genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
421775--421861	43	2.0	43	100	0	174	29	6	13	49	1.68
425607--425640	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
430246--430279	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
435051--435110	18	3.3	18	68	9	50	20	26	20	33	1.97
437215--437380	54	3.1	54	96	0	296	24	10	12	52	1.70
438199--438267	22	3.2	22	68	12	70	30	7	14	47	1.71
438219--438285	21	3.1	21	67	12	64	28	7	13	50	1.68
438199--438285	43	2.0	43	100	0	174	29	6	13	49	1.68
444314--444362	18	2.7	18	80	0	62	63	4	2	30	1.24
451587--451714	63	2.0	63	96	0	238	25	15	10	47	1.78
453654--453691	18	2.2	18	86	9	53	31	0	5	63	1.17
460352--460378	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
491392--491447	26	2.2	26	100	0	112	21	7	23	48	1.74
492255--492323	31	2.2	31	97	0	129	37	17	10	34	1.83
494885--494940	29	1.9	29	85	7	78	41	17	16	25	1.89
501053--501102	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
505690--505739	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
517161--517203	18	2.4	18	84	11	61	53	2	0	44	1.13
534237--534277	21	2.0	21	85	9	57	34	0	4	60	1.18
534505--534713	103	2.0	104	94	2	366	13	15	14	55	1.69
536497--536561	33	2.0	33	93	0	112	30	15	13	40	1.86
539644--539724	42	1.9	42	85	5	110	33	11	23	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
543332--543356	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
545907--545952	15	3.0	17	79	20	57	56	0	0	43	0.99
551350--551380	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
556229--556320	18	5.2	18	88	2	141	32	16	23	27	1.96
556229--556320	35	2.6	36	94	1	159	32	16	23	27	1.96
562735--562810	38	2.0	38	92	0	125	34	13	9	43	1.75
568555--568597	3	14.3	3	90	0	68	27	0	2	69	1.00
568557--568605	15	3.3	15	85	5	55	24	2	4	69	1.17
569270--569573	108	2.8	108	91	2	461	31	18	18	31	1.95
594827--594918	43	2.1	43	80	7	98	27	27	27	18	1.98
595095--595119	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
605325--605358	17	2.0	17	94	0	59	26	2	23	47	1.66
608057--608104	19	2.5	19	80	10	53	22	16	2	58	1.49
617345--617784	125	3.4	125	81	9	508	48	22	10	18	1.79
626271--626329	31	1.9	31	89	6	93	47	6	18	27	1.74
626562--626625	2	32.5	2	84	3	85	46	4	0	48	1.23
630401--630428	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
648089--648114	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
655573--655611	20	2.0	20	85	10	53	25	2	7	64	1.33
657740--657770	4	7.8	4	100	0	62	22	0	51	25	1.48
668271--668344	31	2.4	30	84	2	94	41	8	1	48	1.41
668512--668586	5	15.0	5	97	0	141	40	18	0	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669623--669661	9	4.2	9	87	6	51	74	2	23	0	0.94
674137--674187	26	1.9	27	92	4	86	68	0	11	19	1.20
694356--694414	31	1.9	31	89	0	91	44	22	10	23	1.83
695799--695864	21	3.1	22	78	6	64	40	34	1	22	1.63
697154--697224	31	2.3	31	83	7	92	45	4	19	30	1.70
706912--706938	12	2.2	12	100	0	54	25	0	40	33	1.56
719296--719342	3	15.7	3	90	0	76	27	68	2	2	1.13
719464--719506	9	4.8	9	79	0	50	20	44	0	34	1.52
719467--719495	6	4.8	6	100	0	58	17	48	0	34	1.47
719459--719506	12	4.1	12	86	2	53	20	45	0	33	1.52
730456--730503	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
732884--732916	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
740744--740782	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
743164--743190	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
749482--749541	31	1.9	32	93	3	104	51	1	5	41	1.33
750218--750272	6	9.2	6	86	7	76	61	3	1	32	1.24
754501--754587	45	1.9	45	100	0	174	24	5	27	42	1.77
755247--755298	25	2.1	25	85	7	70	46	3	7	42	1.51
757231--757303	22	3.4	22	65	1	58	46	10	5	36	1.62
759779--759803	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
762474--762513	16	2.4	17	83	4	55	37	10	0	52	1.35
763737--763831	46	2.1	46	82	7	113	49	14	10	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773594--773641	3	16.0	3	86	0	60	58	0	41	0	0.98
773593--773641	18	2.7	18	93	0	80	57	0	42	0	0.99
773597--773636	15	2.7	15	96	0	71	57	0	42	0	0.98
773901--773950	21	2.5	19	81	15	57	42	4	0	54	1.19
774142--774185	15	2.9	15	80	6	52	52	6	0	40	1.28
785453--785535	10	8.3	10	87	0	112	36	19	18	26	1.94
787295--787344	20	2.5	20	96	0	91	24	18	24	34	1.96
796817--796863	22	2.1	23	84	4	60	36	0	0	63	0.94
798845--798892	25	2.0	24	88	12	71	29	12	4	54	1.56
805820--805865	19	2.3	20	88	3	67	34	34	10	19	1.87
806707--806802	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
808173--808208	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
809715--809762	16	2.9	16	85	11	62	54	0	0	45	0.99
811341--811399	27	2.3	25	80	13	66	35	6	6	50	1.55
811576--811633	29	2.1	27	81	9	64	67	5	1	25	1.21
811585--811642	29	2.0	29	83	9	75	60	5	5	29	1.40
814963--815069	54	2.0	54	98	0	205	30	12	13	43	1.80
828384--828426	16	2.7	16	86	10	61	60	0	0	39	0.97
831009--831041	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
831280--831331	20	2.6	20	78	0	59	42	36	1	19	1.62
832933--832962	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
834955--835014	24	2.4	24	86	10	77	68	6	3	21	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835408--835450	21	2.0	23	82	17	56	48	9	0	41	1.35
835417--835870	237	1.9	235	92	0	764	35	14	9	40	1.79
837405--837444	16	2.5	16	88	11	64	60	0	0	40	0.97
837513--837574	18	3.3	18	75	16	63	51	3	0	45	1.17
837804--837836	12	2.6	13	90	4	50	57	0	0	42	0.98
837897--837929	15	2.1	16	88	5	50	42	9	0	48	1.35
843814--843860	16	2.9	16	81	12	51	55	2	0	42	1.12
845607--845652	18	2.6	17	86	6	74	34	10	0	54	1.36
845793--845849	30	1.9	29	89	3	87	33	14	1	50	1.52
849881--849910	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
850807--850846	15	2.9	14	85	10	55	37	35	7	20	1.81
852206--852526	41	7.8	41	94	0	561	24	28	24	22	1.99
856948--856980	16	2.1	17	88	11	52	30	0	6	63	1.18
859622--859716	43	2.2	43	79	1	102	20	17	32	29	1.96
859710--859893	43	4.3	43	83	3	219	27	30	20	21	1.98
859727--859889	86	1.9	86	89	2	256	28	31	20	19	1.97
859877--859936	30	2.0	29	83	6	75	23	28	23	25	2.00
859907--860029	43	2.8	44	80	2	133	27	27	17	27	1.97
860335--860446	21	5.3	21	78	0	89	6	40	18	34	1.76
860335--860436	42	2.4	42	83	3	116	5	40	18	35	1.75
860423--860560	64	2.1	65	88	6	208	13	28	18	39	1.89
866002--866037	18	2.0	18	94	0	63	33	0	13	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866182--866226	16	2.8	16	93	6	74	31	0	24	44	1.54
866181--866226	9	5.6	9	75	19	55	32	0	23	43	1.54
866299--866704	34	12.2	34	78	8	433	42	2	10	44	1.52
866214--866370	83	1.9	87	94	5	286	42	2	10	44	1.53
866299--866688	65	5.9	65	91	4	559	42	2	10	45	1.52
866669--866713	25	2.0	22	83	16	56	46	2	6	44	1.42
869284--869323	21	2.0	20	85	14	55	17	7	0	75	1.03
869677--869913	90	2.7	89	94	3	406	45	26	1	26	1.63
869668--869956	90	3.3	87	87	8	387	44	27	1	26	1.64
869856--870033	85	2.2	81	80	10	184	44	23	1	30	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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