genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16441056--16441106	24	2.1	24	82	13	61	25	5	0	68	1.12
16443149--16443181	15	2.3	15	89	5	50	9	15	0	75	1.03
16447925--16447958	9	3.8	9	88	0	50	38	35	26	0	1.57
16452055--16452149	40	2.3	41	82	7	113	36	18	18	25	1.94
16454357--16454407	22	2.3	22	86	0	75	21	13	25	39	1.90
16462983--16463102	40	3.0	40	78	9	129	15	17	25	41	1.89
16463577--16463608	15	2.0	17	88	11	50	46	0	31	21	1.52
16471393--16471531	37	3.8	37	97	0	242	25	30	18	24	1.98
16471653--16471918	47	5.6	47	91	1	379	28	28	8	33	1.86
16471653--16471918	96	2.8	94	89	3	397	28	28	8	33	1.86
16474100--16474277	85	2.1	84	97	1	338	26	27	8	37	1.85
16475938--16476244	40	7.8	40	91	2	485	25	29	22	23	1.99
16475942--16476244	157	1.9	160	90	2	486	25	29	22	22	1.99
16477511--16477649	37	3.8	37	97	0	242	25	30	18	24	1.98
16477890--16477964	22	3.3	22	63	7	60	29	28	10	32	1.90
16477768--16478468	47	14.6	47	92	2	1089	29	28	8	33	1.86
16477768--16478468	96	7.3	96	93	2	1114	29	28	8	33	1.86
16480659--16480837	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
16481299--16482002	30	22.7	30	84	12	885	27	0	25	46	1.53
16481299--16482002	95	7.5	93	90	4	990	27	0	25	46	1.53
16481297--16482000	29	22.8	27	83	14	496	27	0	26	46	1.53
16484188--16484243	25	2.3	25	80	14	64	62	5	0	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16484342--16484384	19	2.2	19	84	12	52	69	0	0	30	0.88
16484334--16484399	30	2.2	31	91	2	107	68	0	0	31	0.90
16484432--16484491	30	2.0	30	93	0	102	36	0	31	31	1.58
16484463--16484512	22	2.3	22	96	0	91	38	0	34	28	1.57
16489010--16489051	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
16489481--16489536	20	2.8	21	75	8	62	66	3	1	28	1.19
16489479--16489593	59	2.0	58	83	8	144	66	4	0	28	1.17
16490305--16490349	19	2.3	20	88	3	65	28	0	0	71	0.87
16490388--16490432	13	3.6	13	80	14	51	24	0	4	71	1.05
16490375--16490432	12	4.8	13	79	10	61	29	0	3	67	1.07
16496173--16496233	19	3.3	19	71	17	65	52	1	37	8	1.41
16496176--16496249	36	2.1	36	92	0	121	51	2	37	8	1.46
16497966--16498159	50	3.9	50	77	4	178	29	21	27	22	1.99
16502436--16502464	10	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
16507376--16507422	20	2.2	21	82	14	53	46	0	27	25	1.53
16507597--16507671	29	2.6	28	68	17	64	22	20	24	33	1.97
16512761--16512834	38	1.9	38	97	0	139	27	17	22	32	1.97
16514973--16515162	50	3.7	50	79	9	188	27	21	28	23	1.99
16514971--16515211	49	4.7	50	81	6	220	28	20	26	24	1.99
16515411--16515449	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
16515412--16515454	20	2.2	20	91	0	68	53	6	23	16	1.67
16521508--16521855	50	6.8	50	86	3	464	20	30	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16527503--16527542	9	4.4	9	87	9	55	80	0	0	20	0.72
16527509--16527541	17	1.9	17	93	0	57	84	0	0	15	0.61
16527538--16527565	11	2.5	11	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16529042--16529096	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
16531789--16531819	15	2.1	15	100	0	62	25	12	25	35	1.92
16534599--16534783	49	3.8	49	79	9	189	28	22	25	22	1.99
16540420--16540471	26	2.0	26	100	0	104	38	7	19	34	1.80
16541958--16542204	50	4.8	50	80	7	223	27	20	27	24	1.99
16548789--16548817	13	2.2	13	100	0	58	48	20	0	31	1.50
16551872--16551967	46	2.2	44	80	12	119	57	6	3	33	1.39
16560350--16560384	7	5.0	7	86	13	54	82	0	0	17	0.66
16560353--16560385	13	2.4	14	90	10	59	81	0	0	18	0.68
16578172--16578198	14	1.9	14	100	0	54	55	7	7	29	1.55
16578649--16578694	24	1.9	24	81	0	56	19	21	30	28	1.98
16584696--16585057	27	13.4	27	80	6	328	45	19	17	16	1.86
16584696--16585060	81	4.5	79	80	8	380	45	19	17	16	1.85
16592345--16592790	27	16.5	27	79	7	395	44	18	18	18	1.87
16593113--16593204	28	3.3	28	83	6	116	23	25	21	29	1.99
16601499--16601570	16	4.5	16	85	0	99	38	6	26	27	1.82
16608153--16608193	23	1.9	20	85	14	55	36	0	7	56	1.27
16610201--16610234	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
16624231--16624312	9	9.1	9	70	10	51	25	3	3	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16624228--16624277	3	17.3	3	76	15	52	28	2	2	68	1.12
16624228--16624275	17	2.8	17	87	3	69	27	2	2	68	1.11
16624231--16624285	26	2.2	26	90	3	85	25	1	3	69	1.15
16624311--16624384	27	2.7	28	78	14	91	20	5	12	62	1.49
16626007--16626049	23	1.9	22	90	4	68	16	11	2	69	1.28
16626720--16626789	35	2.0	35	94	0	122	30	27	7	35	1.83
16632997--16633082	18	4.6	18	70	12	75	22	22	1	54	1.51
16632977--16633106	56	2.3	56	89	3	192	21	23	2	52	1.58
16646207--16646239	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
16646119--16646341	101	2.2	103	81	7	269	26	15	27	30	1.96
16646153--16646339	51	3.7	49	83	6	207	24	16	26	32	1.96
16646259--16646339	26	3.2	26	66	22	71	23	14	28	33	1.94
16658792--16658850	29	2.0	29	100	0	118	27	20	13	38	1.90
16668556--16668631	36	2.1	36	90	0	116	32	14	26	26	1.94
16668567--16668643	36	2.1	36	87	0	109	28	14	27	29	1.95
16670525--16670577	23	2.3	23	100	0	106	28	3	15	52	1.59
16683914--16683971	30	1.9	30	89	0	89	18	36	31	13	1.90
16692024--16692301	138	2.0	138	100	0	556	40	14	17	27	1.88
16694816--16695013	50	3.9	50	79	7	184	27	19	28	24	1.99
16702409--16702608	50	3.9	50	78	7	188	27	20	28	24	1.99
16714322--16714360	20	2.0	20	85	10	53	35	2	0	61	1.10
16715932--16716006	38	2.0	38	83	0	96	34	13	14	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16717650--16717704	24	2.2	24	84	9	67	38	1	0	60	1.08
16717670--16717725	24	2.3	24	84	0	67	37	7	0	55	1.27
16718577--16718619	21	2.0	21	86	0	59	48	2	0	48	1.14
16718606--16718651	18	2.6	18	89	3	67	45	0	4	50	1.21
16719005--16719047	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
16720021--16720058	11	3.5	11	82	13	51	0	18	2	78	0.86
16720582--16720723	62	2.3	62	95	2	250	21	22	30	25	1.98
16720582--16720745	62	2.6	62	89	1	186	23	22	29	25	1.99
16725564--16725783	23	9.5	23	75	5	183	25	15	18	40	1.90
16725556--16725789	47	5.0	47	72	11	176	25	15	17	41	1.89
16725556--16725625	24	3.0	24	82	2	97	24	18	15	41	1.89
16725611--16725802	69	2.7	70	88	2	278	25	14	19	41	1.89
16733348--16733654	23	13.2	22	74	8	202	24	16	16	42	1.89
16733331--16733658	70	4.7	70	81	6	206	24	16	16	42	1.88
16733338--16733715	47	8.1	47	73	6	257	26	15	17	41	1.88
16738086--16738314	126	1.8	126	81	3	291	25	16	28	29	1.97
16738086--16738318	63	3.7	63	82	4	231	25	17	28	29	1.97
16739667--16739772	37	2.9	37	85	2	142	38	19	15	26	1.91
16739656--16739785	37	3.5	37	80	6	138	36	19	13	30	1.90
16741375--16741429	25	2.2	25	83	3	67	16	27	23	32	1.96
16747480--16747531	24	2.2	24	89	0	77	19	25	21	34	1.96
16749469--16749533	32	2.0	32	96	0	121	20	18	16	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16749804--16749885	43	1.9	43	87	0	119	21	30	29	18	1.97
16757146--16757208	31	2.0	31	93	0	108	17	11	28	42	1.83
16758305--16758441	58	2.4	58	80	4	143	32	10	16	40	1.83
16758488--16759168	71	9.6	71	76	4	529	27	17	21	33	1.96
16758439--16759242	213	3.8	209	76	9	691	26	16	22	34	1.95
16758544--16759240	142	4.9	142	73	10	342	26	16	22	34	1.95
16758544--16759240	71	9.8	71	74	7	226	26	16	22	34	1.95
16768152--16768205	29	1.9	29	85	7	76	48	3	9	38	1.53
16773111--16773148	12	3.2	12	92	0	67	7	13	31	47	1.71
16773137--16773289	40	3.8	40	75	6	132	34	20	22	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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