genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  202  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59403931--59403971	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
59407030--59407136	4	25.2	4	72	14	72	23	4	28	43	1.73
59411649--59411739	33	2.7	34	81	6	96	35	15	23	26	1.94
59411679--59411757	33	2.4	32	79	6	86	34	15	22	27	1.94
59411681--59411879	107	1.9	107	84	4	267	32	17	23	27	1.96
59414634--59414671	19	2.0	19	85	10	51	23	0	10	65	1.23
59417035--59417061	13	2.1	13	100	0	54	44	33	14	7	1.73
59417143--59417227	33	2.6	33	100	0	170	20	17	15	47	1.83
59417148--59417205	7	7.6	7	78	17	62	18	17	15	48	1.82
59417375--59417484	37	3.0	37	86	2	159	34	3	13	48	1.60
59417493--59417576	9	9.4	9	88	2	107	29	8	26	35	1.86
59417484--59417576	27	3.5	27	91	1	134	31	8	24	35	1.86
59422510--59422588	33	2.3	35	80	10	92	44	6	8	40	1.61
59422510--59422588	34	2.3	34	80	10	90	44	6	8	40	1.61
59426183--59426216	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
59430821--59430854	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
59431594--59431622	14	2.0	15	93	6	51	31	6	34	27	1.83
59441736--59441774	18	2.2	18	90	0	60	46	0	0	53	1.00
59445121--59445747	241	2.6	238	84	4	816	37	18	15	28	1.91
59454088--59454117	12	2.5	12	94	0	51	33	26	10	30	1.89
59459814--59459838	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
59461064--59461091	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59470919--59471003	26	3.2	26	69	18	84	31	11	3	52	1.54
59470892--59471003	54	2.1	54	100	0	224	31	14	5	49	1.66
59472309--59472341	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
59479597--59479632	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
59488484--59488726	42	5.8	42	72	7	181	30	20	23	24	1.98
59488522--59488726	84	2.4	84	82	6	229	31	20	23	23	1.98
59488825--59488890	6	11.0	6	100	0	132	16	50	0	33	1.46
59492707--59492769	20	3.3	19	76	10	58	61	4	0	33	1.17
59492735--59492793	30	2.0	30	86	0	82	64	1	0	33	1.04
59513112--59513136	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
59518855--59518886	15	2.1	15	94	5	55	18	0	3	78	0.89
59519644--59519668	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59524519--59524581	30	2.1	31	96	3	119	46	19	6	28	1.74
59528032--59528067	4	9.0	4	88	11	56	25	0	0	75	0.81
59529122--59529163	18	2.2	20	83	8	52	71	7	7	14	1.29
59541127--59541172	22	2.1	22	87	0	65	19	8	15	56	1.65
59542543--59542589	23	2.0	23	83	8	58	57	10	8	23	1.60
59545180--59545247	30	2.2	31	81	2	84	41	14	11	32	1.82
59545187--59545246	31	2.0	30	86	3	84	43	11	10	35	1.75
59548807--59548871	30	2.2	30	97	0	121	27	30	3	38	1.72
59549025--59549086	26	2.4	28	76	20	71	27	4	0	67	1.10
59550577--59550614	18	2.1	18	95	0	67	23	21	10	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59550989--59551106	57	2.1	57	80	6	132	39	2	8	49	1.47
59555636--59555752	44	2.7	44	79	11	141	29	29	17	23	1.97
59556169--59556222	26	2.0	25	86	10	72	38	5	0	55	1.23
59556173--59556222	25	2.0	25	88	7	75	40	6	0	54	1.25
59556860--59557131	124	2.2	125	87	2	395	31	16	16	34	1.92
59557186--59557264	33	2.4	34	80	8	90	48	11	2	37	1.53
59557204--59557392	34	5.5	34	72	8	157	48	16	1	33	1.56
59557162--59557384	106	2.1	106	92	3	371	48	18	2	30	1.60
59567441--59567498	31	1.9	29	83	13	73	27	8	6	56	1.55
59567436--59567505	30	2.4	28	79	13	79	31	7	5	55	1.50
59568735--59568807	31	2.4	31	97	0	137	43	15	12	28	1.82
59572860--59572906	21	2.2	21	85	7	69	27	8	2	61	1.36
59578537--59578597	31	2.0	31	83	6	79	40	6	14	37	1.72
59580172--59580215	19	2.3	19	96	0	79	63	0	0	36	0.95
59583175--59583231	27	2.1	27	93	6	98	15	29	28	26	1.96
59585115--59585162	17	2.9	17	75	12	55	37	8	0	54	1.31
59585952--59585989	20	1.9	20	94	0	67	42	5	21	31	1.75
59587781--59587826	20	2.2	21	85	11	60	32	0	8	58	1.28
59590371--59590410	21	1.9	21	85	10	55	52	10	5	32	1.56
59590681--59590760	34	2.3	35	80	6	101	58	3	0	37	1.16
59590868--59590898	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
59602029--59602068	14	2.7	16	81	14	50	57	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59604773--59604828	29	2.0	28	85	3	76	33	19	0	46	1.50
59605637--59605664	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
59605705--59605729	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59609969--59610072	48	2.2	48	96	0	190	28	22	35	13	1.92
59614457--59614527	29	2.4	30	84	9	92	32	9	7	50	1.62
59618712--59619630	209	4.5	207	80	8	916	30	13	22	33	1.93
59618573--59619630	197	5.3	197	79	9	1042	29	13	22	34	1.93
59626294--59626420	62	2.0	62	98	0	245	37	10	18	33	1.85
59630016--59630048	7	4.6	7	96	3	57	27	0	12	60	1.32
59633116--59633151	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
59635637--59635684	20	2.3	20	85	3	60	41	2	0	56	1.11
59639257--59639288	10	3.3	10	91	8	57	56	6	0	37	1.25
59644230--59644316	31	2.8	31	82	1	95	34	11	13	40	1.81
59646006--59646054	21	2.3	21	79	6	55	26	2	2	69	1.10
59646046--59646095	24	2.0	25	88	3	75	48	0	6	46	1.27
59646076--59646123	19	2.5	20	80	13	55	39	0	4	56	1.19
59646525--59646565	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
59646828--59646852	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
59653610--59653721	31	3.6	31	76	9	86	46	5	9	38	1.60
59653652--59653710	30	1.9	30	86	3	82	44	8	13	33	1.74
59654945--59655003	31	1.9	31	86	6	84	20	18	13	47	1.82
59655459--59655551	29	3.2	29	66	13	82	52	11	13	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59655465--59655569	31	3.5	31	71	15	101	46	14	15	23	1.82
59655402--59655569	60	2.8	60	87	1	230	48	14	16	20	1.80
59657698--59657766	29	2.4	29	80	9	86	46	11	1	40	1.49
59666911--59666988	39	2.0	38	82	9	95	30	6	8	53	1.57
59666948--59667015	31	2.2	31	82	10	77	27	11	5	54	1.60
59672215--59672396	91	2.0	90	91	3	294	40	10	12	36	1.78
59675401--59676218	205	4.0	203	86	3	1048	31	23	16	28	1.96
59684538--59684588	18	2.8	18	87	0	66	15	43	31	9	1.80
59698179--59698861	176	3.9	174	82	5	790	40	17	11	29	1.85
59698009--59698861	350	2.5	335	80	8	910	41	17	11	29	1.85
59699687--59699726	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
59699715--59699907	59	3.1	67	88	7	213	41	6	8	43	1.61
59702291--59702324	18	1.9	17	94	5	59	64	0	2	32	1.08
59704844--59704878	6	5.8	6	93	0	52	11	68	20	0	1.20
59709215--59709255	21	2.0	21	85	0	55	29	14	9	46	1.77
59717339--59717374	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
59719344--59719377	7	4.9	7	100	0	68	85	0	0	14	0.60
59731705--59731804	31	3.0	32	71	15	87	51	1	3	45	1.23
59749659--59749700	15	2.8	16	82	10	52	59	7	0	33	1.25
59755286--59755332	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
59763303--59763474	91	1.9	90	89	3	265	47	12	9	31	1.73
59769481--59769512	3	10.7	3	93	0	55	34	3	34	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59771039--59771065	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
59781162--59781204	23	1.9	23	85	4	61	37	9	6	46	1.63
59784141--59784172	16	2.0	16	93	0	55	31	3	6	59	1.38
59784221--59784263	20	2.2	20	86	0	59	20	9	11	58	1.61
59791480--59791522	20	2.1	21	82	4	52	58	2	0	39	1.11
59792543--59792571	14	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
59797788--59797824	17	2.1	18	95	5	67	48	5	0	45	1.25
59799414--59799453	20	2.0	20	85	5	53	22	2	32	42	1.67
59800324--59800356	17	1.9	17	93	0	57	45	9	9	36	1.68
59807665--59807935	135	2.0	135	97	0	506	38	12	17	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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