genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  45  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13278743--13278784	17	2.5	17	85	14	52	54	0	0	45	0.99
13278750--13278784	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13278526--13278796	143	1.9	147	93	4	478	46	3	2	46	1.34
13278734--13278965	128	1.8	128	94	1	412	49	6	2	42	1.39
13278878--13278912	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
13278953--13278999	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
13278972--13279005	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
13279038--13279231	92	2.1	92	84	5	250	46	4	4	44	1.43
13280629--13280655	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
13293692--13293751	21	2.7	23	71	5	61	43	23	16	16	1.87
13298495--13298552	29	2.0	29	86	6	82	55	5	0	39	1.22
13298582--13298639	27	2.2	26	93	3	98	22	31	29	17	1.96
13299132--13299192	19	3.3	19	74	4	61	40	9	1	47	1.46
13299383--13299420	20	1.9	20	88	0	58	39	7	7	44	1.63
13299680--13299737	27	2.2	26	90	3	89	17	27	31	24	1.97
13299781--13299848	27	2.5	27	87	0	100	50	0	10	39	1.37
13300450--13300495	15	2.9	16	77	9	58	32	0	0	67	0.91
13300466--13300514	25	2.0	25	88	8	73	36	0	0	63	0.95
13305393--13305784	43	9.2	43	84	1	394	25	23	20	30	1.99
13305393--13305749	171	2.1	172	81	2	423	25	23	21	30	1.99
13308488--13309282	44	18.6	41	72	18	459	31	2	17	48	1.60
13308514--13308576	21	2.9	21	76	4	63	28	1	15	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13308488--13308588	41	2.3	44	85	11	129	30	1	16	50	1.57
13308593--13308661	32	2.2	32	84	10	88	28	1	20	49	1.58
13308623--13308757	25	5.9	25	67	19	87	28	2	17	51	1.60
13308642--13309282	44	14.7	44	75	14	490	31	2	17	48	1.60
13308782--13308936	9	18.6	9	66	16	57	31	2	20	45	1.64
13308837--13308928	16	5.7	15	66	19	51	29	3	18	48	1.63
13308933--13309049	21	5.4	21	70	15	85	31	2	15	50	1.57
13308603--13309282	266	2.6	258	95	1	1216	31	2	17	48	1.60
13309048--13309194	9	17.6	9	65	18	50	29	2	19	48	1.60
13308776--13309282	25	21.9	23	65	22	131	31	2	18	48	1.61
13309055--13309186	16	8.1	16	70	9	88	29	2	18	49	1.60
13309457--13309545	18	4.8	18	80	14	101	42	1	12	43	1.49
13309485--13309545	17	3.5	17	86	4	86	42	0	13	44	1.43
13309450--13309662	39	5.6	38	78	11	188	41	2	13	43	1.56
13309442--13309678	114	2.1	115	86	5	329	42	2	12	42	1.54
13309442--13309677	35	6.2	38	73	15	166	42	2	12	42	1.55
13309577--13309640	13	4.8	13	76	17	60	39	1	14	45	1.54
13310978--13312097	338	3.3	334	80	6	1069	34	17	16	31	1.92
13312466--13312503	14	2.7	15	84	12	53	39	34	0	26	1.57
13312920--13312949	14	2.1	14	93	0	51	26	46	3	23	1.68
13313442--13313584	41	3.5	42	80	5	150	37	30	17	13	1.89
13313580--13313802	89	2.5	89	93	1	376	21	21	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13315602--13315646	23	2.0	23	81	0	54	48	0	2	48	1.13
13316562--13316605	20	2.2	20	83	0	52	6	6	11	75	1.20
13319316--13319355	16	2.4	17	83	12	55	55	0	35	10	1.34
13319532--13319561	7	4.3	7	100	0	60	46	40	0	13	1.43
13320677--13320713	11	3.6	11	79	20	53	81	0	0	18	0.70
13320676--13320713	19	2.1	18	95	5	67	81	0	0	18	0.69
13321256--13321356	41	2.5	41	86	0	148	30	13	23	31	1.94
13323062--13323096	18	2.0	18	94	5	63	34	2	5	57	1.37
13323309--13323369	24	2.7	24	83	16	69	16	6	6	70	1.30
13323471--13323505	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
13335450--13336433	44	22.7	44	70	15	393	29	20	22	27	1.98
13335364--13336440	217	5.0	217	88	1	1495	29	20	22	27	1.98
13336015--13336225	84	2.4	85	79	11	234	28	18	23	28	1.98
13338066--13338098	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
13338255--13338315	24	2.7	24	83	16	69	16	6	6	70	1.30
13338415--13338449	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
13342617--13342712	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
13343259--13343311	21	2.6	21	81	3	72	79	9	9	1	1.02
13343297--13343359	24	2.8	22	81	13	83	68	11	19	1	1.28
13343263--13343381	54	2.3	51	86	13	179	70	10	15	2	1.26
13346415--13346494	31	2.5	32	95	2	144	30	11	15	43	1.81
13347609--13347712	39	2.7	39	80	0	118	29	4	20	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13353301--13353336	10	3.5	10	92	7	63	77	0	2	19	0.88
13354500--13354534	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
13359057--13359112	29	1.9	29	100	0	112	41	14	16	28	1.87
13362724--13362762	12	3.2	12	81	0	51	25	10	17	46	1.80
13363427--13363487	20	3.3	18	80	13	61	42	3	4	49	1.40
13366326--13366360	17	2.1	17	89	10	54	20	2	5	71	1.19
13366372--13366401	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
13370190--13370307	55	2.1	59	88	6	181	46	0	0	51	1.12
13371929--13371958	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
13372504--13372566	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
13372649--13372686	18	2.1	18	85	9	51	23	0	10	65	1.23
13374449--13374499	18	2.8	18	88	5	68	5	37	0	56	1.23
13382615--13382785	51	3.4	51	94	0	297	28	22	14	33	1.94
13391811--13391857	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
13395478--13395602	62	2.0	61	86	3	171	15	15	18	51	1.77
13399753--13399894	54	2.7	52	80	6	160	35	10	23	30	1.89
13399806--13400002	53	3.7	53	76	8	139	32	12	25	28	1.93
13400185--13400363	28	6.4	28	70	6	105	31	17	22	27	1.96
13402426--13402475	6	8.3	6	97	0	91	34	14	0	52	1.42
13405197--13405567	63	6.0	62	83	9	461	43	16	5	33	1.72
13405197--13405567	123	3.0	122	88	4	512	43	16	5	33	1.72
13410123--13410158	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13412028--13412144	5	23.4	5	69	22	61	76	1	1	19	0.95
13412036--13412144	14	8.1	13	71	17	53	77	1	1	19	0.96
13412028--13412134	36	2.7	40	78	18	102	76	1	1	19	0.97
13420695--13420741	7	6.7	7	76	9	51	27	4	14	53	1.60
13421806--13421836	16	1.9	16	93	0	53	19	12	0	67	1.22
13422106--13422146	21	1.9	22	85	5	57	41	29	0	29	1.56
13423860--13424038	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
13425204--13425386	40	4.6	41	82	10	222	24	22	27	25	2.00
13425204--13425384	79	2.3	80	83	7	219	24	23	27	24	2.00
13431859--13432037	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
13433200--13433384	40	4.6	39	82	7	205	24	22	27	25	2.00
13433200--13433382	79	2.3	80	84	7	221	24	22	27	25	2.00
13433237--13433417	79	2.3	78	79	12	208	27	20	26	25	1.99
13442412--13442660	50	4.8	50	84	3	291	22	29	22	26	1.99
13442411--13442658	100	2.4	105	85	6	335	22	29	22	25	1.99
13442998--13443054	29	1.9	30	82	10	73	31	21	3	43	1.69
13444604--13444685	29	2.8	29	94	0	137	34	19	10	35	1.87
13446269--13446570	96	3.2	97	86	3	391	37	2	19	39	1.66
13446607--13446898	126	2.3	126	90	1	451	30	20	21	27	1.98
13449395--13449500	43	2.5	43	80	10	121	33	28	17	19	1.95
13461737--13462628	49	18.6	49	94	2	1487	29	29	8	32	1.87
13461737--13462628	96	9.3	96	93	2	1485	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13461737--13462628	145	6.2	143	93	2	1482	29	29	8	32	1.87
13468932--13468977	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
13469366--13470028	114	5.8	114	88	3	942	25	23	26	24	2.00
13469366--13470028	227	2.9	226	90	2	990	25	23	26	24	2.00
13470266--13470304	15	2.7	15	88	4	53	25	0	41	33	1.56
13470319--13470362	23	2.0	23	86	4	63	27	0	38	34	1.57
13470567--13470619	21	2.5	22	81	9	65	20	0	39	39	1.53
13470617--13470668	14	3.6	14	80	14	54	26	0	36	36	1.57
13470580--13470668	15	6.1	15	71	20	64	23	0	39	37	1.55
13471298--13471689	137	2.8	138	86	8	531	47	13	14	25	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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