genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  77  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23118831--23118894	30	2.1	30	85	5	85	37	21	17	23	1.94
23119728--23119804	29	2.6	29	85	4	100	46	12	14	25	1.80
23119728--23119826	31	3.3	30	80	8	103	45	14	15	25	1.83
23121743--23121793	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
23121800--23121863	30	2.1	30	94	0	110	34	0	0	65	0.93
23121956--23121987	16	1.9	17	93	6	57	18	0	6	75	1.01
23122930--23122954	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
23125188--23125526	125	2.7	126	95	0	617	32	21	15	30	1.94
23133956--23134009	26	2.1	26	89	0	81	31	24	22	22	1.98
23135210--23135249	18	2.4	16	87	8	53	15	0	12	72	1.12
23142829--23142879	15	3.4	15	94	0	93	25	5	11	56	1.57
23154916--23155003	44	2.0	45	90	2	142	37	25	15	21	1.93
23155010--23155204	51	3.9	50	77	4	187	30	30	16	22	1.96
23163146--23163195	25	2.0	25	84	7	66	40	4	10	46	1.56
23163301--23163374	16	4.7	15	76	14	69	48	1	2	47	1.24
23163343--23163375	11	3.1	11	91	8	59	54	0	0	45	0.99
23163338--23163372	10	3.4	10	88	7	52	51	0	2	45	1.16
23163864--23163910	24	1.9	24	82	4	58	42	4	2	51	1.33
23164697--23164729	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
23169666--23169771	44	2.5	42	78	9	108	24	16	28	30	1.97
23169706--23169804	42	2.3	43	84	1	119	23	15	25	36	1.93
23181444--23181537	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23183360--23183419	30	2.0	31	86	3	86	21	40	0	38	1.54
23208436--23208505	3	23.0	3	73	2	50	68	1	5	24	1.19
23208472--23208521	18	2.9	17	85	5	66	76	0	6	18	0.99
23208455--23208583	32	4.1	31	74	15	95	72	2	5	19	1.15
23208474--23208544	34	2.1	33	82	10	81	73	2	7	16	1.18
23210460--23210501	11	3.4	12	81	15	50	9	14	50	26	1.73
23215334--23215431	49	2.0	49	91	0	160	27	7	25	39	1.82
23230604--23230685	27	3.0	27	87	1	119	39	19	8	32	1.82
23230669--23230957	27	10.7	27	78	3	267	40	25	7	26	1.82
23231155--23231222	32	2.1	32	82	15	79	22	13	20	44	1.86
23231461--23231518	27	2.1	27	84	6	73	18	22	27	31	1.97
23234699--23234751	27	2.0	27	96	0	97	37	15	11	35	1.83
23234734--23235091	54	6.6	52	80	7	317	39	20	9	31	1.84
23234761--23235091	27	12.2	27	73	6	231	39	20	9	30	1.85
23234734--23235076	108	3.2	107	82	5	388	39	20	9	30	1.83
23235062--23235097	18	2.0	18	88	0	54	36	25	8	30	1.85
23234778--23235091	81	3.9	80	76	7	287	39	20	9	31	1.84
23235087--23235184	27	3.6	27	83	0	106	34	18	21	25	1.96
23237476--23237522	19	2.5	20	83	13	64	48	0	31	19	1.49
23245126--23245160	17	2.1	16	94	5	61	34	14	25	25	1.94
23247817--23247864	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
23247887--23247970	42	2.0	42	88	0	123	29	10	13	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23252414--23252473	29	2.1	29	93	0	102	46	16	3	33	1.64
23257135--23257182	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
23264967--23265058	41	2.3	40	90	3	141	51	13	3	32	1.57
23281058--23281146	41	2.1	42	87	6	128	55	8	4	31	1.51
23281179--23281215	19	1.9	19	100	0	74	43	16	2	37	1.62
23283153--23283212	28	2.2	28	84	3	77	15	38	30	16	1.89
23287541--23287591	19	2.7	19	96	0	93	17	37	7	37	1.79
23288290--23288358	28	2.6	27	82	8	79	71	4	14	10	1.29
23288295--23288366	28	2.6	29	76	8	69	69	4	16	9	1.31
23290484--23290531	24	1.9	26	83	8	64	64	6	22	6	1.39
23291273--23291412	10	13.9	10	72	12	90	20	32	12	35	1.90
23291273--23291329	11	5.5	11	82	14	77	17	36	10	35	1.84
23291273--23291348	30	2.5	30	95	0	134	15	38	11	34	1.84
23291320--23291357	19	1.9	19	89	5	58	13	42	15	28	1.85
23294538--23294922	180	2.1	180	98	0	745	33	18	9	37	1.84
23296903--23296937	17	2.1	17	88	0	52	62	20	14	2	1.43
23320886--23320946	26	2.3	26	83	5	79	72	0	3	24	1.00
23322555--23322720	61	2.8	61	82	5	196	13	25	20	40	1.89
23322662--23322699	20	1.9	20	88	0	58	13	28	18	39	1.88
23322568--23322761	60	3.2	60	75	12	184	14	26	20	38	1.91
23328350--23328590	60	4.0	60	87	4	306	14	30	16	39	1.88
23328349--23328590	122	2.0	122	86	3	344	14	30	16	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23331410--23331461	23	2.3	23	90	6	79	40	15	9	34	1.80
23345864--23345888	7	3.6	7	100	0	50	12	28	16	44	1.83
23353710--23353817	48	2.3	47	93	3	180	34	13	28	23	1.93
23362786--23362869	42	2.0	42	90	0	132	27	8	17	46	1.77
23368621--23368678	27	2.3	24	81	18	82	32	18	15	32	1.93
23368627--23368681	27	2.0	27	100	0	110	32	18	16	32	1.93
23368676--23368858	51	3.6	51	90	2	271	29	26	19	24	1.99
23368676--23368858	101	1.8	102	87	3	280	29	26	19	24	1.99
23370664--23370711	19	2.6	19	83	3	62	37	2	14	45	1.57
23370725--23370814	42	2.1	42	85	0	117	30	4	11	54	1.55
23381297--23381387	41	2.2	42	90	7	143	50	14	4	30	1.62
23384443--23384476	15	2.2	16	89	5	52	70	0	29	0	0.87
23385363--23385680	157	2.0	157	90	1	494	22	15	27	34	1.94
23386181--23386219	20	2.0	20	94	0	69	33	17	15	33	1.92
23388425--23388526	6	17.3	6	69	10	50	69	1	24	3	1.16
23388419--23388492	33	2.2	34	87	2	105	71	1	22	4	1.10
23388419--23388524	27	3.9	27	77	16	96	69	1	24	3	1.15
23390588--23390628	20	2.1	20	90	4	66	24	17	14	43	1.86
23393456--23393741	145	2.0	145	95	1	520	31	19	20	27	1.97
23401755--23401814	31	1.9	31	83	6	77	71	6	11	10	1.30
23401961--23402003	18	2.4	18	84	7	52	76	2	2	18	1.00
23407067--23407275	60	3.5	59	75	6	179	13	29	18	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23409232--23409333	20	5.2	20	65	7	64	17	31	16	34	1.93
23409244--23409435	59	3.2	60	80	4	176	14	31	17	36	1.90
23413700--23413724	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
23415413--23415446	17	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
23418027--23418131	45	2.4	45	85	1	140	37	28	24	9	1.87
23418199--23418236	13	2.9	13	96	0	67	21	21	31	26	1.98
23418833--23418972	16	8.4	16	68	23	67	18	5	3	72	1.17
23418810--23418877	25	2.6	25	82	11	75	19	4	2	73	1.13
23418831--23418968	30	4.9	27	69	18	77	18	5	3	72	1.18
23418937--23418971	14	2.6	13	86	8	52	22	2	0	74	0.95
23420810--23420839	16	1.9	15	93	6	51	46	3	36	13	1.60
23422298--23422338	18	2.3	18	82	0	55	46	7	2	43	1.44
23423508--23423597	36	2.6	34	75	20	91	12	27	1	58	1.41
23424564--23424611	20	2.4	20	71	0	51	18	8	6	66	1.39
23429409--23429439	14	2.1	15	94	5	55	9	0	12	77	0.99
23438783--23438851	24	2.8	25	77	18	83	52	10	4	33	1.55
23439711--23439735	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
23440370--23440452	43	1.9	43	83	11	107	24	24	22	28	1.99
23440540--23440791	44	5.7	44	83	1	308	23	27	19	29	1.98
23440552--23440791	88	2.7	88	84	5	349	23	26	20	30	1.99
23442080--23442144	30	2.2	29	86	8	87	10	10	6	72	1.28
23443791--23443819	11	2.7	11	94	5	51	17	55	0	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23446540--23446608	24	2.8	25	80	6	79	52	7	5	34	1.53
23447467--23447491	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
23457322--23457356	17	2.1	16	89	5	52	37	14	25	22	1.92
23459590--23459631	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
23471708--23471756	20	2.5	20	89	0	71	6	32	24	36	1.80
23471719--23471763	20	2.3	19	81	11	54	11	35	22	31	1.89
23484624--23484657	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
23492681--23492730	24	2.1	23	82	10	57	36	16	12	36	1.85
23500026--23500100	36	2.1	36	100	0	150	33	24	24	18	1.97
23500914--23500963	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204