genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  184  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54628245--54628304	20	2.9	19	75	20	59	50	1	3	45	1.28
54628940--54628969	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
54630937--54631069	68	2.0	68	98	0	257	42	15	11	31	1.82
54636888--54636946	30	2.0	30	96	0	109	25	5	11	57	1.54
54659456--54659493	20	2.0	19	90	10	60	76	0	0	23	0.79
54664391--54664504	25	4.6	25	71	14	83	19	28	20	31	1.97
54664512--54664586	25	3.0	25	78	3	89	24	29	18	28	1.98
54666118--54666233	25	4.8	25	64	17	66	37	20	25	17	1.94
54689614--54689658	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
54689873--54689923	3	16.7	3	79	4	57	25	0	0	74	0.82
54690206--54690243	8	4.8	8	83	9	51	39	0	2	57	1.12
54694717--54694886	43	4.0	42	81	14	206	21	18	28	30	1.97
54694729--54694886	84	1.9	84	87	7	232	21	19	29	29	1.98
54697102--54697187	25	3.5	25	78	7	70	29	26	20	23	1.99
54697132--54697210	25	3.2	25	75	10	72	32	21	22	22	1.98
54698951--54699002	11	4.6	11	78	4	50	61	1	0	36	1.07
54698977--54699028	19	2.6	20	76	14	54	55	3	0	40	1.18
54702968--54702998	15	2.0	16	93	6	55	19	0	3	77	0.90
54708127--54708162	18	2.1	17	94	5	63	36	8	11	44	1.70
54711946--54712060	45	2.6	45	92	2	196	24	52	8	14	1.70
54715118--54715154	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
54723290--54723339	6	8.3	6	90	0	73	18	4	44	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54723309--54723348	18	2.2	18	86	0	53	20	0	47	32	1.50
54734205--54734333	43	3.0	42	78	13	129	23	18	27	30	1.98
54742184--54742252	34	2.1	34	83	8	88	55	0	2	42	1.15
54742190--54742262	33	2.2	33	78	7	78	53	0	4	42	1.20
54749077--54749119	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
54749251--54749291	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
54751156--54751208	21	2.5	21	81	0	70	35	35	3	24	1.74
54753641--54753683	21	2.0	21	90	0	68	67	2	0	30	1.03
54756170--54756232	17	3.5	17	71	12	63	49	14	3	33	1.59
54756164--54756235	37	1.9	37	97	0	135	47	16	2	33	1.61
54756168--54756252	37	2.3	37	88	8	120	48	15	3	32	1.62
54756364--54756440	38	2.0	38	94	0	136	18	2	25	53	1.57
54757558--54757590	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
54757670--54757798	68	1.9	70	85	6	183	29	0	22	47	1.57
54758927--54759065	74	1.9	74	81	13	169	26	19	24	29	1.98
54759116--54759544	147	2.9	147	78	3	330	25	15	23	36	1.94
54759197--54759544	146	2.4	147	80	3	371	26	16	22	35	1.94
54760199--54760239	21	2.0	21	100	0	82	12	14	24	48	1.78
54760381--54760418	13	2.9	13	88	0	58	39	10	0	50	1.37
54761701--54761853	13	11.5	13	70	9	103	39	9	4	46	1.56
54761691--54761863	53	3.2	53	87	4	249	41	9	4	45	1.55
54762058--54762441	16	23.8	16	64	24	116	45	18	2	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54762186--54762445	9	29.8	9	73	14	206	45	20	1	31	1.62
54762192--54762413	25	8.8	25	76	15	112	46	20	1	31	1.59
54762215--54762418	34	5.9	34	75	12	182	46	20	1	31	1.60
54762235--54762380	62	2.4	59	82	7	168	47	20	0	31	1.55
54762352--54762456	25	4.2	25	83	11	142	44	19	1	34	1.61
54768309--54768461	43	3.5	43	81	4	164	28	18	27	26	1.98
54769416--54769467	22	2.4	22	80	6	61	55	9	15	19	1.67
54771014--54771078	24	2.8	22	77	13	67	23	10	3	63	1.41
54770977--54771068	23	3.9	23	72	16	80	17	11	3	67	1.35
54785181--54785326	37	4.2	36	67	27	100	52	5	1	41	1.33
54785144--54785326	101	1.8	101	96	2	341	50	5	1	42	1.32
54790222--54790349	63	2.0	62	80	5	141	20	17	25	37	1.93
54792137--54792204	26	2.7	26	80	14	90	39	23	22	14	1.91
54793618--54793683	24	2.7	26	73	20	70	65	3	4	27	1.27
54794315--54794343	13	2.3	13	94	5	51	72	6	13	6	1.26
54795349--54795616	87	3.1	86	86	3	344	24	23	20	30	1.98
54796824--54796865	21	2.0	21	86	9	59	14	21	0	64	1.29
54797215--54797250	6	5.8	6	93	6	63	0	19	0	80	0.71
54797347--54797413	6	10.7	6	85	6	62	13	5	10	70	1.33
54801283--54801312	15	2.0	15	100	0	60	33	6	33	26	1.83
54801513--54801541	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
54801513--54801549	18	2.2	18	85	9	51	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54802414--54802479	24	2.7	26	73	20	70	65	3	4	27	1.27
54807812--54807879	32	2.1	32	89	10	104	60	0	0	39	0.97
54807846--54807884	19	2.1	19	100	0	78	64	0	0	35	0.94
54807819--54807915	30	3.0	33	84	11	105	55	0	1	43	1.06
54807907--54807936	8	3.8	8	95	0	51	83	0	0	16	0.65
54825112--54825167	27	2.1	27	100	0	112	39	10	14	35	1.81
54829795--54829822	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
54830226--54830262	18	1.9	19	89	10	58	32	8	5	54	1.53
54830590--54830652	27	2.3	28	83	8	76	28	1	3	66	1.16
54834567--54834608	20	2.1	20	90	0	66	45	0	9	45	1.36
54839429--54839465	18	1.9	19	89	10	58	32	8	5	54	1.53
54839613--54839665	21	2.7	19	85	11	63	24	1	9	64	1.34
54839749--54839806	26	2.2	27	87	6	91	50	12	3	34	1.57
54839894--54839927	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
54841392--54841574	29	6.2	29	94	3	312	38	9	0	51	1.35
54841392--54841574	59	3.1	59	94	1	305	38	9	0	51	1.35
54841627--54841758	43	3.0	43	80	12	162	8	51	4	35	1.52
54843234--54843298	31	2.1	31	94	0	112	43	21	10	24	1.84
54844416--54844519	44	2.4	44	79	6	129	43	19	7	29	1.79
54844435--54844505	22	3.2	22	87	0	97	45	21	11	22	1.83
54844471--54844541	33	2.2	33	87	5	99	43	16	7	32	1.75
54844411--54844573	77	2.1	77	88	2	238	42	18	11	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54844471--54844519	11	4.5	11	77	10	55	44	18	4	32	1.68
54844509--54844577	22	3.1	22	83	4	95	42	17	11	28	1.84
54844454--54844563	55	2.0	55	90	0	175	42	17	10	30	1.82
54848274--54848308	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
54851273--54851309	10	3.9	9	86	13	56	21	2	0	75	0.92
54851269--54851300	16	1.9	17	93	6	57	21	3	0	75	0.95
54851272--54851328	20	2.9	20	82	12	66	19	5	0	75	0.99
54852174--54852367	101	1.9	101	80	10	227	26	11	27	34	1.91
54854935--54854974	15	2.7	15	84	0	53	17	12	27	42	1.85
54860631--54860680	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
54860681--54860866	73	2.5	73	97	0	345	28	5	23	41	1.78
54865083--54865120	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
54865882--54865932	26	2.0	26	96	0	93	39	13	13	33	1.84
54877223--54877337	58	2.0	59	98	1	223	34	15	14	34	1.89
54883809--54883858	26	1.9	26	95	0	91	14	26	2	58	1.47
54887929--54888033	41	2.5	41	89	1	147	23	26	20	28	1.99
54890512--54890594	39	2.2	39	84	2	105	21	19	19	39	1.92
54890539--54890723	45	4.1	45	92	0	289	20	20	20	39	1.93
54890522--54890728	45	4.9	39	78	13	137	19	21	20	37	1.94
54891345--54891438	41	2.3	41	98	0	179	20	28	22	28	1.98
54893220--54893273	24	2.3	23	84	9	65	44	7	1	46	1.42
54898865--54898986	40	3.1	40	95	1	219	31	1	31	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54899326--54899373	24	2.0	24	87	0	69	58	8	16	16	1.61
54901005--54901059	21	2.7	21	86	5	78	36	16	10	36	1.84
54901471--54901510	20	2.1	19	85	4	53	62	0	2	35	1.09
54901796--54901837	19	2.3	19	87	4	59	35	7	0	57	1.26
54901796--54901837	18	2.3	19	83	4	50	35	7	0	57	1.26
54903071--54903116	23	2.0	24	86	4	67	19	8	17	54	1.68
54909970--54910019	12	4.1	12	75	14	57	54	10	2	34	1.45
54918891--54918939	24	2.0	24	96	0	89	34	8	20	36	1.82
54933280--54933336	15	3.5	15	73	17	60	47	1	1	49	1.22
54933435--54933471	12	2.9	13	80	19	51	45	0	0	54	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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