genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  79  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23929188--23929397	40	5.2	40	88	2	280	23	22	27	26	2.00
23932598--23932654	21	2.6	21	86	5	69	26	15	17	40	1.90
23938902--23938955	24	2.2	24	93	0	90	35	24	31	9	1.87
23940733--23940778	20	2.3	20	78	14	51	45	19	8	26	1.79
23943676--23943729	25	2.2	25	83	12	67	55	0	3	40	1.17
23944393--23944451	30	2.0	30	86	6	84	47	11	8	32	1.70
23947313--23947550	28	8.5	28	91	0	370	28	11	26	34	1.91
23955343--23955608	28	9.5	28	95	0	444	27	11	27	34	1.91
23964399--23964436	4	9.2	4	88	5	58	47	5	0	47	1.24
23966303--23966341	18	2.1	19	85	4	53	12	15	0	71	1.14
23971529--23971565	18	2.1	18	100	0	74	16	16	27	40	1.89
23973552--23973626	20	3.8	20	85	0	105	44	24	21	10	1.84
23975313--23975391	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
23975509--23976093	47	12.4	47	94	0	999	29	30	8	31	1.87
23979577--23979678	50	2.0	51	86	1	143	34	15	23	26	1.95
23979758--23979818	27	2.3	27	86	8	88	32	14	26	26	1.95
23979892--23980019	27	4.7	27	73	3	114	39	7	22	30	1.81
23981442--23981496	26	2.2	25	90	3	83	36	7	12	43	1.71
23984344--23984402	20	3.0	19	82	7	73	20	27	15	37	1.92
23984352--23984417	20	3.3	19	74	16	53	22	24	15	37	1.92
23984331--23984417	40	2.2	41	79	10	99	22	25	13	37	1.91
23999688--23999738	25	2.0	25	96	0	93	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24000136--24000176	14	2.8	14	88	7	55	63	4	2	29	1.28
24000408--24000448	18	2.3	18	83	8	57	68	0	7	24	1.15
24000405--24000455	13	4.2	12	78	9	50	66	0	7	25	1.18
24000407--24000456	19	2.6	19	78	6	57	66	0	8	26	1.19
24007456--24007500	23	1.9	24	81	4	56	60	6	2	31	1.35
24009133--24009213	27	3.0	27	87	7	128	40	22	18	18	1.91
24010766--24010993	27	8.5	26	86	6	260	18	17	21	42	1.89
24010768--24010993	54	4.2	54	89	3	321	18	17	21	42	1.89
24010768--24010994	107	2.1	108	89	2	341	18	17	21	43	1.88
24010767--24010993	80	2.8	81	88	1	339	18	17	21	42	1.89
24015847--24016142	50	5.8	50	86	2	358	27	19	29	22	1.98
24017831--24017868	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
24018414--24018475	30	2.0	31	84	3	81	32	0	46	20	1.51
24019692--24019741	25	2.0	25	88	0	73	58	4	4	34	1.36
24022859--24022888	13	2.3	13	100	0	60	60	6	6	26	1.47
24026075--24026134	21	2.7	22	87	10	86	18	15	10	56	1.66
24029035--24029102	23	3.0	23	97	0	127	32	26	22	19	1.97
24029329--24029367	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24048925--24048953	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
24048924--24048967	21	2.2	21	88	8	65	52	0	0	47	1.00
24049149--24049200	20	2.8	18	76	18	54	55	1	0	42	1.10
24055371--24055450	41	2.0	41	89	0	124	18	30	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24060652--24060745	45	2.1	45	91	0	152	30	25	18	25	1.98
24060742--24060937	51	3.9	50	79	4	232	31	28	16	23	1.96
24060749--24060933	101	1.8	101	88	3	282	31	28	16	23	1.96
24065540--24065749	28	7.5	28	92	1	332	34	26	11	27	1.91
24065541--24065749	84	2.5	84	95	1	366	34	26	11	27	1.91
24068137--24068184	18	2.5	19	86	6	71	58	0	2	39	1.10
24069094--24069739	103	6.3	103	87	6	859	30	0	15	54	1.44
24069498--24069704	105	2.1	98	78	16	230	31	0	15	52	1.43
24069094--24069739	208	3.1	206	87	7	854	30	0	15	54	1.44
24069549--24069719	54	3.2	55	67	17	153	29	0	16	53	1.43
24070529--24070600	30	2.4	30	81	9	83	62	1	2	33	1.18
24070567--24070640	11	7.4	10	67	27	50	63	0	1	35	1.03
24070575--24070621	22	2.1	23	88	4	69	65	0	2	31	1.04
24070530--24070673	41	3.5	38	79	16	121	61	0	2	35	1.16
24070575--24070621	23	2.1	23	92	4	78	65	0	2	31	1.04
24070600--24070638	17	2.2	18	86	13	55	61	0	0	38	0.96
24070638--24070663	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
24070704--24070767	27	2.4	27	97	0	119	25	35	32	6	1.81
24076905--24077287	127	3.1	126	91	1	574	28	15	22	33	1.95
24080455--24080498	7	6.4	7	86	2	54	20	2	40	36	1.65
24080457--24080495	21	1.9	20	94	5	69	20	2	46	30	1.64
24080484--24081201	29	25.2	29	83	8	829	29	1	24	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24080857--24081217	28	13.5	24	71	20	208	28	3	22	45	1.68
24081171--24081231	19	3.0	19	83	9	59	31	3	18	47	1.64
24083589--24083636	22	2.2	21	82	10	60	35	0	33	31	1.58
24083595--24083636	22	1.9	23	85	9	61	33	0	33	33	1.58
24083608--24083666	30	2.0	30	89	0	91	33	0	33	32	1.58
24083638--24083714	22	3.5	22	87	1	111	38	1	27	32	1.65
24092732--24092950	121	1.8	121	97	0	420	26	23	11	37	1.90
24096195--24096343	43	3.4	43	80	8	144	30	25	18	25	1.98
24102928--24102979	24	2.2	24	100	0	104	21	46	17	15	1.84
24104786--24104842	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24105088--24105122	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24105222--24105263	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24104975--24105287	154	2.0	155	95	2	567	44	3	5	46	1.41
24105231--24105272	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24105220--24105523	119	2.6	120	89	6	460	50	5	2	41	1.39
24105036--24105348	154	2.0	152	82	7	371	47	4	3	44	1.40
24105340--24105391	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24105317--24105407	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
24105476--24105514	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
24105481--24105514	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
24105547--24105741	93	2.1	92	87	4	277	47	4	4	44	1.41
24108148--24108175	12	2.3	12	100	0	56	35	25	25	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24109627--24109677	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
24112782--24112865	44	1.9	44	82	0	105	36	4	9	48	1.57
24112852--24112880	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
24125200--24125268	25	2.7	25	77	4	66	24	24	23	27	2.00
24135456--24135565	55	2.0	55	100	0	220	43	5	25	25	1.76
24147845--24147919	37	2.0	37	92	0	123	42	18	10	28	1.83
24149553--24149617	26	2.5	26	97	0	121	26	24	26	23	2.00
24151447--24152145	348	2.0	348	98	0	1362	39	9	17	34	1.81
24152452--24152600	42	3.5	43	75	8	144	27	16	21	34	1.94
24152449--24152639	43	4.5	42	76	10	165	25	14	24	36	1.93
24152451--24152676	85	2.7	83	85	4	274	24	15	23	36	1.93
24158494--24158686	43	4.6	41	78	11	158	25	15	24	34	1.95
24158532--24158729	43	4.7	43	75	11	185	24	17	24	33	1.96
24158532--24158729	85	2.3	84	91	0	306	24	17	24	33	1.96
24160787--24160820	10	3.4	10	91	0	59	61	35	0	2	1.11
24161516--24161553	13	2.8	14	85	14	53	31	15	0	52	1.43
24162703--24162727	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24170938--24170967	8	3.8	8	100	0	60	26	0	0	73	0.84
24175854--24175899	24	1.9	23	83	16	58	60	2	6	30	1.34
24177095--24177207	59	1.9	60	90	1	183	36	33	6	23	1.80
24177176--24177273	48	2.0	48	88	0	142	36	21	7	34	1.81
24177457--24177484	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24181072--24181149	40	2.0	38	90	5	120	48	3	17	29	1.65
24187172--24187201	9	3.3	9	90	0	51	43	0	3	53	1.17
24197726--24197788	33	1.9	33	96	0	117	30	15	34	19	1.93
24199854--24199922	35	2.0	35	97	0	129	33	13	8	44	1.74
24203657--24203847	51	3.8	50	78	4	186	32	28	15	23	1.95
24206563--24206716	74	2.1	74	95	1	274	43	7	14	33	1.75
24209787--24210012	40	5.7	40	88	4	280	25	21	26	26	1.99
24216577--24216618	17	2.3	19	76	12	52	19	0	47	33	1.49
24217401--24217437	18	2.1	18	94	0	65	18	35	35	10	1.86
24223274--24223309	17	2.1	18	89	5	56	22	0	38	38	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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