genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19544194--19544250	21	2.7	21	76	13	62	36	7	33	22	1.81
19544704--19544737	17	2.0	17	88	0	50	20	8	11	58	1.59
19549533--19549592	30	2.0	30	93	0	102	56	11	1	30	1.45
19549868--19549896	13	2.2	13	100	0	58	10	27	34	27	1.89
19560527--19560603	34	2.3	34	79	2	102	20	2	15	61	1.46
19562637--19562761	43	2.9	42	78	14	130	22	18	28	30	1.97
19563582--19563728	23	6.3	23	77	6	152	25	18	14	41	1.88
19563582--19563728	70	2.1	70	94	0	258	25	18	14	41	1.88
19563645--19563738	47	2.0	47	85	2	127	25	17	17	40	1.90
19563594--19563798	23	8.8	23	73	6	72	26	16	16	40	1.89
19563732--19563856	23	5.3	23	69	16	60	32	12	16	38	1.86
19566009--19566040	4	7.8	4	93	6	55	46	0	3	50	1.17
19568706--19568799	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
19568801--19568941	51	2.8	51	82	4	185	32	27	16	23	1.96
19571532--19571607	24	3.2	24	75	0	89	22	15	17	44	1.86
19573281--19573333	25	2.1	25	96	0	97	32	13	22	32	1.92
19576620--19576895	143	2.0	132	84	8	347	42	13	19	25	1.87
19581103--19581137	18	1.9	18	88	11	54	22	2	25	48	1.64
19587233--19587361	69	1.9	68	86	1	186	31	18	24	25	1.98
19592982--19593048	24	2.7	25	76	2	73	26	19	20	32	1.97
19593044--19593125	25	3.3	24	75	13	76	29	17	23	30	1.97
19599162--19599614	47	9.6	47	92	1	710	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19601664--19601768	52	2.0	52	96	0	192	43	18	16	21	1.87
19602842--19602900	30	1.9	31	89	3	93	44	6	20	28	1.77
19603373--19603708	51	6.6	50	81	5	336	29	14	26	29	1.95
19603372--19603712	102	3.4	101	85	2	427	29	14	26	29	1.95
19611352--19611397	24	2.0	24	86	4	67	65	2	13	19	1.37
19613071--19613124	20	2.7	20	85	0	72	48	3	22	25	1.67
19623069--19623101	16	2.1	16	100	0	66	24	12	12	51	1.73
19623957--19624218	89	2.9	89	86	3	359	27	24	17	30	1.97
19636843--19636987	48	3.0	48	85	0	173	26	27	17	28	1.98
19640580--19640661	27	3.1	26	82	3	85	17	23	18	41	1.90
19641964--19641998	14	2.6	13	91	8	61	22	17	20	40	1.92
19642502--19642567	13	5.1	13	83	0	87	34	27	7	30	1.85
19642854--19642940	41	2.1	42	97	2	167	36	2	18	42	1.63
19642854--19642953	41	2.5	41	91	4	141	36	3	20	41	1.67
19643996--19644220	75	3.0	75	91	0	360	45	9	13	31	1.76
19644195--19644616	139	3.1	138	89	2	652	40	8	6	43	1.62
19646145--19646193	24	2.0	24	100	0	98	53	12	8	26	1.66
19646913--19646939	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
19649766--19649827	30	2.1	30	84	0	79	48	11	8	32	1.68
19661763--19662102	102	3.4	101	88	2	470	29	14	25	30	1.95
19661763--19662096	51	6.6	50	79	7	343	29	14	25	30	1.95
19668033--19668058	8	3.2	8	100	0	52	38	50	0	11	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19668912--19668960	18	2.7	18	84	6	55	8	30	16	44	1.76
19672233--19672422	50	3.7	51	77	8	172	26	20	28	24	1.99
19672286--19672471	50	3.7	50	79	2	169	28	22	25	23	1.99
19676946--19676973	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
19677063--19677097	17	2.1	17	100	0	70	34	11	11	42	1.77
19687712--19687778	6	11.2	6	96	0	125	0	31	0	68	0.90
19689269--19689399	41	3.1	41	63	25	101	40	6	24	29	1.79
19689230--19689408	85	2.1	85	97	0	349	37	7	27	26	1.84
19690573--19690755	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
19690574--19690757	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
19690626--19690790	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
19697168--19697346	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
19698520--19698701	40	4.6	40	81	8	203	24	21	28	25	1.99
19698570--19698734	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
19703763--19704040	144	1.9	144	80	2	317	32	17	21	29	1.96
19704012--19704066	28	2.0	28	81	0	65	21	23	34	20	1.97
19704063--19704377	104	3.0	103	90	1	477	33	19	17	29	1.94
19705966--19706004	20	2.0	20	94	0	69	35	23	10	30	1.88
19707560--19707591	16	2.1	15	94	5	55	25	25	12	37	1.91
19713661--19713719	30	2.0	30	86	0	82	28	3	10	57	1.48
19724055--19724124	19	3.5	21	79	16	78	48	4	0	47	1.21
19724090--19724130	19	2.2	19	100	0	82	58	4	0	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19725312--19725346	18	1.9	18	88	11	54	54	0	2	42	1.15
19725854--19725881	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
19726011--19726075	30	2.2	30	91	0	103	58	15	3	23	1.51
19726105--19726147	22	2.0	22	85	0	59	60	9	11	18	1.57
19726112--19726152	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
19727766--19727946	3	61.7	3	69	7	86	31	6	3	58	1.40
19733220--19733266	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
19737437--19737484	24	2.0	24	100	0	96	41	16	16	25	1.89
19737723--19738986	45	27.6	44	72	13	579	31	17	20	29	1.96
19737711--19738345	321	2.0	321	91	1	1040	31	18	20	29	1.96
19738003--19738986	183	5.4	182	82	5	885	31	17	20	30	1.96
19737711--19738984	506	2.5	498	81	5	1524	31	17	20	29	1.96
19738828--19738994	44	3.8	44	79	6	178	30	19	21	28	1.97
19738779--19739027	132	1.9	135	83	9	330	30	18	22	28	1.97
19738825--19739021	44	4.5	44	78	6	134	30	19	20	28	1.97
19740438--19740550	50	2.3	49	78	4	131	30	6	4	58	1.42
19740557--19740637	18	4.4	18	71	4	56	37	7	1	54	1.37
19740436--19740615	3	61.3	3	70	7	93	32	6	3	58	1.39
19740652--19740686	14	2.4	15	90	4	54	8	2	5	82	0.91
19742718--19742808	44	2.1	44	85	4	121	43	4	12	39	1.62
19746102--19746133	12	2.7	12	90	0	55	37	0	3	59	1.13
19746126--19746171	18	2.6	18	77	19	51	32	4	2	60	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19746214--19746258	23	2.0	23	82	8	56	31	4	4	60	1.37
19757554--19757626	13	5.6	13	75	15	62	71	0	27	1	0.95
19757554--19757626	7	11.1	7	73	16	59	71	0	27	1	0.95
19757560--19757616	18	3.0	18	87	7	69	70	0	28	1	0.98
19757554--19757630	31	2.5	31	83	8	95	71	0	25	2	0.99
19758251--19758296	22	2.1	22	87	0	65	41	8	8	41	1.67
19758416--19758485	16	4.5	16	67	13	56	30	11	7	51	1.64
19758454--19758485	16	1.9	17	93	6	57	31	12	6	50	1.65
19758508--19758793	18	15.6	18	72	14	162	30	12	12	44	1.78
19758490--19758793	37	8.3	35	74	14	231	30	12	12	44	1.79
19758514--19758792	17	15.3	17	70	14	141	30	12	12	44	1.78
19760506--19760540	4	9.0	4	87	6	54	25	22	0	51	1.48
19765385--19766258	78	11.3	76	86	4	1047	25	18	20	35	1.95
19765387--19766238	157	5.5	153	86	3	1061	25	18	20	35	1.95
19766421--19766506	29	2.9	29	78	13	93	32	22	1	44	1.60
19766421--19766536	59	1.9	61	86	6	166	32	23	1	42	1.64
19766413--19766543	30	4.4	29	78	12	124	31	24	2	41	1.67
19766413--19766543	59	2.2	61	81	6	162	31	24	2	41	1.67
19766872--19766914	19	2.2	20	88	12	63	76	9	4	9	1.14
19767013--19767111	13	7.0	13	75	17	81	73	0	26	0	0.83
19767013--19767104	31	2.8	34	87	9	120	72	0	27	0	0.84
19767013--19767111	6	16.0	6	72	16	69	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19767014--19767111	21	4.6	21	77	10	92	73	0	26	0	0.83
19767397--19767437	11	3.8	11	80	6	57	85	0	14	0	0.60
19767400--19767437	10	3.7	10	86	6	58	86	0	13	0	0.56
19767397--19767438	21	2.1	19	91	8	66	83	0	16	0	0.65
19768005--19768326	18	17.7	18	71	18	186	30	12	11	45	1.76
19768113--19768326	18	12.2	17	76	14	195	29	13	10	46	1.76
19768113--19768326	35	6.1	34	81	12	220	29	13	10	46	1.76
19770299--19770759	44	10.6	43	73	10	285	30	18	23	27	1.97
19770288--19770759	177	2.7	177	87	2	652	30	18	23	27	1.97
19770301--19770634	133	2.5	134	81	5	385	30	18	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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