genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19770301--19770720	133	3.2	130	80	7	347	30	18	23	26	1.98
19770527--19770767	127	1.9	129	81	10	294	29	17	26	27	1.98
19777570--19777709	74	1.9	74	86	2	201	44	2	3	49	1.34
19778129--19778161	14	2.2	16	89	10	52	27	24	6	42	1.78
19780164--19780242	25	2.9	27	82	14	92	37	1	12	48	1.50
19780279--19780362	34	2.5	35	77	13	86	39	8	1	51	1.40
19782147--19782179	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
19782109--19782328	51	4.3	50	76	12	180	25	14	27	32	1.94
19782331--19782422	45	2.0	45	93	0	157	26	18	23	31	1.97
19791159--19791185	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19791265--19791317	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
19795967--19796003	16	2.4	16	86	8	51	72	10	0	16	1.10
19796944--19796985	13	3.0	14	75	10	50	64	0	21	14	1.29
19798301--19798487	98	1.9	97	81	6	225	33	17	21	28	1.96
19798613--19798658	23	2.0	23	95	0	83	36	21	23	17	1.94
19798642--19798999	50	7.2	49	69	7	195	32	23	19	24	1.97
19798635--19798999	100	3.7	100	87	1	491	32	23	19	24	1.97
19800607--19800659	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
19805929--19806084	43	3.7	43	73	13	151	24	16	27	31	1.96
19805929--19806088	84	1.9	84	83	5	207	24	16	27	31	1.96
19809526--19809736	40	5.3	40	83	6	277	23	20	27	27	1.99
19809526--19809736	79	2.7	79	90	1	334	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19813825--19813903	20	4.0	20	69	0	77	17	18	22	40	1.91
19813768--19813925	40	4.0	40	75	6	126	18	18	21	41	1.91
19818667--19818708	22	1.9	22	85	0	57	45	7	7	40	1.59
19824365--19824416	25	2.1	25	85	0	68	17	17	21	44	1.87
19836135--19836292	79	2.0	79	98	0	307	39	20	17	22	1.92
19842935--19842966	16	1.9	17	93	6	57	40	15	0	43	1.47
19844206--19844274	31	2.3	30	80	7	77	42	20	13	24	1.87
19844401--19844431	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
19846074--19846208	35	3.9	34	83	2	162	40	0	14	45	1.44
19846288--19846610	124	2.6	124	85	5	418	37	13	18	30	1.90
19848319--19848369	24	2.1	24	81	0	57	19	19	35	25	1.95
19852479--19852574	29	3.3	29	82	8	97	34	7	1	57	1.33
19861482--19861532	27	2.0	27	84	7	70	19	21	21	37	1.95
19863301--19863331	7	4.4	7	100	0	62	41	0	16	41	1.48
19868011--19868070	31	1.9	31	86	0	84	30	5	5	60	1.40
19869296--19869347	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
19869438--19869496	29	2.0	29	93	0	100	33	32	10	23	1.88
19872949--19873001	24	2.2	24	86	3	70	54	7	3	33	1.46
19873287--19873342	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
19873318--19873357	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
19873368--19873507	59	2.4	59	97	0	262	39	3	9	47	1.53
19873489--19873525	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19873620--19873665	23	2.0	23	88	12	69	60	2	0	36	1.09
19874523--19874557	19	1.9	19	88	11	56	45	5	8	40	1.58
19876577--19876629	25	2.1	25	86	13	74	41	0	0	58	0.98
19876585--19876648	11	5.3	12	74	24	55	42	0	0	57	0.98
19877279--19877345	22	3.0	21	74	10	53	52	1	0	46	1.09
19886651--19886700	18	2.7	20	82	14	63	32	4	4	60	1.34
19889249--19889304	21	2.7	20	83	8	76	53	0	16	30	1.43
19889252--19889324	28	2.6	28	79	12	78	46	0	21	31	1.52
19889245--19889304	7	8.6	7	75	14	61	51	0	16	31	1.45
19890010--19890069	12	5.1	12	80	10	61	68	3	3	25	1.20
19890020--19890076	22	2.7	23	81	10	59	70	1	3	24	1.13
19890962--19891018	29	1.9	29	86	10	80	31	1	1	64	1.13
19891942--19891983	17	2.4	18	84	7	52	40	0	0	59	0.97
19892658--19892690	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
19892709--19892756	16	3.0	17	80	14	50	60	2	0	37	1.09
19892766--19892795	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
19892949--19892981	10	3.3	10	95	0	57	66	0	0	33	0.92
19892952--19893023	18	3.9	20	73	12	57	55	1	4	38	1.28
19902267--19902334	30	2.2	31	84	2	84	48	7	17	26	1.73
19902561--19902604	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
19909664--19909706	22	2.0	21	82	13	52	58	0	27	13	1.37
19910834--19910881	12	4.0	12	75	0	51	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19910837--19910905	24	2.9	24	82	2	86	21	15	14	47	1.81
19910873--19910905	11	2.8	12	86	9	50	18	18	12	51	1.76
19911078--19911140	24	2.7	24	87	7	85	33	11	15	39	1.83
19915320--19915766	133	3.3	132	81	5	506	37	15	20	26	1.93
19915317--19915767	67	6.8	67	78	4	428	37	15	20	26	1.93
19930056--19930113	21	2.9	21	87	5	75	44	17	24	13	1.85
19930628--19930669	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
19933097--19933127	16	1.9	16	93	0	53	25	9	16	48	1.76
19938434--19938477	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
19940182--19940313	51	2.6	51	84	2	167	24	18	27	29	1.98
19940235--19940315	26	3.2	26	61	22	62	24	14	28	32	1.95
19946504--19946802	126	2.4	127	87	2	435	29	17	22	30	1.96
19949929--19950066	60	2.3	60	97	0	258	47	13	4	34	1.62
19950071--19950126	25	2.3	25	87	3	78	48	7	0	44	1.30
19950041--19950171	70	1.9	70	93	0	226	50	12	0	37	1.40
19950298--19950345	21	2.3	21	78	7	53	2	27	35	35	1.69
19950600--19950639	18	2.2	18	90	0	62	40	10	30	20	1.85
19952457--19952554	51	1.9	51	83	8	128	47	2	24	25	1.62
19952516--19952570	11	4.9	11	75	20	60	43	1	29	25	1.65
19952516--19952570	22	2.5	22	85	8	76	43	1	29	25	1.65
19953355--19953404	10	5.0	10	82	0	64	72	4	0	24	1.02
19953484--19953525	10	4.3	10	81	6	59	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19953452--19953535	29	2.8	29	80	10	80	63	2	2	32	1.20
19954045--19954094	18	2.8	18	82	11	66	40	0	0	60	0.97
19954100--19954148	20	2.4	21	80	10	57	26	0	6	67	1.14
19954121--19954199	29	2.9	27	73	15	74	30	2	1	65	1.13
19961195--19961335	51	2.8	51	81	3	160	24	18	26	30	1.98
19961195--19961328	50	2.7	50	82	3	162	23	17	26	31	1.97
19961332--19961426	45	2.1	45	90	0	154	27	17	24	30	1.97
19962926--19962982	21	2.8	20	76	20	55	38	1	15	43	1.57
19965589--19965800	40	5.3	40	80	2	248	24	19	27	28	1.99
19965589--19965800	80	2.7	79	89	2	316	24	19	27	28	1.99
19972295--19972389	25	3.8	25	91	0	154	20	20	24	35	1.95
19972295--19972389	50	1.9	50	95	0	172	20	20	24	35	1.95
19977474--19977504	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
19981879--19981929	20	2.5	20	83	0	57	49	9	9	31	1.69
19996130--19996178	23	2.1	23	88	0	71	26	6	22	44	1.76
20004967--20005004	20	2.0	20	85	10	53	55	5	26	13	1.59
20012910--20013040	43	3.0	44	85	2	176	45	1	27	25	1.62
20017214--20017481	31	8.5	30	68	10	97	28	8	20	42	1.81
20018968--20019063	39	2.5	39	86	3	122	41	22	5	30	1.76
20020760--20021045	50	5.6	50	82	4	295	24	28	20	26	1.99
20027607--20027891	50	5.6	50	92	2	444	21	31	21	25	1.98
20034271--20034444	44	4.0	44	87	2	246	47	3	23	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20048624--20048781	48	3.3	48	89	1	228	35	5	20	38	1.76
20049238--20049264	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
20050712--20050749	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
20059642--20059690	19	2.6	20	81	18	61	34	2	2	61	1.19
20065500--20065569	27	2.6	27	83	2	95	35	12	10	41	1.77
20072671--20072708	14	2.6	15	84	15	53	55	0	0	44	0.99
20073210--20073246	12	3.2	12	96	3	67	13	16	0	70	1.17
20090395--20090602	106	2.0	104	86	7	296	42	16	4	36	1.69
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