genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8688887--8688924	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
8691511--8691577	32	2.1	32	86	8	93	31	16	10	41	1.82
8696214--8696252	20	2.0	20	100	0	78	20	25	35	17	1.95
8699636--8699820	101	1.8	102	84	3	257	26	18	24	30	1.98
8699632--8699818	51	3.7	50	76	9	191	26	18	25	29	1.98
8699824--8699918	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
8703766--8703816	21	2.4	21	80	3	57	25	17	35	21	1.95
8705402--8705462	28	2.2	28	82	5	70	54	3	4	37	1.39
8705469--8705527	3	19.7	3	80	0	55	66	3	1	28	1.18
8705469--8705527	18	3.3	18	82	0	64	66	3	1	28	1.18
8706300--8706345	24	1.9	24	95	0	83	63	15	4	17	1.47
8713109--8713133	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8713346--8713376	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
8716211--8716277	27	2.5	28	74	16	68	49	4	0	46	1.22
8719632--8719678	20	2.3	21	80	20	64	12	19	23	44	1.85
8726731--8727048	51	6.3	51	89	1	469	31	16	24	28	1.96
8726731--8727048	102	3.1	102	93	0	530	31	16	24	28	1.96
8730186--8730302	62	1.9	59	86	8	164	49	5	5	40	1.47
8730281--8730330	20	2.7	19	80	20	61	54	2	2	42	1.23
8732767--8732901	45	3.0	44	85	3	180	34	20	22	22	1.97
8741397--8741453	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
8746662--8746733	24	3.0	24	73	17	60	33	23	27	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8762678--8762782	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
8762676--8762785	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
8762764--8762796	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
8769335--8769394	30	2.0	31	86	3	86	40	1	38	20	1.62
8772321--8772363	18	2.3	19	80	8	52	34	2	0	62	1.08
8773132--8773236	34	3.1	34	84	4	140	40	0	15	43	1.46
8773297--8773815	126	4.1	126	89	1	720	37	18	16	28	1.92
8775845--8775905	14	4.3	14	73	19	54	52	0	4	42	1.23
8776010--8776042	16	2.1	16	88	11	50	66	3	0	30	1.06
8776060--8776109	23	2.1	24	82	10	59	62	2	6	30	1.31
8776072--8776141	30	2.3	33	83	16	89	60	2	5	31	1.35
8776183--8776233	3	17.0	3	82	8	59	58	1	3	35	1.28
8777664--8777920	44	5.6	45	68	13	117	28	25	19	26	1.99
8777569--8778485	143	6.4	143	86	1	1214	28	23	18	28	1.98
8777936--8778066	44	3.0	44	72	3	111	24	22	23	29	1.99
8779753--8779786	8	4.5	8	85	14	54	11	0	0	88	0.52
8779754--8779787	14	2.4	14	100	0	68	14	0	0	85	0.60
8779776--8779892	50	2.3	51	83	8	139	13	20	17	47	1.81
8782602--8782648	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
8783132--8783174	16	2.7	16	77	0	50	34	23	20	20	1.96
8785286--8785318	16	2.1	16	88	11	50	69	3	0	27	1.03
8785339--8785385	23	2.0	25	83	8	62	61	4	2	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8785340--8785418	30	2.5	30	82	17	83	59	5	3	31	1.37
8785423--8785485	3	21.0	3	82	6	74	58	1	4	34	1.29
8785362--8785483	18	6.5	18	67	24	74	58	2	5	33	1.35
8788723--8788779	26	2.3	23	78	18	62	52	3	0	43	1.18
8788848--8788917	21	3.3	21	93	0	122	5	12	44	37	1.67
8789994--8790026	13	2.5	13	100	0	66	27	24	6	42	1.78
8791219--8791254	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
8793588--8793650	22	2.8	22	79	11	65	9	14	0	76	1.02
8799926--8799955	12	2.6	12	94	5	53	6	20	16	56	1.62
8800645--8800684	20	2.1	19	85	4	53	45	5	7	42	1.54
8803266--8803323	22	2.6	22	78	5	55	39	1	6	51	1.39
8808739--8808781	18	2.5	17	79	20	54	58	0	0	41	0.98
8813291--8813320	16	1.9	15	93	6	51	46	3	6	43	1.46
8813291--8813331	16	2.6	16	85	11	50	43	2	9	43	1.50
8814978--8815132	17	8.9	16	76	17	114	45	12	14	27	1.81
8814977--8815132	35	4.5	33	79	13	136	44	12	14	28	1.81
8815145--8815200	29	1.9	29	96	0	103	55	14	16	14	1.70
8815187--8815236	22	2.2	23	86	13	77	32	8	8	52	1.60
8815349--8815406	27	2.1	28	90	3	91	37	6	6	48	1.57
8815655--8815699	10	4.5	10	82	0	54	0	17	0	82	0.68
8815866--8815912	12	3.8	13	76	21	55	0	17	0	82	0.66
8815857--8815909	23	2.3	23	87	6	72	3	13	0	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8815866--8815912	13	3.8	13	86	8	62	0	17	0	82	0.66
8816041--8816092	26	2.0	26	85	7	70	3	40	0	55	1.18
8816761--8816793	16	2.1	16	94	0	57	21	0	6	72	1.05
8817124--8817522	81	5.1	78	85	6	488	37	18	15	29	1.91
8817155--8817521	73	4.8	74	84	7	378	36	19	14	28	1.92
8829135--8829200	30	2.2	30	91	5	107	19	4	34	40	1.72
8830546--8830705	18	9.1	18	67	15	68	46	11	11	30	1.76
8830595--8830705	35	3.2	35	82	6	111	45	12	11	29	1.77
8830650--8830760	55	2.0	55	85	3	152	45	12	9	31	1.75
8830603--8830755	18	8.6	18	72	11	82	49	13	12	24	1.77
8830881--8830934	28	1.9	28	85	7	74	40	7	9	42	1.65
8831351--8831381	6	5.3	6	92	7	55	0	16	0	83	0.64
8831502--8831558	26	2.2	26	81	9	64	3	33	0	63	1.12
8831904--8831958	22	2.5	22	76	2	58	10	21	1	65	1.33
8832232--8832264	16	2.1	16	94	0	57	21	0	6	72	1.05
8832899--8833291	194	2.0	194	87	3	560	28	22	23	24	1.99
8837351--8837436	13	6.5	14	77	10	58	36	17	2	44	1.62
8837351--8837436	26	3.3	26	75	4	84	36	17	2	44	1.62
8837351--8837436	39	2.2	39	87	2	118	36	17	2	44	1.62
8837416--8837459	13	3.4	13	77	0	52	29	22	0	47	1.51
8843886--8844216	167	2.0	162	97	2	617	42	8	16	32	1.79
8849262--8849323	27	2.2	29	83	11	76	62	1	3	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8850679--8850940	132	2.0	132	98	1	510	27	14	8	48	1.73
8855703--8855737	17	2.1	17	89	5	54	48	5	14	31	1.67
8856383--8856708	41	8.0	41	88	4	444	22	18	26	32	1.97
8860851--8860890	20	2.0	20	90	0	62	47	0	5	47	1.24
8860971--8861008	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
8861216--8861247	14	2.3	14	100	0	64	25	9	15	50	1.74
8861975--8862019	23	2.0	23	100	0	90	51	8	4	35	1.54
8864620--8864669	26	2.0	25	84	4	64	62	6	4	28	1.37
8868467--8868519	27	2.0	27	88	0	79	60	0	3	35	1.15
8877420--8877472	26	2.0	26	100	0	106	33	15	15	35	1.88
8878950--8878982	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
8882689--8882814	37	3.4	37	71	12	114	67	3	19	9	1.35
8893932--8893990	13	4.5	13	91	0	73	32	6	32	28	1.83
8894260--8894325	33	2.0	34	84	3	89	43	0	3	53	1.16
8894284--8894324	20	2.0	21	85	4	57	41	0	0	58	0.98
8894458--8894493	13	2.8	13	91	4	56	47	16	0	36	1.47
8905778--8905821	15	2.9	15	79	0	52	47	31	0	20	1.50
8906234--8906272	15	2.7	14	80	7	51	48	12	2	35	1.55
8907029--8907100	31	2.3	32	77	20	82	29	9	16	44	1.80
8913059--8913098	6	6.7	6	97	0	71	27	17	35	20	1.95
8925546--8925574	15	1.9	15	100	0	58	65	6	0	27	1.18
8937428--8937483	19	3.1	18	72	23	55	39	1	3	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8937597--8937646	21	2.4	21	93	0	82	32	34	8	26	1.85
8941329--8941372	21	2.2	20	91	4	70	43	9	27	20	1.82
8942328--8942382	18	3.1	17	76	5	56	12	5	3	78	1.06
8944484--8944707	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
8944626--8944777	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
8952041--8952264	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
8952183--8952334	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
8957023--8957192	40	4.2	40	78	5	173	33	21	21	23	1.97
8957342--8957431	7	12.6	7	74	13	67	23	0	26	50	1.50
8957342--8957438	36	2.7	36	83	3	97	23	0	27	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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