	1.40
1293783--1293838	23	2.3	24	88	11	80	57	0	1	41	1.09
1299462--1299555	47	2.0	47	95	4	172	40	12	8	38	1.74
1300680--1300710	16	1.9	16	100	0	62	25	25	9	38	1.86
1302338--1302370	18	1.9	17	88	11	50	60	27	6	6	1.44
1305247--1305298	9	5.7	9	79	4	59	36	1	42	19	1.62
1305459--1305531	29	2.6	28	80	4	83	36	19	10	32	1.86
1305957--1305996	22	1.9	22	85	10	57	42	7	7	42	1.61
1314061--1314134	30	2.5	30	75	14	73	36	5	5	52	1.47
1319201--1319236	12	2.9	12	91	4	54	69	0	2	27	1.02
1320968--1321002	15	2.2	16	90	10	54	54	0	22	22	1.45
1323817--1323883	30	2.2	31	86	7	93	41	8	10	38	1.71
1324568--1324601	6	5.3	6	89	10	50	47	0	0	52	1.00
1334912--1334983	28	2.5	29	74	19	71	54	5	5	34	1.47
1340126--1340287	51	3.2	50	88	4	236	27	24	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345481--1345582	31	3.3	31	76	2	89	34	17	21	26	1.96
1348728--1348784	29	2.0	29	82	6	71	36	19	12	31	1.89
1359868--1359909	21	2.0	21	100	0	84	52	23	4	19	1.65
1361096--1361175	26	3.2	24	77	10	79	62	2	1	33	1.16
1361114--1361182	27	2.6	27	80	15	81	62	1	0	36	1.04
1363984--1364011	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
1365083--1365190	25	4.5	24	81	7	123	16	22	21	39	1.92
1365083--1365191	47	2.3	49	82	7	127	16	22	21	40	1.91
1366002--1366035	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
1367464--1368514	528	2.0	528	99	0	2084	37	16	11	34	1.86
1368782--1368851	25	2.9	24	72	21	65	44	4	0	51	1.21
1370306--1370374	7	9.6	7	81	12	59	75	0	1	23	0.89
1370287--1370374	31	2.9	30	81	9	101	70	1	1	27	1.01
1370287--1370353	30	2.2	31	89	5	100	65	1	1	31	1.10
1370623--1370695	22	3.3	21	69	16	58	61	4	0	34	1.15
1382889--1382919	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1383178--1383235	30	1.9	30	89	6	91	36	1	0	62	1.06
1383211--1383246	19	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
1391334--1391386	26	2.0	27	85	3	72	37	16	5	39	1.73
1397876--1397925	23	2.1	23	85	3	64	42	8	0	50	1.32
1398672--1398721	20	2.5	20	76	0	55	20	8	10	62	1.52
1401307--1401333	13	2.1	13	100	0	54	14	18	14	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1405651--1405692	19	2.3	19	84	12	52	66	0	4	28	1.12
1406151--1406192	19	2.3	18	87	4	57	35	0	2	61	1.09
1407936--1407966	15	2.0	16	93	6	55	3	51	38	6	1.44
1407976--1408105	18	7.3	17	69	14	75	40	2	0	56	1.17
1407976--1408018	16	2.7	16	80	20	54	46	0	0	53	1.00
1408040--1408086	17	2.7	18	76	6	51	46	0	2	51	1.13
1408032--1408105	18	4.1	18	78	5	87	39	1	1	58	1.15
1413914--1413965	25	2.1	25	82	3	61	55	0	1	42	1.10
1420789--1420974	90	2.1	90	97	1	356	40	13	11	34	1.81
1421720--1421755	2	18.5	2	94	5	65	0	50	0	50	1.00
1427300--1427347	18	2.4	20	80	20	64	39	0	2	58	1.10
1428852--1428882	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1429209--1429251	22	2.0	21	86	4	59	51	4	0	44	1.22
1437033--1437059	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1442393--1442468	37	2.1	37	92	0	125	35	18	10	35	1.85
1442958--1443024	33	2.0	33	100	0	134	34	14	20	29	1.93
1444395--1444424	12	2.4	13	94	5	53	36	0	36	26	1.57
1450972--1451025	27	2.0	27	88	0	81	31	14	12	40	1.84
1455903--1455955	24	2.2	24	86	0	70	54	7	3	33	1.46
1460283--1460345	27	2.4	26	79	10	74	58	0	3	38	1.14
1461098--1461128	15	2.1	15	93	0	53	83	0	3	12	0.75
1462196--1462307	44	2.5	44	80	5	111	30	18	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462352--1462609	85	3.0	85	92	3	430	25	24	20	29	1.99
1462377--1462597	42	5.2	41	65	12	133	25	23	22	28	1.99
1463660--1463706	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
1464706--1464734	9	3.3	9	90	9	51	10	0	10	79	0.94
1467316--1467364	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
1469667--1469712	12	3.6	12	78	16	56	65	0	0	34	0.93
1469667--1469729	27	2.4	26	79	10	74	60	0	3	36	1.13
1483458--1483504	17	2.8	17	81	15	62	74	4	2	19	1.09
1489235--1489834	305	2.0	305	95	0	1085	29	15	28	26	1.96
1490460--1490494	17	2.2	16	90	10	54	22	5	5	65	1.36
1492882--1492959	39	2.0	39	87	2	113	28	17	12	41	1.87
1501042--1501093	22	2.3	24	83	12	74	38	0	1	59	1.08
1501073--1501210	60	2.3	59	82	11	163	28	3	3	63	1.28
1501171--1501235	22	3.1	22	72	18	59	29	0	3	67	1.05
1501196--1501230	10	3.6	10	84	7	54	34	0	2	62	1.10
1501245--1501302	22	2.7	21	76	12	64	56	0	0	43	0.99
1501337--1501361	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
1501984--1502051	31	2.2	31	84	5	84	57	1	4	36	1.28
1504267--1504319	10	4.9	10	80	15	61	69	0	0	30	0.88
1504266--1504319	23	2.5	21	87	6	72	70	0	0	29	0.88
1504694--1504743	17	2.9	17	80	17	50	26	0	6	68	1.13
1505712--1505757	19	2.6	18	79	6	58	78	0	21	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1507911--1507997	28	3.2	27	73	12	88	49	6	10	33	1.64
1507902--1507986	26	3.2	26	73	6	89	50	5	10	32	1.61
1509100--1509128	14	2.1	14	100	0	58	65	6	0	27	1.18
1509090--1509114	10	2.5	10	100	0	50	64	8	0	28	1.22
1529508--1529553	24	1.9	24	81	0	56	43	2	4	50	1.34
1530193--1530230	18	2.1	19	85	5	51	42	15	10	31	1.81
1530377--1530436	31	1.9	31	86	0	84	48	15	16	20	1.81
1538161--1538218	30	1.9	30	89	0	89	13	31	34	20	1.92
1543855--1543931	19	3.8	19	78	11	82	38	6	14	40	1.72
1543889--1543945	23	2.6	23	81	8	66	36	3	15	43	1.64
1544359--1544398	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
1544354--1544398	15	3.0	15	83	9	56	28	0	2	68	1.01
1544345--1544396	12	4.1	12	80	14	52	26	0	3	69	1.06
1546406--1546467	31	2.0	31	100	0	124	22	16	32	29	1.95
1550672--1551167	44	11.3	43	61	13	114	26	28	24	20	1.99
1550643--1551376	88	8.3	88	89	0	1099	26	28	24	20	1.99
1551376--1551730	44	8.2	44	83	5	436	28	19	24	27	1.98
1551377--1551730	126	2.7	128	87	5	460	28	18	24	27	1.98
1551376--1551713	170	2.0	170	87	1	489	28	18	25	27	1.98
1552056--1552377	44	7.4	44	70	12	123	29	19	21	29	1.98
1552184--1552469	44	6.5	42	71	14	147	29	19	22	28	1.98
1552056--1552452	217	1.8	219	86	2	584	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1552271--1552515	129	1.9	129	79	5	280	28	19	21	29	1.98
1552042--1552514	217	2.2	217	83	4	573	30	19	21	28	1.97
1552042--1552568	217	2.4	217	81	4	530	31	18	21	29	1.97
1552825--1552868	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
1552824--1552879	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
1552837--1552902	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
1552858--1552916	23	2.7	23	82	7	70	37	3	16	42	1.66
1553081--1553120	20	2.0	21	85	5	55	15	12	5	67	1.38
1553341--1553374	3	11.3	3	87	12	52	35	0	0	64	0.94
1553325--1553374	24	2.1	23	82	10	57	30	0	4	66	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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