genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  69  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20507357--20507415	22	2.7	21	75	19	57	42	0	30	27	1.56
20508609--20508655	17	2.7	18	90	9	80	70	4	0	25	1.05
20508609--20508647	16	2.4	16	95	4	69	71	5	0	23	1.05
20508699--20508813	9	12.2	9	72	15	74	60	4	0	33	1.22
20508702--20508814	19	6.0	18	73	17	86	59	4	0	35	1.24
20508703--20508778	21	3.9	20	77	17	79	57	5	1	35	1.29
20508703--20508814	28	3.9	28	76	12	88	59	4	0	34	1.23
20510946--20510985	5	8.0	5	97	0	53	32	0	7	60	1.25
20518594--20518651	27	2.1	27	83	0	71	24	18	18	37	1.94
20520028--20520118	27	3.4	27	77	7	96	20	10	23	45	1.83
20520004--20520126	54	2.3	54	83	5	151	22	11	19	46	1.82
20520078--20520130	27	2.0	26	88	3	79	24	9	20	45	1.81
20520626--20520672	24	1.9	25	91	4	78	27	36	0	36	1.57
20522640--20522751	53	2.1	54	88	5	165	20	16	20	41	1.90
20522640--20522775	27	5.1	27	83	2	150	19	16	22	41	1.89
20522640--20522774	53	2.5	53	83	5	157	19	16	22	41	1.90
20528422--20528512	44	2.1	44	97	0	173	20	12	8	58	1.60
20531032--20531256	40	5.7	40	84	5	278	24	20	27	27	1.99
20539347--20539384	17	2.4	17	91	8	62	55	0	13	31	1.38
20545172--20545237	20	3.2	20	71	12	71	15	27	37	19	1.92
20549503--20549675	29	6.0	28	88	3	220	38	13	28	19	1.90
20549495--20549660	58	2.8	58	88	2	244	38	12	28	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20549497--20549674	88	2.0	87	86	1	248	37	14	28	20	1.91
20564617--20564656	16	2.4	16	83	4	53	60	15	0	25	1.35
20571647--20571691	20	2.2	20	84	7	56	53	11	4	31	1.56
20573220--20573270	26	2.0	24	85	7	66	60	13	1	23	1.43
20573231--20573270	16	2.4	16	79	4	53	60	15	2	22	1.47
20576612--20576658	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
20578047--20578086	12	3.3	12	89	0	62	75	5	5	15	1.15
20578064--20578125	14	4.8	13	73	15	56	74	6	12	6	1.21
20578064--20578124	25	2.4	25	88	5	86	75	6	13	4	1.16
20578066--20578139	39	1.9	37	86	5	103	74	5	12	8	1.21
20579181--20579214	12	2.8	12	90	0	59	52	0	23	23	1.47
20580859--20580905	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
20585098--20585129	13	2.4	14	85	15	50	62	12	0	25	1.30
20585108--20585222	39	3.0	38	87	3	149	46	13	10	28	1.77
20585217--20585242	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
20585333--20585405	36	2.0	36	81	0	83	24	27	19	28	1.98
20593477--20593571	50	1.9	50	89	4	147	18	32	24	24	1.97
20594181--20594341	78	2.1	78	94	2	279	39	14	11	34	1.83
20595172--20595385	29	7.3	29	75	7	119	22	27	11	38	1.89
20595156--20595385	58	3.9	58	80	10	227	23	26	12	37	1.91
20598250--20598331	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
20600870--20600913	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20600960--20601046	45	1.9	45	92	0	147	34	24	16	25	1.95
20601053--20601193	51	2.8	51	79	4	167	32	25	16	25	1.96
20601054--20601223	51	3.3	50	72	16	127	31	25	15	27	1.95
20607128--20607308	92	2.0	93	88	1	274	35	14	7	42	1.74
20617098--20617158	32	1.9	32	100	0	122	45	26	11	16	1.81
20618560--20618616	29	2.0	29	89	0	87	14	17	38	29	1.89
20618746--20618794	22	2.3	20	77	16	53	51	0	2	46	1.12
20618750--20618792	22	1.9	22	85	4	59	51	0	2	46	1.13
20639115--20639149	12	2.9	12	91	0	52	14	25	0	60	1.35
20643286--20643405	59	2.0	60	96	1	224	41	23	17	17	1.90
20646179--20646261	41	2.0	41	95	0	148	33	7	19	39	1.79
20649898--20650122	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
20650054--20650131	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20713407--20713611	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
20713408--20713611	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
20718389--20718434	18	2.6	18	77	19	51	10	6	10	71	1.30
20724907--20725098	43	4.5	43	73	10	164	22	18	23	35	1.96
20724899--20725098	85	2.4	84	89	0	301	23	18	23	35	1.96
20728018--20728096	27	2.9	28	78	3	97	27	24	8	39	1.85
20736008--20736128	47	2.6	47	86	4	181	33	27	14	23	1.94
20737387--20737455	22	3.1	22	81	8	77	42	13	23	21	1.88
20737435--20737585	25	6.3	25	81	9	188	37	16	25	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20742428--20742495	6	11.2	6	95	1	91	60	0	23	16	1.36
20746744--20746778	18	1.9	18	100	0	70	8	22	0	68	1.16
20746745--20746826	30	2.9	29	70	19	73	4	21	0	73	1.02
20746746--20746814	15	4.4	15	92	5	93	2	21	0	75	0.93
20746767--20746850	9	9.4	9	72	24	56	3	22	2	71	1.13
20746753--20746810	21	2.8	21	82	10	73	3	20	0	75	0.94
20746764--20746817	15	3.6	15	97	0	99	0	22	0	77	0.76
20747303--20747336	17	2.0	18	88	11	54	73	0	8	17	1.08
20752151--20752216	26	2.5	26	80	4	71	21	21	24	33	1.97
20754630--20754670	22	1.9	21	95	5	73	31	34	14	19	1.92
20756158--20756281	40	3.0	42	89	7	182	62	0	2	33	1.14
20756208--20756270	10	6.4	10	74	20	53	69	0	1	28	0.97
20756219--20756291	30	2.5	29	82	10	87	64	0	2	32	1.08
20759075--20759131	19	2.9	19	89	7	80	56	5	1	36	1.32
20759046--20759273	9	23.9	10	67	18	80	58	2	3	35	1.27
20759066--20759195	19	6.9	19	67	17	58	61	3	1	33	1.21
20759533--20759575	7	5.6	7	84	13	50	76	2	2	18	1.00
20759751--20759934	10	18.7	10	68	18	68	38	2	2	56	1.26
20759854--20759918	12	5.2	12	70	17	51	43	0	1	55	1.09
20763464--20763519	28	2.0	28	92	0	94	37	30	12	19	1.89
20765435--20765497	33	1.9	33	93	0	108	36	26	17	19	1.94
20768625--20768798	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20768642--20768797	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20776637--20776810	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
20776654--20776809	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20781547--20781732	37	5.1	37	84	5	227	40	27	13	18	1.88
20781547--20781732	74	2.5	73	83	4	257	40	27	13	18	1.88
20782210--20782371	37	4.4	38	85	3	215	41	26	12	19	1.87
20795925--20796087	30	5.5	30	76	10	147	37	12	24	25	1.91
20795928--20796114	60	3.2	59	79	8	218	37	13	24	24	1.92
20796066--20796141	29	2.6	30	87	2	109	46	11	21	21	1.83
20795951--20796144	30	6.5	29	78	7	133	38	12	24	24	1.90
20795935--20796193	119	2.2	120	81	5	294	37	13	23	25	1.91
20796124--20796204	30	2.7	30	81	7	110	41	9	20	27	1.84
20807600--20807890	101	2.9	102	90	1	433	29	26	15	28	1.96
20807600--20807890	51	5.7	51	78	7	290	29	26	15	28	1.96
20807608--20807889	152	1.9	150	82	5	361	29	26	15	28	1.96
20809431--20809514	27	3.1	26	79	8	71	29	28	7	34	1.84
20820494--20820939	31	14.5	31	79	8	410	45	17	5	32	1.71
20820463--20820940	92	5.2	92	89	0	677	44	17	5	32	1.72
20821686--20821723	17	2.2	17	100	0	76	28	10	0	60	1.30
20823064--20823089	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
20826444--20826475	12	2.6	13	85	14	50	25	28	25	21	1.99
20828774--20828802	14	2.1	14	100	0	58	62	13	10	13	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20828960--20828999	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
20829318--20829367	12	3.9	12	81	7	55	64	4	0	32	1.12
20829761--20829790	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
20829934--20829963	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
20832021--20832071	23	2.2	23	82	6	59	66	5	0	27	1.14
20839325--20839388	19	3.4	19	80	0	74	42	32	3	21	1.69
20841095--20841175	43	2.0	40	85	7	108	25	24	2	46	1.65
20842397--20842436	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
20844644--20844902	33	7.6	33	67	24	146	20	19	27	32	1.97
20844640--20844950	103	3.0	103	93	0	514	21	19	26	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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